Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.

Методическая статья

В Situ Chemotaxis анализ для изучения микробного поведения в водных экосистемах

7.4K просмотров

⸱

DOI:

10.3791/61062

⸱

5 мая 2020 г.

 ,  ,  ,  , 
1Institute of Environmental Engineering, Department of Civil, Environmental and Geomatic Engineering, ETH Zürich, 2Climate Change Cluster, University of Technology Sydney, 3School of Oceanography, University of Washington

В этой статье

Краткое содержание

Здесь представлен протокол анализа химиотерапии на месте, недавно разработанного микрофлюидного устройства, позволяющего проводить исследования микробного поведения непосредственно в окружающей среде.

Аннотация

Микробное поведение, такое как подвижность и хемотаксис (способность клетки изменять свое движение в ответ на химический градиент), широко распространены в бактериальных и археологических областях. Хемотаксис может привести к значительным преимуществам приобретения ресурсов в неоднородных средах. Он также играет решающую роль в симбиотических взаимодействиях, болезнях и глобальных процессах, таких как биогеохимическое велоспорт. Тем не менее, современные методы ограничивают исследования хемотаксиса в лаборатории и не легко применимы в этой области. Здесь представлен пошаговая протокола для развертывания на месте химиотаксиса (ISCA), устройства, которое позволяет проводить надежные допросы микробных хемотаксисов непосредственно в естественной среде. ISCA представляет собой микрофлюидное устройство, состоящее из массива из 20 колодец, в котором могут быть загружены химические вещества, представляющие интерес. После развертывания в aqueous средах, химические вещества рассеиваются из скважин, создавая концентрационные градиенты, что микробы смысле и реагировать на плавание в скважины через хемотаксис. Содержимое хорошо может быть отобрано и использовано для (1) количественной силы хемотаксических реакций на конкретные соединения через цитометрию потока, (2) изолят и культуру отзывчивых микроорганизмов, и (3) характеризуют идентичность и геномный потенциал ответивших популяций с помощью молекулярных методов. ISCA является гибкой платформой, которая может быть развернута в любой системе с водной фазой, включая морскую, пресноводную и почву.

Введение

Разнообразные микроорганизмы используют подвижность и хемотаксис для использования неоднородных питательных сред, найти хозяев или избежать вредныхусловий 1,,2,,3. Такое микробное поведение, в свою очередь, может влиять натемпы химической трансформации 4 и способствовать симбиотическим партнерствам между наземными, пресноводнымии морскими экосистемами 2,,5.

Хемотаксис был широко изучен в лабораторных условиях в течение последних 60 лет6. Первый количественный метод для изучения хемотаксиса, капиллярный анализ, включает в себя капиллярную трубку, наполненную осязаемым хемоаттракантом, погруженным в суспензиюбактерий 6. Диффузия химического вещества из трубки создает химический градиент, и хемотаксических бактерий реагировать на этот градиент, мигрируя втрубку 7. С момента развития капиллярного анализа, по-прежнему широко используется сегодня, многие другие методы были разработаны для изучения хемотаксиса под все более контролируемых физических / химических условиях, с последними с использованиеммикрофлюиды 8,9,10.

Микрофлюиды, наряду с высокоскоростной видео микроскопией, позволяют отслеживать поведение одиночных клеток в ответ на тщательно контролируемые градиенты. Хотя эти методы значительно улучшили наше понимание хемотаксиса, они были ограничены лабораторным использованием и не легко переводятся на развертывание на местах в экологических системах. Вследствие этого не изучена способность естественных сообществ бактерий использовать хемотаксис в естественных экосистемах; таким образом, нынешнее понимание потенциальной экологической важности хемотаксиса пристрастно к искусственным лабораторным условиям и ограниченному числу лабораторно-культурных бактериальных изолятов. Недавно разработанный ISCA преодолевает эти ограничения11.

ISCA основывается на общем принципе анализа капилляров; однако, он использует современные методы микрофабрики для доставки высоко реплицируемой, легко развертываемой экспериментальной платформы для количественной оценки хемотаксиса по отношению к соединениям, представляющим интерес в природной среде. Он также позволяет идентифицировать и идентифицировать хемотаксических микроорганизмов путем прямой изоляции или молекулярных методов. В то время как первое рабочее устройство было самофабрикатом и построено из стекла и PDMS11,последняя инъекционная версия состоит из поликарбоната, используя высокостандартизированную процедуру изготовления (для интереса к последней версии устройства, с соответствующими авторами можно связаться).

ISCA размером с кредитную карту состоит из 20 скважин, распределенных в массиве скважин 5 х 4, каждая из которых связана с внешней водной средой небольшим портом (800 мкм в диаметре; Рисунок 1). Если химиотерапия загружается в скважины, диффузные в окружающую среду через порт, и хемотатические микробы реагируют, плавая через порт в колодец. Поскольку многие факторы могут повлиять на результаты эксперимента ISCA в естественной среде, этот пошаговой протокол поможет новым пользователям преодолеть потенциальные препятствия и облегчить эффективное развертывание.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

Мы рекомендуем выполнять раздел 1 до полевых экспериментов для оптимизации результатов.

1. Лабораторная оптимизация

ПРИМЕЧАНИЕ: Объемов, описанных в процедуре оптимизации, достаточно для одной ISCA (состоящей из 20 скважин).

  1. Подготовка химического вещества, представляющих интерес
    ПРИМЕЧАНИЕ: Оптимальная концентрация для каждого химиоаттраканта часто должна быть определена в лабораторных условиях до развертывания на местах. Химическое концентрационое поле будет уменьшаться в величине на расстоянии от источника (ISCA хорошо), что означает, что концентрация, переживаемая микроорганизмами в окружающей среде будет ниже, чем у присутствующих внутри устройства. Оптимальная концентрация для использования в ISCA хорошо зависит от скорости диффузии химиоаттраканта. Если концентрация в колодеце слишком низкая (близка к пределу обнаружения микробов), то положительного хемотаксиса не наблюдается. И наоборот, если концентрация в колодцах слишком высока, концентрация также будет высокой в непосредственной среде, и накопление микробов будет происходить над скважинами ISCA, а не внутри. Поэтому серия разбавления должна проводиться в лабораторных условиях для каждого соединения, с тем чтобы определить оптимальную концентрацию для развертывания на местах. В идеале, диапазон концентрации должен также быть протестирован в полевых условиях для подтверждения лабораторных результатов.
    1. Приготовьте 2,5 л подходящей среды, содержащей соответствующую концентрацию соли (например, фосфатно-буферный солевой раствор (PBS) или искусственную морскую воду). Фильтруйте среду с помощью фильтра 0,2 мкм с помощью перистального или вакуумного насоса и автоклава.
    2. Приготовьте 10 мМ раствор химиоаттраканта в 1 мл стерильной среды. Фильтровать раствор химиоаттраканта с помощью фильтра шприца 0,2 мкм для удаления частиц и потенциальных загрязняющих веществ.
      ПРИМЕЧАНИЕ: В идеале, никакие органические соединения, кроме химиоаттраканта, не должны присутствовать в окончательном растворе.
  2. Диапазон концентрации по сериям разбавления
    1. Разбавить фильтрованный раствор химиоаттраканта в серии, начиная (например) от 10 мМ до 100 МКМ.
      ПРИМЕЧАНИЕ: По крайней мере 0,7 мл конечного объема необходимо за концентрацию испытания.
  3. Загрузка ISCA
    1. Заполните шприц 1 мл с фильтрованным хемоаттрактаном и подключите его к шприцу 27 G. Удерживая ISCA с портом вверх, медленно впрыскивает вещество до тех пор, пока небольшая капля не появится на вершине порта.
      ПРИМЕЧАНИЕ: 1) Каждое разбавление или вещество должно быть введено с отдельным шприцем и иглой для предотвращения перекрестного загрязнения. 2) Эта небольшая капля имеет важное значение, поскольку она гарантирует, что ни один пузырь воздуха не оказался в ловушке в порту, что может ухудшить способность микробов мигрировать через порт. 3) Рекомендуется заполнить весь ряд на вещество или концентрацию (пять скважин), чтобы обеспечить достаточный минимальный объем для дальнейшего анализа. 4) Одна строка на ISCA должна выступать в качестве отрицательного контроля и должна быть заполнена фильтрованной средой, в которой микробы будут приостановлены. Эта обработка объясняет влияние случайной подвижности микробами в скважины ISCA и должна быть использована для нормализации лечения, содержащего хемоаттрактант.
  4. Развертывание в лаборатории
    1. Ночью инкубировать культуру 5 мл, обогащенную 1% морского бульона (для морских бактерий) или 1% лисогенного бульона (LB, для бактерий пресной воды).
      ПРИМЕЧАНИЕ: Для лабораторных развертываний могут использоваться более активные бактериальные изоляты или естественные бактериальные сообщества.
    2. Инкубировать культуру на 12 ч при комнатной температуре (RT) и 180 об/мин. После 12 ч убедитесь, что микробные сообщества пестры прямым наблюдением под микроскопом.
    3. Спин вниз культуры на 1500 х г в течение 10 мин и повторно 1/100 в 150 мл соответствующей среды (например, фильтрованной морской воды, фильтрованной пресной воды).
    4. Поместите два небольших кусочка двусторонний клейкой лентой на плоскую поверхность лотка емкостью 200 мл (крышки 1 мл наконечник коробки имеют идеальные размеры для этой цели и могут быть легко autoclaved). Поместите один ISCA сверху, гарантируя, что он надежно прикрепляется к ленте. Медленно заполните лоток развертывания бактериальным раствором с помощью серологического пипетки 50 мл.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Заполните лоток до тех пор, пока ISCA погружается под примерно 1-2 см жидкости. При использовании нескольких лотков используйте один и тот же объем во всех.
    5. Оставьте ISCA инкубировать в течение 1 ч, чтобы бактериальный хемотаксис. После 1 ч, удалить средний очень осторожно с 50 мл серологической пипетки, чтобы свести к минимуму турбулентный поток.
    6. Извлеките ISCA из лотка развертывания, не касаясь верхней поверхности. Используйте пипетку и одноразовые стеклоочистители, чтобы удалить оставшуюся жидкость на поверхности ISCA.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Важно, чтобы избежать прикосновения к портам во время этого процесса, как в результате изменения давления может удалить или добавить бактерии из внешней среды в колодец и тем самым смещения бактериальной плотности и состава внутри хорошо.
  5. Извлечение образцов
    1. Удерживая ISCA с портом лицом вниз, извлекать объем скважин с помощью стерильной шприц-иглы 27 G, прикрепленной к шприцу объемом 1 мл.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Каждый ряд (если он содержит одно и то же вещество) может быть объединяются, чтобы предоставить рабочую выборку из примерно 550 мл. Этот образец впоследствии может быть aliquoted в различные трубы в зависимости от необходимых приложений вниз по течению.
    2. Определите количество бактерий, привлеченных к каждой концентрации хемоаттраканта, проанализировав образцы с цитометриейпотока 12. Выберите концентрацию химиоаттраканта, который максимизирует хемотаксис для последующего развертывания на местах.

2. Подготовка к развертыванию на местах

ПРИМЕЧАНИЕ: Подготовка материала и строительство корпуса для демпфирования потока (раздел 2) должны быть проведены до развертывания.

  1. Подготовка материалов
    1. Подготовь все материалы, перечисленные в таблице 1.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Материальные объемы предоставляются для одного ISCA.
  2. Строительство и подготовка корпуса для демпфирования потока
    ПРИМЕЧАНИЕ: Влажный корпус сводит к минимуму нежелательные турбулентности, которые в противном случае предотвращают создание химических градиентов, исходящих от ISCA.
    1. Вырезать куски для развертывания корпуса с лазерным резаком из 3 мм акриловый лист.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Файл для частей можно найти по следующей ссылке: lt;https://figshare.com/articles/Flow_damping_enclosure_for_ISCA_deployments/10630220
    2. Соберите части лазерной резки, как попродемонстрировано на рисунке 2 с использованием акрилового клея.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Соберите части с осторожностью. Отверстия или неправильное согласование могут создавать утечки при развертывании, что непосредственно влияет на качество данных.
    3. Оставьте собранный корпус высохнуть на ночь.
    4. Вымойте вольер деионизированной водой.
    5. Определите потенциальную утечку путем заливки деионизированной воды в вольер. Исправить любые потенциальные утечки суставов, добавив больше акрилового клея, а затем повторить шаги 2.2.3-2.2.5.
    6. Вырежьте винт нити в акриловой части, которые будут использоваться для обеспечения ISCA. Это может быть достигнуто с помощью крана с диаметром и шаг соответствия монтажных винтов.
      1. Во-первых, прикрепить кран в кран гаечный ключ, а затем обеспечить акриловый кусок, который будет постучал в скамейке порока. Для получения наилучших результатов убедитесь, что акриловый кусок как можно более можно более ровень. Убедитесь, что кран перпендикулярно акриловой части и начать поворот гаечный ключ крана (по часовой стрелке), применяя световое давление на кран.
      2. После нескольких полных оборотов в акриловой части, обратить вспять вращение крана (против часовой стрелки) в течение одной четверти вращения, чтобы очистить акрил из крана. Повторите процесс до тех пор, пока вся глубина акриловой части постучал.
      3. Наконец, удалите кран (поворот против часовой стрелки) и проверьте нити с помощью винта.

3. Процедура в полевых условиях

  1. Фильтрация воды
    1. Соберите воду с места поля, когда готовы начать эксперимент. Фильтр 5 мл воды на ISCA через фильтр шприца 0,2 мкм (со шприцем 50 мл) в 50 мл конической центрифуги трубки.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Для заполнения всех колодцев ISCA требуется около 3 мл фильтрованной воды; однако рекомендуется 1) фильтровать 5 мл на устройство для учета потерь в процессе четырехкратной фильтрации, а 2) сохранять алициты фильтратов в качестве отрицательного контроля как для цитометрии потока, так и для молекулярных процедур.
    2. Фильтровать фильтр дважды через 0,2 мкм гидрофильных GP фильтр картриджа (с использованием одного и того же, оба раза) с новым 50 мл шприца в новый 50 мл конической центрифуги трубки. Фильтровать фильтр через фильтр шприца 0,02 мкм (с новым шприцем 50 мл) в новую коническую трубку 50 мл.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Эта четырехкратная фильтрация должна удалить почти все микроорганизмы и частицы из воды. Держите окончательный фильтрат подальше от любого источника тепла до использования. Эта вода будет использоваться для повторного использования всех химических веществ, используемых в ISCA, и она должна поддерживаться при той же температуре, что и вода на месте развертывания. В противном случае могут возникать конвективные потоки, вызванные различиями в температуре между скважинами ISCA и внешней средой.
    3. Используйте алициты фильтрата для повторного использования всех хемоаттракантов, представляющих интерес (обычно сухой) в желаемых концентрациях в 15 мл конической центрифуги труб.
    4. Фильтр повторного использования химиоатрактрактантов через фильтр шприца 0,2 мкм с шприцем 10 мл в стерильные 15 мл конической центрифуги труб для удаления нежелательных частиц или водорастворимых соединений (при использовании экстрактов).
      ПРИМЕЧАНИЕ: Фильтр осторожно, чтобы предотвратить частицы от прохождения через фильтр. Важно повторно использовать хемоаттрактаны в ультрафильтрованной воде с места месторождения и не растворять их в другие растворы. Использование воды с участка месторождения необходимо для того, чтобы (1) получить ту же концентрацию соли внутри скважин, что и в основных экологических водах для предотвращения потока, обусловленного плотностью, и (2) гарантировать, что уровни фоновых питательных веществ равны внутри и за пределами скважины.
  2. Заполнение ISCA
    1. Выполните раздел 1.3, чтобы заполнить ISCA.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Рекомендуется заполнить один ряд (пять скважин) на одно вещество (т.е. три различных вещества на ISCA и один ультрафильтрованный контроль морской воды).
  3. Развертывание на местах
    1. Винт ISCA (Рисунок 3A) кусок 9 корпуса (Рисунок 2K и рисунок 3B).
      ПРИМЕЧАНИЕ: Заслонка потока корпус, изложенный выше, может содержать два ISCA бок о бок или один ISCA размещены в его центре.
    2. Закройте корпус(рисунок 3C) и запечатав его клейкой лентой(рисунок 3D).
      ПРИМЕЧАНИЕ: Морщины следует избегать, чтобы обеспечить идеальное уплотнение. Печать со всех сторон, а затем (на втором шаге) печать боковых отверстий, которые будут использоваться для слива воды из корпуса в конце выборки. Не запечатывая верхние и нижние отверстия. Не развешив ISCA вверх дном, так как поток, управляемый плотностью, может возникать в скважинах, содержащих хемоаттрактаны, что приведет к смещениям количества клеток в скважинах.
    3. Поскольку корпус должен оставаться устойчивым во время развертывания, рекомендуется прикрепить его к искусственным конструкциям (например, понтону, лестнице) с использованием банджи-кордов.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Корпус может быть прикреплен к рукоятке развертывания (здесь модифицированный зажим с перпендикулярной платформой) с использованием банджи-шнуров перед погружением в воду. Кроме того, корпус может быть заполнен и закреплен с небольшим весом на мелких субстратах. Если развертывание предназначено в пелагической океан, корпус может быть прикреплен к сети с буем с одной стороны и нырять вес с другой.
    4. Погрузить корпус полностью, чтобы начать заполнение. При заполнении, держите корпус твердо, чтобы предотвратить чрезмерное движение воды внутри. Как только уровень воды достигнет верхней части корпуса, убедитесь, что нет воздуха в ловушке внутри.
      ПРИМЕЧАНИЕ: В случае, если некоторые пузырьки воздуха оказались в ловушке, наклоните корпус мягко с вентиляционным отверстием лицом вверх, что позволит пузырьки бежать.
    5. После того, как полностью полный, печать нижней и верхней отверстия с двумя пробками, которые могут быть сделаны из кремния или резины или путем уплотнения конечностей 20 йл пипетки советы (Рисунок 4).
      ПРИМЕЧАНИЕ: Этот шаг предотвращает поток внутри корпуса во время отбора проб.
    6. Оставьте ISCA на месте для отбора проб на 1-3 ч.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Идеальное время развертывания в первую очередь продиктовано температурой воды и удвоением времени бактериального сообщества. При температуре воды выше 20 градусов по Цельсию не рекомендуется развертывать ISCA более 1 ч, так как деление клеток может происходить в скважинах, содержащих химиоаттраканты после 1,5-2,0 ч. Тем не менее, оптимальное время развертывания может быть проверено до эксперимента ISCA путем внесения изменений в естественные сообщества с загруженными химическими веществами и количественного количества клеток с течением времени.
    7. Снимите вольер с воды. Поместите его на контейнер, позволяющий слить воду из вольера.
    8. Удалите верхнюю часть клейкой ленты с передних отверстий очень осторожно.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Поток воды, покидающей вольер, должен быть на капающей скорости. Пройти одно отверстие за один раз, от верхней части корпуса на дно. Это должно занять примерно 10-15 минут, чтобы полностью осушить корпус.
    9. После того, как валиния проходит ниже верхней части ISCA, удалить нижнюю вилку, и слейте остальную часть воды.
    10. В то время как ISCAs по-прежнему прикреплены к корпусу, тщательно удалите воду, захваченную на вершине ISCA с 1 мл пипетки.
    11. Удалите ISCA, не касаясь верхней поверхности и используйте одноразовую салфетку, чтобы удалить оставшуюся жидкость на поверхности.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Важно не прикасаться к портам во время этого процесса, так как в результате изменения давления может удалить или добавить объем бактерий в колодец и смещения бактериальных рассчитывает.
    12. Извлеките образцы из ISCA, повторив шаг 1.5.1.

4. Заявки вниз по течению

ПРИМЕЧАНИЕ: Объемы даются на основе образца 550 йл (один ряд ISCA).

  1. Исправить 100 МКЛ содержимого хорошо с глутаралдегидом (2% конечной концентрации) для цитометрии потока для количественной оценки хемотаксиса для каждого привкусанта.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Хранить на льду (или при 4 градусов по Цельсию) и анализировать образцы в тот же день. Кроме того, образцы могут быть заморожены в жидком азоте после фиксации, если анализ не представляется возможным в тот же день. Цитометрия потока является рекомендуемым методом количественной оценки количества клеток в скважинах ISCA, так как она проста, быстра и точна12.
  2. Snap заморозить 300 МКЛ содержания хорошо в жидком азоте для последующей извлечения ДНК ианализа 11.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Храните образцы при -80 градусов по Цельсию до анализа.
  3. Добавьте 90 мкл содержимого хорошо в 10 МКЛ буфера TE-глицерол и заморозить образцы для одноклеточной геномики13.
  4. Распространение 10-20 МКЛ на агарных пластин, содержащих желаемую среду для бактериальной изоляции.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

В этом разделе представлены лабораторные результаты с использованием ISCA для проверки хемотаксической реакции морских микробов на диапазон концентрации глутамина, аминокислоты, известной для привлечения почвенныхбактерий 14. Концентрация глутамина, вызвавшая сильнейший химиотатический ответ в лабораторных испытаниях, была использована для проведения анализа хемотаксиса в морской среде.

Для проведения лабораторных испытаний сообщества морской воды, отобранные из прибреж...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

В масштабе водных микроорганизмов окружающая среда далека от однородной и часто характеризуется физическими/химическими градиентами, которые структурироватьмикробные сообщества 1,15. Способность разношерстных микроорганизмов использовать поведение (т.е. хемотаксис) облегчает кормление в рамках этих неоднородных микроокнороний1. Изучение хемотаксиса непосредственно в окружающей среде имеет потенциал для выявления важных межвидовых взаимодей...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

Авторы заявляют об отсутствие конфликта интересов.

Благодарности

Это исследование было частично профинансировано Гордон и Бетти Мур Фонд морской микробиологии инициативы, через грант GBMF3801 ДЛЯ JRS и Р.С., и следователь премии (GBMF3783) для Р.С., а также стипендию Австралийского исследовательского совета (DE160100636) J.B.R., награду от Фонда Саймонс до B.S.L. (594111) и грант Фонда Симонс (542395) Р.С. в рамках Принципов микробных экосистем (PriME) Сотрудничество.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
Клей акриловый Evonik1133Acrifix 1S 0116
Лист акриловый листMcMaster-Carr8505K725Или другой фирмы
СкотчСкотч3M 810Скотч Волшебная лента
АвтоклавSystecD-200Или другой фирмы
Настольная центрифугаFisher Scientific75002451Или другой фирмы
Банджи-шнурПаракорд Планета667569184000Или другой фирмы
Центрифужная трубка - 2 млSigma AldrichBR780546-500EAEppendorf Tube
Коническая центрифуга Коническая центрифуга Tube - 15 млFisher Scientific11507411Falcon Tube
Коническая центрифуга - 50 млFisher Scientific10788561Falcon Tube
Deployment armIrwin1964719Или другая компания
Развертывание заглушки корпусаFisher Scientific21-236-4Смотрите альтернативы в рукописи
Одноразовые дворникиKimtech - Fisher Scientific06-666Проточный цитометр Kimwipes
BeckmanC09756CYTOFlex
Глутаральдегид 25%Sigma AldrichG5882Или другая компания
Зеленый флуоресцентный красительSigma AldrichS9430SYBR Green I - 1:10,000 окончательное разбавление
Гидрофильный картридж фильтра GP - 0.2 &; mMerckC3235Sterivex фильтр
In Situ Chemotaxis Assay Assay (ISCA)--Свяжитесь с авторами-корреспондентами
Лазерный резакEpilog LaserFusion pro 32Или другая компания
Luria Bertani BrothSigma AldrichL3022Или другая компания
Marine Broth 2216VWR90004-006Difco
Nylon шлицевые винты с плоской головкойMcMaster-Carr92929A243M 2 & 4 & раз; 8 мм
Набор пипетокFisher Scientific05-403-151Или других фирм
Наконечники для пипеток - 1 млFisher Scientific21-236-2AИли другие фирмы
Наконечники для пипеток - 20 & микро; LFisher Scientific21-236-4Или другой фирмы
Наконечники для пипеток - 200&мкм; LFisher Scientific21-236-1Или другая фирма
Морская сольSigma AldrichS9883Для искусственной морской воды
серологическая пипетка - 50 млSigma AldrichSIAL1490-100EAИли другая фирма
Шприц фильтр - 0.02&микро; mВатманWHA68091002Анатоп фильтр
Шприцевой фильтр - 0,2 &; mFisher Scientific10695211Или другой фирмы
Игла для шприца 27GHenke Sass Wolf47100040200,4 &раз; 12 мм
Шприцы - 1 млCodau329650Инсулин Luer U-100
Шприцы - 10 млBD303134Или другая фирма
Шприцы - 50 млBD15899152Или другая фирма
Тюбик штатив - 15 млThomas Scientific1159V80Или другой фирмы
Штатив для труб - 50 млThomas Scientific1159V80Или другого производителя
Непокрытый быстрорежущий сталь общего назначения МетчикMcMaster-Carr8305A77Или другой компании
Вакуумный фильтр - 0,2 & микро; mФильтр MerckSCGPS05RESteritop

Ссылки

  1. Stocker, R. Marine microbes see a sea of gradients. Science. 338, 628-633 (2012).
  2. Raina, J. B., Fernandez, V., Lambert, B., Stocker, R., Seymour, J. R. The role of microbial motility and chemotaxis in symbiosis. Nature Reviews Microbiology. 17, 284-294 (2019).
  3. Chet, I., Asketh, P., Mitchell, R. Repulsion of bacteria from marine surfaces. Applied Microbiology. 30, 1043-1045 (1975).
  4. Smriga, S., Fernandez, V. I., Mitchell, J. G., Stocker, R. Chemotaxis toward phytoplankton drives organic matter partitioning among marine bacteria. PNAS. 113, 1576-1581 (2016).
  5. Matilla, M., Krell, T. The effect of bacterial chemotaxis on host infection and pathogenicity. FEMS Microbiology Reviews. 42, (2018).
  6. Adler, J. Chemotaxis in bacteria. Science. 153, 708-716 (1966).
  7. Adler, J., Dahl, M. M. A method for measuring the motility of bacteria and for comparing random and non-random motility. Journal of General Microbiology. 46, 161-173 (1967).
  8. Ahmed, T., Shimizu, T. S., Stocker, R. Microfluidics for bacterial chemotaxis. Integrative Biology. 2, 604-629 (2010).
  9. Hol, F. J. H., Dekker, C. Zooming in to see the bigger picture: microfluidic and nanofabrication tools to study bacteria. Science. 346, 1251821(2014).
  10. Rusconi, R., Garren, M., Stocker, R. Microfluidics expanding the frontiers of microbial ecology. Annual Review of Biophysics. 43, 65-91 (2014).
  11. Lambert, B. S., et al. A microfluidics-based in situ chemotaxis assay to study the behaviour of aquatic microbial communities. Nature Microbiology. 2, 1344-1349 (2017).
  12. Marie, D., Partensky, F., Jacquet, S., Vaulot, D. Enumeration and cell cycle analysis of natural populations of marine picoplankton by flow cytometry using the nucleic acid stain SYBR Green I. Applied Environmental Microbiology. 63, 186-193 (1997).
  13. Rinke, C., et al. Obtaining genomes from uncultivated environmental microorganisms using FACS-based single-cell genomics. Nature Protocols. 9, 1038-1048 (2014).
  14. Gaworzewska, E. T., Carlile, M. J. Positive chemotaxis of Rhizobium leguminosarum and other bacteria towards root exudates from legumes and other plants. Microbiology. , (1982).
  15. Walker, T. S., Bais, H. P., Grotewold, E., Vivanco, J. M. Root exudation and rhizosphere biology. Plant Physiology. 132, 44-51 (2003).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Теги

Микробный хемотаксисанализ методом проточной цитометрииконцентрация хемоаттрактантабактериальная питательная средапротокол развертывания в полевых условияхмассив микрофлюидных устройствколичественное определение хемотаксического ответафильтрация стерильного раствораотбор проб из водных экосистем
В Situ Chemotaxis анализ для изучения микробного поведения в водных экосистемах
Связаться с нами
Порекомендовать библиотеке

Конфиденциальность

Условия использования

Политики

© 2026 MyJoVE Corporation. Все права защищены.