Интеграция вирусного генома в геноме хост это обязательный шаг в жизненном цикле все ретровирусы1. Вирусный фермент интеграза (IN) катализирует ковалентных присоединения каждого конца вирусной ДНК генома к хосту ДНК. Во время сотовой инфекции в является частью комплекса до интеграции, которая опосредует интеграции. В рекомбинантной complexed с двойной мель ДНК олигомеров, подражая вирусной ДНК концы можно также выполнить интеграцию целевых ДНК в пробирке2. Общей интеграции пробирного в vitro использует supercoiled плазмиды ДНАО цели. Интеграция обеих вирусной ДНК олигомеров (vDNA) для плазмида приводит в линейный продукт и называется согласованной интеграции (рисунок 2A). Интеграции пробирного в пробирке может также принести продуктов с ковалентно присоединены к целевой плазмида, что приводит к расслабленной круг только один vDNA. Этот продукт интеграции половину сайт, как представляется, артефакт пробирного в пробирке.
В рекомбинантной и vDNA могут выполнять интеграцию в пробирке, но они не являются идеальным реагенты для изучения динамики или структуры интеграции комплексов, когда мономерных в будет затушевывать соответствующие визуализации. Очищенный интеграции комплексов, или «intasomes,» необходимы для анализа или структурные исследования динамических одной молекулы. PFV IN и vDNAs могут собираться методом диализа с относительно высокой концентрации соли буфера меньше концентрация соли3,4. Во время диализа, преципитат формы. Этот осадок удаляется из диализа и увеличение концентрации соли. Более высокие концентрации соли solubilizes осадок содержащий PFV intasomes. Intasomes затем очищенная методом размер гель-проникающей хроматографии (SEC). Было показано, что рекомбинантных прототип пенистый вирус (PFV) в существование в качестве мономера в растворе в концентрациях до 225 мкм5. SEC фракционирование эффективно отделяет PFV intasomes (225.5 кДа), который включает в себя Тетрамер PFV в и два vDNAs, от мономерных PFV в (44,4 кДа) и бесплатные vDNA (24.0 кДа). PFV intasomes могут быть заморожены и удерживать интеграции деятельности по крайней мере шесть месяцев хранения на-80 градусов.
Рекомбинантных PFV intasomes также могут быть изменены для включения в аминокислотных замен или усечение мутации или vDNAs помечены флуорофоров или биотин4,6. Очищенный intasomes PFV легко выполнить интеграцию в мишень supercoiled плазмида ДНК в пробирке. Массовых анализов биохимической интеграции с intasomes может проверить последствия в мутации, ингибиторы, или других химических добавок. Биотинилированным intasomes может использоваться для датчика близости с нуклеиновых кислот и белков. PFV intasomes функционируют при температуре окружающей среды, позволяя одной молекулы микроскопии анализа Магнитные пинцеты для измерения времени между присоединения двух концах vDNA или полное внутреннее отражение флуоресценции для визуализации intasome Поиск цели ДНК6. Кроме того PFV intasomes были первым быть структурно характеризуется значительно влияющих области антиретровирусного лечения интеграции3.