RESEARCH
Peer reviewed scientific video journal
Video encyclopedia of advanced research methods
Visualizing science through experiment videos
EDUCATION
Video textbooks for undergraduate courses
Visual demonstrations of key scientific experiments
BUSINESS
Video textbooks for business education
OTHERS
Interactive video based quizzes for formative assessments
Products
RESEARCH
JoVE Journal
Peer reviewed scientific video journal
JoVE Encyclopedia of Experiments
Video encyclopedia of advanced research methods
EDUCATION
JoVE Core
Video textbooks for undergraduates
JoVE Science Education
Visual demonstrations of key scientific experiments
JoVE Lab Manual
Videos of experiments for undergraduate lab courses
BUSINESS
JoVE Business
Video textbooks for business education
Solutions
Language
ru_RU
Menu
Menu
Menu
Menu
Research Article
Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.
Erratum Notice
Important: There has been an erratum issued for this article. View Erratum Notice
Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Здесь представлен протокол по сбору и анализу трехмерной кинематики четырехпалопедального передвижения у грызунов для доклинических исследований.
Полезность трехмерных (3D) систем анализа кинематической движения ограничена у грызунов. Одной из причин такой неадекватности является использование сложных алгоритмов и математического моделирования, которые сопровождают процедуры сбора и анализа 3D-данных. Эта работа обеспечивает простой, удобный, пошаговый подробный методологии для 3D кинематического анализа походки во время беговой дорожки передвижения у здоровых и нейротравматических крыс с помощью шестикамерной системы захвата движения. Также приведены подробная информация о 1) калибровки системы в экспериментальной настройки настроены для четырехрупедного передвижения, 2) сбор данных для беговой дорожке передвижения у взрослых крыс с помощью маркеров, расположенных на всех четырех конечностях, 3) варианты, доступные для отслеживания видео и обработка, и 4) базовая 3D-генерация кинематической данных и визуализация и количественная оценка данных с использованием встроенного программного обеспечения для сбора данных. Наконец, предлагается расширить полезность этой системы захвата движения до изучения различных моторных поведений до и после нейротравмы.
У грызунов, передних конечностей и задних конечностей локомотивных дефицитов после неврологических расстройств обычно оцениваются с помощью субъективных систем скоринга1. Автоматизированные системы2,3,4,5 были приняты для анализа походки, но страдают от недостатков, потому что первичные результаты основаны на анализе следа и не в состоянии захватить решающее значение сегментатические и совместные кинематические переменные, которые в противном случае могут выявить истинную кинематику движений конечностей2. Поскольку большинство параметров походки коррелируют, набор параметров походки необходим для понимания компенсаций, принятых крысами, чтобы полностью оценить дефицит двигателя.
В последнее десятилетие для биомедицинских исследований на людях было разработано несколько 3D-систем анализа движения6. Эти системы были успешными и доказали свою эффективность в захвате дефицита в передвижении у здоровых взрослых людей, а также изменены кинематики ходьбе6,7. У грызунов, в настоящее время доступны 3D кинематические системы движения принять сложные алгоритмы и моделирования для движения поведения и использовать сложные методы анализа данных8,9,10,11 , которые в конечном итоге ограничить их универсальность. Кроме того, методы, используемые для сбора данных с большинством 3D систем захвата движения, не объясняются должным образом в литературе. Отсутствуют подробные сведения о процедурах сбора и анализа данных, ограничениях и методах эффективного использования системы.
Следовательно, одним из распространенных понятий среди исследователей является то, что 3D движения отслеживания кинематической оценки довольно усилий и трудоемких процедур, которые требуют технических знаний и тщательного анализа данных. Цель этой работы состоит в том, чтобы разбить протоколы сбора и анализа данных и описать методологию с помощью поэтапного процесса, с тем чтобы она была объективной, легкой в освоении и с помощью которого можно было систематически подходить к ней. Сегодня, будет вытекать на оценивать функциональное моторное поведение в более всестороннем и систематическом образе следуя за неврологическими ушибами и интервенциями в доклинических изучениях.
В области четырехрупедного передвижения, представленный здесь является использование 3D системы отслеживания движения, которые могут предоставить дополнительную информацию, такую как осанка тела, вращение лап по отношению к телу осей, взаимосвязи суставов, и более точную информацию в отношении координации, все в то время как одновременно визуализации всего животного из всех плоскостей. Это, в свою очередь, может выявить критические различия в поведении двигателя внутри и между здоровыми и раненых крыс через несколько результатов. При более точном кинематический анализ, который является точным и объективным, риск неправильного вывода последствий вмешательства сведен к минимуму. Генерируемые данные из этого программного обеспечения захвата движения визуализированы кадр за кадром для качества движения и могут быть автоматически отслеживаться, а сбор или количественная оценка данных не требует каких-либо дополнительных алгоритмов или моделирования. Целью этой работы является предоставление методологических деталей и соображений, связанных со сбором данных и анализом 3D-кинематики походки во время движения беговой дорожки у здоровых и травмированных спинного мозга крыс. Этот протокол предназначен для использования доклиническими исследователями, которые используют неврологические модели крыс в экспериментах.
Это исследование было проведено в соответствии с рекомендациями Национального института здравоохранения Руководство по уходу и использованию лабораторных животных. Протокол был одобрен Комитетом по исследованиям в отношении животных ректора Университета Стоуни-Брук.
1. Настройка системы захвата движения
2. Калибровка системы захвата движения
3. Обучение и подготовка животного к передвижению беговой дорожки
4. Захват движения
5. Отслеживание движения
6. Кинематический анализ
Этот протокол демонстрирует методологию количественного 3D-кинематической коллекции и анализа беговой дорожки у грызунов с помощью простого, встроенного программного обеспечения. Результаты показывают, что протокол осуществим в сборе и анализе четырехпедальных локомотивных кинематики у здоровых и спинного мозга раненых крыс. Исследователи с крысами опыт должен место маркеры на крысах, а затем калибровать и использовать систему захвата движения без каких-либо критических вопросов. Данные легко генерируются без использования сложных алгоритмов.
Здесь протокол был реализован у здоровых и травмированных спинного мозга (C5 правой гемисекции) крыс. Для целей данной рукописи отображаются только репрезентативные результаты. В целом, различные кинематические движения суставов и конечностей сегмента были легко получить от 3D координат каждого маркера. Критические различия между аномальной походкой и здоровой походкой были легко обнаружены с несколькими исходами, включая (но не ограничиваемый) измерения высоты шага, скорость совместной работы, угол сустава(рисунок 9), продолжительность фазы цикла шага для всех четырех конечностей, и координация конечностей(рисунок 10). Анализ качественных данных в виде графиков и диаграмм палки может определять количественные инструменты, используемые для реализации окончательных результатов этого аналитического подхода(рисунок 11).
В репрезентативной здоровой крысы, локоть угол профиля продемонстрировали гладкие, одиночные пики с последовательной смежной походки циклов, которые отображаются полный диапазон движения(Рисунок 9). Чередование фазы и фазы качели продолжительности следов предложил последовательную координацию внутриконечности. В отличие от этого, профиль угла локтя репрезентативной поврежденной крысы спинного мозга продемонстрировал несколько искаженных пиков, которые были менее последовательными и меньшими диапазонами движения. В дополнение к изменениям в удлиненной фазе позиции и укороченной продолжительности фазы качели, был дефицит в координации внутриконечности для RFL.
В представленных репрезентативных данных, составленных для координации, было установлено, что координационные участки(рисунок 10),созданные из репрезентативных здоровых крыс, показали четко определенные, чередующиеся ритмические координации в ипсилатеральных конечностях во время походки циклов (L-образный узор) и в фазе D-образный узор с контралатеральными конечностями. Для сравнения, представитель спинного мозга раненых (C5 правой гемисекции) крыса показала плохой не-переменной и неритмической координации в ипсилатеральных конечностей и необычной переменной ритмической координации (L-образный шаблон) в одном из контралатеральных конечностей спаривания(рисунок 10). Учитывая наблюдаемый дефицит в правой передней конечности в записанном видео движения, это говорит о том, что RFL и LHL были не в состоянии нести полный вес без поддержки либо LFL или RHL в любой момент времени. Эта тенденция предполагает компенсационный механизм, чтобы справиться с вынужденной скоростью ходьбы на беговой дорожке.
Количественные данные были легко генерируемые из использования 3D-системы, но это включало доступ к отдельным вкладок и выбор из множества вариантов, доступных в программном обеспечении. В настоящее время ведется работа по разработке автоматизированного шаблона, который будет генерировать количественные и качественные данные в единый отчет для наиболее очевидных результатов, представляющих интерес (без необходимости индивидуально говоруть различные результаты), как это обычно делается с кинематическая система, используемая для клинических исследований. Таким образом, несколько конечных точек могут быть собраны и экспортированы в формате отчета, который может быть легко визуализирован сразу же после испытания.

Рисунок 1 : Экспериментальная настройка. (A) Схема шестикамерного кинематической настройки сбора данных для беговой дорожки ходьбе задачи. Набор из трех камер помещается по обе стороны беговой дорожки для захвата (кадр за кадром) левый и правый маркер движения во время передвижения. (B) Диаграмма с изображением маркера размещения над костлявыми ориентирами на передних конечностях грызунов и задних конечностей, чтобы захватить четырехколесный локомотив кинематики. В общей сложности 11 маркеров помещается на каждой стороне крысы. Затененные области показывают область, где крыса побрилась. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.

Рисунок 2 : Маркеры для калибровки. (A) Маркер набор назначений для системы калибровки палочки, используя два калибровочных кадров: L-Frame и палочка (B) Координат система определяется L-Frame, где L-Frame происхождения (пересечение двух ног кадра) определяется как (0,0). Две конечности L-Frame, L-Frame короткие и L-Frame длинные определяют x- и y-axs, соответственно, и z-оси определяется как перпендикулярно плоскости XY. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.

Рисунок 3 : Типы маркеров. (A) Фотография нижнего ствола крысы с указанием двух типов маркеров, используемых. (B) Фотография демонстрирует светоотражающий маркер, размещенный на подвздошном гребне с двусторонней лентой, которая предназначена для прилипания к коже (обведенный красным). (C) Фотография демонстрирует размещение маркера пера над правым плюсневофаллангевым суставом (обведенным красным). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.

Рисунок 4 : Отслеживание движения. (A) Изображение показывает интерфейс отслеживания движения, где несколько маркеров могут быть отслежены одновременно с помощью функций "Track автоматически" и "Track с помощью шаблона соответствия" функций. (B) Увеличенное представление ретрофлеативного маркера обнаруживается как яркое белое круглое пятно в функции "Track automatically" во время назначения маркера. Программное обеспечение распознает это пятно как ярко-голубое круглое пятно. Красная точка в конечном итоге признается в качестве центра предписанного маркера. Центрированное красное пятно в круговом маркере снижает вероятность экспериментальных ошибок при отслеживании данных. Отклонение от центра позволяет предположить, что последующие измерения и анализы могут быть неточными. (C) Увеличенное представление ретрофлеативного маркера, выбранного для сопоставления шаблона. Основываясь на размере, форме и цвете выбранного маркера, программное обеспечение автоматически определяет маркеры, соответствующие описанию в последующих видеокадрах. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.

Рисунок 5 : Основные и продвинутые параметры отслеживания. (A) Видео могут быть обработаны в рамках программного обеспечения, право нажав видео во время анализа, так что неясные или размытые маркеры четко визуализированы, чтобы автоматическое отслеживание. Для демонстрационных целей показаны два типа параметров обработки изображений, которые корректируются с учетом различных условий освещения во время сбора данных для легкого отслеживания. (B) Представитель видео кадр амдостоянии до обработки изображений. (C) Для базовой обработки изображений (обработка типа I), настройки яркости и контрастности корректируются для более четкого представления. (D) Используя расширенные настройки обработки изображений (обработка типа II), правильный плюсневалангеальный маркер сустава (черный маркер) инвертируется и затем может быть отслежена автоматически. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.

Рисунок 6 : Фазовые задания. Цикл gait для каждой конечностью можно разделить в дискретные участки согласно экспериментальному конструкции. Для демонстрационных целей показаны три фазы цикла походки. (A) Этап stance определяется как первый кадр, в котором конечность контактирует с поверхностью беговой дорожки. (B) Качели фазы определяется как первый кадр, в котором конечности покидает беговой дорожке поверхности (C) Средняя фаза качели является первым кадром после оформления конечностей, где лапа начинает спускаться. В (D), полный цикл походки определяется с начала первоначальной позиции до назначения фазы позиции следующего цикла походки. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.

Рисунок 7 : Расширенные варианты для анализа фазы шага. Эта опция позволяет углубленное представление отслеживания и фазовых назначений, а также возможность изменять фазовые назначения. (A) Поле выбора маркера для просмотра и выбора желаемого маркера. (B) Окно выбора координации: выделение координат интереса (в данном случае z-координат) будет отображаться как красный в окне основной диаграммы. (C) Окно выбора фазы: назначенные фазы для конечности могут быть просмотрены в отношении маркеров и координат, выбранных в (A) и (B). Фазы также могут быть отредактированы через это окно. (D) Окно диаграммы: координаты для определенного маркера можно сравнить одновременно во время индивидуальных фаз цикла походки. Зеленый и желтый представляют позицию и фазы качели соответственно для правой задней во время четырехколесного передвижения. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.

Рисунок 8 : Образец 3D кинематической данных. (A) Различные результаты от каждого совместного маркера могут быть живописно визуализированы из набора данных 3D-координат после отслеживания видео (B) Представитель данных, генерируемых для позиции и фазы качели циклов для каждого передних конечностей и задних конечностей во время квадроцикл ходить в крысы. Цвета представляют фазы stance и качания последовательных циклов шага. Красный и зеленый соответствуют правым фазам позиции передних конечностей и задних конечностей соответственно. Синий и чирок соответствуют левым фазам позиции передних конечностей и задним конечностям соответственно. желтый цвет соответствует фазе качели каждой конечности. (C) Несколько групп данных (дискретные маркеры или результаты) можно одновременно сравнить с легкостью. Данные о скорости z-координаторалевого и правого коленного сустава произвольно отбираются для демонстрации вертикальной скорости маркера коленного сустава с поверхности беговой дорожки. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.

Рисунок 9 : Представитель совместных угловой кинематики данных от здоровых и шейного спинного мозга травмированных крыс во время беговой дорожки передвижения. (A) Локоть совместный угол профиля в здоровой репрезентативной крысы демонстрирует гладкие, одиночные пики совместных следов угла с последовательными смежных циклов походки, которые отображают полный диапазон движения. Красные и желтые полосы обозначают фазы позиции и качели соответственно цикла ступеней передних конечностей. (B) В отличие от этого, следы в репрезентативном спинном мозге поврежденной крысы являются относительно более искаженными и показывают несовместимые несколько пиков с общим меньшим диапазоном совместных движений. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.

Рисунок 10 : Представитель конечностей координации данных от здорового и шейного спинного мозга ранения крысы во время беговой дорожки передвижения. (A) Значения z-координки метакарпофаланга (MCP) и metatarsophalangeal (MTP) маркеры, изображающие меры высоты шага, построены в шести различных комбинациях между конечностями примерно из 10 шагов во время четырехрупедной ходьбы. Показаны репрезентативная демонстрация всех шести возможных пар координации конечностей. (B) Здоровая крыса показывает четкую переменную ритмическую координацию (L-образный узор) для всех пар (i, ii, iii, iv). Когда конечности находятся в фазе (v, vi), координационные пары следуют D-образной схеме. (C) В шейного спинного мозга ранения крысы, обратите внимание (i) плохая координация между двумя передними конечностями, (iii) право ипсилатерального спаривания и (iv) необычная координация для одного из пар контралатеральных конечностей. Обратите внимание, что координационные участки (B,C) не имеют одной и той же шкалы. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.

Рисунок 11 : Анимированные 3D палка фигура. Пример фигуры 3D-палки, полученной из отслеживаемых данных. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить эту цифру.
| Параметры калибровки | Входные данные калибровки |
| Длина палочки (мм) | 100 |
| L-Frame Пол смещения (мм) | 7 (г. |
| Итерации для обнаружения выбросов | 4 |
| Разрешено палочка длина отклонения | 0,3 |
| Палочка должна быть видна, по крайней мере, в камерах | 4 |
| Исправить соотношение сторон | Проверил |
| Исправление параметра перекоса | Проверил |
| Исправление основного пункта | Проверил |
Таблица 1: Расширенные настройки для калибровки. Таблица обобщает параметры, которые мы использовали для точной калибровки шестикамерной настройки. Эти настройки были экспериментально протестированы и найдены оптимальными для нашей настройки.
Авторам нечего раскрывать.
Здесь представлен протокол по сбору и анализу трехмерной кинематики четырехпалопедального передвижения у грызунов для доклинических исследований.
Мы выражаем особую благодарность Павану Шарме за помощь в экспериментальной настройке видео и интеллектуальном вкладе в этот проект. Мы также благодарим Кристофера Паласио за его вклад в демонстрацию видеопротокола.
| 6-камерная система захвата движения Basler (Scout scA640-120gu). | Simi Reality Motion Systems GmbH Max-Planck-Str. 11 85716 Unterschleibheim, Germany | N/A | Записывающее устройство для анализа движения. |
| Калибровочная рамка и палочка | Simi Reality Motion Systems GmbH Max-Planck-Str. 11 85716 Unterschleibheim, Germany | N/A | L-образная калибровка, определяющая глобальную координатную систему, и палочка в форме трезубца (100 мм) |
| Маркеры | Shah Lab | N/A | Записывающее устройство для анализа движения. Маркеры изготавливаются на заказ в нашей лаборатории из глаз толщиной 0,5 см, покрытых светоотражающей лентой. |
| Matlab | Mathworks, Inc, Натик, Калифорния | Н/Д Программное | обеспечение для анализа данных |
| Клетка для грызунов | изготовлена на заказ в Стоуни-Брук. | Н/Д | Клетка из прозрачного плексигласа, используемая для удержания грызуна на беговой дорожке. |
| Simi Reality Motion Systems | Simi Reality Motion Systems GmbH Max-Planck-Str. 11 85716 Unterschleibheim, Германия | Н/Д | Программное обеспечение для 3D-слежения. |
| Беговая дорожка | Mk Automation Inc., Блумфилд, Коннектикут 06002 | Н/Д | Беговая дорожка, используемая для передвижения грызунов. |