$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Обзор двух протоколов для конкретных темпов и клеток привязки assay налета-очищенная RRV штаммов показан на рисунке 1A и 2A, соответственно.
В assay для определенного роста окончательный вирус титр достигает более 107 ОРП/мл при распространении на колбу T75. Если максимальная концентрация меньше чем 107 ОРП/мл, MA104 клетки не могут стать вырожденная или RRV не был активирован, трипсина. Для оценки конкретных прирост с использованием инфекционных блок данных доступны некоторые модели роста. В этом протоколе модифицированных Гомпертца модель12 используется в качестве примера;

где N0 (104 ОРП/мл в этом исследовании) и Nt (104 -108 ОРП/мл) являются инфекционные титр вируса (ОРП/мл) на 0 и т (пример: 0, 6, 12, 18, 24, 36) hpi, соответственно, является асимптотического значения [журнала (N∞/n0 )] (пример: 3-4), мкг-это конкретные темпы [1/ч], e — константа Napier и λ является период задержки [h]. Параметры модели получаются путем расчета функции анализа программного обеспечения, которое уменьшает сумму квадратов разницы между значениями наблюдаемые и смоделированные. В примере на рисунке 1Bконкретные прирост (µ) оценивается в 0.197 [1/ч] и период задержки (λ)-6,61 [h], применяя метод наименее квадратных модифицированная модель Гомпертца и относительной вирус титр в стационарной фазы (начальный титр Вход шкала) (A) — 3,15 [журнала (N∞/n0)]. Мы протестировали 6 клонов ротавирусной инфекции в общей сложности, и расчетные значения конкретных прирост составлял от 0,19 до 0,27 [1/мин]. Эти расчетные значения являются надежными, потому что коэффициент определения значений в модели фурнитуры более чем 0,98.
RRV вирионы привязки к поверхности клетки были около 103 копий/мл (привязка эффективность составила около 1%) при использовании 24-ну пластины для assay клетки привязки (рис. 2B). Assay обычно проводится три раза для каждого образца, и если в образец наблюдается большая вариативность в номер копии, могут возникнуть некоторые проблемы как чрезмерно мойки и недостаточно активация RRV трипсином. Значение Ct ПЦР, превышающей около 36,0 не является предпочтительным и считается ниже предела обнаружения в наших условиях ПЦР.
| Объем / 1 реакции |
| 5 х PrimeScript буфера | 4.0 МКЛ |
| PrimeScript RT фермент смесь я | 1.0 МКЛ |
| Праймера Oligo dT | 1.0 МКЛ |
| Случайные 6 РВК | 4.0 МКЛ |
| Деионизированная вода дистиллированная | 6.0 МКЛ |
| ssRNA образец | 4.0 МКЛ |
| Итого | 20,0 МКЛ |
Таблица 1: Мастер перемешать композиции для синтеза cDNA ротавирусной генома.
| Температуры [° C] | Время |
| 37 | 15 мин |
| 42 | 15 мин |
| 85 | 5 s |
| 4 | ∞ |
Таблица 2: Реакция условие для синтеза cDNA ротавирусной генома.
| Объем/1 реакция |
| Taq премикс | 12.5 МКЛ |
| Грунтовка вперед (10 мкм) | 0.5 МКЛ |
| Обратный грунт (10 мкм) | 0.5 МКЛ |
| Зонд (10 мкм) | 0.5 МКЛ |
| Ссылка краситель II | 0.5 МКЛ |
| Деионизированная вода дистиллированная | 5.5 МКЛ |
| Образец cDNA | 5.0 МКЛ |
| Итого | 25 МКЛ |
Таблица 3: Мастер перемешать состав для количественного PCR ротавирусной генома.
| Температуры [° C] | Время | |
| 95 | 5 мин | |
| 94 | 20 s | 45 цикла |
| 60 | 1 мин |
| 72 | 5 мин | |
Таблица 4: Реакция условие для количественного PCR ротавирусной генома.

Рисунок 1: схема обзор оценки роста ротавирусная и кривая роста ротавирусной. (A) инфекционные единица ротавирусной измеряется с assay металлической пластинкы. (B) кривой (синяя линия) была аппроксимирована модифицированных Гомпертца модели, основанной на данных наблюдений в нашей лаборатории (белый круг). Темпы роста конкретных [µ]; 0.197 [h-1], отстают в период (λ); 6.61 [h], относительная вирус титр на стационарном этапе начальный титр (логарифмическая шкала) 3.15 [журнала (N∞/n0)]. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.

Рисунок 2: Схематичный обзор и представитель результат assay клетки привязки пяти RRV штаммов, очищенного от бляшек в нашей лаборатории. (A) A клетки культуры пластины прививанным с ротавирусом инкубировали при 4 ° C для ингибирования нашествия вирусов в клетки. После инкубации и удаление несвязанных вирусных частиц клеток подсчитать количество геномов, происходящих из связанных вирусных частиц на поверхности клеток с RT-ПЦР. (B) в результате клетки привязки пробирного был отображается как binding КПД (%), который был соотношение связанных вирусных частиц для тех, кто присутствует в посевным материалом. Смелые бар: средний, конца коробки: отклонение квартиль, конец строки: максимальная и минимальная. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.