Тото серии (Тото-1, YOYO-1, Попо-1, БОБО-1, Тото-3, YOYO-3, Попо-3 и БОБО-3; Таблица 1) используется в самых разнообразных экспериментов, где визуализация ДНК является требуется1,2,3,4,5,6,7, 8 , 9 , 10 , 11 , 12 , 13 , 14 , 15 , 16 , 17. семьи димер цианиновые широко используется из-за их квантовый выход, чувствительность и высокое сродство для ДНК молекул18,19,20. Димер цианиновые красители имеют большой избирательности для двойной мель ДНК и когда интеркалированного 100 до 1000 раз увеличение флуоресценции21. Пиридиния красители (YOYO-1, Тото-1, YOYO-3 и Тото-3) имеют короче длина волны излучения, чем их quinolium краситель (БОБО-1, Попо-1, БОБО-3 и Попо-3) коллегами (Таблица 1)22. Кроме того, высокий квантовый выход для цианиновые димеры интеркалированного в ДНК (0,2 - 0,6)22. Однако с помощью фермента определить профиль метилирования ДНК молекула2 или растянуть23 молекулы ДНК, уже окрашивали Люминесцентную краску требует метод для определения, какие ферменты будет переваривать окрашенных ДНК. Для этого метода может использоваться любой тип красителя, который встраивается в ДНК или каких-либо фермента, который дает ощутимый характер субстрат ДНК.
Мэн et al. сначала определяется скорость переваривания prestained ДНК через гель-электрофорез с использованием целого ряда различных красителей24. Maschmann et al. вникал в глубже взглянуть на Тото семьи красителей. Как определяется уровень пищеварение окрашенных ДНК, чтобы увидеть, если ДНК, окрашенных краской заданного могут быть осмыслены с энзима ограничения25. Другие методы изучения воздействия привязки красителей, интеркалированного с ДНК, используя Оптический пинцет26 или27ЯМР. Либо метод требует специализированного оборудования; принимается во внимание, что этот метод позволяет оборудование, большинство лабораторий молекулярной биологии должны определить, если краска вмешивается Пищеварение энзима ограничения.
Кроме того в других методах, чтобы измерить длину данной молекулы, оптические сопоставления удлиненные неокрашенных молекул ДНК на поверхности и переваривается ДНК для определения участка и размер фрагментов. Было показано интеркаляции краска увеличить длину контура дневно окрашенных молекул ДНК и в зависимости от используемых красителях, контур колея различные21. Этот метод был использован в различных геномов1,3,4,6,13,28,,2930, 31. Однако, если молекулы были предварительно окрашенные, в зависимости от краски и фермента, фермент может не иметь возможность вырезать ДНК, окрашенных краской заданного. Таким образом этот метод определяет, если ДНК, окрашенных краской заданного могут быть осмыслены с ферментом. Кроме того в зависимости от концентрации красителя и краска использована, подвижности ДНК полос в геле перенесет более медленно, чем родной ДНК из-за частичного раскручивание ДНК позвоночника чтобы освободить место для красителя для вставки между пар32 .
Однако иногда эти красители могут частично или полностью препятствовать действий некоторых энзимов ограничения7,24. Это считается вследствие структурных изменений в ДНК, вызванные вложение Люминесцентную краску, которая может помешать признавая ее определенной последовательности фермента. Понимание, как эти красители влияют на энзимов ограничения может помочь в экспериментах, где требуется метилирования профиль или растягивать окрашенных ДНК.
В нашем методе ДНК был окрашенных с флюрохром интерес и переваривается с энзима ограничения. Затем был electrophoresed ДНК на геле, образы, и была измерена скорость пищеварения энзима ограничения. Энзимы ограничения были выбраны на основании вырезать узор на гель. Слишком много диапазонов вызвало Перекрытие полос ДНК и слишком мало полос не дают полную картину молекулы ДНК. Есть сладкое пятно, чтобы иметь возможность определить профиль переваривается молекулы ДНК; Таким образом он будет зависеть от используемых ДНК и фермента. Преимуществом данного метода является его простота; Он только требует оборудования, используемого в ограничение пищеварение и гель-электрофорез.