Описан описано здесь протокол для характеристики модулей биологически синергетических miRNAs и их сборки в короткие трансгены, что позволяет одновременно переэкспрессии для применения генной терапии.
Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.
Методическая статья
Описан описано здесь протокол для характеристики модулей биологически синергетических miRNAs и их сборки в короткие трансгены, что позволяет одновременно переэкспрессии для применения генной терапии.
Биологическое значение микроРНК (миРНК) в здоровье и болезни в значительной степени зависит от конкретных комбинаций многих одновременно дерегулированных миРНК, а не на действие одной миРНК. Характеристика этих конкретных модулей miRNAs является фундаментальным шагом в максимизации их использования в терапии. Это чрезвычайно актуально, потому что их комбинаторные атрибуты могут быть практически использованы. Описано здесь метод определения конкретной подписи miRNA, относящейся к контролю онкогенных хроматиновых репрессоров при глиобластоме. Подход сначала определяет общую группу miRNAs, которые дерегулированы в опухолях по сравнению с нормальной ткани. Анализ дополнительно уточняется дифференциальными условиями культуры, подчеркивая подгруппу миРНК, которые одновременно выражаются в конкретных клеточных состояниях. Наконец, miRNAs, которые удовлетворяют эти фильтры объединяются в искусственные полицистронные трансгены, которая основана на эшафот естественно существующих генов miRNA кластеров, а затем используется для переэкспрессии этих модулей miRNA в принимающих клеток.
miRNAs предлагают непревзойденную возможность для развития широкого подхода генной терапии ко многим заболеваниям1,2,3,включая рак4,5. Это основано на нескольких уникальных особенностей этих биологических молекул, в том числе их небольшой размер6,простой биогенез7, и естественная тенденция к функции в ассоциации8. Многие заболевания характеризуются специфическими шаблонами выражения миРНК, которые часто сходятся на регуляции сложных биологических функций9. Цель этого метода заключается в том, чтобы сначала определить стратегию для выявления групп miRNAs, которые синергетически актуальны для конкретных клеточных функций. Следовательно, в нем обеспечивается стратегия восстановления таких комбинаций miRNA в исследованиях и приложениях ниже по течению.
Этот метод позволяет осуществлять функциональный анализ нескольких миРНК одновременно, используя их одновременное таргетирование большого количества мРНК, тем самым подизнося сложные ландшафты болезней. Этот подход был недавно использован для определения группы из трех miRNAs, что 1) одновременно downregulated в рак мозга и 2) показать сильную модель совместного выражения во время нервной дифференциации, а также в ответ на генотоксический стресс от радиации или Агент алкилирования ДНК. Комбинаторный повторное выражение этого модуля из трех miRNAs метод кластеризации описано ниже приводит к глубокому вмешательству в биологии раковых клеток и может быть легко использован в качестве стратегии генной терапии для доклинических исследований10. Этот протокол может представлять особый интерес для тех, кто участвует в исследованиях miRNA и его трансляционных приложениях.
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
1. Характеристика функционально связанных miRNAs в Глиобластоме
2. Сборка модулей miRNA в полицистронный трансгенный кластер
3. Получение Трансгенов путем синтеза ДНК
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Этот метод позволил характеристику модуля из трех miRNAs, которые последовательно downregulated в опухолях головного мозга, которые совместно выражены специально во время дифференциации нейронов (Рисунок 1) и участвует в реакции выживания опухоли после терапии(рисунок 2). Это достигается путем регулирования сложного онкогенного хроматина репрессивного пути. Эта модель совместного выражения предложила сильную синергетической актив...
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Этот протокол основан на том, что вместо того, чтобы функционировать в изоляции, miRNAs биологически актуальны, работая в группах, и эти группы транскрипционно определяются конкретными клеточными контекстами26. Для обоснования такого подхода с точки зрения перевода вводится протокол наблюдения, позволяющий воссоздать эту многомиРНК-модель в клетках/тканях. Это возможно, воспользовавшись относительно простым биогенезом miRNAs, при котором распознавание характерной шпильки miRNA микропроцессором нео...
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Авторы не сообщают о конфликте интересов.
Авторы хотели бы поблагодарить членов Лаборатории нейроонкологии Харви Кушинга за поддержку и конструктивную критику. Эта работа была поддержана NINDS гранты K12NS80223 и K08NS101091.
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
| Имя | Компания | Каталожный номер | Комментарии |
|---|---|---|---|
| 0,4% низкая температура плавления агарозы | IBI Scientific | IB70058 | |
| 0,45 & микро; M стерильный фильтрующий блок | Merck Millipore | SLH033RS | |
| 1,5 мл Микроцентрифужная пробирка | Eppendorf | 22431081 | |
| 6-луночные планшеты | Greiner Bio-One | 657160 | |
| Атимические мыши (FoxN1 nu/nu) | Envigo | 069(nu)/070(nu/+) | |
| B-27 Supplement | Thermo Fisher Scientific | 12587010 | |
| Колба для клеточных культур | Greiner Bio-One | 660175 | |
| Скребок для клеток, 16 см | Облучатель Sarstedt | 83.1832 | |
| Цезий 137 | JL Sheperd and Associates | Core Facility (Гарвардская медицинская школа) | |
| Хлороформ | Sigma-Aldrich | 439142-4L | |
| DMEM, высокий уровень глюкозы, пируват | Thermo Fisher Scientific | 11995040 | |
| Dulbecco' s фосфатно-солевой буфер | Gibco | 14190144 | |
| раствор Eosin Y | Sigma-Aldrich | E4009 | |
| Фетальная бычья сыворотка | Sigma-Aldrich | F9665 | |
| Раствор формалина | Sigma-Aldrich | HT501128 | |
| добавка GlutaMAX | Thermo Fisher Scientific | 35050061 | |
| HEK-293 | American Type Culture Collecti | ATCC CRL-1573 | |
| Раствор гематоксилина | Sigma-Aldrich | 1051750500 | |
| первичных стволовых клеток глиомы человека (GBM62) | Предоставлено доктором Э. А. Чиокка (Brigham and Women' s Hospital, Бостон, Массачусетс) | ||
| Первичные стволовые клетки глиомы человека (MGG4) | Предоставлено доктором Хироаки Вакимото (Массачусетская больница общего профиля, Бостон, Массачусетс) | ||
| Лентивирусный вектор pCDH-CMV-MCS-EF1-copGFP | System Biosciences | CD511B-1 | |
| Lipofectamine 2000 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 | |
| Микроцентрифуга охлаждаемая | Eppendorf | модель No 5424 R, каталожный No 5404000138 | |
| Монтажная среда | Thermo Fisher Scientific | 4112APG | |
| Высокоскоростные поликарбонатные трубки для центрифуги с круглым дном | Thermo Fisher Scientific | 3117-0380PK | |
| NanoDrop | Thermo Fisher Scientific | 2000c | |
| Нейронные клетки-предшественники (NPC) | Предоставлено доктором Якубом Годлевски (Brigham and Women' Больница, Бостон, Массачусетс) | ||
| Нейробазальная среда | Thermo Fisher Scientific | 21103049 | |
| Nikon eclipse Ti моторизованная система флуоресцентного микроскопа | Nikon, Япония | 14314 | |
| Opti-MEM | Thermo Fisher Scientific | 31985088 | |
| ПЦР пробирки | Sigma-Aldrich | CLS6571-960EA | |
| Пенициллин-стрептомицин | Thermo Fisher Scientific | 15140122 | |
| чашки Петри 94/16 | Greiner Bio-One | 632180 | |
| Поли-D-лизин | Sigma- Aldrich | P4707 | |
| Рекомбинантный человеческий EGF | ПепроТех | AF-100-15 | |
| Рекомбинантный человеческий FGF-basic | ПепроТех | AF-100-18B | |
| Ретиноевая кислота | Gibco | 12587-010 | |
| Набор для миниподготовки РНК | Direct-zol | R2050 | |
| S1000 Термоамплификатор | Bio-Rad | 1852196 | |
| микрооблучатель для мелких животных с визуальным контролем | Xstrahal Life Sciences, Великобритания | Основное предприятие (Институт рака Дана-Фарбер, Бостон, Массачусетс) | |
| Ультрацентрифуга Sorvall WX+ | Thermo Fisher Scientific | ||
| StemPro Accutase | Thermo Fisher Scientific | A1110501 | |
| система ПЦР в реальном времени StepOne | Applied Biosystems | ||
| Шкаф биобезопасности SterilGARD | The Baker Company | SG403A-HE | |
| Sucrose | Sigma-Aldrich | S9378 | |
| T98-G | American Type Culture Collecti | ATCC CRL-1690 | |
| TaqMan MicroRNA Reverse Transcription Kit | Thermo Fisher Scientific | 4366596 | |
| TaqMan Универсальная мастер-смесь для ПЦР | Thermo Fisher Scientific | 4324018 | |
| Темозоломид | Tocris Bioscience | 2706 | |
| Tissue-Tek оптимальная температура резки | Научный | NC9636948 | |
| Fisher TRIzol Reagent | Реактив Thermo Fisher Scientific | 15596026 | Lysis |
| U251-MG | American Type Culture Collecti | ATCC HTB-17 | |
| U87-MG | American Type Culture Collecti | ATCC HTB-14 | |
| ViraPower Lentivector Expression system | Thermo Fisher Scientific | K4970-00 | |
| Вода, ВЭЖХ марки | Fisher | W54 | |
| Ксилол | Сигма-Олдрич | 534056 |
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.