1. Изготовление микрофлюидных устройств
- Мягкая литография
ПРИМЕЧАНИЕ: Этот протокол описывает изготовление устройства для проектирования микрофлюидного устройства, фокусирующего поток, из de Wilson et al.9. Однако этот протокол можно использовать с любой конструкцией устройства на пластине СУ-8. Пластина может быть приклеена к чашке Петри, а затем должна быть силанизирована, чтобы предотвратить прилипание PDMS к особенностямпластины 15.- Смешайте основание эластомера полидиметилсилоксана (PDMS) с отверждающим агентом (см. Таблицу материалов) в соотношении 10:1. Приготовьте примерно 100 г, чтобы покрыть пластину ~5 мм PDMS. Вылейте смесь PDMS на пластину и дегазируйте в осушителе в течение примерно 30 минут. Как только все пузырьки исчезнут, поместите в духовку при 60 °C не менее чем на 2 часа, чтобы вылечить PDMS.
- Используйте нож, чтобы аккуратно проследить вокруг параметра устройства без растрескивания пластины; затем аккуратно снимите PDMS с пластины. Используйте 1 мм биопсийный перфоратор (см. Таблицу материалов) для создания входных и выходных каналов.
ПРИМЕЧАНИЕ: Будьте осторожны при пробивке микрофлюидного устройства. Разрывы или разрывы вокруг входных или выходных каналов могут вызвать утечки во время производства микрогелей.
- Используйте ленту для удаления пыли с устройства на стороне функции. Поместите устройства и очистите стеклянные слайды на конфорке при температуре 135 °C в течение не менее 15 минут, чтобы удалить влагу.
- В вытяжном шкафу используйте коронную плазменную пушку (см. Таблицу материалов) на верхних контактных стеклах и устройствах (сторона объекта открыта) в течение примерно 30 с, а затем быстро свяжите их вместе. Осторожно нажмите, чтобы обеспечить хорошее уплотнение между устройством и стеклом. Поместите устройства в духовку с температурой 60 °C на ночь, чтобы закрепить сцепление.
2. Микрофлюидная продукция микрогелей гиалуроновой кислоты (ГК) с функциональными ручками норборнена (NB)
- Синтез HA-NB
ПРИМЕЧАНИЕ: Синтез HA-норборнена (HA-NB) был адаптирован из Darling et al.3 с использованием 79 кДа натрия HA с молярными эквивалентами 1:1,5:2,5 ГК-повторных единиц до 4-(4,6-диметокси-1,3,5-триазин-2-ил)-4-метилморфолиния хлорида (DMTMM) до 5-норборнен-2-метиламина (НМА).- Взвесьте реагенты. Растворить ГК при 20 мг/мл в 200 мМ MES буфере (рН ~6) путем перемешивания в стакане или колбе на перемешиваемой пластине. После растворения добавьте ДМТМм в раствор ГК и дайте вступить в реакцию в течение приблизительно 20 мин при комнатной температуре. Например, можно использовать 1 г ГК + 1,09 г ДМТММ + 845 мкл НМА.
- Добавьте NMA по каплям в решение HA/DMTMM. Добавьте парапленку к открытию реакционного сосуда, чтобы свести к минимуму испарение, и накройте реакционный сосуд фольгой. Продолжайте помешивать, давая реакции продолжаться в течение примерно 24 ч.
- Через 24 ч охладите 200 стойким этанолом (примерно в 10 раз больше реакционного объема). На перемешиваемой пластине переложите реакцию по каплям на охлажденный этанол, чтобы вывести в осадок HA-NB и продолжайте перемешивание при 200-300 об/мин в течение 20 мин.
- Переложите раствор на конические пробирки объемом 50 мл, а затем центрифугу на 5000 х г в течение 10 мин. Высыпьте избыток этанола для утилизации в качестве отходов. В этот момент продукт HA-NB должен представлять собой белые гранулы в конических трубках. Вытяните вакуум на HA-NB в осушителе для высыхания в течение ночи.
- Очистите HA-NB с помощью 12-14 кДа молекулярно-весовых отсечных целлюлозных диализных трубок (см. Таблицу материалов). Растворить HA-NB в 2 М растворе NaCl и перенести в диализную трубку. При необходимости завяжите трубку и закрепите зажимами. Переложите заполненную диализную трубку в ведро с 5 л сверхчистой воды и диализуйте HA-NB против воды на ночь.
- На следующий день вынуть воду и заменить 1 М раствором NaCl в течение 30 мин. Удалите раствор NaCl, а затем диализуйте против сверхчистой воды в течение 3 дней, заменяя воду ежедневно.
- Отфильтруйте диализованный продукт с помощью вакуумного фильтра 0,2 мкм, а затем перенесите отфильтрованный продукт в конические трубки объемом 50 мл.
- Добавьте жидкий азот в криогенный контейнер и заморозьте пробирки HA-NB в течение 10 минут. Затем удалите конические трубки щипцами и быстро снимите колпачок и накройте тканью лабораторного класса (см. Таблицу материалов). Закрепите ткань резинкой и перенесите в контейнер для лиофилизации или камеру (см. Таблицу материалов) и лиофилизируйте. Хранить лиофилизированный продукт при -20 °C.
ВНИМАНИЕ: Жидкий азот является опасным веществом. Надевайте соответствующие средства индивидуальной защиты при работе с жидким азотом.
- Количественное определение модификации норборнена путем растворения HA-NB при 10 мг/мл вD2Oи анализа с помощью протонного ЯМР (рисунок 1A)16.
- Чтобы определить величину функционализации, сначала откалибруйте пик растворителяD2O до 4,8 PPM. Интегрируйте пик для метилпротонов ГК (δ2,05) и откалибруйте интеграцию до 3,0. Далее интегрируем пики для подвесных норборненовых групп при δ6,33 и δ6,02 (виниловые протоны, эндо). Нормализуют интегрирование этих пиков в соответствующее число протонов для определения средней степени модификации3.
- Получение предшественника микрогеля HA-NB
- Подготовьте буфер HEPES емкостью 50 мМ (рН 7,5) и стерильную фильтрацию буфера с помощью вакуумного фильтра 0,2 мкм. Используя буфер HEPES, подготовьте соответствующие запасы 50 мМ фотоинициатора фенил(2,4,6,-триметилбензоила)фосфината (LAP) и восстановителя трис(2-карбоксиэтил)фосфина (TCEP). Держите решение LAP вдали от света.
- Приготовьте другие компоненты-предшественники микрогеля путем получения соответствующих 50 мМ запасов ди-тиолового линкера и пептида RGD в стерильной дистиллированной воде. Взвесите HA-NB и растворите в буфере HEPES для получения запаса 10 мг/мл.
ПРИМЕЧАНИЕ: Различные ди-тиоловые компоновщики могут быть использованы для внутреннего сшивания микрогелей на основе предпочтений пользователя. Как разлагаемый (т.е. MMP-расщепляемый), так и неразлагаемый (дитиотрейтол или DTT) линкер были перечислены в Таблице материалов. Пептид RGD включен в состав микрогеля для содействия клеточной адгезии в каркасах MAP, но этот компонент может быть удален и заменен равным объемом буфера HEPES.
- Комбинируйте компоненты-прекурсоры с конечными концентрациями 9,9 мМ LAP, 0,9375 мМ TCEP (4 тиола/TCEP), 2,8 мМ ди-тиолового линкера, 1 мМ пептида RGD и 3,5 мас.% (мас./об.) HA-NB путем добавления дополнительного буфера HEPES для достижения желаемого конечного объема. Хорошо перемешайте предшественник с помощью пипетки с положительным смещением.
- Используя пипетку P1000, медленно подтягивайте всю смесь. Положите наконечник на конец шприца объемом 1 мл и извлеките наконечник из пипетки. Потяните плунжер шприца, чтобы загрузить смесь в шприц, а затем добавьте фильтр 0,2 мкм на конец шприца и отфильтруйте в новую микроцентрифужную трубку объемом 1,5 мл. Центрифугируйте отфильтрованный раствор предшественника для удаления пузырьков, образующихся при фильтрации.
- Опять же, используя пипетку P1000, медленно подтягивайте отфильтрованный предшественник, стараясь не создавать пузырьков. Если есть пузырьки, осторожно постучите по кончику, чтобы они сместились и всплыли наверх.
- Положите наконечник на конец шприца объемом 1 мл и извлеките наконечник из пипетки. Держите шприц вертикально и медленно тяните поршень шприца, пока весь раствор предшественника не окажется в шприце. Добавьте к шприцу иглу с тупым наконечником и протолкните предшественник через кончик иглы. Заверните шприц в фольгу, чтобы не было света.
- Приготовление раствора для защемления микрогелей
- Приготовить 5% v/v Span-80 в тяжелом белом минеральном масле и хорошо перемешать. Высушите, чтобы удалить пузырьки. Держите смесь поверхностно-активного вещества и масла при комнатной температуре, завернутую в фольгу. Хорошо перемешайте и высушите перед каждым использованием.
- Используйте шприц объемом 5 мл для получения смеси масла и поверхностно-активного вещества (сведите к минимуму пузырьки) до тех пор, пока расстояние между плунжером и рукояткой пальца не будет примерно равно расстоянию от шприца-предшественника. Добавьте тупую иглу в шприц и протолкните масло через кончик иглы.
- Настройка микрофлюидного устройства
- Добавьте тупую иглу в шприц объемом 1 мл и заполните синтетическим гидрофобным лечебным раствором (см. Таблицу материалов). Осторожно пропустите раствор через микрофлюидное устройство до тех пор, пока он не растается на каждом входе/выходе. Дайте раствору высохнуть в устройстве на столешнице в течение примерно 30 минут, а затем потяните вакуум на выходное отверстие, чтобы удалить лишний раствор. Закрепите устройство зажимами на настольном микроскопе.
- Оберните коническую трубку объемом 15 мл фольгой и поместите в стойку для трубок, чтобы она служила контейнером для сбора микрогелей. Используйте кольцевую подставку с зажимом, чтобы поместить зонд ультрафиолетового излучения в отверстие коллекторной трубки. Используйте УФ-детектор (см. Таблицу материалов) для измерения интенсивности УФ-излучения, перемещая зонд до тех пор, пока не будет достигнуто 20 мВт/см2 . Выключите ультрафиолетовый свет на потом.
- Разрезайте трубку на длину, которая будет доходить от микрофлюидного устройства до контейнера для сбора. На одном конце трубки вырежьте угол 45°. Аккуратно вставьте угловой конец трубки в выходной канал.
ПРИМЕЧАНИЕ: Будьте осторожны при вставке трубки в микрофлюидное устройство. Разрывы или разрывы вокруг входных или выходных каналов могут вызвать утечки во время производства микрогелей.
- Закрепите шприцы как прекурсора, так и шприцы масляной фазы на насосе с двумя шприцевыми шприцами (см. Таблицу материалов). Вырежьте еще два куска трубки на длину, которая будет доходить от кончиков шприца до микрофлюидного устройства. На одном конце каждой трубки вырежьте угол 45°. Тщательно закрепите трубку (тупой конец) на обоих наконечниках шприца.
- Измените настройки насоса для шприца 1 мл и включите приблизительный объем предшественника. Медленно толкайте насос вперед до тех пор, пока не будет подано достаточное давление на шприцевые плунжеры, чтобы протолкнуть масло и предшественник к концам трубки, удаляя любой воздух из системы. Дайте давлению выровняться за 5-10 минут до перехода к шагу 2.4.6.
- Осторожно вставьте угловой конец трубки во входные каналы микрофлюидного устройства с раствором предшественника микрогеля на переднем входе и защемляющим маслом на заднем входе. Перемещайте насос вперед небольшими шагами до тех пор, пока в устройстве не начнется поток и сферические микрогели не начнут образовываться в области, фокусирующей поток. Запустите насос со скоростью потока 0,4 мкл/мин и дайте устройству работать до тех пор, пока оно не стабилизируется. При необходимости отрегулируйте скорость потока ±0,1 мкл/мин с небольшими шагами для стабилизации производства микрогеля.
- Как только производство микрогелей стабилизируется, как показано на рисунке 1B, замените трубку для сбора новой трубкой и включите ультрафиолетовый свет. Периодически проверяйте прогон, чтобы обеспечить стабильность производства микрогелей в течение всего пробега.

Рисунок 1: Микрофлюидная продукция микрогелей гиалуроновой кислоты (ГК) с функциональными ручками норборнена (NB ). (А) Приблизительно 31% повторных единиц ГК были успешно модифицированы с помощью NB, что было определено протонным ЯМР-анализом, выполненным в оксиде дейтерия. 1 См. H ЯМР сдвиги подвесных норборненов при δ6,33 и δ6,02 (виниловые протоны, эндо) и δ6,26 и δ6,23 ppm (виниловые протоны, экзо) сравнивали с метильной группой ГК δ2,05 ppm для определения функционализации. Перепечатано из Anderson et al.12 с разрешения Elsevier. (B) Схема микрофлюидного устройства, фокусирующего поток, используемого для генерации МКГЕЛЕЙ HA-NB. (C) Проекции максимальной интенсивности с помощью конфокальной микроскопии использовались для визуализации флуоресцентно меченых мкгелей (шкала бар = 500 мкм). (D) Частотные распределения диаметра микрогеля от независимых прогонов на микрофлюидной установке демонстрируют контроль над размером микрогеля ~50 мкм или ~100 мкм в зависимости от используемого устройства. (E) Диаметр микрогеля указывается как среднее и стандартное отклонение для каждого независимого пробега. Перепечатано из Wilson et al.9 с разрешения Wiley. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
3. Очистка и сушка микрогелей
- Очистка микрогелей
- Подготовьте буфер для промывки микрогелей (300 мМ HEPES, 50 мМ NaCl, 50 мМ CaCl2), а также 2% (мас./об.) раствор поверхностно-активного вещества Pluronic F-127 в буфере промывки. Стерилизуйте растворы с помощью вакуумного фильтра 0,2 мкм.
- Центрифугируйте трубку для сбора микрогелей (5 000 х г) в течение 5 мин. В стерильной вытяжке осторожно аспирируйте фазу надосадочного масла. Соедините мкгели 1:1 с 2% раствором поверхностно-активного вещества Pluronic F-127 и вихрем для хорошего перемешивания. Центрифуга (5 000 х г) в течение 5 мин и аспирировать раствор для промывки супернатанта.
- Добавьте промывочный буфер с объемом 4 микрогеля и вихрь, чтобы хорошо перемешать. Центрифугу (5 000 х г) смесь в течение 5 мин и аспирируют моющим раствором. Завершите 4-8 промывок с помощью промывочного буфера до тех пор, пока поверхностно-активное вещество не будет удалено из системы (т.е. пузырьков не останется).
- Флуоресцентная маркировка микрогелей HA-NB
ПРИМЕЧАНИЕ: Собственный синтез флуоресцентно меченого тетразина опирается на две катализируемые основанием реакции присоединения тиола-Майкла последовательно, которые были хорошо описаны и ранее сообщены3. Для этой работы Alexa Fluor-488 был сопряжен с тетразином для маркировки норборнен-модифицированных мкгелей. Лиофилизированный продукт (Alexa Flour 488-Tet) растворяли в диметилформамиде при 1 мг/мл и хранили при -20 °C.- Чтобы флуоресцентно маркировать мкгели, сначала готовят рабочий раствор Alexa Fluor 488-Tet, разбавляя запас 1 мг/мл 1:14 в стерильном 1x PBS. В стерильной вытяжке соединить мкгели с рабочим раствором (2:1 по объему).
- Используйте вытесняющую пипетку и хорошо перемешайте. Инкубировать смесь в течение 1 ч при комнатной температуре или на ночь при 4 °С.
- Центрифуга (5 000 х г) и аспирация окрашивающего раствора. Дважды вымойте мкгели с 1x PBS (1:1 по объему), чтобы удалить непрореагировавший Alexa Fluor 488-Tet.
ПРИМЕЧАНИЕ: На этом этапе флуоресцентно меченые мкгели могут быть визуализированы на конфокальном микроскопе для количественной оценки размера микрогеля (рисунок 1C-E)9. Методы измерения размера микрогелей были подробно описаны Roosa et al.17.
- Сушка микрогелей HA-NB
- Перенесите очищенные мкгели (рисунок 2А) в криобезопасную винтовую трубку с помощью пипетки с положительным смещением. Добавьте 70% этанола к очищенным мкгелям 50% (v/v) и хорошо перемешайте с вытесняющей пипеткой. Центрифуга в течение 5 мин при 5 000 х г.
ВНИМАНИЕ: Этанол является легковоспламеняющимся веществом.
ПРИМЕЧАНИЕ: Криобезопасную трубку с винтовой крышкой можно взвесить перед добавлением мкгелей, а затем снова взвесить после лиофилизации для определения массы мкгелей. Это рекомендуется для минимизации погрешности при использовании в количествах менее 1 мг. Убедитесь, что весы внутренне отрегулированы или откалиброваны перед использованием.
- Аспирировать надосадочную жидкость и заменить 70% этанолом (50% v/v) (рисунок 2B). Хорошо перемешать с вытесняющей пипеткой. Инкубировать в течение ночи при 4 °C.
ПРИМЕЧАНИЕ: Микрогели могут храниться в 70% этаноле при 4 °C до лиофилизации для длительного хранения, если это необходимо. Лиофилизированные микрогели показаны на рисунке 2C. Другие лиофилизационные среды могут быть использованы на этом этапе, если требуется образование криогеля (рисунок 2D).
- Кратковременно центрифугу, чтобы убедиться, что мкгели находятся в нижней части трубки с винтовой крышкой. Добавьте жидкий азот в криогенный контейнер, а затем добавьте пробирку с мкгелями для мгновенной заморозки.
- Через 5-10 мин снимите пробирку с мкгелями щипцами. Быстро снимите колпачок и накройте тканью лабораторного класса. Закрепите ткань резинкой и перенесите в контейнер для лиофилизации или камеру.
- Загрузите образец на лиофилизатор в соответствии с инструкциями производителя. Лиофилизируют при 0,066 торра и -63 °C. Хранить лиофилизированные мкгели (лио-мкгели) плотно закрытыми при комнатной температуре.
ПРИМЕЧАНИЕ: Лиофилизация завершается, когда из пробирки удаляется вся жидкость и остается высушенный продукт. Органические растворители могут уменьшить долговечность резиновых светильников на обычных системах лиофилизации.

Рисунок 2: Сушка микрогелей HA-NB. (A) Проекция максимальной интенсивности мкгелей в водном растворе (шкала бар = 100 мкм). (B) Очищенные мкгели могут быть инкубированы 1:1 по объему в лиофилизационной среде выбора и лиофилизированы. (C) Проекция максимальной интенсивности высушенных лио-мкгелей (шкала бар = 100 мкм). (D) Микрогели повторно суспендируются после лиофилизации. EtOH (70%) рекомендуется для сохранения исходных свойств мкгелей на протяжении всего процесса лиофилизации; однако другие среды, такие как изопропиловый спирт (IPA), вода и ацетонитрил (MeCN), могут использоваться взаимозаменяемо для облегчения образования криогеля (шкала бар = 100 или 50 мкм, как отмечалось). (E) Измерение диаметра микрогеля HA-NB до (серый) и после лиофилизации (зеленый) в 70% EtOH показано как распределение частот для трех популяций микрогелей. Перепечатано из Anderson et al.12 с разрешения Elsevier. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
4. Изготовление строительных лесов MAP
- Синтез тетразинового линкера
ПРИМЕЧАНИЕ: Тетразиновые линкеры могут быть использованы для соединения μgels, несущих свободные норборненовые группы (рисунок 3A). Процедуру синтеза ГК-тетразина (ГК-Тет) адаптировали из Zhang et al.18 с использованием 79 кДа натрия ГК с молярными эквивалентами 1:1:0,25 ГК-повторных единиц к ДМТММ до тетразин-амина (Рисунок 3В)12.- Взвесьте реагенты. Растворить ГК при 20 мг/мл в 200 мМ MES буфере (рН ~6) путем перемешивания в стакане или колбе на перемешиваемой пластине. После растворения добавьте ДМТМм в раствор ГК и дайте вступить в реакцию в течение приблизительно 20 мин при комнатной температуре. Например, можно использовать 100 мг ГК + 72,8 мг ДМТММ + 14,14 мг тетразин-амина.
- Растворить тетразин-амин в 15 мг/мл в буфере MES 200 мМ и добавить по каплям в раствор HA/DMTMM. Обратитесь к рисунку 3C для установки реакции HA-Tet.
- Добавьте парапленку к открытию реакционного сосуда, чтобы свести к минимуму испарение, и накройте реакционный сосуд фольгой. Продолжайте помешивать, давая реакции продолжаться в течение примерно 24 ч.
- Через 24 ч охладите 200 стойким этанолом (примерно в 10 раз больше реакционного объема). На перемешиваемой пластине переложите реакцию по каплям на охлажденный этанол, чтобы вывести в осадок ГК-Тет (рисунок 3D) и продолжайте перемешивание в течение 20 мин.
- Переложите раствор на конические пробирки объемом 50 мл, а затем центрифугу на 5000 х г в течение 10 мин. Высыпьте избыток этанола для утилизации в качестве отходов. Вытяните вакуум на HA-Tet в осушителе для высыхания в течение ночи. Пример высушенного продукта на этом этапе протокола можно найти на рисунке 3E.
- Очистите ГК-Тет с помощью диализа. Растворить HA-Tet в 2 М растворе NaCl и перенести в диализную трубку целлюлозы с отсечкой молекулярной массы 12-14 кДа. Переложите заполненную диализную трубку в ведро с 5 л сверхчистой воды и диализуйте HA-Tet против воды на ночь.
- На следующий день вынуть воду и заменить 1 М раствором NaCl в течение 30 мин. Удалите раствор NaCl, а затем диализуйте против сверхчистой воды в течение 3 дней, заменяя воду ежедневно.
- Отфильтруйте диализованный продукт с помощью вакуумного фильтра 0,2 мкм, а затем перенесите отфильтрованный продукт HA-Tet в конические трубки объемом 50 мл.
- Восплывают конические трубки в жидком азоте в течение 10 мин, а затем удаляют конические трубки щипцами. Быстро снимите колпачок и накройте тканью лабораторного класса. Закрепите ткань резинкой и перенесите в контейнер для лиофилизации или камеру и лиофилизируйте. Хранить лиофилизированный продукт (рисунок 3F) при температуре -20 °C.
- Количественное определение модификации тетразина путем растворения HA-Tet при 10 мг/мл вD2Oи анализа с помощью протонного ЯМР (рисунок 3G)16.
- Чтобы определить величину функционализации, сначала откалибруйте пик растворителяD2O до 4,8 PPM. Интегрируйте пик для метилпротонов ГК (δ2,05) и откалибруйте интеграцию до 3,0. Затем интегрируем пики для подвесных тетразиновых групп при δ8,5 (2H) и δ7,7 (2H) (ароматические протоны). Нормализуют интегрирование этих пиков в соответствующее число протонов для определения средней степени модификации12.
- Взаимосвязь лио-мкгелей для формирования каркасов MAP для характеристики
- Подготовьте компоненты каркаса MAP (т.е. мкгели, HA-Tet, объем регидратации). Взвесьте лио-мкгели (рисунок 4А) и восстановите в 84% конечного объема MAP в 1x PBS. Дайте микрогелям набухнуть в течение приблизительно 20 мин (рисунок 4B,C). Мас.% MAP, используемый для регидратации, может быть выбран на основе предпочтений пользователя в отношении конечной фракции частиц (см. рисунок 4D, E).
- Растворите ГК-Тет в 1x PBS в выбранной концентрации (см. ПРИМЕЧАНИЕ ниже).
ПРИМЕЧАНИЕ: Изменение как фракции упаковки (через мас.% MAP), так и концентрации HA-Tet приведет к изменению механических свойств каркаса. Например, каркас MAP 3,4 мас.% сшитый с 0,02 мг/мл HA-Tet (коэффициент отжига 2,6 моль Tet:mol HA-NB) генерирует каркасы MAP с модулем хранения сдвига приблизительно 700 Па12.
- Используйте вытесняющую пипетку, чтобы соединить HA-Tet и лио-мкгели и хорошо перемешать. На этом этапе смесь может быть перенесена с помощью вытесняющей пипетки на стеклянные слайды, пластины колодцев или контейнер по выбору пользователя. Дайте мкгелям отжигнуть при 37 °C в течение 25 мин, а затем используйте шпатель для переноса каркасов MAP на плиты скважин, заполненные 1x PBS. Храните каркасы MAP в 1X PBS до тех пор, пока они не будут готовы к характеристике.
- Вычисление фракции частиц каркаса MAP
- Для улучшения качества изображения перенесите каркас MAP на стеклянный покров с помощью шпателя. Изображение каркасов MAP на конфокальном микроскопе с использованием лазера для возбуждения и излучения FITC. Изобразите каркас MAP на 20-кратном объективе и получите Z-стек, проходящий 250-300 мкм в Z-направлении с размером шага 2,5 мкм. Запишите калибровку изображения по мкм/пикселю.
- Импортируйте изображение Z-стека в программное обеспечение для анализа (см. Таблицу материалов). Нажмите кнопку Добавить новые поверхности . Установите флажок Сегментировать только интересующую область, а затем нажмите синюю кнопку со стрелкой Далее: Интересующая область.
- Определите интересующую область, отслеживая X-, Y- и Z-измерения анализируемого объема. Нажмите синюю кнопку со стрелкой Далее: Исходный канал.
ПРИМЕЧАНИЕ: X- и Y-измерения находятся в единицах пикселей, в то время как Z-размерность - это количество шагов. Рекомендуемая Z-высота для интересующей области должна включать не менее двух мкгелей.
- Используйте раскрывающийся список Исходный канал , чтобы выбрать канал FITC. Установите флажок Smooth (Гладкий ) и введите деталь поверхности 2,50 мкм. В разделе Пороговое значение выберите Абсолютная интенсивность, а затем нажмите синюю кнопку со стрелкой Далее: Пороговое значение.
- Используйте рекомендуемое пороговое значение для канала FITC. Поверните 3D-проекцию, чтобы оценить качество рендеринга и настроить его по мере необходимости. Выберите Далее: Классификация поверхностей.
ПРИМЕЧАНИЕ: Кнопка «Назад» может использоваться для редактирования предыдущих шагов процесса, таких как Z-измерение, по мере необходимости.
- Проверьте, равно ли Число вокселей 10.0, а затем нажмите зеленую кнопку с двойной стрелкой Готово: Выполните все шаги создания и завершите работу мастера.
ПРИМЕЧАНИЕ: Параметры рендеринга тома могут быть сохранены для пакетного анализа, так что те же настройки применяются для анализа всех скаффолдов.
- Чтобы экспортировать данные, перейдите на вкладку Статистика , а затем на вкладку Подробно . Используйте второй раскрывающийся список, чтобы выбрать переменную Volume. Нажмите кнопку Экспорт статистики на дискете на вкладке Отобразить в файл и сохраните ее в виде файла электронной таблицы (.xls) при появлении соответствующего запроса.
- Откройте файл и используйте функцию СУММ в столбце A Volume для определения общего объема (мкм3) мкгелей в интересующей области.
- Преобразуйте размеры интересующей области, которая была проанализирована, из пикселей в мкм. Используйте калибровку изображения мкм/пиксель из шага 4.3.1 для преобразования X- и Y-размеров. Умножьте Z-размерность (количество шагов) на размер шага для изображения, чтобы преобразовать Z-размерность в мкм. Рассчитайте объем интересующей области (мкм3), умножив X-, Y- и Z-измерения.
- Чтобы определить долю частиц каркаса, разделите общий объем мкгелей в интересующей области (найденной на этапе 4.3.8) на объем интересующей области (найденной на этапе 4.3.9).

Рисунок 3: Синтез тетразинового линкера для изготовления каркасов микропористых отожженных частиц (MAP). (A) Схема мкгелей HA-NB, связанных с тетразиновым линкером для формирования каркасов MAP. (B) Схема реакции для синтеза HA-Tet. (C) Реакция HA-Tet была настроена и позволила вступить в реакцию в течение ночи с последующим (D) осаждением HA-Tet в этаноле. (E) После очистки и сушки HA-Tet регидратировали и лиофилизировали с получением (F) высушенного светло-розового продукта. (G) Протонный ЯМР-анализ показывает успешную модификацию 11% повторных единиц ГК. Перепечатано из Anderson et al.12 с разрешения Elsevier. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.

Рисунок 4: Регидратация лиофилизированных микрогелей для изготовления каркасов MAP. (A) Проекция максимальной интенсивности высушенных лио-мкгелей (шкала бар = 100 мкм). (B) После сублимационной сушки показано, что регидратация лио-мкгелей занимает приблизительно 20 мин (шкала бар = 100 мкм). (C) Лио-мкгели могут быть регидратированы при различном мас.% MAP для получения застрявших мкгелей (шкала бар = 100 мкм). (D) Увеличение мас.% MAP при регидратации лио-мкгелей изменяет фракцию частиц в каркасах MAP, как показывают одиночные Z-срезы каркасов MAP и проекции объема (шкала бар = 100 мкм). (E) С помощью этих определяемых пользователем каркасов MAP можно получить уникальные фракции частиц (NL = нелиофилизированные мкгели). На образцах проводили одностороннюю ANOVA с Tukey HSD (n = 3), со значимостью, сообщенной при p < 0,05 (*), p < 0,01 (**), p < 0,005 (***) и p < 0,001 (****). Перепечатано из Anderson et al.12 с разрешения Elsevier. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
5.3D клеточная культура в каркасах карты
- Подготовка устройств для культивирования клеток
- Чтобы создать пользовательское устройство для культивирования клеток для этих экспериментов (рисунок 5A-C), используйте 3D-принтер для печати отрицательной формы с помощью файла CAD, найденного в файле дополнительного кодирования 1.
ПРИМЕЧАНИЕ: Размеры устройства для культивирования клеток следующие: 94,9 мм x 94,9 мм x 4,8 мм при общей высоте скважины 2,6 мм. Диаметр внутренних и наружных скважин составляет 4 мм и 6 мм соответственно.
- Смешайте основание эластомера полидиметилсилоксана (PDMS) с отверждающим агентом в соотношении 10:1 по массе. Налейте смесь PDMS в большую пластиковую чашку Петри и дегазируйте в осушителе примерно на 30 минут или до тех пор, пока все пузырьки не исчезнут.
- Как только все пузырьки исчезнут, аккуратно поместите 3D-печатную форму в PDMS, чтобы свести к минимуму образование новых пузырьков. Поместите в духовку при температуре 60 °C не менее 2 ч для отверждения PDMS.
- С помощью ножа или лезвия бритвы аккуратно проследить параметр культурального устройства, а затем аккуратно удалить форму. Используйте 4 мм биопсийный перфоратор, чтобы удалить любую PDMS со дна колодцев. Вырежьте устройства, чтобы они поместились на стеклянной крышке.
ПРИМЕЧАНИЕ: Устройства для культивирования клеток также могут быть прикреплены к стеклянным слайдам, но стеклянные крышки улучшают визуализацию образцов.
- Используйте ленту для удаления пыли с нижней стороны устройств для культивирования. Поместите прозрачные стеклянные крышки и устройства для культивирования (снизу вверх) на конфорку при температуре 135 °C не менее чем на 15 минут для удаления влаги.
- В вытяжном капюшоне используйте коронную плазменную пушку как на стеклянной крышке, так и на нижней стороне устройства в течение 30 с, а затем быстро свяжите обработанные поверхности вместе. Осторожно нажмите, чтобы обеспечить хорошее уплотнение между устройством для культивирования и стеклянным покровом.
- Повторите шаг 5.1.6 для всех устройств, а затем поместите в печь с температурой 60 °C на ночь, чтобы закрепить сцепление. Автоклав устройств для стерилизации перед использованием in vitro.
- Клеточная культура в каркасах MAP
- Подготовьте компоненты каркаса MAP (т.е. мкгели, HA-Tet, объем среды) на основе желаемой фракции частиц (см. рисунок 4D-E). Взвесьте лио-мкгели в стерильной вытяжке и восстановите в 84% конечного объема MAP клеточных сред на основе выбранного мас.% MAP. Дайте мкгелям набухнуть в течение примерно 20 минут.
ПРИМЕЧАНИЕ: Эти методы требуют, чтобы пользователь взвешивал лио-микрогельовый продукт для регидратации. Для небольших масс (1 мг или менее) предлагается сначала взвесить криотрубу перед добавлением и лиофилизацией мкгелей, а затем перевзвешивать трубку после лиофилизации, чтобы определить массу продукта для минимизации погрешности.
- Растворяют HA-Tet в клеточных средах в 16% от конечного объема MAP.
ПРИМЕЧАНИЕ: Следующие этапы подготовки клеток к посеву в каркасах MAP могут быть изменены в зависимости от типа используемой ячейки. В этом протоколе мезенхимальные клетки мыши D1 выращивались в модифицированной орлиной среде Dulbecco (DMEM), дополненной 1% пенициллин-стрептомицином (pen-strep) и 10% фетальной бычьей сывороткой (FBS) (см. Таблицу материалов). Для этих клеток должны соблюдаться стандартные протоколы клеточных культур, при этом культуры поддерживаются при 37 °C и 5% CO2 в сосудах, обработанных культурой тканей.
- Как только мезенхимальные клетки мыши D1 достигнут 70%-80% конфлюзии, аспирируют среду и промывают клетки с 1x PBS. Поднимите клетки, добавив достаточный объем 1% трипсина-ЭДТА для покрытия поверхности сосуда культуры ткани. Инкубируют при 37 °C в течение 1-3 мин, а затем гасят трипсинизацию, добавляя DMEM-среду, дополненную 1% стрептококком и 10% FBS при 2-кратном объеме трипсина-ЭДТА.
- Центрифугируют клеточную суспензию при 100 х г в течение 5 мин при комнатной температуре, чтобы гранулировать ячейки. Аспирировать надосадочную среду и повторно суспендировать клетки в 1 мл DMEM среды, дополненной 1% пен-стрептококком и 10% FBS.
- Убедитесь, что клеточная суспензия хорошо перемешана, а затем перенесите 20 мкл в новую микроцентрифужную трубку. Добавить 20 мкл раствора трипана синего цвета и хорошо перемешать. Используйте 20 мкл этой смеси для подсчета клеток с помощью гемоцитометра или автоматизированного счетчика клеток с слайдами камеры подсчета клеток.
- Перенесите количество клеток, необходимое для посева 10 000 клеток/мкл MAP, в новую микроцентрифужную трубку. Центрифуга при 100 х г в течение 5 мин при комнатной температуре гранулирует ячейки. Осторожно аспирируйте надосадочную среду из клеточной гранулы, не аспирируя клетки.
- Добавьте мкгели и сшиватель в гранулу ячейки с помощью вытесняющей пипетки. Хорошо перемешать с вытесняющей пипеткой, а затем посеять по 10 мкл смеси на лунку. При обшивке пипетку круговыми движениями равномерно распределить смесь в лунке.
- Дайте мкгелям отжигнуть при 37 °C в клеточном инкубаторе в течение 25 мин перед добавлением клеточной среды для заполнения лунок (~50 мкл среды на лунку). Поддерживайте 3D-культуры при температуре 37 °C и меняйте носитель по мере необходимости. Чтобы избежать аспирации каркаса при смене среды, стабилизируйте кончик пипетки вдоль гребня верхнего колодца.
ПРИМЕЧАНИЕ: При добавлении или удалении жидкости из культуральных скважин положите конец наконечника пипетки на уступ над каркасом MAP, чтобы свести к минимуму вероятность разрушения или аспирации каркаса из скважины.
- В нужные моменты времени фиксируют образцы, удаляя носитель и добавляя 50 мкл 4% параформальдегида на лунку в течение 30 мин при комнатной температуре. Промывайте образцы 3x с 50 мкл 1x PBS или предпочтительным буфером. На этом этапе протокола могут соблюдаться стандартные методы иммунофлуоресцентного или флуоресцентного окрашивания, используя 50 мкл на колодец в качестве рабочего объема.
ПРИМЕЧАНИЕ: Эти методы фиксации и окрашивания клеток конкретно описывают использование флуоресцентных пятен; однако иммуноокрашивание первичными и/или вторичными конъюгациями антител может быть выполнено в этих каркасах, а также в соответствии с инструкциями производителя с использованием 50 мкл в качестве рабочего объема на лунку.
- Изобразите ячейки в каркасах MAP на конфокальном микроскопе с помощью 20-кратного объектива и получите Z-стек, проходящий 200-250 мкм в Z-направлении с размером шага 2,5 мкм. Пример флуоресцентного окрашивания DAPI (ядерное окрашивание, разбавленное 1:1000 в 0,15% Triton-X в 1x PBS) и фаллоидином-647 (F-актиновое пятно, разбавленное 1:40 в 0,15% Triton-X в 1x PBS) показано на рисунке 5E, F с фиксированными клетками D1, культивируемыми в каркасах MAP в течение 3 дней.
ПРИМЕЧАНИЕ: Плазменная обработка стеклянных поверхностей приводит к повышению гидрофильности, которая, как было показано, усиливает адгезию клеток. Вероятно, будет наблюдаться распространение клеток вдоль нижней части колодцев клеточной культуры, но их не следует включать в подсчет клеток или количественную оценку объема клеток для оценки реакции клеток в каркасах MAP.

Рисунок 5: Клеточная культура в каркасах MAP. (A) Форма для создания колодцев клеточных культур может быть напечатана на 3D-принтере и отлита с помощью PDMS. Вся форма имеет диаметр 95 мм, большие скважины - 6 мм в диаметре, а маленькие внутренние колодцы - 4 мм в диаметре. (B) После литья с помощью PDMS устройства клеточной культуры связываются плазмой с покровными листами для улучшения возможностей микроскопии. (C) Поперечное сечение колодца клеточной культуры изображает резервуар для клеточных сред (~50 мкл) и меньший резервуар для посева каркаса MAP с ячейками (~10 мкл). (D) Процесс посева клеток в каркасах MAP сначала основывается на регидратации лио-мкгелей на желаемом пользователем мас.%, а затем смешивании с клетками и сшивателем для взаимосвязи мкгелей. (E) Ячейки могут быть инкапсулированы в каркасы MAP (зеленый) с различным мас.% MAP. Репрезентативные изображения относятся к 5-му дню культуры клеток D1 в каркасах MAP (шкала = 100 мкм). (F) Одиночные Z-срезы показывают различия в росте клеток в каркасах, содержащих различные мас.% MAP (шкала = 50 мкм). Перепечатано из Anderson et al.12 с разрешения Elsevier. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.