Аутофагия — это лизосомальный путь деградации, необходимый для гомеостаза, функции и дифференцировки клеток. В условиях стресса аутофагия индуцируется и нацелена на различные грузы, такие как объемный цитозоль, поврежденные органеллы и неправильно свернутые белки, для деградации лизосом. Полученные молекулы питательных веществ перерабатываются обратно в цитозоль для синтеза нового белка и производства АТФ. Активация аутофагии оказывает благотворное влияние на патогенез многих заболеваний, и сообщалось о фармакологических и физиологических стратегиях активации аутофагии. Аэробные упражнения недавно были идентифицированы как эффективный индуктор аутофагии во многих органах у мышей, включая мышцы, печень, сердце и мозг. Здесь мы показываем процедуры индуцирования аутофагии in vivo либо с помощью принудительных упражнений на беговой дорожке, либо добровольного бега на колесах. Мы также демонстрируем микроскопические и биохимические методы количественного анализа уровней аутофагии в тканях мышей с использованием маркерных белков LC3 и p62, которые транспортируются в лизосомы и разрушаются в них вместе с аутофагосомами.