Руководящие принципы и опыт использования изображений биомаркер Explorer (Козерог) для Radiomics

Rachel B. Ger; Carlos E. Cardenas; Brian M. Anderson; Jinzhong Yang; Dennis S. Mackin; Lifei Zhang; Laurence E. Court

doi:10.3791/57132

Методическая статья

Руководящие принципы и опыт использования изображений биомаркер Explorer (Козерог) для Radiomics

DOI:

10.3791/57132

⸱

8 января 2018 г.

Rachel B. Ger¹^,² , Carlos E. Cardenas¹^,² , Brian M. Anderson¹^,² , Jinzhong Yang¹^,² , Dennis S. Mackin¹ , Lifei Zhang¹ , Laurence E. Court¹^,²^,³

¹Department of Radiation Physics, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, ²UTHealth Graduate School of Biomedical Sciences, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, ³Department of Imaging Physics, The University of Texas MD Anderson Cancer Center

В этой статье

Краткое содержание

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Мы описываем ИБЕКС, открытым исходным кодом инструмент, предназначенный для медицинских изображений radiomics исследования и как использовать этот инструмент. Кроме того представлены некоторые опубликованных работ, которые использовали горные козлы для анализа неопределенности и модели здания.

Аннотация

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Визуализации биомаркер Explorer (Козерог) является открытым исходным кодом инструмент для медицинских изображений radiomics работы. Цель этого документа заключается в описывают, как использовать IBEX в графический интерфейс пользователя (GUI) и продемонстрировать, как Козерог вычисляемые компоненты были использованы в клинических исследованиях. IBEX позволяет для импорта изображений DICOM с DICOM лучевой терапии структуры файлов или Pinnacle. После импорта изображения, ИБЕКС имеет инструменты в GUI выбор данных для манипулировать просмотра изображений, мера voxel ценностей и расстояния и создания и редактирования контуров. IBEX поставляется с 27 предварительной обработки и 132 функция выбора для разработки наборов компонентов. Каждая категория препроцессирование и функция имеет параметры, которые могут быть изменены. Выход из IBEX является электронную таблицу, которая содержит: 1) каждой функции от рассчитанных для каждого контура в наборе данных, 2) изображение информацию о каждом контуре в набор данных и 3) резюме препроцессирования набор функций и функций, используемых с их выбрали параметры. Особенности, рассчитывается от КОЗЕРОГА были использованы в исследованиях для тестирования изменчивость характеристик различных изображений условиях и в моделях выживания для улучшения текущих клинических модели.

Введение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

В медицине, диагноз пациента болезни обычно включает в себя большое количество диагностических экзаменов, таких как рентген, ультразвук, компьютерная томография (КТ), магнитно-резонансная томография (МРТ), и позитронно-эмиссионная томография (ПЭТ) сканирует для оказания помощи в определении курс ухода за пациентами. Хотя врачи используют эти образы качественно оценить диагноз пациента, могут быть дополнительные количественные характеристики, которые могут быть извлечены для ухода за пациентами. Это объясняется тем, что эти возможности могут представлять протеомных и геномных шаблоны, выраженные на макроскопический масштаб¹. Сочетание этой количественной информации с текущей клинической информации, например, пациент демографии, может позволить более индивидуального ухода за пациентами. Это теория позади radiomics: есть анализ изображений на уровне вокселей. Функции обычно делятся на пять основных категорий: серый уровней матрица, матрица серый уровень запуска Длина, окрестности матрица разница в интенсивности, гистограммы и форму.

Imaging биомаркер Explorer (Козерог) является открытым исходным кодом инструментом для radiomics работы². Графический интерфейс пользователя (GUI) была разработана в MD Anderson Cancer Center с целью облегчения извлечения и расчет количественных характеристик для оказания помощи в принятии решений в лечении рака. Исходный код³ и автономных⁴ версии доступны в Интернете. IBEX вычисляет 5 наиболее распространенных категорий функций, используемых в медицинских radiomics с параметрами, которые могут быть установлены для каждой категории функций. Категории: серый уровней матрицы⁵, серый уровень запуска длина матрицы⁶^,⁷, интенсивности, окрестности интенсивности разница матрица⁸и форму. Так как Козерог является открытым исходным кодом, он позволяет согласованные функции извлечения результаты через учреждения легко сравнить различные radiomics исследования. Все функции внутри IBEX описаны в первоначальный документ Чжан и др. ²

Цель этой рукописи должен дать указания о том, как использовать горные козлы и продемонстрировать свои приложения через рецензируемых опубликованных исследований из группы radiomics MD Андерсон. С момента выпуска для общественности в 2015 году ИБЕКС был использован для расчета функций из ПЭТ КТ и МРТ сканирование изображений в группе radiomics MD Андерсон, обычно расследует функций для улучшения клинических выживания модели⁹^,¹⁰^, ¹¹^,¹²^,¹³^,¹⁴^,^,¹⁵¹⁶^,^,¹⁷¹⁸^,¹⁹^,²⁰и внешних учреждений²¹^,²²^,²³^,²⁴. Дополнительные указания на программные средства, которые могут быть использованы для шагов в radiomics исследованиях, которые не включаются в КОЗЕРОГА можно найти в суде и др. ²⁵

Общее введение в процесс IBEX поможет правильно организовать данные перед началом radiomics проектов, используя КОЗЕРОГА. Если импорт изображений DICOM, Козерог требует, чтобы каждый пациент свои собственные папки с их изображениями DICOM. DICOM излучения структуры набор необязательно включать в папке пациента, но рекомендуется вместо использования платформы Контурная в Козерог. Чтобы помочь с импорт всех больных для проведения конкретного исследования, все пациента папки могут быть помещены в одну папку вместе так, что все данные могут быть импортированы в Козерог, используя только один шаг. Если импорт пациентов от Pinnacle, лучше иметь структуру с планом пациента. Как пациенты могут иметь несколько наборов изображений и планов в Pinnacle, это лучше всего знать, какой образ установки и план правильно перед импортом. Если время вычислений является серьезной проблемой, сокращение числа фрагментов изображения для пациента может существенно снизить время. Например если только печени представляет интерес в исследовании, но пациенты имеют тела КТ сканирования, уменьшение DICOM ломтики только в пределах области интересов может сократить время вычислений (например, сокращение DICOM от 300 фрагментов до 50 ломтики может занять 1/6т h время). Существуют различные инструменты, доступные для выполнения этого фрагмента сокращения, от ручной полуавтоматический.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. установить Козерог

Примечание: Чтобы установить версию исходного кода перейдите к шагу 1.1. Кроме того чтобы установить изолированную версию перейдите к шагу 1.2.

Исходный код версии
1. Перейдите к IBEX исходного кода версии веб-сайта³. Скачайте файлы «IBEX_Source.zip» и «How_to_use.pdf». Найдите в файле «How_to_use.pdf», чтобы найти предпосылки для использования последней версии Козерог.
  Примечание: Козерог работает только на 32 bit и 64 bit версии Matlab 2011a и 2014b, соответственно.
2. После завершения загрузки распакуйте «IBEX_Source.zip» и добавьте в папку \IBEX_Source в поле Локальный путь.
  Примечание: Инструкции о том, как добавить путь можно найти на странице ссылки программного обеспечения для «добавить путь»²⁶.
3. Тип «IBEXMain» в окне Команда, чтобы начать КОЗЕРОГА.
Автономная версия
1. Перейти к Козлов изолированная версия веб-сайт⁴. Если установка IBEX в первый раз, перейдите к папке «Зависимости» и скачать/установить «MCRInstaller.exe,» vc2005redist_x86_new.exe,» и «vc2012redist_x86.exe» файлов. На главной странице, скачать «IBEX.exe,» «IBEX.ctf,» «IBEX.ini,» и «How_to_use.pdf» файлы в ту же папку. Найдите в файле «How_to_use.pdf» для предпосылки для использования последней версии Козерог.
2. Дважды щелкните «IBEX.exe» чтобы начать КОЗЕРОГА.

2. установите местоположение

Примечание: Изображения импортируются в это установить место и здесь также хранятся данные для этого исследования. IBEX использует наиболее ранее примененные местоположение по умолчанию когда вновь запущен.

Нажмите на значок «Расположение» (рис. 1).
Выберите пользователя или дважды нажмите «Новый пользователь» для создания новой папки пользователя. Если создание новой папки пользователя, введите имя в новом окне нажмите кнопку «ОК».
Выберите узел в пределах выбранного пользователя или дважды нажмите «Новый сайт» для создания новой папки узла. Если создание новой папки пользователя, введите имя в новом окне нажмите кнопку «ОК».
Нажмите кнопку «OK» в нижней части.

3. Импорт изображений

Нажмите на значок «Импорт» (рис. 1).
Выберите DICOM или Pinnacle9 (Pinnacle файл версии 9) формате, нажав на имя формата. Чтобы импортировать DICOM изображения перейдите к шагу 3.3.1. Чтобы импортировать Pinnacle9 файлов перейдите к шагу 3.3.2.
Нажмите кнопку «Далее».
1. Импорт изображений DICOM
  Примечание: Для импорта пациентам индивидуально перейдите к шагу 3.3.1.1. Чтобы импортировать несколько пациентов сразу переходите к шагу 3.3.1.2.
  1. Импорт каждого пациента индивидуально, выбрав папку пациента через каталог.
    1. Нажмите на кнопку «...», рядом с перечисленных каталогов для выбора пациентом папку, содержащую изображения DICOM и излучения структуры набор файлов DICOM (необязательно).
      Примечание: Хотя это только возможность импортировать структуру с пациентом файлов, настоятельно рекомендуется сделать это. IBEX имеют Контурная платформы внутри него, но это несколько непрактично для больших наборов данных. Козерог может вместить структуры наборы из коммерческих программных платформ, которые знакомы контуров инструменты для радиационных онкологов, который делает процесс гораздо проще. Это обычно используется как Козерог в исследованиях.
    2. Нажмите кнопку «Импорт» на нижней левой после IBEX завершило Поиск файлов DICOM, пациента и детали коробки будет заполняться.
    3. Повторите шаги 3.3.1.1.1 - 2 для каждого пациента.
    4. Нажмите на кнопку «Выход», после импорта всех пациентов.
  2. Импорт всех больных сразу, установив флажок «Папка пакета» в верхнем правом углу.
    Примечание: Все пациенты должны иметь отдельную папку, содержащую их соответствующих файлов DICOM.
    1. Нажмите на кнопку «...», рядом с перечисленных каталогов, чтобы выбрать папку, содержащую все пациента папки с их соответствующими изображениями DICOM и излучения структуры набор файлов DICOM (необязательно).
    2. Нажмите кнопку «Импорт». Пациенты будут импортированы последовательно. Нажмите на кнопку «Выход», после импорта всех пациентов.
2. Pinnacle файлов
  1. Настройка узла Pinnacle и базы данных в файле «\IBEX\ImportExport\ImportModule\Pinnacle9\Pinnacle9ImportMain.INI». Нажмите на кнопку «Config» перед выбором Pinnacle в поле модуль импорта.
  2. Выберите правильное Pinnacle хост и базы данных.
  3. Введите MRN пациента, фамилия или имя, а затем щелкнуть мышью в окне.
  4. Нажмите кнопку «Запрос».
  5. Выберите пациента в новом окне, а затем нажмите кнопку «Передача».
  6. Щелкните поле нужного изображения наборов от пациента в новом окне и нажмите кнопку «ОК».
  7. Нажмите кнопку «OK» в новом окне, которое называется «Данные успешно импортированы».
  8. Нажмите на кнопку «Выход», после импорта всех пациентов.

4. Просмотр изображений и регионы интереса (ROI)

Нажмите на значок «Данные» (рис. 1). Нажмите на желаемый пациента файл, чтобы открыть в разделе «Выберите пациент» GUI (верхней части).
Нажмите на изображение набора нужного пациента файл, чтобы открыть в разделе «Выберите изображение набора(ов)» GUI (Нижняя половина). Нажмите кнопку «Открыть».
Используйте стрелки под изображения для прокрутки изображений, которые отображаются в осевой, коронки, и сагиттальной просмотров (слева направо).
Увеличьте изображение, нажав на кнопку «Масштаб» (рис. 2). Нарисуйте рамку на плоскости изображения, чтобы увеличить масштаб. Щелкните правой кнопкой мыши, чтобы уменьшить масштаб.
Включите локализаторы, выбрав кнопку «Пересечение» (рис. 2).
Примечание: Линии, которые появляются показывают, где что ломтик расположен в каждой плоскости. Эти линии перемещаться при прокрутке с помощью стрелок.
Нажмите на кнопку «Правитель» (рис. 2) для измерения расстояний. Нажмите и удерживайте левую кнопку мыши для измерения между двумя точками интерес. Отпустите кнопку мыши, чтобы удалить измеренное значение из отображаемого района.
Нажмите на кнопку «CT Num» (рис. 2) для измерения значение вокселей. Нажмите и удерживайте левую кнопку мыши на voxel интерес и значение хлопнет вверх на левой стороне GUI ниже на цветовой шкале. Отпустите кнопку мыши, чтобы удалить измеренное значение из отображаемого района.
Нажмите на кнопку «W/L» (рис. 2) на уровне окна изображения. Другое окно хлопнет вверх. Перетащите нужную область с левой и правой стороны или вручную ввести уровень окна в полях окна и уровень в нижней части нового окна. Выберите различные окна/уровней с помощью первого раскрывающегося меню на левой стороне ( Рисунок 2): существует 8 CT и 1 для ПЭТ.
Выберите различные цветовые гаммы, используя второй выпадающего меню на левой стороне (Рисунок 2): существует 9 вариантов, чтобы выбрать из.
Визуализируйте трансформирования, нажав на флажок ROI, чтобы сделать его видимым на изображениях, или нажмите на кнопку «На всех ROIs» для включения всех пациента ROIs.

5. Редактирование ROI

Редактировать трансформирования, нажав на кнопку «Редактировать ROIs» в верхней левой или в центре нижней. Выберите контур для редактирования, нажав на флажок рядом с ее именем.
Используйте кнопку «Nudge контуры» (рис. 3) нажать контуров или как уже составлен. Отрегулируйте размер круга, используемый в поле «D» рядом с кнопкой Nudge контуры.
Удалите весь контур фрагмента, используя кнопку «Вырезать контуры» (рис. 3). Нажмите и удерживайте левую кнопку мыши и нарисуйте прямоугольник вокруг ROI извлечься.
Нарисуйте контуры
Примечание: Перейти к шагу 5.4.1 рисовать контуры, соединяющие точки. Перейдите к шагу 5.4.2 рисовать контуры, свободной рукой.
1. Подключение точек: Используйте кнопку «Рисовать контуры (1)» (рис. 3) нарисовать контур на каждый ломтик, нажав точек вокруг контура где точки соединяются прямыми линиями. Завершите ROI для этого фрагмента, нажав на первой точке обращается.
2. Свободной рукой: Используйте кнопку «Рисовать контуры (2)» (рис. 3) для рисования контура, свободной рукой. Удерживайте левую кнопку мыши чтобы нарисовать контур на срез. Завершите контур на этот фрагмент, возвращаясь к началу Рисованные ROI и затем отпустите левую кнопку мыши.
Нажмите на кнопку «Интерполяция контуров» (рис. 3) для интерполяции трансформирования между ломтиками.
Нажмите на кнопку «Копировать ROI» для копирования ROI.
Объединить ROI, выбрав несколько трансформирования и затем нажмите кнопку «Объединить ROI».
Нажмите кнопку «Удалить ROI», чтобы удалить выбранный ROI.
Нажмите кнопку «Создать ROI» для создания новой ROI, которая вызовет окно хлопнет вверх. Введите имя ROI и нажмите кнопку «ОК». Нажмите кнопку «Сохранить». Нажмите кнопку «Exit» для возвращения пациента просмотра.

6. контуры в наборе данных

Просмотр контуры в наборе данных
1. Нажмите кнопку «Показать набор данных» для просмотра контуров в наборе данных. Нажмите на имя набора данных для просмотра. Нажмите кнопку «Открыть». Выберите пациент контуры, используя поле рядом с их именем. Нажмите кнопку «Удалить», «Переместить» или «Копировать» в зависимости от желаемой функции для этого контура. Закройте окно после завершения просмотра набора данных набора данных.
Добавление контуров к набору данных
1. Выберите контуры для добавления к набору данных, установив флажок рядом с их именем, а затем нажмите кнопку «Добавить в набор данных». Нажмите на имя набора данных для добавления контуры или нажмите кнопку «Создать» для нового набора данных. Если выбран новый, введите имя набора данных в новом окне. Нажмите кнопку «ОК».
Нажмите кнопку «Импортировать ROIs» для импорта файла 9 .roi версии Pinnacle, если контуры не были загружены во время раздела 3.
1. Нажмите кнопку «...», чтобы выбрать файл. Нажмите кнопку «Импорт».
Нажмите кнопку «Экспортировать ROIs», чтобы экспортировать ROIs.
1. Нажмите кнопку «...», чтобы выбрать каталог, в котором будут размещены экспортируемые ROIs. Нажмите на имя формата, который является предпочтительным для экспортируемого ROIs. Введите Анонимизация информацию, если это является предпочтительным. Нажмите кнопку Экспорт.
  Примечание: Стиль предназначен для не Анонимизация должны быть выполнены.
Нажмите кнопку «Выход» для возврата к списку пациентов и сканирование.

7. Создайте набор функций

Нажмите на значок «Функция».
При необходимости добавьте предварительной обработки.
1. Нажмите на кнопку «Добавить» под «Step1: Preprocess». Выберите опцию предварительной обработки из раскрывающегося меню в новом окне.
2. Нажмите на «i» под «. пункт «выбрать параметры предварительной обработки. Нажмите на число в столбце значение в новом окне параметра, чтобы изменить его. Введите новое значение параметра и нажмите кнопку «ОК».
3. Нажмите на кнопку «знак вопроса» в правом верхнем углу для описания метода предварительной обработки и предварительной обработки конкретных параметров.
4. Нажмите кнопку «Добавить». Выберите шаг предварительной обработки и нажмите на кнопку «Удалить» для удаления нежелательных шаги предварительной обработки.
Добавление опции.
1. Выберите функцию категорию в раскрывающемся меню в разделе «Шаг 2: особенности Категория:». Повторите шаги для нескольких категорий.
  Примечание: Только одна категория функций могут быть добавлены в то время. Различные комбинации препроцессирование и функция категорий могут добавляться к характеристике же, при необходимости установите.
  1. Выберите «GrayLevelCooccurenceMatrix25» и «NeighborIntensityDifference25» функция категорий для вычисления серый уровне совместного появления матрицы и окрестности интенсивности разница, соответственно, в 2.5 D, которая производится путем вычисления матрицы на каждый ломтик индивидуально и затем суммирования всех матриц вместе.
  2. Выберите «GrayLevelCooccurenceMatrix3» и «NeighborIntensityDifference3» функция категорий для вычисления серый уровне совместного появления матрицы и окрестности интенсивности разница, соответственно, в 3D.
2. Нажмите на «i» под «Пункт» для параметров, выбранных для этой предварительной обработки. Нажмите на кнопку «знак вопроса» в правом верхнем углу для описания предварительной обработки метода и параметров.
  1. Введите новое значение параметра и нажмите кнопку «ОК».
3. Нажмите кнопку «Тест» для просмотра функция категории или особенность. Нажмите кнопку рядом с требуемой категории или функции.
  1. Выберите набор данных для просмотра на тест и нажмите кнопку «Открыть». Установите флажок рядом с пациентами из выбранного набора данных для просмотра на тест и нажмите кнопку «Тест».
4. Снимите ненужные функции для категории выбран; все функции выбираются после выбора категории. Нажмите на слово «особенности: «под «Шаг2: особенности» снять все функции.
5. Нажмите кнопку «Добавить в набор функций» добавить всех выбранных компонентов с выбранной предварительной обработки.
  1. Выберите набор функций для добавлять новые функции и нажмите кнопку «Открыть» или нажмите кнопку «Новый» для добавления функций к новым набором функций. Если создать новую функцию, введите имя набора функций в новом окне и нажмите кнопку «ОК».
Нажмите кнопку «Показать набор» для просмотра функций с соответствующей предварительной обработки методов для просмотра функций в наборе функций.
1. Выберите набор функций для просмотра и нажмите кнопку «Открыть» или нажмите кнопку «Создать» для создания нового набора функций. Если создать новую функцию, введите имя набора функций в новом окне и нажмите кнопку «ОК».
Нажмите на кнопку «Показать набор данных», чтобы просмотреть текущие наборы данных.
1. Выберите набор данных для просмотра и нажмите кнопку «Открыть» или нажмите кнопку «Создать» для создания нового набора данных. При создании нового набора данных, введите имя набора данных в новом окне и нажмите кнопку «ОК».
Нажмите на кнопку «Выход».

8. вывод функции

Щелкните значок «Результат». Нажмите на набор данных для запуска функции под «шаг 1: набор данных.» Нажмите на набор функций для запуска на выбранных данных под «шаг 2: набор функций.»
Нажмите на кнопку «Просмотр данных» для просмотра выбранного набора данных. Нажмите на кнопку «Просмотр функция» для просмотра набора выбранных функций.
Нажмите кнопку «Вычислить и сохранить результат». Введите имя файла для получения результатов и нажмите кнопку «Сохранить».

9. Статистическая модель здания

Откройте файл сохраненных результатов.
Примечание: обычно это под C:\IBEX\DataIbex\[Selected пользователь шаге 2.2] \ [выбранного сайта в шаге 2.3] \1FeatureResultSet_Result, если в противном случае назначенных на шаге 8.4.
Использовать данные из различных вкладок в желаемой статистических тестов или модель здания в программном обеспечении.
Примечание: Протокол может быть приостановлена в любой момент. Однако это наиболее удобно после окончания всех шагов, необходимых для конкретного значка, например, отделка все из раздела 7, которая находится под значок функция.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Выход из IBEX является электронной таблицы (см. Рисунок 4), содержащий 3 вкладки. Вкладка «Результаты» содержит значения функция для каждого ROI в наборе данных (рис. 4A). На вкладке «Данные информация.» содержит сведения о снимки из каждой ROI в наборе данных (Рисунок 4B). Вкладка «Функция информация.» содержит полный список функций, используемый с параметрами, отоб...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Козерог является мощным инструментом для медицинских изображений radiomics исследований. Он до настоящего времени главным образом был использован для целей радиационной онкологии в исследованиях, проведенных группой radiomics MD Андерсон. IBEX позволяет для манипуляции трансформирования и расчет характеристик в течение 5 категорий главной особенностью. Версия исходного кода IBEX позволяет пользователю для разработки приложений, которые уже не являются частью Козерог, как серая зона уровня матрица функций.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Авторы имеют не конкурирующих финансовых интересов раскрыть.

Благодарности

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Рэйчел Ger финансируется Розали б. Хайт стипендий и Американский легион вспомогательные стипендий. Карлос Карденас финансировалась Джордж м. ШТАНСЕЛЬ PhD стипендии в области биомедицинских наук. Разработка IBEX финансировался NCI (R03 CA178495).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
Имя	Компания	Каталожный номер	Комментарии
Excel	Microsoft Office		Любая версия excel должна работать.
Matlab	MathWorks		использует IBEX только на 32-разрядной версии Matlab 2011a или 64-разрядной версии Matlab 2014b.

Ссылки

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Lambin, P., et al. Radiomics: extracting more information from medical images using advanced feature analysis. EJC. 48, 441-446 (2012).
Zhang, L., et al. IBEX: an open infrastructure software platform to facilitate collaborative work in radiomics. Med Phys. 42, 1341-1353 (2015).
IBEX Source Code. , Available from: http://bit.ly/IBEXSrc_MDAnderson (2017).
IBEX Stand Alone. , Available from: http://bit.ly/IBEX_MDAnderson (2017).
Haralick, R. M., Shanmugam, K. Textural features for image classification. IEEE Trans Syst Man Cybern. , 610-621 (1973).
Galloway, M. M. Texture analysis using gray level run lengths. Comp Graphics and Im Proc. 4, 172-179 (1975).
Tang, X. Texture information in run-length matrices. IEEE Trans on Im Proc. 7, 1602-1609 (1998).
Amadasun, M., King, R. Textural features corresponding to textural properties. IEEE Trans Syst Man Cybern. 19, 1264-1274 (1989).
Fave, X., et al. Preliminary investigation into sources of uncertainty in quantitative imaging features. Comp Med Imaging Graph. 44, 54-61 (2015).
Fave, X., et al. Can radiomics features be reproducibly measured from CBCT images for patients with non-small cell lung cancer. Med Phys. 42, 6784-6797 (2015).
Fave, X., et al. Impact of image preprocessing on the volume dependence and prognostic potential of radiomics features in non-small cell lung cancer. Trans Cancer Res. 5, 349-363 (2016).
Fave, X., et al. Delta-radiomics features for the prediction of patient outcomes in non-small cell lung cancer. Scientific Reports. 7, 588(2017).
Fried, D. V., et al. Stage III Non-Small Cell Lung Cancer: Prognostic Value of FDG PET Quantitative Imaging Features Combined with Clinical Prognostic Factors. Radiology. 278, 214-222 (2016).
Fried, D. V., et al. Potential Use of (18)F-fluorodeoxyglucose Positron Emission Tomography-Based Quantitative Imaging Features for Guiding Dose Escalation in Stage III Non-Small Cell Lung Cancer. IJROBP. 94, 368-376 (2016).
Mackin, D., et al. Measuring Computed Tomography Scanner Variability of Radiomics Features. Invest radiol. 50, 757-765 (2015).
Yang, J., et al. Uncertainty analysis of quantitative imaging features extracted from contrast-enhanced CT in lung tumors. Comp Med Imaging Graph. 48, 1-8 (2016).
van Rossum, P. S., et al. The incremental value of subjective and quantitative assessment of 18F-FDG PET for the prediction of pathologic complete response to preoperative chemoradiotherapy in esophageal cancer. JNM. 57, 691-700 (2016).
Hunter, L. A., et al. NSCLC tumor shrinkage prediction using quantitative image features. Comp Med Imaging Graph. 49, 29-36 (2016).
Hunter, L. A., et al. High quality machine-robust image features: identification in nonsmall cell lung cancer computed tomography images. Med Phys. 40, 121916(2013).
Fried, D. V., et al. Prognostic value and reproducibility of pretreatment CT texture features in stage III non-small cell lung cancer. IJROBP. 90, 834-842 (2014).
Gan, J., et al. MO-DE-207B-09: A Consistent Test for Radiomics Softwares. Med Phys. 43, 3706-3706 (2016).
Klawikowski, S., Christian, J., Schott, D., Zhang, M., Li, X. SU-D-207B-07: Development of a CT-Radiomics Based Early Response Prediction Model During Delivery of Chemoradiation Therapy for Pancreatic Cancer. Med Phys. 43, 3350-3350 (2016).
Huang, W., Tu, S. SU-F-R-22: Malignancy Classification for Small Pulmonary Nodules with Radiomics and Logistic Regression. Med Phys. 43, 3377-3378 (2016).
Hanania, A. N., et al. Quantitative imaging to evaluate malignant potential of IPMNs. Oncotarget. 7, 85776-85784 (2016).
Court, L. E., et al. Computational resources for radiomics. Trans Cancer Res. 5, 340-348 (2016).
Matlab Add path. , Available from: https://www.mathworks.com/help/matlab/ref/addpath.html (2017).
Zhao, B., et al. Reproducibility of radiomics for deciphering tumor phenotype with imaging. Sci Rep. 6, 23428(2016).
Owens, C., et al. Reproducibility and Robustness of Radiomic Features Extracted with Semi-Automatic Segmentation Tools. Med Phys. , (2017).
Kassner, A., Liu, F., Thornhill, R. E., Tomlinson, G., Mikulis, D. J. Prediction of hemorrhagic transformation in acute ischemic stroke using texture analysis of postcontrast T1-weighted MR images. JMRI. 30, 933-941 (2009).
IBEX Google Forum. , Available from: https://groups.google.com/forum/#!forum/ibex_users (2017).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на повторное использование текста или иллюстраций этой статьи JoVE

Запросить разрешение

Руководящие принципы и опыт использования изображений биомаркер Explorer (Козерог) для Radiomics

В этой статье

Краткое содержание

Аннотация

Введение

Протокол

Результаты

Обсуждение

Раскрытие информации

Благодарности

Материалы

Ссылки

Перепечатки и разрешения

Теги

Похожие статьи