Методическая статья

Быстрые ферментативные методы амплификации минимальных линейных шаблонов для прототипирования белка с использованием бесклеточных систем

DOI:

10.3791/62728

⸱

14 июня 2021 г.

 , 
1Chemical and Biological Engineering, Iowa State University

В этой статье

Краткое содержание

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

В исследовании описывается протокол создания больших (мкг-мг) количеств ДНК для кампаний скрининга белка из синтетических фрагментов генов без клонирования или использования живых клеток. Минимальный шаблон ферментативно переваривается и циркулируется, а затем усиливается с помощью изотермического усиления скользящего круга. Реакции бесклеточной экспрессии могут быть выполнены с неочищенным продуктом.

Аннотация

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Этот протокол описывает разработку минимального шаблона ДНК и этапы ферментативной амплификации, что позволяет быстро создавать прототипы анализируемых белков менее чем за 24 ч с использованием бесклеточной экспрессии. После получения ДНК от поставщика фрагмент гена амплифицируется ПЦР, разрезается, циркуляризируется и криобанкируется. Небольшое количество хранимой ДНК затем разбавляют и значительно амплируют (до 106 х)с помощью изотермической амплификации скользящего круга (RCA). RCA может давать микрограммовые количества минимального шаблона экспрессии из пикограммных уровней исходного материала (уровни mg, если используется весь исходный синтетический фрагмент). В этой работе начальное количество 20 пг привело к 4 мкг конечного продукта. Полученный продукт RCA (конкатемер минимального шаблона) может быть добавлен непосредственно в бесклеточную реакцию без этапов очистки. Поскольку этот метод полностью основан на ПЦР, он может обеспечить будущие высокопроизводительные усилия по скринингу в сочетании с автоматизированными системами обработки жидкостей.

Введение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Бесклеточная экспрессия генов (CFE) стала мощным инструментом со многими приложениями. Такие приложения включают обнаружение заболеваний1,2,3,4,5,6,обнаружение микроэлементов и малых молекул7,8,9,10,11,12,биопроизводство13,14,15,16,17 ,18, образование19,20,21, производство сложных белков17,22,23,24,25,26,27, и вариантскрининга 23,28,29,30,31,32 ,33. Это связано с открытой природой бесклеточных систем и гибкостью, которую они предоставляют. Многие замечательные обзорные статьи предлагают историческое образование и будущие перспективы технологии34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44.

Типичная бесклетовая реакция состоит из трех основных компонентов: клеточного экстракта, энергетического микса и генетического шаблона. Экстракт активных клеток содержит все необходимые механизмы для транскрипции и трансляции (TXTL) и может быть обработан различными способами36. Гликолитические промежуточные продукты, электролиты, аминокислоты и кофакторы в энергетическом балансе поддерживают процесс TXTL. Он является основным источником изменчивости в бесклеточных экспериментах45 и может быть получен многими способами34,46. Подготовка генетического шаблона показала меньше улучшений, поскольку традиционные методы клонирования приводят к плазмидам с отличными характеристиками экспрессии. Недостатком этих традиционных методов является время обработки и количество биологических знаний, необходимых для их создания и распространения. Недавние усилия по оптимизации привели к простым 24-часовым рабочим процессам для подготовки экстракта клеток47,48, которые могут выполняться параллельно с подготовкой энергетического баланса49,50. Однако традиционное клонирование добавляет несколько дней к временной шкале прототипирования CFE(таблица 1)23. Быстро амплифицированные продукты ПЦР из коммерческого фрагмента гена могут быть использованы непосредственно51,но это ограничивает количество экспериментов по прототипированию, так как производится только 1 мкг ДНК, что соответствует примерно пяти реакциям (традиционные объемы 15 мкл). С этими дополнительными этапами циркуляризации и изотермической амплификации возможны количества ДНК, превышающие миллиграммы (~ 5000 реакций на 1 мг). Это резко увеличивает количество тестов, которые могут быть сделаны при высокопроизводительном скрининге белков или комбинаторных ферментных сетей (бесклеточная метаболическая инженерия); это также позволяет эффективно сохранять библиотеку линейных шаблонов в виде ДНК высокой концентрации. Кроме того, для прототипирования большего количества белка, необходимого для применения в материаловедении (белковые волокна и гидрогели), потребуется увеличение количества шаблона. Некоторые ограничения линейных шаблонов можно преодолеть, используя выдержку из BL21 DE3 Star или используя недавно открытые методы защиты линейных шаблонов от деградации52,53,54. Однако это не касается наличия ограниченных запасов ДНК, производимой поставщиками для амплификации ПЦР, или вопроса о биологическом опыте и оборудовании, необходимом для клонирования.

В этой работе представлен протокол, явно предназначенный для увеличения количества шаблона экспрессии, который может быть получен из небольших количеств фрагментов генов, продуцируемых поставщиком (обычно 500-1000 нг лиофилизированного порошка). Описанный способ не требует навыков, необходимых для выполнения традиционного клонирования в плазмидах или преобразования и распространения в живых клетках. Получив фрагмент гена по почте, пользователь может создать достаточно шаблонов для многих бесклеточных реакций, используя изотермическую амплификацию скользящего круга (RCA)(Рисунок 1)23. Хотя количество ДНК, полученное от поставщика, может быть достаточным для ограниченных усилий по скринингу, оно быстро истощается, а повторная покупка фрагментов генов занимает много времени и стоит дорого. Метод также особенно хорошо подходит для генов, которые токсичны и трудно клонируются у кишечной палочки.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Проектирование фрагмента гена

ПРИМЕЧАНИЕ: Фрагмент гена должен иметь все необходимые генетические элементы для транскрипции/трансляции, включая промотор, сайт связывания рибосом (RBS), стартовый кодон, интересующий ген и терминатор. Хотя терминатор не нужен для шаблона линейного выражения (LET), он будет важен, если пользователь решит вставить последовательность в плазмиду. Эти последовательности были взяты из плазмиды55 pJL1-sfGFP (подарок от лаборатории Майкла Джуэтта), которая использует промоутер T7. В дополнение к этим необходимым генетическим элементам, к участку разреза фермента рестрикции добавляют шесть пар оснований перед промотором (5' сайт разреза) и еще шесть пар оснований после терминатора (3' сайт разреза), в этом случае с использованием HindIII (можно использовать другие ферменты рестрикции, но полезно стандартизировать последовательности с одним ферментом ограничения высокой точности, чтобы уменьшить количество, необходимое для хранения в библиотеке). Грунтовочные участки добавляют десять пар оснований вверх по течению от 5-футового участка разреза и десять пар оснований ниже по течению от 3-футового участка разреза, в этом случае с использованием стандартизированных последовательностей грунтовки M13 (грунтовки являются недорогими запасными элементами). Сайт фермента рестрикции и используемые праймеры находятся на усмотрении пользователя. Тем не менее, пользователь должен убедиться, что последовательности не присутствуют больше нигде в шаблоне (не хотите создавать нежелательные сокращения или сайты инициации усиления). Последовательности шаблонов, используемых в этой работе, подробно описаны в дополнительном материале. Эти шаги используются для изменения на основе этого базового шаблона.

  1. Определите желаемый ген для экспрессии и получите аминокислотную последовательность или генетическую последовательность, если она была экспрессирована в E. coli.
  2. Если это аминокислотная последовательность, выполните оптимизацию кодона для E. coli, используя один из многих стандартных инструментовпоставщика 56. При использовании шаблона, представленного в дополнении, убедитесь, что оптимизированная последовательность не имеет сайтов ограничения HindIII (AAGCTT). В случае, если это так, продолжайте оптимизировать последовательность до тех пор, пока больше не будет сайта HindIII.
  3. Скопируйте последовательность и вставьте ее в предоставленный шаблон для дополнительной последовательности #1, где указан интересующий ген. При выражении sfGFP используйте дополнительную последовательность #1 как есть. Если экспрессируется субтилизин, используйте дополнительную последовательность No 2 как есть.
  4. Закажите минимальный шаблон и необходимые праймеры из предпочтительной службы синтеза ДНК.

2. Повторное использование фрагмента гена и праймеров

ПРИМЕЧАНИЕ: После получения фрагмента гена следуйте протоколам производителя для повторного суспендирования или используйте это простое руководство для создания запаса ДНК.

  1. Центрифугируйте трубку (300 х г в течение 5 с) для сбора гранул ДНК на дне.
  2. Добавьте двойную дистиллированную воду (ddH2O), чтобы получить окончательную концентрацию 10 нг/мкл шаблона ДНК.
  3. Вихрь раствора на средней установке в течение 5-10 с.
  4. Растворить всю гранулу путем инкубации при 50 °C в течение 20 мин.
  5. Ненадолго вихрь снова
  6. Центрифугу при 300 х г в течение 5 с собирают раствор на дне трубки.
  7. Хранить при -20 °C или использовать в ПЦР.
  8. Подготовьте запас праймера объемом 100 мкМ, повторно разместив праймеры в воде без нуклеаз. Чтобы определить количество воды для добавления, умножьте количество наномолей лиофилизированной грунтовки на 10. Например, если трубка содержит 45 нМ лиофилизированного праймера, добавьте 450 мкл ddH2Oи вихрь раствора.
  9. Храните стандартные растворы грунтовки при -20 °C или продолжайте выполнять усиление.

3. Амплиация фрагмента гена с помощью ПЦР

ПРИМЕЧАНИЕ: Решите, какой набор ПЦР подходит для интересующего гена. Меньшие гены (<1000 кб) могут быть более поддающимися более дешевой полимеразе Taq, в то время как более крупные гены (≥1000 кб) могут извлечь выгоду из полимеразы высокой точности для уменьшения ошибок. Важно отметить, что эта начальная амплификация ПЦР не является необходимой, если пользователь не заинтересован в сохранении исходного фрагмента гена (она обеспечивает множественные попытки циркуляризации и позволяет проводить сравнительные исследования продукта LET и RCA). Также важно отметить, что этот амплифицированный ПЦР LET может быть использован непосредственно в реакциях; однако, как упоминалось во введении, это позволило бы лишь ограниченное число реакций, если бы дальнейшие этапы усиления были проигнорированы. Пищеварение и лигирование могут быть выполнены на повторно суспендированном фрагменте гена непосредственно57 (если кто-то уверен, им не понадобится больше LET для выполнения дополнительных циркуляризации запасов). Если это так, пропустите раздел 3 и перейдите к разделу 4. Для выполнения ПЦР выполните следующие действия.

  1. Используйте запасы 100 мкМ из шага 2.8 для создания рабочих решений 10 мкМ. Многие протоколы наборов ПЦР требуют 10 мкМ растворов праймеров.
  2. Запрограммируйте тепловой циклер на проведение реакции в соответствии с протоколами производителя комплекта. Различные комплекты требуют немного различных параметров цикличности. Для комплекта, указанного в Таблице материалов,условия составляют 94 °C для 30 с начальной денатурации; 30 циклов 94 °C для 30 с денатурации, 45 °C для 30 с отжига грунтовки и 68 °C для 60 с расширения; с окончательным удлинением при 68 °C в течение 5 мин; и, наконец, бессрочное удержание при температуре 10 °C.
    1. Убедитесь, что выбрано правильное время удлинения (переменное в зависимости от длины амплодируемого гена). Имеют время удлинения 1 мин на каждые 1000 бп.
    2. Убедитесь, что введена правильная температура отжига грунтовок. Используйте онлайн-калькулятор Tm, который использует обе грунтовки в качестве входных данных для определения наилучшей температуры отжига58. Температура отжига 45 °C достаточна при использовании грунтовок M13.
    3. При определении количества циклов обращайтесь к протоколу производителя, но 30 циклов чаще всего приводят к достаточному усилению.
  3. При выполнении ПЦР оттаивают и вихревые дНТП. Используйте буфер ПЦР, входящий в комплект.
  4. В одной ПЦР-трубке объедините все компоненты комплекта в соответствии с протоколом производителя. Чтобы обеспечить успешную амплификацию, добавьте 1 мкл ресуспендированного запаса ДНК (шаг 2.6).
  5. Мягко гомогенизируйте смесь путем вихря на среде установки в течение 5-10 с. В качестве альтернативы, пипетка вдвое меньше объема вверх и вниз в 10-20 раз до вихря.
  6. Выполните реакцию ПЦР.
  7. Если протокол ПЦР не включал заключительную стадию охлаждения, дайте реакции остыть в течение 5 мин при 10 °C перед удалением, чтобы привести конденсацию в нижнюю часть трубки.
  8. Очистите реакцию с помощью комплекта для очистки ПЦР в соответствии с инструкциями поставщика.
    1. В пробирке объемом 1,5 мл добавьте буфер связывания ДНК и образец ПЦР в соотношении 5:1 соответственно.
    2. Перенесите эту смесь в спиновую колонну и центрифугу при 16 000 х г в течение 1 мин. Отбросьте сквозной поток.
    3. Добавьте в колонку 200 мкл буфера промывки ДНК и инкубируйте при комнатной температуре в течение 1 мин.
    4. Центрифугу в течение 1 мин при 16 000 х г и отбросьте проточную.
    5. Повторите шаги 2.8.3 и 2.8.4 без 1-минутной стадии инкубации.
    6. Центрифуга на дополнительные 1-2 мин при 16 000 х г для удаления оставшегося буфера.
    7. Элюируют ДНК в 46 мкл ddH2O.
  9. Количественно оцените очищенную ДНК с помощью спектрофотометра.
  10. Сохраните очищенную ДНК при -20 °C или перейдите к следующему шагу.

4. Переваривание и циркуляризация

ПРИМЕЧАНИЕ: Дальнейшая амплификация может быть достигнута путем циркуляризации ДНК, за которой следует RCA. Переварите ДНК, чтобы подготовить шаблон к циркуляризации. Это удалит последовательности праймеров и создаст липкие концы как на 5', так и на 3' концах шаблона. Прикрепите эти концы с помощью реакции перевязки.

  1. В пробирке ПЦР соедините 5 мкл необходимого буфера, 20 ЕД HindIII и 45 мкл очищенной ДНК со стадии 3.8.
  2. Аккуратно гомогенизируйте эту смесь пипеткой.
  3. Инкубировать смесь в термоциклере в течение 15 мин при 37 °C.
  4. Нагревать инактивировать HindIII путем инкубации в течение 20 мин при 80 °C.
  5. Дайте реакции остыть до 10 °C перед удалением, чтобы вызвать конденсацию на дно трубки.
  6. Добавьте 5 мкл буфера Т4-лигазы и 800 ЕД Т4-лигазы к вновь переваренной ДНК.
    1. При желании используйте Т7-лигазу.
  7. Аккуратно гомогенизируйте эту смесь пипеткой.
  8. Инкубируют смесь в течение 1 ч при 25 °C для проведения реакции циркуляризации.
  9. Очистите реакцию с помощью комплекта для очистки ПЦР в соответствии с инструкциями поставщика. Используйте тот же протокол, описанный в шаге 3.8.
  10. Количественно оцените ДНК с помощью спектрофотометра. Ожидаемые значения ~ 20 нг/мкл.
  11. Хранить при температуре -20 °C или перейти к следующему шагу.

5. Изотермическое усиление подвижного круга

ПРИМЕЧАНИЕ: Усиление по подвижному кругу (RCA) может быть выполнено с использованием коммерческого комплекта или с индивидуально приобретенными компонентами. Следование протоколу производителя обеспечит успешное усиление. Наборы обычно содержат буфер образца, реакционный буфер и полимеразу, вытесняющую нити, такую как полимераза φ29. Несколько реакционных трубок могут быть объединены для получения большого количества ДНК для бесклеточной экспрессии (4 мкг из 20 пг исходного материала). Следующий протокол работает эффективно.

  1. В одной пробирке соедините 20 мкл буфера образца, 20 мкл реакционного буфера, 0,8 мкл фермента и 1 мкл шаблона круговой экспрессии (CET) со стадии 4.9.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Это будет иметь общую массу ДНК ~ 20 нг, но RCA может работать с количествами пикограммы, что позволяет разбавлять CET и экстремальную ферментативную амплификацию, если есть значительная потребность в материале при скрининге с высокой пропускной способностью.
  2. Гомогенизируйте смесь пипеткой и аликвотой 10 мкл смеси в четыре отдельные пробирки.
  3. Инкубировать при 30 °C в течение 4-18 ч.
  4. Нагревают инактивируют фермент путем инкубации при 65 °C в течение 10 мин. Уменьшите температуру до 12 °C в течение 5 мин, чтобы стимулировать конденсацию в нижней части трубки.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Проще всего объединить все температурные ступени в автоматизированном протоколе на тепловом цикле.
  5. Разбавляют полученным раствором, добавляя в каждую пробирку по 15 мкл ddH2O.
  6. Соедините все трубки и добавьте непосредственно к бесклеточной реакции.
  7. При желании используйте набор для очистки ПЦР для очистки продукта и элюляции его в 36 мкл ddH2Oдля количественной оценки. Убедитесь, что концентрация шаблона составляет ~100 нг/мкл.

6. Бесклеточная реакция

ПРИМЕЧАНИЕ: Выполните бесклеточную экспрессию, объединив энергетический буфер, извлечение и шаблон RCA. Типичная бесклеточная реакция с использованием энергетического буфера PANOx-SP состоит из 1,2 мМ АТФ, 0,85 мМ каждого GMP, UMP и CMP, 30 мМ фосфоенолпирувата, 130 мМ глутамата калия, 10 мМ глутамата аммония, 12 мМ глутамата магния, 1,5 мМ спермидина, 1 мМ путресцина, 34 мкг/мл фолиевой кислоты, 171 мкг/мл смеси ТРНК E. coli, 2 мМ каждая из 20 немаркированных аминокислот, 0,33 мМ NAD, 0,27 мМ коэнзима А (CoA), 4 мМ оксалата калия, 57 мМ буфера HEPES-KOH (рН 7,5), 0,24% объема экстракта E. coli и переменных количеств ДНК23,49. Объем реакции может варьироваться, но реакции 15 мкл могут сэкономить на использовании реагентов и достаточно малы для использования в 384 черностенной микропластине49,50.

  1. При экспрессии флуоресцентного белка, такого как sfGFP, подготовьте считыватель пластин для чтения при желаемом возбуждении/выбросе, температуре и перемешивании.
  2. При использовании плиты из 384 скважин аликвотирует 60 мклH2Oв скважины, граничащие с пустой пробной скважиной, для поддержания влажности и уменьшения эффекта кромки.
  3. Добавьте различные необходимые компоненты в пробирку для каждого образца. Добавьте достаточно, чтобы выполнить трипликаты. Реплики внутри пластины могут помочь определить причины изменчивости.
    1. Добавьте экстракт, энергетический буфер, а затем ДНК.
    2. Разбавить до конечного желаемого объема с ddH2O.
  4. Тщательно перемешайте этот раствор, пипетируя половину объема раствора вверх и вниз 10-20 раз.
  5. Перенесите реакционную смесь в 15 мкл аликвот в нужные лунки в микротитерной пластине.
  6. Запечатайте пластину бесцветной уплотнительной пленкой для поддержания влажности и предотвращения испарения.
  7. Поместите герметичную пластину в считыватель пластин и дайте реакции завершиться.
    1. Если экспрессируется белок, который не имеет возможности контролироваться вживую, используйте другой аппарат с контролируемой температурой, такой как термоблок, для инкубации пластины.

7. Субтилизиновый анализ

ПРИМЕЧАНИЕ: Если экспрессируется ген субтилизина BPN' (SBT(n)) в дополнительной последовательности No 2,следуйте этому протоколу для анализа активности.

  1. Приготовьте 10 мкМ запасного раствора N-сукцинил-ала-ала-про-Фе п-нитроанилида в диметилформамиде (ДМФ).
  2. Установите пластинчатый считыватель для измерения поглощения при 410 нм каждые 20 с в течение 10 мин при сохранении температуры 25 °C.
  3. В плоском дне бесцветная 96-луночная пластина, аликвота 94 мкл ddH2Oи 1 мкл N-сукцинил-ала-ала-про-фе п-нитроанилида со стадии 7.1.
  4. Добавьте 5 мкл готовой бесклеточной реакции со стадии 6.7 и прочитайте с помощью пластинчатого считывателя, установленного в протоколе, описанном на этапе 7.2.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Экспрессия sfGFP из шаблонов RCA была сопоставима с экспрессией плазмиды pJL1 при использовании только 0,30 мкл неочищенной RCA-ДНК в реакции 15 мкл(рисунок 2A). Фактически, удвоение и утроение количества шаблона, по-видимому, не приносит никакой пользы в экстракте BL21 DE3 Star, предполагая уже насыщенные уровни шаблона на уровне 0,30 мкл за реакцию. И наоборот, по-видимому, увеличение количества шаблона RCA при добавлении к экстракту клетки, полученному из штамма SHuffle

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Интересующим геном может быть любой желаемый белок, но лучше всего начать с флуоресцентного белка в качестве удобного репортера для считывания в режиме реального времени или конечной точки на считывателе пластин для новых пользователей этого метода. Для новых белковых последовательностей скопируйте аминокислотную последовательность нужного белка и вставьте ее в нужный инструмент оптимизации кодона61,62. Обычно в инструменте оптимизации кодонов много доступных орг...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Найджел Руэль входит в научно-консультативный совет BigHat Biosciences Inc., компании, которая использует бесклеточные системы для разработки антител.

Благодарности

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Авторы признают, что NIH 1R35GM138265-01 и NSF 2029532 для частичной поддержки этого проекта.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
АлалинФормедиумDOC0102
глутамат аммонияMP BiomedicalsMP21805951
аргининФормедиумDOC0106
АспарагинФормедиумDOC0114
аспарагиновая кислотаФормедиумDOC0118
АТФSigmaA2383
Axygen Герметизирующая пленкаCorningPCR-SP
CMPSigmaC1006
Коэнзим АSigmaC3144
CutSmart BufferNEBB7204SВ комплекте с
HindIII CysteineFormediumDOC0122
набор концентраторов ДНКZymo ResearchD4004Используется для очистки ДНК
dNTPsNEBN0447
E. coli тРНКSigma (Roche)10109541001
фолиевая кислотаSigma47612
Фрагмент генаIDT
Глутаминовая кислотадля средыDOC0134
глутаминдля средыDOC0130
глициндля среды
GMPSigmaG8377
HEPESSigmaH3375
HindIII-HFNEBR3104L
ГистидинФормедиумDOC0142
изолейцинФормедиумDOC0150
ЛейцинФормедиумDOC0154
ЛизинFormediumDOC0158
Глутамат магнияSigma49605
МетионинFormediumDOC0166
Планшет для микротитрования (384 лунки)Greiner781906
(96 лунок)Greiner
BioTekSynergy Neo2
NADSigmaN8535
NanoPhotometerImplenNP80
OneTaq DNA PolymeraseNEBM0480
PCR TubeVWR 20170-012
фенилаланиндля средыDOC0170
фосфоенолпируватSigma (Roche)10108294
глутамат калияSigmaG1501
Оксалат калияFisher ScientificP273
ПролинФормедиумDOC0174
ПутресцинSigmaP5780
СеринФормедиумDOC0178
СпермидинSigmaS0266
T4 ДНК-лигаза NEBM0202S
T4 Реакционный буфер ДНК-лигазыNEBB0202Sв комплекте с T4 Набор
для амплификацииCytiva25640010используется для
BioradC1000 Touch
ThermoblockEppendorfThermoMixer FP
Треониндля медиумаDOC0182
триптофандля медиума
ТирозинФормедидDOC0190
UMPSigmaU6375
ValinFormediumDOC0194
DOC0138Планшет для микротитрования Многорежимный считыватель планшетов 655809 ДНК-лигазы TempliPhi термоамплификатора RCADOC0186

Ссылки

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Sun, Q., et al. A simple and low-cost paper-based colorimetric method for detecting and distinguishing the GII.4 and GII.17 genotypes of norovirus. Talanta. 225, 121978(2021).
  2. Pardee, K., et al. Low-Cost Detection of Zika Virus Using Programmable Biomolecular Components. Cell. 165 (5), 1255-1266 (2016).
  3. Pardee, K., et al. Paper-based synthetic gene networks. Cell. 159 (4), 940-954 (2014).
  4. Ma, D., Shen, L., Wu, K., Diehnelt, C. W., Green, A. A. Low-cost detection of norovirus using paper-based cell-free systems and synbody-based viral enrichment. Synthetic Biology. 3 (1), Oxford, England. (2018).
  5. Park, S., Lee, J. W. Detection of coronaviruses using rna toehold switch sensors. International Journal of Molecular Sciences. 22 (4), 1772(2021).
  6. Cao, M., Sun, Q., Zhang, X., Ma, Y., Wang, J. Detection and differentiation of respiratory syncytial virus subgroups A and B with colorimetric toehold switch sensors in a paper-based cell-free system. Biosensors and Bioelectronics. 182, 113173(2021).
  7. Mcnerney, M. P., et al. Point-of-care biomarker quantification enabled by sample-specific calibration. Science Advances. 5 (9), (2019).
  8. Silverman, A. D., Akova, U., Alam, K. K., Jewett, M. C., Lucks, J. B. Design and optimization of a cell-free atrazine biosensor. ACS Synthetic Biology. 9 (3), 671-677 (2020).
  9. Salehi, A. S. M., et al. Cell-free protein synthesis approach to biosensing hTRβ-specific endocrine disruptors. Analytical Chemistry. 89 (6), 3395-3401 (2017).
  10. Garamella, J., Majumder, S., Liu, A. P., Noireaux, V. An adaptive synthetic cell based on mechanosensing, biosensing, and inducible gene circuits. ACS Synthetic Biology. 8 (8), 1913-1920 (2019).
  11. Glasscock, C. J., et al. Dynamic control of pathway expression with riboregulated switchable feedback promoters. ACS Synthetic Biology. 16, (2019).
  12. Thavarajah, W., et al. Point-of-use detection of environmental fluoride via a cell-free riboswitch-based biosensor. ACS Synthetic Biology. 9 (1), 10-18 (2020).
  13. Pardee, K., et al. Portable, on-demand biomolecular manufacturing. Cell. 167 (1), 248-259 (2016).
  14. Nelson, J. A. D., et al. Hydrofoam and oxygen headspace bioreactors improve cell-free therapeutic protein production yields through enhanced oxygen transport. Biotechnology Progress. 37 (2), 3079(2020).
  15. Cai, Q., et al. A simplified and robust protocol for immunoglobulin expression in Escherichia coli cell-free protein synthesis systems. Biotechnology Progress. 31 (3), 823-831 (2015).
  16. Ogonah, O. W., Polizzi, K. M., Bracewell, D. G. Cell free protein synthesis: a viable option for stratified medicines manufacturing? A brief history of cell free synthesis systems. Current Opinion in Chemical Engineering. 18, 77-83 (2017).
  17. Zawada, J. F., et al. Microscale to manufacturing scale-up of cell-free cytokine production-a new approach for shortening protein production development timelines. Biotechnology and Bioengineering. 108 (7), 1570-1578 (2011).
  18. Stark, J. C., et al. On-demand biomanufacturing of protective conjugate vaccines. Science Advances. 7 (6), (2021).
  19. Huang, A., et al. BioBitsTM Explorer: A modular synthetic biology education kit. Science Advances. 4 (8), 1-11 (2018).
  20. Stark, J. C., et al. BioBits health: classroom activities exploring engineering, biology, and human health with fluorescent readouts. ACS Synthetic Biology. 8 (5), 1001-1009 (2019).
  21. Stark, J. C., et al. BioBitsTM Bright: A fluorescent synthetic biology education kit. Science Advances. 4 (8), 33(2018).
  22. Shinoda, T., et al. Cell-free methods to produce structurally intact mammalian membrane proteins. Scientific Reports. 6, (2016).
  23. Dopp, J. L., Rothstein, S. M., Mansell, T. J., Reuel, N. F. Rapid prototyping of proteins: Mail order gene fragments to assayable proteins within 24 hours. Biotechnology and Bioengineering. 116 (3), 667-676 (2019).
  24. Sachse, R., Dondapati, S. K., Fenz, S. F., Schmidt, T., Kubick, S. Membrane protein synthesis in cell-free systems: From bio-mimetic systems to bio-membranes. FEBS Letters. 588 (17), 2774-2781 (2014).
  25. Salehi, A. S. M., et al. Cell-free protein synthesis of a cytotoxic cancer therapeutic: Onconase production and a just-add-water cell-free system. Biotechnology Journal. 11 (2), 274-281 (2016).
  26. Georgi, V., et al. On-chip automation of cell-free protein synthesis: New opportunities due to a novel reaction mode. Lab on a Chip. 16 (2), 269-281 (2016).
  27. Thoring, L., et al. Cell-free systems based on CHO cell lysates: Optimization strategies, synthesis of "difficult-to-express" proteins and future perspectives. PLoS One. 11 (9), (2016).
  28. Dopp, J. L., Reuel, N. F. Simple, functional, inexpensive cell extract for in vitro prototyping of proteins with disulfide bonds. Biochemical Engineering Journal. 164, 107790(2020).
  29. Isaksson, L., Enberg, J., Neutze, R., Göran Karlsson, B., Pedersen, A. Expression screening of membrane proteins with cell-free protein synthesis. Protein Expression and Purification. 82 (1), 218-225 (2012).
  30. Techner, J. M., et al. High-throughput synthesis and analysis of intact glycoproteins using SAMDI-MS. Analytical Chemistry. 92 (2), 1963-1971 (2020).
  31. Kim, H. C., et al. Implementing bacterial acid resistance into cell-free protein synthesis for buffer-free expression and screening of enzymes. Biotechnology and Bioengineering. 112 (12), 2630-2635 (2015).
  32. Rolf, J., Siedentop, R., Lütz, S., Rosenthal, K. Screening and identification of novel cGAS homologues using a combination of in vitro and in vivo protein synthesis. International Journal of Molecular Sciences. 21 (1), (2020).
  33. Haslinger, K., Hackl, T., Prather, K. L. J. Rapid in vitro prototyping of O-methyltransferases for pathway applications in Escherichia coli. bioRxiv. , (2020).
  34. Dopp, J. L., Tamiev, D. D., Reuel, N. F. Cell-free supplement mixtures: Elucidating the history and biochemical utility of additives used to support in vitro protein synthesis in E. coli extract. Biotechnology Advances. 37 (1), 246-258 (2018).
  35. Gregorio, N. E., Levine, M. Z., Oza, J. P. A user's guide to cell-free protein synthesis. Methods and Protocols. 2 (1), 24(2019).
  36. Cole, S. D., Miklos, A. E., Chiao, A. C., Sun, Z. Z., Lux, M. W. Methodologies for preparation of prokaryotic extracts for cell-free expression systems. Synthetic and Systems Biotechnology. 5 (4), 252-267 (2020).
  37. Chiba, C. H., Knirsch, M. C., Azzoni, A. R., Moreira, A. R., Stephano, M. A. Cell-free protein synthesis: advances on production process for biopharmaceuticals and immunobiological products. BioTechniques. 70, (2021).
  38. Laohakunakorn, N. Cell-free systems: A proving ground for rational biodesign. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 8, 788(2020).
  39. Dondapati, S. K., Stech, M., Zemella, A., Kubick, S. Cell-free protein synthesis: A promising option for future drug development. BioDrugs. , 1-22 (2020).
  40. Noireaux, V., Liu, A. P. The new age of cell-free biology. Annual Review of Biomedical Engineering. 22, 51-77 (2020).
  41. Khambhati, K., et al. Exploring the Potential of Cell-Free Protein Synthesis for Extending the Abilities of Biological Systems. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 7, (2019).
  42. Carlson, E. D., Gan, R., Hodgman, C. E., Jewett, M. C. Cell-free protein synthesis: Applications come of age. Biotechnology Advances. 30 (5), 1185-1194 (2012).
  43. Rosenblum, G., Cooperman, B. S. Engine out of the chassis: Cell-free protein synthesis and its uses. FEBS Letters. 588 (2), 261-268 (2014).
  44. Swartz, J. R. Transforming biochemical engineering with cell-free biology. AIChE Journal. 58 (1), 5-13 (2012).
  45. Cole, S. D., et al. Quantification of interlaboratory cell-free protein synthesis variability. ACS Synthetic Biology. 8 (9), 2080-2091 (2019).
  46. Caschera, F., Noireaux, V. A cost-effective polyphosphate-based metabolism fuels an all E. coli cell-free expression system. Metabolic Engineering. 27, 29-37 (2015).
  47. Levine, M. Z., et al. Activation of energy metabolism through growth media reformulation enables a 24-hour workflow for cell-free expression. ACS Synthetic Biology. 9 (10), 2765-2774 (2020).
  48. Hunt, J. P., et al. Streamlining the preparation of "endotoxin-free" ClearColi cell extract with autoinduction media for cell-free protein synthesis of the therapeutic protein crisantaspase. Synthetic and Systems Biotechnology. 4 (4), 220-224 (2019).
  49. Dopp, J. L., Jo, Y. R., Reuel, N. F. Methods to reduce variability in E. Coli-based cell-free protein expression experiments. Synthetic and Systems Biotechnology. 4 (4), 204-211 (2019).
  50. Sun, Z. Z., et al. Protocols for Implementing an Escherichia coli Based TX-TL Cell-Free Expression System for Synthetic Biology. Journal of Visualized Experiments: JoVE. , e50762(2013).
  51. Schinn, S. M., Broadbent, A., Bradley, W. T., Bundy, B. C. Protein synthesis directly from PCR: Progress and applications of cell-free protein synthesis with linear DNA. New Biotechnology. 33 (4), 480-487 (2016).
  52. Sitaraman, K., et al. A novel cell-free protein synthesis system. Journal of Biotechnology. 110 (3), 257-263 (2004).
  53. Marshall, R., Maxwell, C. S., Collins, S. P., Beisel, C. L., Noireaux, V. Short DNA containing χ sites enhances DNA stability and gene expression in E. coli cell-free transcription-translation systems. Biotechnology and Bioengineering. 114, 2137-2141 (2017).
  54. Sun, Z. Z., Yeung, E., Hayes, C. A., Noireaux, V., Murray, R. M. Linear DNA for rapid prototyping of synthetic biological circuits in an escherichia coli based TX-TL cell-free system. ACS Synthetic Biology. 3 (6), 387-397 (2014).
  55. Addgene: pJL1. , Available from: https://www.addgene.org/69496/ (2021).
  56. IDT Codon Optimization Tool. , Available from: https://www.idtdna.com/pages/tools/codon-optimization-tool (2021).
  57. Hadi, T., et al. Rolling circle amplification of synthetic DNA accelerates biocatalytic determination of enzyme activity relative to conventional methods. Scientific Reports. 10 (1), 10279(2020).
  58. New England Biolabs Tm Calculator. , Available from: https://tmcalculator.neb.com/#!/main (2021).
  59. Shin, J., Noireaux, V. Efficient cell-free expression with the endogenous E. Coli RNA polymerase and sigma factor 70. Journal of Biological Engineering. 4, (2010).
  60. Colant, N., et al. A rational approach to improving titer in Escherichia coli-based cell-free protein synthesis reactions. Biotechnology Progress. 37 (1), 3062(2021).
  61. Burgess-Brown, N. A., et al. Codon optimization can improve expression of human genes in Escherichia coli: A multi-gene study. Protein Expression and Purification. 59, 94-102 (2008).
  62. Maertens, B., et al. Gene optimization mechanisms: A multi-gene study reveals a high success rate of full-length human proteins expressed in Escherichia coli. Protein Science. 19 (7), 1312-1326 (2010).
  63. Eckert, K. A., Kunkel, T. A. DNA polymerase fidelity and the polymerase chain reaction. Genome Research. 1 (1), 17-24 (1991).
  64. Dopp, J. L., Reuel, N. F. Process optimization for scalable E. coli extract preparation for cell-free protein synthesis. Biochemical Engineering Journal. 138, 21-28 (2018).
  65. Liu, D. V., Zawada, J. F., Swartz, J. R. Streamlining Escherichia Coli S30 extract preparation for economical cell-free protein synthesis. Biotechnology Progress. 21 (2), 460-465 (2005).
  66. Levine, M. Z., Gregorio, N. E., Jewett, M. C., Watts, K. R., Oza, J. P. Escherichia coli-Based Cell-Free Protein Synthesis: Protocols for a robust, flexible, and accessible platform technology. Journal of Visualized Experiments: JoVE. (144), e58882(2019).
  67. Kwon, Y. C., Jewett, M. C. High-throughput preparation methods of crude extract for robust cell-free protein synthesis. Scientific Reports. 5, (2015).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на повторное использование текста или иллюстраций этой статьи JoVE

Запросить разрешение

Теги

Похожие статьи