Чтобы понять функцию органа, часто полезно понять роль его составных популяций клеток. К сожалению, редкость отдельных популяций клеток часто затрудняет получение достаточного количества материала для молекулярных исследований. Например, вспомогательная железа мужской репродуктивной системы Дрозофилы содержит два различных типа секреторных клеток. Основные клетки составляют 96% секреторных клеток железы, в то время как вторичные клетки (SC) составляют оставшиеся 4% клеток (около 80 клеток на мужчину). Хотя оба типа клеток производят важные компоненты семенной жидкости, только несколько генов, как известно, специфичны для SCs. Редкость SCs, до сих пор, препятствует транскриптомического анализа исследования этого важного типа клеток. Здесь представлен метод, позволяющий очищать SCs для извлечения РНК и секвенирования. Протокол состоит в первом рассекать железы от мух, выражающих SC-специфический репортер GFP, а затем подвергая эти железы протеазы пищеварения и механической диссоциации для получения отдельных клеток. После этих шагов, индивидуальные, живые, GFP-отмеченные клетки сортируются с помощью флуоресцентного активированного сортировки клеток (FACS) для очистки РНК. Эта процедура дает SC-специфические РНК от 40 мужчин в состоянии вниз по течению RT-qPCR и / или РНК секвенирования в течение одного дня. Быстрота и простота процедуры позволяет в короткий период времени определить транскриптомы различных мух из разных генотипов или условий окружающей среды.