Методическая статья

Измерение на форму и размер частиц ила, иммобилизованных в Агаре с открытым исходным кодом программного конвейера

DOI:

10.3791/58963

⸱

30 января 2019 г.

 ,  ,  , 
1Department of Civil, Construction, and Environmental Engineering, North Carolina State University

В этой статье

Краткое содержание

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Размер и форма частиц ила являются важными параметрами, которые измеряются с помощью различных методов. Неточности возникают от нерепрезентативная выборка, субоптимальный изображения и параметры субъективного анализа. Чтобы свести к минимуму эти ошибки и облегчения измерения, мы представляем протокол, указав каждый шаг, в том числе открытым исходным кодом программного конвейера.

Аннотация

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Экспериментальная биореакторов, например те обработки сточных вод, содержат частицы, размер и форма которого являются важными параметрами. Например размер и форму хлопьев ила может указывать условия в микромасштабные, а также непосредственно влияют на насколько хорошо Ил оседает в отстойник.

Размер частиц и формы являются оба измерения, ошибочно «простой». Многие тонкие вопросы, зачастую нерешенными в неофициальных протоколов, могут возникнуть, когда выборки, обработки изображений и анализа частиц. Методы выборки может быть искажена или не обеспечивают достаточно статистической мощности. Образцы, сами могут быть плохо сохранились или претерпевают изменения во время иммобилизации. Изображения не может быть достаточно высокого качества; перекрывающиеся частицы, глубина резкости, масштаб и различных шума можно все производят плохие результаты. Плохо указанного анализа можно ввести предвзятости, например, производимый вручную изображения ограничивание и сегментации.

Доступность и производительность желательно вместе с воспроизводимостью. Метод доступным, высокая пропускная способность может позволить более частое измерение частиц, производить много изображений, содержащих тысячи частиц. Метод, который использует недорогие реактивы, общие рассечения микроскопа и свободно доступных открытым исходным кодом программное обеспечение для анализа позволяет повторяемые, доступной, воспроизводимые и частично автоматизированных экспериментальные результаты. Кроме того продукт такого метода может быть хорошо отформатированный, четкие и легко понять, программное обеспечение для анализа данных, облегчения анализов в лаборатории и обмена данными между лабораториями.

Мы представляем протокол, который подробно описаны шаги, необходимые для производства такой продукции, включая: отбор проб, образец подготовки и иммобилизации в агар, приобретения цифровых изображений, анализ цифровых изображений и примеры конкретного эксперимента рисунок поколения от результаты анализа. Мы также включили конвейера анализа данных открытым исходным кодом поддерживают этот протокол.

Введение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Этот метод предназначен для предоставления четко, повторяемые и частично автоматизированный метод для определения размера и формы распределения частиц в биореакторах, особенно те, которые содержат ила хлопьев и аэробных гранул1 , 2. обоснование этого метода были для повышения доступности, простоты, пропускная способность, и повторяемость наших существующих собственных протоколов3,4, облегчения измерения частиц для других и содействовать обмену и Сравнение данных.

Существует две широкие категории анализа измерения частиц - прямой визуализации и логически выведенная методы, с помощью таких качеств, как рассеяние света5. Хотя логически выведенная методы могут быть автоматизированы и имеют большой пропускной способности, оборудование стоит дорого. Кроме того хотя логически выведенная методы можно точно определить эквивалентный размер частиц6, они не дают подробную форму информации7.

Из-за необходимости данных фигуры на прямых изображений основе наш метод. Хотя существуют некоторые методы визуализации высокой пропускной способности, они традиционно требовали дорогостоящих коммерческих аппаратных или пользовательские построен решения8,9. Использовать общие, доступного аппаратного и программного обеспечения, что, хотя страдает от снижения пропускной способности, производит гораздо больше изображений частиц, чем минимально необходимой для многих анализов10был разработан наш метод.

Существующие протоколы, может не указывать важные выборки и изображения приобретение шаги. Другие протоколы могут указать вручную, которые вводят субъективные уклоном (такие как ad hoc Бинаризация11). Четко определенный метод, определяющий выборки, иммобилизации и изображения приобретение шаги, в сочетании с свободно доступных анализ программного обеспечения позволит повысить в лаборатории анализа изображений и сравнение между лабораториями. Основная цель настоящего Протокола заключается в рабочий процесс и инструменты, которые должны привести к воспроизводимость результатов от различных лабораторий для того же образца.

Отдельно от нормализации процесса анализа изображения, данные, подготовленные этот трубопровод записывается в четко определенных, хорошо отформатированный файл12 , пригодные для использования популярных данных анализа пакетов13,14, ослабление эксперимент конкретные анализы (например, пользовательские рисунок поколения) и облегчения обмена данными между лабораториями.

Этот протокол особенно предлагается для исследователей, которые требуют данные фигуры частиц, не имеют доступа к логически выведенная методы, не хотите, чтобы развивать свои собственные изображения анализа трубопровода и хотели бы поделиться своими данными легко с другими

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. сбор образцов для анализа частиц

  1. Определить объем образца для конкретных реакторов, которые будут производить достаточно частиц для статистического анализа10 (> 500) избегая дублирования частиц.
    1. Предположим, что диапазон от 0,5 до 2 мл на образце смешанной ликер достаточно для проб ила с смешанной ликер приостановлено твердых (MLSS) между 250 и 5000 мг/л.
    2. В противном случае Подготовьте три плиты агара тест, используя 0.5, 2 и 5 мл образца (шаги 1.2 через 2.7).
    3. Визуально определить, какие (если имеются) лучший образец тома удовлетворяют критериям, перечисленные на этапе 1.1.
    4. Если частицы по-прежнему перекрываются для образца 0,5 мл, повторите шаги 1.1.2 и 1.1.3 с трех образцов 0,5 мл разбавляют добавлен 0,5, 1 и 2 мл фосфатный буфер для определения степени, в какой 0,5 мл образца должны быть разбавлен до шаг 2.1.
      Примечание: Шаги 1.1 − 1.1.4 должны выполняться только один раз за эксперимент, или если реактор содержание изменений, таким образом, что последующие измерения больше не отвечают критериям, указанным в шаге 1.1.
  2. Приобрести репрезентативной выборки из перемешанных часть реактора, хватая ~ 40 мл в стакан или 50 мл пластиковых пробирок, нежно смешивания и сразу же заливки образца определяется объем перемешанных самосхвата в пластиковых пробирок 15мл. Разбавьте образца, необходимо, как определяется шагом 1.1.4.
    Примечание: Протокол может быть приостановлена здесь и образец может храниться в холодильнике (4 ° C) до 48 часов. Не замораживать образца.
    Предупреждение: Общий сохранение СМИ (например, формальдегид/формамид) не подходят. Большая площадь поверхности пластины, в сочетании с открытым контейнером, тепло от источника света и потенциально плохо вентилируемых микроскопии установки производят излишне опасные условия для мало пользы в качество изображения.

2. Подготовьте плиты агара окрашенных, подвижности частиц

  1. 5 мкл Метиленовый синий 1% (w/v) для каждого образца, затем крышки и осторожно перевернуть на 3 наименее раз перемешать. Разрешить образцы пятно для по крайней мере 5, но не более 30 минут при комнатной температуре.
  2. Подготовьте примерно 10 мл на сэмпл 7,5% (w/v) агар в деионизированной воде.
    Примечание: Агар может производиться досрочно и хранится бесконечно, если стерилизацию. Агарозы может быть заменен, но не существенно улучшить изображения.
  3. Расплавьте агар с помощью микроволновой печи или водой ванну и слегка охладите перед использованием. Обеспечить агар полностью растаял и льет легко. Твердые шарики агар будет по-разному, пятно, производство низкое качество изображения.
  4. Передачи достаточных расплавленный агар 7,5% (w/v), для пластиковых пробирок довести объем всего трубки до между 6.5 и 9 мл.
  5. Повторение пробирок и осторожно перевернуть по крайней мере 3 раза смешивать.
  6. Отмечая крышку от себя или в капюшоне, откройте крышку. Залейте содержимое трубки в 100 мм пластиковая Петри блюдо во время осторожно тряся блюдо для достижения полной, гладкие покрытия и визуально равномерное распределение частиц.
    Предупреждение: Тепла от агар может производить небольшое избыточное давление в трубе. Это часто производит слышен свист и имеет потенциал, чтобы изгнать маленькие капельки горячей агара.
  7. Разрешить пластины остыть при комнатной температуре в течение по крайней мере 5 минут, до тех пор, пока агар затвердевает.
    Примечание: Протокол может быть приостановлена здесь. Магазин покрытием перевернутый и опечатаны (например, в герметизации пластиковый пакет или с парафином фильм) на срок до 48 часов в холодильнике (4 ° C).

3. получить частицы изображения с помощью стереомикроскопом и цифровой камеры

  1. Место открытые пластины лицом вверх на микроскопа стереомикроскопом способны 10 x 20 x увеличение. Освещают образца ниже даже, рассеянный свет, с использованием оборудования, таких как светодиодные подсветки Стенд или подсветки номерного знака.
  2. Откройте программное обеспечение захвата изображения, убедитесь, что на пути света микроскоп для фотои нажмите на соответствующую камеру из списка камеры.
  3. Отрегулируйте Микроскоп, так что несколько частиц появляются в программном обеспечении в фокальной плоскости с большой, четко определенными краями. Используйте масштаб x 10-20 для измерения частиц при сохранении относительно глубоких фокальной плоскости.
    1. Временно удалить пластину агар и место микрометра на сцене. Отрегулируйте фокус штраф, до тех пор, пока выпускные на микрометра появляются четко обозначенных в программное обеспечение захвата изображения.
    2. Если калибровка не ранее, запишите пиксель микро соотношение для текущего масштаба.
      1. Установить масштаб 100%, нажав Zoom > фактический размер и выберите опции > Калибровка затем выравнивание панели красный калибровки в основные просмотра вдоль длинной оси микрометра, с вертикальные полосы, сосредоточены на 0 и 200 мкм градации. В диалоговом окне калибровки введите текущий уровень увеличения и фактическую длину 200 мкм.
    3. Если уже калиброванные выберите масштаб из строки меню, и выберите текущий масштаб уровня и подтверждения калибровки.
      1. Выберите измерения > линия > произвольных линии. Нажмите на пересечении 0 градации и длинной оси микрометра. Снова нажмите на пересечении в 200 и длинные оси. A правильной калибровки должно отображаться примерно 200 µm. удалить строку, нажав на него, нажатие удалить и нажмите Да в окне подтверждения.
        Примечание: Инструкции для выбора камеры и калибровки являются специфическими для программного обеспечения, используемого для данного оборудования. Аналогичные функции должны быть доступны в других изображений. Цель заключается в том, чтобы определить пикселя микрон соотношение изображения для измерения размера точной частиц.
  4. Замените пластину агар и настроить фокус штраф для достижения максимальной детализации в визуализации программного обеспечения.
  5. Отрегулируйте изображений программное обеспечение, так что качество изображения максимум достигается.
    1. Увеличьте разрядность максимальное значение разрешено, выбрав кнопку-переключатель на панели Битовую глубину боковой панели камеры . Установите программное обеспечение для получения изображения в оттенках серого, выбрав соответствующий переключатель на панели Серый цвет боковой панели камеры .
    2. Сверните все открытые боковой панели между воздействием и гистограммы. Уменьшить коэффициент усиления до 1.0 и увеличить экспозицию, пока не появится четкое изображение в видовом экране и до тех пор, пока появится гистограмма как распределение, которое не закреплены на концах поля гистограммы.
    3. Настройте гистограмму чтобы избежать над и недодержки. В панели гистограммы боковой панели камеры слайд левая граница гистограмма просто вне наименьшие значения и правая граница просто за пределами высшие ценности.
  6. Сохранить изображение как несжатые TIFF, включая увеличение информацию в метаданных изображения, используя Файл > Сохранить как диалоговое окно, выбрав формат TIFF и обеспечение того, чтобы поле сохранить информацию калибровки проверяется.
    Примечание: Сохранение метаданных изображения, включая пространственные калибровки, может варьироваться между приобретение программы. Фиджи15, базового программного обеспечения, используемого в конвейер, понимает наиболее распространенные варианты. Важная информация для записи является пикселей высота, ширина и связанные устройства.
  7. С помощью либо мобильная сцена или ручное перемещение пластину, сам, выберите другую область, которая не перекрываются предыдущих изображений, следуя по пути, который переключается между слева направо и справа налево как один движется вниз плита; также известен как «газонокосилку шаблон поиска». Повторите шаг 3,6 до тех пор, пока достаточно изображений производится захватить по меньшей мере 500 визуально оценкам частицы, более лучше.
    Примечание: Альтернативные шаблоны (например., циркуляр, случайные) являются приемлемыми, но должно быть сообщено. Приобретение нескольких перекрывающихся изображений для комбинации в мозаику через цифровой сшивание производит итоговый размер файла, который значительно препятствует последующей обработки и артефакты из строчки могут быть введены и в настоящее время не рекомендуется.
  8. Сохраняют пластины до тех пор пока после анализа изображений для потенциальных последующей обработки изображений. После окончательной обработки изображений, отбросить как подходящие для биологических отходов.

4. измерения и анализа частиц силуэты

  1. Установка пакетов программного обеспечения анализа необходимых изображений
    1. Установить Фиджи (расширенная версия национальных институтов здравоохранения ImageJ v1.52e следуя инструкциям в: https://imagej.net/Fiji/Downloads
    2. Установить git, если еще не установлены, следуя инструкциям на: https://git-scm.com/downloads
    3. Получить код анализа частиц от клонирования репозитория git16.
      1. В командной строке получить последнюю версию кода, введя:
        git clone https://github.com/joeweaver/SParMorIA-Sludge-Particle-Morphological-Image-Analysis.git
        1. Установите следующий код анализа, инструкции в текстовом файле README.md найти в каталоге верхнего уровня клонированного репозитория.
          Примечание: Использование git является предпочтительным, поскольку он будет автоматически получить последнюю версию кода. Если git не доступно, это также можно скачать код zip-файл на странице выпуска на: https://github.com/joeweaver/SParMorIA-Sludge-Particle-Morphological-Image-Analysis/releases
    4. Измените текстовый файл со списком каталогов для обработки, а также необязательные параметры. Обратитесь к подкаталог примеров/анализ для списка параметров и примеры.
  2. Запустите анализ на командной строке, введя:
    < Фиджи-путь > \ImageJ-win64.exe--консоли - макрос < paramsfile > SParMorIA-SludgeParticle_Morphological_Image_Analysis
    где < Фиджи путь > — это каталог, в котором находится ImageJ-win64.exe и < paramsfile > местоположение текстового файла, описывающий настройки анализа
    Примечание: Имя исполняемого файла может отличаться, в зависимости от операционной системы Фиджи установлен на. В зависимости от количества и размера изображений анализ может занять несколько минут до часов и будет запускаться автоматически.
  3. Выполните проверку контроля качества
    1. Просмотрите файлы контроля качества, расположенный в подкаталоге оверлея в указанный выходной каталог. Обратите внимание на изображения с ложные, пропущенных и плохо захваченные частицы, все ясно как затененный контуры, которые не соответствуют фон. Для примеров таких обратитесь к рис . Данные частицы теперь готовы для анализа конкретного эксперимента рисунок поколения.
  4. Отвергать весь пластин или индивидуальных частиц, указав в анализ кода отметил файлов и/или частиц идентификаторов игнорироваться. Обратитесь к примеры/цензура в репозитории для соответствующих R и Python кода.
  5. Генерировать конкретные цифры эксперимент с использованием результатов анализа изображения, для каждого изображения хранятся в АККУРАТНЫЕ12 запятыми текстовый файл в подкаталог результатов в указанный выходной каталог. Обратитесь к примеры/цифры/R и примеры/цифры/Python подкаталоги для примеров о том, как читать файлы результатов.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Файлы, созданные
Этот процесс показан на рисунке 1 будет производить два файлов для каждого изображения проанализированы. Первый файл — запятая запятыми значения (CSV) текстовый файл, где каждая строка соответствует отдельных частиц и столбцы описывают различные метрики частиц как области, цикличность и солидность и определено в ручной ImageJ17. Пример CSV-файлы включены, справочная информация, а также в справочнике...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Хотя системы анализа изображений достаточно надежными и КК шаги для обеспечения бедных изображения удаляются, надлежащее внимание конкретным вопросам в выборки, пластины подготовки и загрузки изображений может повысить точность данных и доли изображения, передавая КК.

Концентрация выборки
Предполагая, что получения репрезентативной выборки, наиболее важным шагом является обеспечение достаточных частицы настоящий представитель9 и эффективного анализа,...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Авторы не имеют ничего сообщать.

Благодарности

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Эта работа была поддержана грант от национального фонда науки CBET 1336544.

Фиджи, R и Python логотипы используются в соответствии с следующую политику товарного знака:
Python: https://www.python.org/psf/trademarks/
R: https://www.r-project.org/Logo/ , согласно лицензии CC-BY-SA 4.0, перечисленные в: https://creativecommons.org/Licenses/by-sa/4.0/
Фиджи: https://imagej.net/Licensing

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
10% раствор хлорной известиChlorox31009Для дезинфекции рабочего места.
Центрифужная пробирка 15 мл с колпачкомCorning430790на образец.
Колба Эрленмейера на 50 млCorning4980-50Другие емкости подходят при условии, что они могут вместить > 40 мл образца и позволяют смешивать
500 мл бутылки KimaxKimble-Chase14395-50или иным образом достаточным для работы с агаром
AgarBD214010Solid, для приготовления 7,5% гел. 7 мл на образец.
Предлагается программное обеспечение для анализа данныхН/ДН/ДР или Python
Деионизированная водан/д н/дДостаточная для приготовления морилки и агара. Если недоступно, нажатие должно быть в порядке.
Настольный компьютерН/Д Н/ДАнализ изображений не нагружает процессор, любой «обычный» настольный компьютер примерно 2017 года должен быть достаточным.
Внешний жесткий дискSeagateSTEB5000100Не является полностью необходимым, но чрезвычайно полезным, учитывая количество и размер изображений. Рекомендуется 2 или более ТБ памяти.
FIJINIHверсии 1.51dявляется ядром ImageJ. Плагины обновляются на момент написания статьи. Доступно по адресу: https://imagej.net/Fiji/Downloads
GITOpen Sourceверсии 2.19.1 или более позднейДоступно по адресу: https://git-scm.com/
Программа для захвата изображенийToupViewверсии 3.7.5177Любая совместимая с камерой, может поставляться с камерой. Должна позволять сохранять изображения в формате TIFF с данными пространственной калибровки.
Механический (X/Y) столикOMAXA512Не является полностью обязательным, но значительно облегчает получение изображения.
Метиленовый синийFisherM291-100Solid, для приготовления 1% в/в раствора. 5 мкл раствора на образец.
Камера для микроскопаOMAXA35140UЛюбая цифровая камера, совместимая с микроскопом. Рекомендуется разрешение, обеспечивающее не менее 5 мкм на пиксель при 10-кратном увеличении и динамический диапазон не менее 8 бит на пиксель на цветовой канал.
Оптический столик МикрометрOMAXA36CALM1Или иным образом достаточным для пространственной калибровки.
Чашка Петри, 100 ммФишераFB08757121 на образец.
СИЗН/ДН/Д Стандартныйлабораторный халат, перчатки и очки.
Sparmoria macroNCSUверсия 0.2.1Доступно в репозитории github: https://github.com/joeweaver/SParMorIA-Sludge-Particle-Morphological-Image-Analysis
Стерео/препарирующий микроскопNikonSMZ-2Tдолжен обеспечивать 10-20-кратное увеличение и позволять делать цифровые фотографии либо с помощью встроенной камеры, либо с помощью точки крепления для ПЗС-матрицы.

Ссылки

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Show, K. Y., Lee, D. J., Tay, J. H. Aerobic granulation: Advances and challenges. Applied Biochemistry and Biotechnology. 167 (6), 1622-1640 (2012).
  2. Adav, S. S., Lee, D. -J., Show, K. -Y., Tay, J. -H. Aerobic granular sludge: Recent advances. Biotechnology Advances. 26 (5), 411-423 (2008).
  3. Williams, J. C. Initial Investigations of Aerobic Granulation in an Annular Gap Bioreactor. North Carolina State University. , Available from: https://repository.lib.ncsu.edu/handle/1840.16/2162 (2004).
  4. Moghadam, B. K. Effect of Hydrodynamics on Aerobic Granulation. , Available from: https://repository.lib.ncsu.edu/handle/1840.16/8761 (2012).
  5. Tay, J. H., Liu, Q. S., Liu, Y. Microscopic observation of aerobic granulation in sequential aerobic sludge blanket reactor. Journal of Applied Microbiology. 91 (1), 168-175 (2001).
  6. Kelly, R. N., et al. Graphical Comparison of Image Analysis and Laser Diffraction Particle Size Analysis Data Obtained From the Measurements of Nonspherical Particle Systems. AAPS Pharm SciTech. 7 (3), Available from: http://www.aapspharmscitech.org E1-E14 (2006).
  7. Walisko, R., et al. The Taming of the Shrew -Controlling the Morphology of Filamentous Eukaryotic and Prokaryotic Microorganisms. Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology. 149, 1-27 (2015).
  8. Campbell, R. A. A., Eifert, R. W., Turner, G. C. Openstage: A Low-Cost Motorized Microscope Stage with Sub-Micron Positioning Accuracy. PLoS ONE. 9 (2), e88977(2014).
  9. Dias, P. A., et al. Image processing for identification and quantification of filamentous bacteria in in situ acquired images. BioMedical Engineering OnLine. 15 (1), 64(2016).
  10. Liao, J., Lou, I., de los Reyes, F. L. III Relationship of Species-Specific Filament Levels to Filamentous Bulking in Activated Sludge. Applied and Environmental Microbiology. 70 (4), 2420-2428 (2004).
  11. Cromey, D. W. Avoiding twisted pixels: ethical guidelines for the appropriate use and manipulation of scientific digital images. Science and Engineering Ethics. 16 (4), 639-667 (2010).
  12. Wickham, H. Tidy Data. Journal of Statistical Software. 59 (10), (2014).
  13. R Core Team. R: A language and environment for statistical computing. , Available from: http://www.r-project.org (2017).
  14. van Rossum, G. Python tutorial. , Amsterdam. CS-R9526 (1995).
  15. Schindelin, J., Arganda-Carreras, I., Frise, E. FIJI: an open-source platform for biological-image analysis. Nature Methods. 9 (7), 676-682 (2012).
  16. Weaver, J. E. SParMorIA: Sludge Particle Morphological ImageAnalysis. , Available from: https://github.com/joeweaver/SParMorIA-Sludge-Particle-Morphological-Image-Analysis (2018).
  17. Ferreira, T., Rasband, W. ImageJ User Guide: IJ 1.42 r. , National Institute of Health. (2012).
  18. Sezgin, M., Sankur, B. Survey over image thresholding techniques and quantitative performance evaluation. Journal of Electronic Imaging. 13 (1), 146-166 (2004).
  19. Kröner, S., Doménech Carbó, M. T. Determination of minimum pixel resolution for shape analysis: Proposal of a new data validation method for computerized images. Powder Technology. 245, 297-313 (2013).
  20. McKinney, W. Data Structures for Statistical Computing in Python. Proceedings of the 9th Python in Science Conference. , 51-56 (2010).
  21. Waskom, M., et al. seaborn: v0.5.0 (November 2014). , (2014).
  22. Wickham, H. dplyr: A Grammar of Data Manipulation. , Available from: https://cran.r-project.org/web/packages/dplyr/index.html (2016).
  23. Wickham, H. ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis. , Springer-Verlag. New York. Available from: http://ggplot2.org (2009).
  24. Riley, R. S., Ben-Ezra, J. M., Massey, D., Slyter, R. L., Romagnoli, G. Digital Photography: A Primer for Pathologists. Journal of Clinical Laboratory Analysis. 18 (2), 91-128 (2004).
  25. Singh, S., Bray, M. A., Jones, T. R., Carpenter, A. E. Pipeline for illumination correction of images for high-throughput microscopy. Journal of Microscopy. 256 (3), 231-236 (2014).
  26. Eastwood, B. S., Childs, E. C. Image Alignment for Multiple Camera High Dynamic Range Microscopy. Proceedings. IEEE Workshop on Applications of Computer Vision. , 225-232 (2012).
  27. Bell, A. A., Brauers, J., Kaftan, J. N., Meyer-Ebrecht, D., Aach, T. High Dynamic Range Microscopy for Cytopathological Cancer Diagnosis. IEEE Journal of Selected Topics in Signal Processing (Special Issue on: Digital Image Processing Techniques for Oncology). 3 (1), Available from: https://www.lfb.rwth-aachen.de/en/ 170-184 (2009).
  28. Jain, V., et al. Supervised Learning of Image Restoration with Convolutional Networks. 2007 IEEE 11th International Conference on Computer Vision. , 1-8 (2007).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на повторное использование текста или иллюстраций этой статьи JoVE

Запросить разрешение

Теги

Похожие статьи