Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.

Методическая статья

Флуоресцентно маркированные бактерии в качестве трассировщика для выявления новых путей органического углеродного потока в водных экосистемах

6.5K просмотров

⸱

DOI:

10.3791/59903

⸱

13 сентября 2019 г.

 , 
1Department of Aquatic Microbial Ecology, Institute of Hydrobiology, Biology Centre CAS

В этой статье

Краткое содержание

Представлено здесь протокол для одноклеточных, эпифлюоресцентных микроскопических основе техники для количественной оценки выпаса в водных хищных эукариот с высокой точностью и таксономическим разрешением.

Аннотация

Выяснение трофических взаимодействий, таких как хиртация и его последствия, является частой задачей для многих исследователей в области экологии. Изучение микробных сообществ имеет много ограничений, и определение хищника, добычи и хищнических ставок часто бывает трудно. Представленный здесь оптимизированный метод, основанный на добавлении флуоресцентно обозначенной добычи в качестве трассировщика, что позволяет надежно квадализировать показатели выпаса у водных хищных эукариот и оценку переноса питательных веществ на более высокие трофические уровни.

Введение

Гетеротрофные прокариоты являются ключевым биологическим компонентом в водных системах и составляют значительную долю биомассы планктона1,2,3. Факторы, контролирующие их изобилие, разнообразие и активность, имеют решающее значение для понимания их роли в биогеохимическом велоспорте (т.е. судьбе органического углерода и других питательных веществ и притока энергии от прокариот до более высоких трофических уровней). Простейшие выпаса является одним из этих важных факторов. Бактериальная бактерия гетеротрофных нанофлагеллетов и цилиатов налагает сильный сверху вниз контроль над прокариотическим изобилием, функцией сообщества, структурой, разнообразием и даже клеточной морфологией и темпами роста конкретных бактериальных групп4, 5,6. В некоторых системах, протисты служат основной причиной бактериальной смертности6,7.

Стандартный подход, используемый для оценки простейшие бактерии, которая используется в течение некоторого времени, включает в себя использование флуоресцентно помеченных бактерий (FLB) в качестве аналогов добычи и эпифлюоресценции микроскопии. Cell-специфические тарифы поглощения можно обусловить путем количественной оценки числа помеченных частиц добычи в вакуолах протистановых пищевых продуктов в течение выбранного курса8. Этот подход имеет ряд преимуществ. Tracer добавляется в естественные образцы с естественными сборками хищника и добычи. Существует минимальная манипуляция образца до инкубации, минимальное изменение образца добавленным трассировщиком FLB, и время инкубации короткие, чтобы обеспечить звуковые результаты, полученные при близких к условиям initu. Кроме того, в условиях с низким числом бактериораилистов или зоопланктона (например, морских морских систем) показатели исчезновений FLB, добавленных в образцы в небольших количествах (2%-3% трассировки), могут быть обнаружены с помощью цитометрии потока в долгосрочной перспективе (12-24 ч) инкубационные эксперименты. Затем, номера FLB в начале и конечных точках (интеграция воздействия всех бактериофоров) количественно поток цитометрии (для деталей, см. предыдущую публикацию9). Однако такой параметр представляет собой только общий агрегированный уровень бактериори, который не может быть непосредственно отнесен к какой-либо конкретной протистанской и зоопланктонных групп или видов.

В целом, количественная оценка протистана видов или морфотипа конкретных бактериальных показателей смертности в водной среде точно и с экологическим значением может быть сложной задачей. Некоторые протеисты селективных grazers, и размер и форма клетки добавил FLB трассировщик может исказить естественные темпы усвоения добычи10,11. Кроме того, протистановская активность и обмен веществ являются высокочувствительными к температуре12; поэтому количество добавленного трассировщика FLB необходимо тщательно манипулировать для каждого отдельного типа выборки (не только на основе естественного изобилия, размера и морфологии бактерий и преобладающих типов бактериора, но и на температуре). Большинство исследований сосредоточено на массовой пастбищной деятельности протистана; однако, бактериам охарактериции конкретных видов протистана часто имеет гораздо более высокое информационное значение и может быть предпочтительнее. В этом случае необходимы таксономические знания протеистических видов, присутствующих в образце, и понимание их поведения. Таким образом, значительное количество времени и труда требуется для получения хороших результатов по конкретным видам ставки бактериори, связанные с конкретной группы протистана или видов.

Несмотря на эти трудности, этот подход остается наиболее подходящим инструментом, доступным в настоящее время для оценки протистана бактерии в естественных условиях. Представлено здесь всеобъемлющий, простой в последующей метод для использования FLB в качестве трассировщика в водных микробных исследований экологии. Учитываются все упомянутые проблемные аспекты подхода и описан улучшенный рабочий процесс, в качестве примеров можно привести два эксперимента из контрастных сред, а также контрастные виды цилиат.

Первое тематическое исследование было проведено в эпилимонтической среде из мезотрофического зоохранилища Чёмов в Чешской Республике, которое показывает, что пасерс и бактериальное изобилие сравнимо с большинством поверхностных пресноводных тел (ср.5,7). Второй тематический исследование было проведено в узкоспецифической среде внутри ловушек водного плотоядного растения Utricularia reflexa, в котором содержится чрезвычайно большое количество обоих выпаса миксотрофических цилиатов (Tetrahymena utriculariae) и бактериальных клеток. Показаны расчеты клеточных коэффициентов выпаса и бактериальных постоянных запасов в обоих типах образцов. Затем обсуждается ряд экологических толкований результатов, и, наконец, предлагаются примеры возможных последующих исследований.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

1. Коллекция образцов

  1. Сбор образца воды резервуара: первое исследование случая (Exp I; более низкая естественная в situ система хищника и изобилия добычи)
    1. Собирайте пробы воды из нужного места на подходящую глубину. Храните образцы в контролируемом температурой охладителе, заполненном при температуре на месте (избегая температурного шока; следует отметить, что показатели поглощения протистов зависят от температуры) во время транспортировки в лабораторию.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Наша проба была проведена в мезо-эвтрофическом каньоне-образном Зимовском водохранилище (южная Чехия, объем 34,5 х 106 м3, максимальная глубина 43 м, среднее время удержания 100 дней, димиктический). Место отбора проб было расположено на глубине 30 м, недалеко от плотины. Смешанный образец на глубине 0,5 м был собран 2-л сэмплером Friedinger.
    2. Продолжить раздел 1.2 как можно скорее.
  2. Сбор жидкости из ловушек плотоядных растений Utricularia reflexa: второе тематическое исследование (Exp II; система с высоким изобилием хищника и добычи, крайне небольшой объем образца)
    1. Аккуратно встряхните растения под водой, удалите из контейнера для выращивания и поместите их на абсорбционный материал, чтобы поглотить избыток воды. В зависимости от надежности растений и размера ловушек, выбирайте 8-10 растений.
    2. Разделите каждый побег на примерно равные части, считая лист узлов подшипника захвата органов. Каждый сегмент съемки будет служить для сбора смешанных образцов, представляющих молодых, среднего возраста, и старые ловушки.
    3. Прикрепите тонкий стеклянный капилляр и флакон Eppendorf для сбора образцов к перистальтике насоса. Приступить к вставить капиллярный наконечник в отверстие ловушки. Используя вакуумный насос, высосать всю жидкость из каждой ловушки до 900 и 100 л ловушки жидкости собирается для каждой возрастной категории ловушки.
    4. Используйте тройные подобразцы из 200 л объединенной жидкости ловушки для экспериментов по выпасу протистана. Обработайте их немедленно, как подробно описано в разделе 3. Сохранить оставшиеся 300 евро образца для всех других анализов микробных компонентов, живущих в жидкости, как описано ниже (раздел 2).
    5. Немедленно приступай к разделу 2.

2. Фиксация собранных образцов

  1. Exp I и II: исправить воды / ловушки жидкости подобразцов для бактериального перечисления (раздел 4; примерно 20 мл и 0,3 мл, соответственно) с формальдегидом, по крайней мере 1 ч, чтобы получить 2% окончательный объем: объем концентрации в каждом образце.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Ручка формальдегида исключительно в дым капот, и носить перчатки во все времена при манипулировании образцами.

3. Фильтрация образцов

  1. Пробное разбавление (Exp I): для проб воды резервуара не требуется разбавления. (Exp II): разбавить образец жидкости ловушки 10x-100x с частицами свободной воды МЗ для достижения подходящего распределения целевых микробов на поверхностях фильтра до подсчета с помощью эпифлюоресценции микроскопии.
  2. Фильтр 1-2 мл (Exp I) воды резервуара или 10-30 л (Exp II) подобразца люка для бактериального подсчета на черные 0,2 мкм пор-размера фильтров, используя фильтрационную воронку (25 мм в диаметре).
  3. Пятно фильтры с DAPI (4',6-диамидино-2'-фенилдольндол дигидрохлорид, 0,2% конечной концентрации) в течение 4 мин.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Избегайте загрязнения кожи и рабочей поверхности, и носить перчатки.
  4. Поместите фильтр с концентрированными микробами на каплю масла погружения (для флуоресцентной микроскопии) на слайде микроскопа. Поместите еще одну падение масла на центр фильтра и накройте крышкой, убедившись, что масло распределяется равномерно.
  5. На этом этапе предпочтительно обрабатывать образцы немедленно, или же, хранить их в морозильной камере (-20 градусов по Цельсию) в течение нескольких недель до нескольких месяцев до дальнейшего анализа.

4. Перечисление бактериальных чисел на фильтрах

  1. Поместите слайд под эпифлюоресцентный микроскоп (с набором фильтра, соответствующим флюорохрому DAPI). Поместите сетку подсчета 10 x 10 в один из глаз. Переместите слайд в случайное положение.
  2. Количественная бактериальная клетка (синяя флуоресценция) в области счетной сетки (под увеличением 1000x). В графы включают ячейки, пересекающие левый и верхний края сетки подсчета, исключая те, которые расположены по правому и нижнему краям.
  3. Перейдите в другое случайное положение и повторите перечисление по крайней мере 10-15 подсчитывающих сеток, насчитывающих в общей сложности 500 ячеек.
  4. Установить коэффициент конверсии для данного микроскопа и увеличения, основываясь на знании соотношения площади одной сетки к общей эффективной области фильтрации фильтра. Затем разделите общее количество клеток, подсчитанных по количеству подсчитанных сеток, что дает среднее количество бактерий на сетку.
  5. Умножьте последний параметр на установленный коэффициент преобразования и нормализуйте полученное число на мл образца (в зависимости от объема фильтрованного образца) для получения общего бактериального изобилия на мл.

5. Определение протистана изобилия

  1. Исправить образец воды (Exp I) или ловушки жидкости (Exp II) подобразцы либо с глутаральдегидом (1% конечной концентрации, более подходит для образцов с наличием хлорофилла, содержащих частицы, которые будут обработаны дней до нескольких недель после фиксации) или с использованием техника деколонации формол-тиосульфата, указанная ниже.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Оба метода сохранения предотвратить поглощение проглатываетматериал из пищевых vacuoles протеистов8.
  2. Что касается техники деколования формол-тиосульфата, добавьте 100 л/1 л раствора Лугола в 20 мл/200 л подобразца жидкости для воды/ловушки (Exp I/Exp II, соответственно).
  3. Следуйте немедленно с добавлением 0,5 мл/50 л борате-буферизированного формалина, то 20 Л/2 Л 3% тиосульфата натрия (Exp I/Exp II, соответственно).
    ПРИМЕЧАНИЕ: тиосульфат натрия деколоризирует желтый цвет Лугола, чтобы можно было наблюдать за клетками под эпифлюоресцентным микроскопом8.
  4. Фильтр известный объем выборки (в зависимости от числа целевых протеистов) на 1 мкм пор размера черных поликарбонатных фильтров.
  5. Оцените количество видов протеист, подсчитывая не менее 200 клеток под увеличением 600x с помощью сетки подсчета (см. выше).
  6. Уменьшите объем образца под вакуумом в фильтрационной воронке при низком вакууме примерно до 2 мл. Затем отпустите под давлением и добавьте dAPI фторхром (4',6-диамидино-2-фенилдольнол дигидрохлорид13, 0,2% конечная концентрация) в течение 2 мин.

6. Определение общинной структуры цилиатов в образцах планктона

ПРИМЕЧАНИЕ: Ciliate общин в пресноводных средах обитания очень разнообразны14,15,16,18, и их микроскопическое определение является сложной задачей. Сортировка групп цилиата в функциональные гильдии10,14,16,17 позволяет более детальный анализ различных групп цилиатов как пелагические бактериора.

  1. Оцените структуру сообщества цилиата, объединив следующее:
    1. DAPI-окрашенные образцы в эпифлуоресцентной микроскопии (для локализации цилиатовых клеток с яркой флуоресценцией макро- и микро-ядер различных размеров и морфологии) в сочетании с поглощением флуоресцентно маркированных бактерий (FLB8; для деталей, см. ниже), отслеживание способности цилиатов питаться бактериями.
    2. Наблюдение выборки в выбранных случаях17,19. Для получения более подробной информации о вышеуказанных подходов и критериях, используемых для группировки цилиатов в различные таксономическиекатегории,см.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Цитируемые исследования показали, что среди цилиатов, всеядные виды из Stichotrichia (род Халтерия и Пелагохалтерия) и Oligotrichia (а именно Rimostrombidium spp.) являются наиболее важными пелагическими потребителями бактериопланктона в подавляющем большинстве пресноводных мест обитания10,17,18.

7. Оценка показателей выпаса цилиатов

  1. Рассчитайте скорость поглощения цилиатов на бактериях на основе изменений в среднем количестве трассировщика (т.е. FLB8 на цилиат, связанный со временем инкубации (5-15 мин)» и tracer количество FLB добавил, что составляет не более 5%-15% от общего числа бактерий.
  2. Чтобы сравнить показатели поглощения между различными видами протистана, нормализовать показатели поглощения, как количество бактерий на цилиат в час, с расчетами, основанными на фактическом времени инкубации и пропорции трассировщик FLB добавил.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Общая схема применения метода FLB для оценки как клеток или видов конкретных и объемных бактериовидов в естественных образцах, изображена на рисунке 1.
  3. Подготовка FLB из бактериальных штаммов коренных к пресноводным средам8
    1. Выберите подходящий размер (средний объем клеток - MCV) и морфологию бактерий, чтобы они эффективно имитировали типичные размеры бактериопланктона/бактериальных клеток в исследуемой водной системе.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Для Exp I, смесь изолированных штаммов из исследования место положения рода Лимнохабиваны и Polynucleobacter был использован (т.е., типичный, очень обильные бактериопланктона в озерах и прудах)20. Подробнее о морфологии и размерах штаммов смотрите предыдущие публикации3,17,18,21.
    2. Урожай бактериальных клеток из культуры центрифугации (5000 х г)в течение 15 минут на ранней стационарной фазе и смешивать их в численном соотношении, которое дает MCV SD клеток в смеси, соответствующей типичным MCV бактерий в выбранном месте.
    3. Приостановить гранулы в 10 мл фосфат-буферного сосудистого раствора (PBS; рН No 9).
    4. Добавьте 2 мг желто-зеленого флуоресцентирующего красителя 5-(4,6-дихлоротриазина-2-ил) аминофлуорезеина (DTAF, связывается с белками) к клеточной подвеске в фосфатно-салиновой буфере и инкубировать в водяной ванне 60 градусов по Цельсию в течение 2 ч.
    5. После инкубации, центрифуга клетки вниз, decant раствор DTAF, и мыть и центрифуги 3x с PBS.
    6. После окончательной стирки повторно прикрепляем клеткив 20 мл буфера PP i-saline.
    7. Vortex подвески FLB и пипетка 1,5 мл aliquots в 2 мл крио-флаконы, а затем держать замороженные (при -20 градусов по Цельсию) в PP i-saline буфера до использования.
    8. Предварительный фильтрPP i-saline буфер через 0,2 мкм поликарбонатный фильтр для использования в следующем шаге.
    9. Чтобы определить концентрацию FLB, перенесите небольшой аликот (обычно 20-40 л) на 2 мл безвемного PP i-saline буфера, sonicate на 30 Вт в течение нескольких 2 s очередей, и фильтр на 0,2 мкм поликарбонатный черный фильтр для перечисления через эпифлюресценцию микроскопия (1000X увеличение) под оптическими настройками фильтра для DTAF (448 нм/520-540 нм).
  4. Техника Tracer для оценки килиатной бактерии
    1. Для выпаса экспериментов в естественных планктонных средах обитания, обойтись 300 мл образцов в хорошо промытые 1 л колбы и инкубировать при температуре на месте в течение 15 минут (чтобы протеисты, чтобы оправиться от обработки шок).
    2. Добавьте трассизаторы FLB на 5%-15% от общего количества бактерий, при этом суммы добавляются в зависимости от сезона и температуры воды.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Существует очень широкий, сезон-зависимый спектр в цилиат видов конкретных темпов поглощения, охватывающих несколько порядков величины (т.е., от 101-104 бактерий цилиат-1 в час)10,16, 17,18,22,23,24.
    3. В периоды повышенного возникновения цилиатов с высокими показателями поглощения (обычно в течение лета), также запустить параллельную инкубацию с очень низкими flB дополнения, составляющие только 2%-4% от общего числа бактерий, чтобы избежать чрезмерной загрузки цилиат vacuoles трассировки FLB (см. примеры на рисунке 2).
    4. Инкубировать образцы цилиата/планктона с FLB в течение 5-15 мин.
    5. Есть две возможности для фиксации образца для предотвращения поглощения проглатывает материал из пищевых вакуол протеистов8. Упраздните инкубации путем добавления 1% глютаральдегида (окончательная концентрация, которая больше подходит для образцов с хлорофилл-содержащими частицами, такими как водоросли). Кроме того, используйте 100 л/10 л раствора Лугола в 20 мл/200 л воды/ловушки жидкости субобразца, а затем сразу же добавление 0,5 мл/10 Л борат-буферизированного формалина, то 200 л/2 л 3% тиосульфата натрия (Exp I/Exp II, соответственно).
  5. После добавления фиксатора, пусть образцы отдыха, по крайней мере 1 ч в темноте при 4 градусах по Цельсию, чтобы обеспечить тщательное сохранение клеток цилиата.
  6. Возьмите натуральные субобразцы планктона от 4-30 мл/10-30 л (Exp I/Exp II, соответственно; объем зависит от изобилия цилиата) и пятно с DAPI (окончательная концентрация 0,2% wt/vol; для деталей, см. шаг 3.2 выше).
  7. Пройдите через 1 мкм черные фильтры и проверить с помощью эпифлюоресценции микроскопии для подсчета цилиатов (600x увеличение) и перечислить количество FLB трассеров попадает (в основном на 1000x увеличение), как подробно описано в предыдущих публикациях2,17 . Осмотрите образцы в течение 7 дней после консервации.
  8. Для оценки общего пастбища, специфичных для видов видов, умножьте средние показатели поглощения всех цилиатов или только видов цилиатов, обнаруженных в изобилии на месте.
  9. Пример расчета коэффициентов поглощения на ячейку из данных на месте из Зымовского водохранилища описывается следующим образом:
    1. Предположим, что концентрация бактерий составляет 3,55 х 106 бактерий/ мл и трассировщик FLB добавил 0,25 х 106 FLB/mL, который дает сумму 3,8 х 106 бактерий / мл от общего числа бактериальных частиц (естественные бактерии - FLB - 100% частиц добычи) доступны для фаготрофических протеистов в естественном образце.
      ПРИМЕЧАНИЕ: FLB трассировки добавил таким образом представляют 6.58% (проект 0.25/0.038) от общего бактериальных частиц. Среднее число FLB в Halteria sp. составляет 6,2 FLB в 5 мин инкубаций.
    2. Для нормализации поглощения в час используйте следующие расчеты: (6,2 х 12)/(6,58/100) - 1131 бактерия на клетку Халтерия/ч.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Для более примеров распределения индивидуальных показателей поглощения Halteria sp. обнаружены при переменных температурах воды, количествах (в процентах) трассировщика FLB добавлено, и различные времена инкубации с FLB, см. Рисунок 3.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

Пример эксперимента я был запущен в Зимовском водохранилище (южная Чехия, СЗ), который является природным местом с более низким природным на месте хищника и добычи изобилия. Представленные представительные данные сообщается для всеядных цилиат видов Halteria grandinella, который является обильным и эффективным grazer из пикопланктона (Яlt;2 мкм) частиц10,16,17,18

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

Расшифровка трофического взаимодействия в водных системах всегда бросает вызов28,особенно в нано-планктонных масштабах с участием протеистов и их добычи, бактерий. Когда дело доходит до усвоения питательных веществ пути и количественной оценки, применение методов, успешно используемых на более высоких трофических уровнях менее возможно, из-за высокой сложности биотических взаимодействий. К ним относятся, например, стабильные подходы к маркировке изотопов. Этот протокол показывает преимущества испо...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

Авторам нечего раскрывать.

Благодарности

Это исследование было поддержано Чешским научным фондом в рамках научно-исследовательского гранта 13-00243S и 19-16554S, присуждаемого К. З. и Д.С., соответственно. Эта статья была также поддержана проектом "Биоманипуляция как инструмент для улучшения качества воды в водохранилищах плотин" (No C.02.1.01/0.0/0.0/16-025/0007417), финансируемый Европейским фондом регионального развития, в оперативных программах исследований, разработок и образования.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
0,2-&микро; M поровые фильтры Расходные материалы SPI, https://www.2spi.com/B0225-MBчерные, поликарбонатные трековые травильные мембранные фильтры, подходящий диаметр для фильтрующих аппаратов используется
5-(4,6-дихлортриазин-2-ил) аминофлуоресцеин (DTAF)Любые марки
Автоматические пипетки с регулируемым объемом Любая марка, различные размеры
Центрифуга22 000 х г
КриовиалыЛюбая марка, 2 мл размер
DAPI (4&aute;,6-Diamidino-2´-phenylindol dihydrochloride)Любая марка 1 мг мл-1
Эпифлоресцентный микроскопУвеличение от 400 x до 1000 x
Фильтры, подходящие для просмотра в диапазоне
Счетная сетка в одном из окуляров
Фильтрующий аппаратОбычно диаметром 25 мм 
ФормальдегидМарка для микроскопии
ГлутаральдегидМарка для микроскопии
Иммерсионное масло для микроскопииСпецифическое масло с низкой флуоресценцией
Lugol´ Сделайтещелочной раствор Люголя следующим образом: Раствор 1 - растворите 10 г йодида калия в 20 мл в MQ воды, затем добавьте 5 г йода. Раствор 2 - добавить 5 г ацетата натрия  до 50 мл MQ воды. Добавьте раствор 2 в раствор 1 и тщательно перемешайте
стабилизированный метанолом формалинЛюбая марка, доступная для микроскопических целей
Предметные стекла и покровные стеклаЛюбая марка, произведенная для микроскопических целей 
MQ вода для разбавления проблюбой марки<бр/>
Фосфатно-солевой буфер (PBS; pH = 9)Любая марка0,05 M Na2HPO4-раствор NaCl, скорректированный до pH 9
PPi-salt bufferЛюбая марка0,02 M Na4P2O7-раствор NaCl. Добавьте 0,53 г Na4P2O7 в 100 мл воды MQ плюс 0,85 г NaCl 
Устройство для отбора проб Подходит для получения репрезентативной выборки Например, Фридингер Пробоотборник для озерного планктона
Раствор тиосульфата натрияЛюбая марка3% раствор используется в протоколе
СоникаторЛюбая марка30 Вт
ВихрьЛюбая марка, позволяющая  тщательное перемешивание растворенных веществ и проб
Водяная баняЛюбая марка, позволяющая поддерживать температуру на уровне 60°°; С
DAPI и DTAF

Ссылки

  1. Azam, F., et al. The ecological role of water-column microbes in the sea. Marine Ecology Progress Series. 10, 257-263 (1983).
  2. Šimek, K., et al. A finely tuned symphony of factors modulates the microbial food web of a freshwater reservoir in spring. Limnology & Oceanography. 59, 1477-1492 (2014).
  3. Šimek, K., et al. Bacterial prey food characteristics modulate community growth response of freshwater bacterivorous flagellates. Limnology & Oceanography. 63, 484-502 (2018).
  4. Šimek, K., et al. Changes in bacterial community composition, dynamics and viral mortality rates associated with enhanced flagellate grazing in a meso-eutrophic reservoir. Applied & Environmental Microbiology. 67, 2723-2733 (2001).
  5. Jürgens, K., Matz, C. Predation as a shaping force for the phenotypic and genotypic composition of planktonic bacteria. Antonie Van Leeuwenhoek. 81, 413-434 (2002).
  6. Pernthaler, J. Predation on prokaryotes in the water column and its ecological implications. Nature Reviews Microbiology. 3, 537-546 (2005).
  7. Berninger, U. B., Finlay, J., Kuuppo-Leinikki, P. Protozoan control of bacterial abundances in freshwaters. Limnology and Oceanography. 36, 139-147 (1991).
  8. Sherr, E. B., Sherr, B. F. Protistan grazing rates via uptake of fluorescently labeled prey. Handbook of Methods in Aquatic Microbial Ecology. Kemp, P. F., Sherr, B. F., Sherr, E. B., Cole, J. J. , Lewis Publishers. Boca Raton, Florida. 695-701 (1993).
  9. Vazquez-Dominguez, E., Peters, F., Gasol, J. M., Vaqué, D. Measuring the grazing losses of picoplankton: methodological improvements in the use of fluorescently tracers combined with flow cytometry. Aquatic Microbial Ecology. 20, 119-128 (1999).
  10. Šimek, K., et al. Ecological role and bacterial grazing of Halteria spp.: Small oligotrichs as dominant pelagic ciliate bacterivores. Aquatic Microbial Ecology. 22, 43-56 (2000).
  11. Montagnes, D. J. S., et al. Selective feeding behaviour of key free-living protists: avenues for continued study. Aquatic Microbial Ecology. 53, 83-98 (2008).
  12. Kirchman, D. L. Processes in Microbial Ecology. 2nd Edition. , Oxford University Press. Oxford, UK. (2018).
  13. Porter, K. G., Feig, Y. S. The use of DAPI for identifying and counting aquatic microflora. Limnology and Oceanography. 25, 943-948 (1980).
  14. Foissner, W., Berger, H. A user-friendly guide to the ciliates (Protozoa, Ciliophora) commonly used by hydrobiologists as bioindicators in rivers, lakes, and waste waters, with notes on their ecology. Freshwater Biology. 35, 375-482 (1996).
  15. Foissner, W., Berger, H., Schaumburg, J. Identification and ecology of limnetic plankton ciliates. Informationsberichte des Bayer Landesamtes für Wasserwirtschaft Heft. , 3-99 (1999).
  16. Šimek, K., et al. Ciliate grazing on picoplankton in a eutrophic reservoir during the summer phytoplankton maximum: a study at the species and community level. Limnology & Oceanography. 40, 1077-1090 (1995).
  17. Skibbe, O. An improved quantitative protargol stain for ciliates and other planktonic protists. Archiv für. Hydrobiolgie. 130, 339-347 (1994).
  18. Macek, M., et al. Growth rates of dominant planktonic ciliates in two freshwater bodies of different trophic degree. Journal of Plankton Research. 18, 463-481 (1996).
  19. Šimek, K., et al. Microbial food webs in hypertrophic fishponds: omnivorous ciliate taxa are major protistan bacterivores. Limnology & Oceanography. , in press (2019).
  20. Jezbera, J., et al. Major freshwater bacterioplankton groups: Contrasting trends in distribution of Limnohabitans and Polynucleobacter lineages along a pH gradient of 72 habitats. FEMS Microbiology Ecology. 81, 467-479 (2012).
  21. Kasalický, V., et al. The diversity of the Limnohabitans genus, an important group of freshwater bacterioplankton, by characterization of 35 isolated strains. PLoS One. 8, 58209(2013).
  22. Stabell, T. Ciliate bacterivory in epilimnetic waters. Aquatic Microbial Ecology. 10, 265-272 (1996).
  23. Zingel, P., et al. Ciliates are the dominant grazers on pico- and nanoplankton in a shallow, naturally highly eutrophic lake. Microbial Ecology. 53, 134-142 (2007).
  24. Bickel, S. L., Tang, K. W., Grossart, H. P. Ciliate epibionts associated with crustacean zooplankton in german lakes: distribution, motility, and bacterivory. Frontiers in Microbiology. 3 (243), (2012).
  25. Sirová, D., et al. Hunters or gardeners? Linking community structure and function of trap-associated microbes to the nutrient acquisition strategy of a carnivorous plant. Microbiome. 6, 225(2018).
  26. Šimek, K., et al. Ecological traits of a zoochlorellae-bearing Tetrahymena sp. (Ciliophora) living in traps of the carnivorous aquatic plant Utricularia reflexa. Journal of Eukaryotic Microbiology. 64, 336-348 (2017).
  27. Pitsch, G., et al. The green Tetrahymena utriculariae n. sp. (Ciliophora, Oligohymenophorea) with its endosymbiotic algae (Micractinium sp.), living in the feeding traps of a carnivorous aquatic plant. Journal of Eukaryotic Microbiology. 64, 322-335 (2017).
  28. Nielsen, J. M., Clare, E. L., Hayden, B., Brett, M. T., Kratina, P. Diet tracing in ecology: Method comparison and selection. Methods in Ecology and Evaluation. 9, 278-291 (2018).
  29. Beisner, B. E., Grossart, H. P., Gasol, J. M. A guide to methods for estimating phago-mixotrophy in nanophytoplankton. Journal of Plankton Research. , 1-13 (2019).
  30. Dolan, J. D., Šimek, K. Processing of ingested matter in Strombidium sulcatum, a marine ciliate (Oligotrichida). Limnology and Oceanography. 42, 393-397 (1997).
  31. Massana, R., et al. Grazing rates and functional diversity of uncultured heterotrophic flagellates. The ISME Journal. 3, 588-596 (2009).
  32. Grujčić, V., et al. Cryptophyta as major freshwater bacterivores in experiments with manipulated bacterial prey. The ISME Journal. 12, 1668-1681 (2018).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Теги

Флуоресцентные бактериибактериальный трекервыедание протистамиэпифлуоресцентная микроскопияанализ на уровне отдельных клетокперенос органического углеродамикробные пищевые сетитрофические взаимодействия
Флуоресцентно маркированные бактерии в качестве трассировщика для выявления новых путей органического углеродного потока в водных экосистемах
Связаться с нами
Порекомендовать библиотеке

Конфиденциальность

Условия использования

Политики

© 2026 MyJoVE Corporation. Все права защищены.