Здесь мы представляем протокол к индивидуально отслеживать животных в течение длительного периода времени. Он использует компьютерное зрение методы для определения набора тегов вручную сконструированный с помощью группы омаров в качестве тематического исследования, одновременно предоставляя информацию о том, как дом, манипулировать и Марк омаров.
Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.
Методическая статья
Долгосрочного отслеживания видео Cohoused водных животных: тематическое исследование повседневной двигательной активности омаров Норвегия (Норвежский Омар)
* These authors contributed equally
В этой статье
Краткое содержание
Аннотация
Мы представляем протокола, связанных с видео отслеживания метод, основанный на вычитание фона и изображения бинаризация, что делает возможным проследить индивидуально cohoused животных. Мы проверили процедуры отслеживания с четырьмя cohoused омары Норвегия (Норвежский Омар) в условиях темноты свет на 5 дней. Омары индивидуально помечена. Экспериментальной установки и используемых методов отслеживания полностью основаны на с открытым исходным кодом. Сравнение результатов отслеживания с ручного обнаружения указывает, что омары были правильно обнаружено 69% времени. Среди правильно обнаруженных омары, их отдельные теги были правильно определены 89,5% времени. Учитывая частоту кадров, используемое в протоколе и скорость движения омаров производительность видео отслеживания имеет хорошее качество, и представитель результаты подтверждают действительность протокола в производстве ценных данных для нужд исследований (индивидуальные помещениях или двигательной активности шаблоны). Протокол, представленные здесь можно легко настроить и, следовательно, перенесены в другие виды, где отдельные отслеживания образцов в группе может быть ценным для ответа на вопросы исследования.
Введение
В последние несколько лет автоматизированного отслеживания на основе образа предоставил высокоточные наборов данных, который может использоваться для изучения основных вопросов экологии и поведения дисциплин1. Эти наборы данных могут использоваться для количественного анализа поведения животных2,3. Однако каждое изображение методологии, используемой для отслеживания животных и поведение оценки имеет свои сильные стороны и ограничения. В протоколы на основе образа отслеживания, которые использовать пространственные данные из предыдущих кадров в фильме, для отслеживания животных
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Протокол
Видов, используемых в настоящем исследовании не находится под угрозой или охраняемых видов. Отбор проб и лабораторные эксперименты после испанского законодательства и внутренних институциональных (ICM-CSIC) правила, касающиеся благополучия животных. Животных проб был проведен с разрешения местного органа власти (региональное правительство Каталонии).
1. животных обслуживание и выборки
Примечание: Следующий протокол основан на предположении, что исследователи могут отведать н. Омар в поле во время ночи, чтобы избежать повреждения фоторецепторов23. Следует избегать
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Результаты
Мы вручную построили подмножество экспериментальных данных для проверки автоматического анализа видео. Размер выборки 1,308 фреймов с уровнем доверия 99% (что является мерой безопасности, которая показывает ли образец точно отражает населения, в рамках ее погрешность) и погрешность 4% (который является процент, который описывает, как близко ответ дал образца является реальной стоимости в населения) был случайным, и была выполнена вручную аннотации правильной идентификации трансформировани.......
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Обсуждение
Производительность и представитель результаты, полученные с протоколом видео отслеживания подтвердил свою ценностьь для прикладных исследований в области поведения животных, с уделением особого внимания социальной модуляции и циркадные ритмы cohoused животных. Эффективность обнаружения животных (69%) и точность тег дискриминации (89,5%) в сочетании с поведенческими характеристиками (т.е. скорость движения) целевых видов, используемых здесь предполагают, что этот протокол является идеальным решением для долгосрочных экспе.......
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Раскрытие информации
Авторы не имеют ничего сообщать.
Благодарности
Авторы выражают благодарность д-р Джоан б. компании, которая финансируется издание этой работы. Кроме того Авторы благодарны техников экспериментальной аквариум зоны на Институт морских наук в Барселоне (ICM-CSIC) за их помощь в ходе экспериментальной работы.
Эта работа была поддержана проект RITFIM (CTM2010-16274; главный исследователь: J. Агусси) основали испанского министерства науки и инноваций (MICINN) и TIN2015-66951-C2-2-R грант от министерства экономики и конкурентоспособности Испании.
....Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Материалы
| Имя | Компания | Каталожный номер | Комментарии |
|---|---|---|---|
| Штатив 475 | Manfrotto | A0673528 | Снятый с производства |
| шарнирный кронштейн 143 | Manfrotto | D0057824 | Снятый с производства |
| Фотоаппарат USB 2.0 uEye LE | iDS | UI-1545LE-M | https://en.ids-imaging.com/store/products/cameras/usb-2-0-cameras/ueye-le.html |
| Рыбий глаз Len C-mount f = 6 мм/F1.4 | Infaimon | Standard Optical | https://www.infaimon.com/es/estandar-6mm |
| Бак из стекловолокна 1500 x 700 x 300 мм3 | |||
| черный войлочная ткань | |||
| Древесная структура Резервуар | 5 деревянных планок 50x50x250 мм | ||
| Древесная структура Войлочная ткань | 10 деревянных планок 25x25x250 мм | ||
| Винты | Столько, сколько необходимо для фиксации деревянных полос конструкций | ||
| ПК | 2-ядерный процессор, 4 ГБ ОЗУ, 1 ГБ графики, 500 ГБ | ||
| Внешнее хранилище HD Емкость | 2 ТБ желательно | ||
| iSPY Sotfware для ПК с Windows | iSPY | https://www.ispyconnect.com/download.aspx | |
| Программное обеспечение Zoneminder Linux PC | Zoneminder | https://zoneminder.com/ | |
| OpenCV 2.4.13.6 Библиотека | OpenCV | https://opencv.org/ | |
| Python 2.4 | Python | https://www.python.org/ | |
| Пластиковый поднос | |||
| кемпингового холодильника | |||
| с цианоакрилатным гелем | для приклеивания бирки' S | ||
| 1 черный пластиковый лист ПВХ (толщина 1 мм) | Конструкция бирки | ||
| 1 белый пластиковый лист ПВХ (толщина 1 мм) | Конструкция бирки | ||
| 4 бирки s & Oslash; 40 мм | Изготовлен из черно-белого пластикового листа ПВХ | ||
| 3 м Blue Strid Led Ligts (480 нм) | Водонепроницаемость по желанию | ||
| 3 м IR Strid Led Ligts (850 нм) | Водонепроницаемость по желанию | ||
| 6 м Метакрилатные трубки и Oslash; 15 мм | Закрытый Strid Led | ||
| 4 ПВХ Колено 45o Ø 63 мм | Конструкция норы | ||
| 3 м Гибкая труба из ПВХ Ø 63 мм | Конструкция норы | ||
| крышка из ПВХ Ø 63 мм | Конструкция норы | ||
| 4 Уплотнительное кольцо и Oslash; 63 мм | Конструкция норы | ||
| 4 Гнездо с внутренней резьбой из ПВХ и Oslash; 63 мм | Конструкция норы | ||
| 10 м DC 12V Электрический кабель | Механизм управления светом | ||
| Легкий источник питания DC 12 В 300 Вт | Механизм управления светом | ||
| MOSFET, RFD14N05L, N-канал, 14 А, 50 В, 3-контактный, IPAK (TO-251) | RS Компоненты | 325-7580 | Механизм |
| управления светомДиод, 1N4004-E3/54, 1А, 400В, DO-204AL, 2-сосны | RS компоненты | 628-9029 | Механизм управления светом |
| Держатель предохранителя | RS Компоненты | 336-7851 | Механизм управления светом |
| 2-полосная клемма питания 3,81 мм | RS Компоненты | 220-4658 | Механизм управления светом |
| Конденсатор 220 & микро; F 200 В | RS Компоненты | 440-6761 | Сопротивление механизма управления светом |
| 2K2 7 Вт | Компоненты RS | 485-3038 | Механизм управления светом |
| Предохранитель 6,3 x 32 мм2 3A | Компоненты RS | 413-210 | Механизм управления светом |
| Arduino Uno Atmel Atmega 328 MCU Компоненты | RS | 715-4081 | Механизм управления светом |
| Prototipe Board CEM3,3 оригинальный,RE310S2 | RS Компоненты | 728-8737 | Механизм управления светом |
| Преобразователь постоянного тока,12 Vin,+/-5 Vout 100 мА 1 Вт | RS Компоненты | 689-5179 | Механизм управления светом |
| 2 SERA T8 синяя лунная люминесцентная лампа 36 Вт | SERA | Снято с производства/Изолированный объект |
Ссылки
- Dell, A. I., et al. Automated image-based tracking and its application in ecology. Trends in Ecology & Evolution. 29 (7), 417-428 (2014).
- Berman, G. J., Choi, D. M., Bialek, W., Shaevitz, J. W. Mapping the stereotyped behaviour of freely mo....
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Перепечатки и разрешения
