1. Подготовка эксперимента
ПРИМЕЧАНИЕ: Подробная информация обо всех реагентах/оборудовании, упомянутых на этом этапе, приведена в таблице материалов.
- Получить рекомбинантный человеческий PD-1 (rhPD-1; полигистидин-меченый). Перед использованием восстановите лиофилизированный rhPD1 стерильно-фильтрованным фосфатно-солевым буфером (PBS), pH 7,4.
- Получить биотинилированный рекомбинантный человеческий PD-L1 (rhPD-L1). Перед использованием восстановите лиофилизированный rhPD-L1 стерильной деионизированной водой.
- Получить реагент для детекции R-фикоэритрина, конъюгированный стрептавидин-конъюгированным (SAPE). Храните все растворы SAPE в защищенном от света месте при температуре холодильника (т.е. 2-8 °C).
- Получите флуоресцентно окрашенные магнитные микросферы (диаметр 6,5 мкм, полистирол с вложенным магнетитом) и набор для соединения шариков15 (если используется, см. таблицу материалов). Ковалентное связывание с микросферами требует сульфо-NHS (сульфо-N-гидросукцинимида) и EDC (N-[3-диметиламинопропил]-N′-этилкарбодиимида гидрохлорида).
ПРИМЕЧАНИЕ: Наборы магнитных шариков поставляются с любой из 500 уникальных флуоресцентных меток, что позволяет идентифицировать и дифференцировать их от различных наборов шариков16. Гранулы предлагаются в концентрациях 2,5 × 106 шариков/мл и 12,5 × 106 шариков/мл. Храните шарики в защищенном от света месте при температуре холодильника (т.е. 2-8 °C). Не замораживайте суспензии бортиков.
- Получение положительных и отрицательных контрольных антител и антител вторичного обнаружения, меченных Brilliant Violet 421 (BV421). Храните все флуоресцентно-сопряженные молекулы в защищенном от света месте.
- Выполняйте все реакции связывания в пробирках с низким содержанием белка и все реакции анализа в 96-луночных микротитровальных планшетах с низким содержанием белка с круглым дном. Запечатайте планшеты одноразовой клейкой пленкой или пластиковыми крышками для 96-луночных микропланшетов для этапов инкубации анализа. Используйте магнитный пластинчатый сепаратор для иммобилизации шариков на этапах промывки.
ПРИМЕЧАНИЕ: Система анализа потока с двумя репортерами имеет три лазера: (1) один, который идентифицирует и количественно определяет флуоресценцию, специфичную для набора шариков (канал классификации); (2) тот, который обнаруживает и количественно определяет флуоресценцию специфичного для мишени фикоэритрина (ПЭ) (Reporter Channel 1; возбуждение 532 нм, «оранжевое» излучение 565-585 нм); и (3) тот, который обнаруживает и количественно определяет специфичную для мишени флуоресценцию BV421 второго целевого аналита (Reporter Channel 2; возбуждение 405 нм, «синий» излучение 421-441 нм).
2. Соединение rhPD-1 с магнитными шариками
ПРИМЕЧАНИЕ: Соединяемый белок не должен содержать бычьего сывороточного альбумина (BSA), азида натрия, глицина, глицерина, трис(гидрокси-метил)аминометана (Tris) или аминосодержащих добавок и должен быть суспендирован в PBS при pH 7,4. Доступен коммерческий комплект муфт, который включает в себя все необходимые реагенты и буферы, описанные в настоящем документе (см. таблицу материалов).
- Выньте все связующие реагенты из холодильника и дайте им уравновеситься до комнатной температуры (RT, 18-22 °C) в течение 20-30 минут.
- Ресуспендируйте исходные микросферы путем кратковременного вихряния, ультразвуковой обработки или вращения (15 минут при 15-30 об/мин), согласно информационному листу продукта.
- Переложите 1 × 106 магнитных шариков в пробирку микроцентрифуги с низким содержанием белка объемом 1,5 мл (см. таблицу материалов).
- Промывка шариков с 100 мкл активационного буфера15: 0,1 М2PO4 (одноосновный), pH 6,2.
ПРИМЕЧАНИЕ: Сопряжение также может быть выполнено с использованием предварительно сконфигурированного комплекта для сопряжения, который включает 0,1 М 2-морфолиноэтансульфоновая кислота (MES), pH 6,0, в качестве альтернативного буфера активации и связывания (см. Таблицу материалов).- Поместите пробирку с шариками в магнитный сепаратор на 1-2 минуты.
ПРИМЕЧАНИЕ: В качестве альтернативы гранулы можно разделить микроцентрифугированием при ≥8 000 × г в течение 1-2 минут.
- Отсасывайте надосадочную жидкость пипеткой из иммобилизованных магнитом или гранулированных шариков, при этом пробирка все еще находится в магнитном сепараторе.
- Извлеките пробирку микроцентрифуги из магнита и добавьте 80 мкл буфера связи (см. Таблицу материалов).
- Осторожно встряхните реакционную трубку и обрабатывайте ультразвуком в течение 20 с, чтобы диспергировать шарики.
- Активируйте шарики с помощью sulfo-NHS и EDC.
ПРИМЕЧАНИЕ: Исходный раствор sulfo-NHS составляет 50 мг/мл, растворенный в активационном буфере. Исходный раствор EDC также составляет 50 мг/мл, растворенный в активационном буфере. Как активационный буфер, так и влага в атмосфере вызывают деградацию EDC. Не рекомендуется использовать хранящееся решение EDC. Приготовьте достаточное количество свежего EDC-раствора перед этапом и используйте его сразу же, когда раствор будет готов. Выбросьте излишки EDC-раствора.
ВНИМАНИЕ: EDC вызывает сильное раздражение глаз и раздражает дыхательные пути и кожу.- Добавьте 10 мкл sulfo-NHS в пробирку с микрофугой, содержащую промытые и активированные гранулы.
- Добавьте 10 мкл исходного раствора EDC в пробирку с микрофугой, содержащую гранулы и сульфо-NHS.
- Защитите светочувствительные микросферы от света и вращайте на вращателе в течение 20 минут при 15-30 об/мин, при RT (18-22 °C). В качестве альтернативы трубка может оставаться неподвижной на этапе активации, если ее осторожно вихрять для перераспределения шариков с интервалом в 10 минут.
- Смойте излишки реагентов сцепления с бортов.
- Поместите пробирку с активированными шариками в магнитный сепаратор на 1-2 минуты.
- Отсасывайте надосадочную жидкость с помощью пипетки из магнитных или гранулированных шариков, при этом пробирка все еще находится в магнитном сепараторе.
- Извлеките пробирку микроцентрифуги из магнита и добавьте 100 мкл активационного буфера.
- Осторожно встряхните реакционную трубку, чтобы рассеять шарики.
- Повторите шаги 2.6.1-2.6.4 еще два раза, чтобы в общей сложности выполнить три стирки. В конце промывки гранулы будут суспендированы в 100 мкл активационного буфера в приблизительной концентрации 10 × 106 шариков/мл.
- Соедините пептид rhPD-1 с активированными шариками.
- Добавьте 390 мкл активационного буфера в пробирку, содержащую активированные шарики, чтобы довести общий объем суспензии шарика до 490 мкл.
- Добавьте 1 мкг пептида PD-1 к активированной суспензии гранул, добавив 10 мкл раствора пептида PD-1 (1 мг/мл, растворенный в PBS) в пробирку, содержащую активированные шарики.
- Кратковременно встряхните пробирку микроцентрифуги, чтобы равномерно распределить PD-1 и активированные шарики.
- Инкубируют шарики с ПД-1 в течение 2 ч в темноте при РТ (18-22 °С) при вращении (15-30 об/мин).
- Промойте бусины дважды (2 раза) с использованием пробирного буфера (PBS-TBN: 1x PBS, pH 7,4 + 0,1% BSA + 0,05% Tween-20 + 0,05% NaN315).
- Поместите пробирку с активированными шариками в магнитный сепаратор на 1-2 минуты.
- Отсасывайте надосадочную жидкость пипеткой из иммобилизованных магнитом или гранулированных шариков, при этом пробирка все еще находится в магнитном сепараторе.
- Извлеките пробирку микроцентрифуги из магнита и добавьте 100 мкл активационного буфера.
- Осторожно встряхните реакционную трубку, чтобы рассеять шарики.
- Повторите шаги 2.8.1-2.8.4 еще один раз, чтобы выполнить в общей сложности две стирки. В конце промывки гранулы будут суспендированы в 100 мкл активационного буфера в концентрации 10 ×10 6 шариков/мл.
ПРИМЕЧАНИЕ: Буфер для анализа/промывки может быть изготовлен без азида натрия (консерванта), если буфер также не используется в качестве среды хранения.
- Храните шарики, связанные rhPD-1, в темноте в холодильнике при температуре 2-8 °C, если они не используются немедленно. Гранулы, связанные с белками, стабильны до 18 месяцев.
3. Оценка успешного соединения rhPD-1 с шариками
ПРИМЕЧАНИЕ: Микросферы, связанные с rhPD-1, вступают в реакцию с биотинилированным rhPD-L1, последний из которых обнаруживается путем инкубации с SAPE с последующей оценкой на проточном цитометре. Это подтверждает как успешное связывание PD-1 с магнитными шариками, так и функциональное взаимодействие между белками rhPD-1 и rhPD-L1.
- Создать серию серийных разведений биотинилированного рПД-L1 в PBS-TBN (исходный раствор рПД-L1 составляет 1 мг/мл). Окончательный диапазон концентраций rhPD-L1, который необходимо протестировать, составляет от 8 мкг/мл до 313 пг/мл. Создайте объемы 150 мкл каждого разведения rhPD-L1: 50 мкл на каждую реакцию и две реакции на условие, а также достаточный избыток для компенсации потерь при пипетировании.
- Маркируйте пробирки для разведения rhPD-L1 как 8 мкг/мл, 4 мкг/мл, 2 мкг/мл, 1 мкг/мл, 0,5 мкг/мл, 0,25 мкг/мл, 0,125 мкг/мл, 0,063 мкг/мл и 0,031 мкг/мл. Пробирка 0 мкг/мл (только PBS-TBN) служит контролем no-PD-L1.
- Предварительно загрузите 150 мкл PBS-TBN во все маркированные пробирки для разведения rhPD-L1.
ПРИМЕЧАНИЕ: Самая высокая конечная концентрация rhPD-L1 для тестирования составляет 8 мкг/мл, а rhPD-L1 будет разбавлен 1:1 при добавлении в реакционную смесь, поэтому пробирка для разведения с маркировкой «8 мкг/мл» относится к конечной концентрации и фактически содержит 16 мкг/мл rhPD-L1. Этикетки на всех пробирках для разведения указывают конечную концентрацию rhPD-L1 после добавления в реакцию.
- Создайте разбавление rhPD-L1 с самой высокой концентрацией (16 мкг/мл). Это двухступенчатое 62,5-кратное разведение исходного раствора rhPD-L1 в дозе 1 мг/мл (1000 мкг/16 мкг = 62,5).
- Смешайте 84 мкл PBS-TBN с 16 мкл исходного раствора rhPD-L1 (1 мг/мл, т. е. 1 000 мкл) в пробирке для микроцентрифуги. Это 6,25-кратное разведение, а результирующая концентрация составляет 160 мкг/мл rhPD-L1.
- В пробирке с маркировкой «8 мкг/мл» смешайте 270 мкл PBS-TBN с 30 мкл разведения rhPD-L1, полученного на предыдущем этапе (160 мкг/мл). Это 10-кратное разведение, а результирующая концентрация фактически составляет 16 мкг/мл. Маркировка пробирки «8 мкг/мл» указывает на его конечную концентрацию после добавления в реакцию.
- Перелейте 150 мкл разведения rhPD-L1, созданного на этапе 3.1.3 («8 мкг/мл»), в пробирку «4 мкг/мл», закройте крышку пробирки микроцентрифуги и кратковременно перемешайте раствор.
- Повторяйте шаг 3.1.4 последовательно до тех пор, пока не будет завершена серия разведения rhPD-L1. После создания все пробирки от «8 мкг/мл» до «0,063 мкг/мл», а также контрольная пробирка 0 мкг/мл должны содержать 150 мкл раствора, а последняя пробирка, «0,031 мкг/мл», должна содержать 300 мкл раствора. Таким образом, создается достаточный объем каждого разведения для тестирования 50 мкл каждого биотинилированного разведения rhPD-L1 в повторяющихся реакциях, при этом остается достаточный избыток для компенсации потерь при пипетировании.
- Подсчитайте количество шариков, связанных с rhPD-1, с помощью гемоцитометра17.
- Разбавьте исходные гранулы, связанные с rhPD-1, до 5 × 104 шариков/мл, с объемом, достаточным для 2 500 шариков/50 мкл/реакция.
- Вмешайте 5 × 104 шариков/мл суспензии rhPD-1 и пипетку 50 мкл суспензии в каждую меченую/картированную лунку 96-луночного микротитрового планшета с круглым дном так, чтобы для каждого тестируемого разведения rhPD-L1 были созданы дублирующиеся лунки.
- Добавьте 50 мкл каждой биотинилированной пробирки для разведения rhPD-L1, созданной на этапе 3.1, в соответствующие лунки на планшете микротитра.
- Накройте планшет с микротитрами одноразовой фольгой или пластиковым клейким герметиком для пластин и инкубируйте планшет в течение 1 ч в темноте при RT (18-22 °C) на орбитальном шейкере (600 об/мин).
- Смойте излишки биотинилированного rhPD-L1 с шариков.
- Перенесите запечатанную пластину из орбитального шейкера в магнитный сепаратор пластин на 2 минуты, чтобы обездвижить шарики.
- Осторожно снимите герметик для клейкой пластины, убедитесь, что магнит и микротитровая пластина надежно соединены друг с другом, переверните пластину и вылейте надосадочную жидкость в раковину или контейнер для биологически опасных жидких отходов, если это необходимо. Аккуратно, но быстро постучите перевернутой пластиной по подушке из впитывающей бумажной ткани, чтобы удалить оставшуюся надосадочную жидкость.
- Извлеките микротитровую пластину из сепаратора магнитных пластин и пипеткой 150 мкл PBS-TBN в каждую лунку.
- Поместите незапечатанную пластину на магнитный сепаратор на 2 минуты, чтобы обездвижить шарики.
- Убедитесь, что магнит и микротитровая пластина надежно соединены друг с другом, переверните планшет и вылейте надосадочную жидкость в раковину или контейнер для биологически опасных жидких отходов, если это необходимо. Аккуратно, но быстро постучите перевернутой пластиной по подушке из впитывающей бумажной ткани, чтобы удалить оставшуюся надосадочную жидкость.
- Повторите шаги промывки пластин 3.7.3-3.7.5 два раза, в общей сложности три промывки по 150 мкл PBS-TBN каждая. Убедитесь, что в конце последнего этапа промывки в лунках не осталось надосадочной жидкости. Работайте неуклонно, чтобы не допустить высыхания обездвиженных шариков на дне колодца.
- Добавьте реагент SAPE Detection.
- Разбавьте исходный раствор SAPE в PBS-TBN до рабочей концентрации 6 мкг/мл. Подготовьте достаточный объем рабочего раствора SAPE, чтобы все реакционные лунки могли принимать 100 мкл/лунку с достаточным запасом для компенсации потерь при пипетировании.
- Извлеките микротитровую пластину из магнитного пластинчатого сепаратора.
- Добавьте 100 мкл рабочего раствора SAPE в каждую реакционную лунку и повторно суспендируйте промытые шарики с помощью пипетирования.
- Запечатайте 96-луночный планшет с микротитром с помощью фольги или пластикового клейкого герметика для пластин и инкубируйте в течение 1 ч в темноте при RT (18-22 °C) на орбитальном шейкере при 600 об/мин.
- Извлеките микротитровую пластину из инкубатора, перенесите ее в магнитный сепаратор пластин для иммобилизации шариков, снимите герметик для клейких пластин и трижды промойте шарики 150 мкл PBS-TBN, как описано в шагах 3.7.3-3.7.5.
- После удаления окончательной промывки извлеките пластину из магнитного пластинчатого сепаратора и повторно суспендируйте шарики в 100 мкл PBS-TBN на лунку.
- Проанализируйте результаты.
- Прочтите табличку на приборе для анализа потока (см. Таблицу материалов), чтобы определить медианную интенсивность флуоресценции (MFI) каждой реакции, используя следующие настройки прибора: объем аспирации = 50 мкл; минимальное количество бусин = 100 бусин; настройка таймаута = 40 с; литник = 7 000-17 000; режим работы = Один репортер. Повторяющиеся скважины выполняются для каждого условия, и два выходных значения MFI для каждого условия усредняются перед выполнением дальнейших вычислений данных и построения графиков.
ПРИМЕЧАНИЕ: Значение MFI для каждого разведения должно показывать концентрационно-зависимое связывание, указывая на приемлемую эффективность связывания rhPD-1 с шариками и подтверждая хорошее взаимодействие рекомбинантных белков PD-1/PD-L1.
4. Блокирующий анализ PD-L1 на основе магнитных шариков PD-1/PD-L1
ПРИМЕЧАНИЕ: Этот анализ оценивает блокирующую активность растворимых медиаторов (например, анти-PDL1-пептидных антител) на рекомбинантные взаимодействия PD1/PD-L1. Вкратце, биотинилированный rhPD-L1 предварительно инкубируют с антителами, вырабатываемыми у кроликов после различных инокуляций пептидов PDL1-Vaxx. Затем смесь антител rhPD-L1 + анти-PDL1 захватывают с помощью магнитных шариков, связанных с rhPD-1, а связывание rhPD-L1 с шариками, связанными с rhPD-1, количественно определяют путем добавления стрептавидина-ПЭ. Сигнал флуоресценции ПЭ обратно коррелирует с блокирующей активностью исследуемых антител/ингибиторов PDL1. Связывание антител к пептиду к PDL1 оценивается одновременно путем связывания вторичного антитела к кролику (для антител к пептиду PDL1) или к человеку (для контрольных антител) и путем оценки флуоресценции BV421 во втором канале прибора. Этапы анализа наглядно представлены на рисунке 1.
- Подготовьте серию тестовых антител с двукратным серийным разведением, включая поликлональные антитела-кандидаты, индуцированные PDL1-Vaxx, антитела с отрицательным контролем (трастузумаб, герцептин, гуманизированное моноклональное антитело против HER2) и положительное контрольное антитело (атезолизумаб; гуманизированное моноклональное антитело против PDL1 IgG1). Для каждой реакции будет использоваться 25 мкл назначенного разведения антител, поэтому показанные объемы достаточны для выполнения каждой реакции в двух лунках для каждого условия (т. е. 50 мкл на условие), с некоторым избытком, остающимся для компенсации потерь при пипетировании.
- Для каждого индуцированного вакциной антитела к PDL1-пептиду и контрольного антитела убедитесь, что диапазон конечных концентраций антител составляет от 1000 мкг/мл до 8 мкг/мл. Приготовьте исходные растворы всех антител в концентрации 2000 мкг/мл.
- Для каждого антитела пометьте пробирки для разведения как 1 000 мкг/мл, 500 мкг/мл, 250 мкг/мл, 125 мкг/мл, 63 мкг/мл, 31 мкг/мл, 16 мкг/мл и 8 мкг/мл и укажите название антитела. Для каждого антитела также добавьте пробирку «0 мкг/мл», которая будет использоваться только в транспортном средстве (PBS-TBN).
ПРИМЕЧАНИЕ: При добавлении в реакционную смесь концентрация антител будет разбавлена 1:1. Пробирки для разведения антител помечены как конечная концентрация антител после добавления в реакцию и фактически содержат в два раза больше антител, чем на этикетке.
- Добавьте 75 мкл PBS-TBN во все пробирки для разведения антител с маркировкой «500 мкг/мл» и ниже, включая контрольные пробирки «0 мкг/мл», предназначенные только для транспортных средств.
- Для каждого антитела пипетку 150 мкл из 2 000 мкг/мл исходного раствора в соответствующую пробирку с маркировкой «1 000 мкг/мл». Это будет использоваться для всех последующих разведений для каждого антитела.
- Для каждого антитела создайте полную серию разведений, перенося пипеткой 75 мкл из пробирки «1000 мкг/мл» в пробирку со следующим меньшим разведением в серии (т.е. «500 мкг/мл»). Закройте только что готовую пробирку для разведения, кратковременно встряхните ее и продолжайте построение серии разведения, перенося 75 мкл из пробирки «500 мкг/мл» в пробирку «250 мкг/мл». Повторяйте эту схему до тех пор, пока не будет произведено последнее разведение «8 мкг/мл» для всех антител.
ПРИМЕЧАНИЕ: В завершенной серии разведения для каждого антитела должен быть объем 75 мкл для всех пробирок, кроме самого низкого разведения, 8 мкг/мл, который должен содержать объем 150 мкл. Для каждой реакции будет использоваться 25 мкл разведения антител, поэтому этих объемов достаточно для выполнения каждой реакции в дублирующих лунках для каждого условия (т. е. 50 мкл на каждое состояние), с дополнительным для компенсации потерь при пипетировании.
- Поместите 25 мкл разбавленных антител в специально отведенные лунки 96-луночного микротитрового планшета.
- Разбавляют биотинилированный rhPD-L1 до рабочей концентрации 4 мкг/мл в PBS-TBN в объеме, достаточном для включения 25 мкл в дублирующиеся лунки на условие (т. е. 50 мкл на состояние) с дополнительным количеством для компенсации потерь при пипетировании.
ПРИМЕЧАНИЕ: В этой работе биотинилированный rhPD-L1 в концентрации 4 мкг/мл привел к получению примерно 50% максимального сигнала MFI, измеренного при более ранней оценке сопряжения, и был использован для анализа блокады PD-1/PD-L1.
- Добавьте 25 мкл биотинилированного rhPD-L1 (4 мкг/мл) в каждую реакционную лунку, накройте микротитровую пластину фольгой или пластиковой клейкой пломбой и инкубируйте при RT (18-22 °C) в течение 1 ч при встряхивании на орбитальной пластинчатой шейкере при 600 об/мин.
- Разбавьте гранулы, связанные rhPD-1, до 50 000 шариков/мл с достаточным объемом для 50 мкл/лунка (2 500 шариков на лунку) плюс дополнительно для компенсации потерь при пипетировании.
- Извлеките 96-луночную реакционную пластину микротитра из шейкера и снимите клейкое уплотнение.
- Добавьте 50 мкл смеси гранул rhPD-1 в каждую лунку.
- Запечатайте планшет и инкубируйте в течение 1 ч в темноте при RT (18-22 °C) на орбитальном шейкере при 600 об/мин.
- Перенесите запечатанную пластину из орбитального шейкера в магнитный сепаратор пластин на 2 минуты, чтобы обездвижить шарики.
- Осторожно снимите герметик для клейкой пластины, убедитесь, что магнит и микротитровая пластина надежно соединены друг с другом, переверните пластину и сбросьте надосадочную жидкость. Осторожно постучите перевернутой пластиной по подушке из впитывающей бумажной ткани, чтобы удалить излишки надосадочной жидкости.
- Смойте излишки реагентов с шариков.
- Извлеките микротитровую пластину из магнитного пластинчатого сепаратора и добавьте 150 мкл PBS-TBN в каждую лунку.
- Поместите микротитровую пластину на магнитный пластинчатый сепаратор на 2 минуты, чтобы обездвижить шарики.
- Убедитесь, что магнит и микротитровая пластина надежно соединены друг с другом, переверните планшет и сбросьте надосадочную жидкость. Осторожно постучите перевернутой пластиной по подушке из впитывающей бумажной ткани, чтобы удалить излишки надосадочной жидкости.
- Повторите шаги промывки пластин 4.11.1-4.11.3 два раза, в общей сложности три промывки PBS-TBN. Убедитесь, что реагент SAPE приготовлен (см. ниже) перед удалением окончательного (третьего) промывочного раствора.
- Добавьте реагент для обнаружения SAPE.
- Разбавляют исходный раствор SAPE до рабочей концентрации 6 мкг/мл в PBS-TBN; сделать достаточный объем для 100 мкл/лунку, плюс дополнительно для компенсации потерь при пипетировании.
- Добавьте 100 мкл/лунку рабочего раствора SAPE в каждую реакционную лунку и ресуспендируйте гранулы путем пипетирования.
- Запечатайте планшет и инкубируйте в течение 1 ч в темноте при RT (18-22 °C) на орбитальном шейкере при 600 об/мин.
- Сцедите излишки SAPE из реакции.
- Перенесите запечатанную пластину из орбитального шейкера в магнитный сепаратор пластин на 2 минуты, чтобы обездвижить шарики.
- Осторожно снимите герметик клейкой пластины, убедитесь, что магнит и микротитровая пластина надежно соединены друг с другом, переверните пластину и сбросьте надосадочную жидкость. Осторожно постучите перевернутой пластиной по подушке из впитывающей бумажной ткани, чтобы удалить надосадочную жидкость, содержащую излишки SAPE.
- Смойте излишки SAPE с бусин.
- Извлеките микротитровую пластину из держателя магнитной пластины.
- Добавьте 150 мкл PBS-TBN в каждую лунку, чтобы повторно суспендировать шарики.
- Поместите микротитровую пластину на магнитный пластинчатый сепаратор на 2 минуты, чтобы обездвижить шарики.
- Убедитесь, что магнит и микротитровая пластина надежно прилегают друг к другу, переверните планшет и сбросьте надосадочную жидкость. Осторожно постучите перевернутой пластиной по подушке из впитывающей бумажной ткани, чтобы удалить излишки надосадочной жидкости.
- Выполните два дополнительных этапа промывки с PBS-TBN, чтобы в общей сложности получить три стирки, повторив шаги 4.15.1–4.15.4. Перед удалением последнего (третьего) промывочного раствора подготовьте конгугированные BV421 вторичные антитела к обнаружению (следующий этап).
- Добавьте вторичные антитела, конгугированные BV421.
- Разбавьте BV421-конгугированный античеловеческий IgG (для обнаружения гуманизированных контрольных антител) и BV421-конгугированный антикроличий IgG (для обнаружения поликлональных антител, индуцированных PDL1-Vaxx) (см. таблицу материалов) в соотношении 1:400 в буфере для промывки/анализа в объемах, достаточных для использования 100 мкл/лунка каждого из них, с дополнительными для компенсации потерь при пипетировании.
- Добавьте 100 мкл разбавленного BV421-конъюгированного античеловеческого IgG или BV421-конъюгированного антикроличьего IgG в соответствующие лунки.
- Запечатайте планшет и инкубируйте в течение 1 ч в темноте при RT (18-22 °C) на орбитальном шейкере при 600 об/мин.
- Сцеживание избыточных вторичных антител, конъюгированных с BV421, из шариков.
- Перенесите запечатанную пластину из орбитального шейкера в магнитный сепаратор пластин на 2 минуты, чтобы обездвижить шарики.
- Осторожно снимите герметик клейкой пластины, убедитесь, что магнит и микротитровая пластина надежно соединены друг с другом, переверните пластину и сбросьте надосадочную жидкость. Осторожно постучите перевернутой пластиной по подушке из впитывающей бумажной ткани, чтобы удалить надосадочную жидкость, содержащую избыток вторичных антител, конъюгированных с BV421.
- Смойте излишки конъюгированных BV421 вторичных антител из шариков.
- Добавьте 150 мкл PBS-TBN в каждую лунку, чтобы повторно суспендировать шарики.
- Поместите микротитровую пластину на магнитный пластинчатый сепаратор на 2 минуты, чтобы обездвижить шарики.
- Убедитесь, что магнит и микротитровая пластина надежно прилегают друг к другу, переверните планшет и сбросьте надосадочную жидкость. Осторожно постучите перевернутой пластиной по подушке из впитывающей бумажной ткани, чтобы удалить излишки надосадочной жидкости.
- Выполните три дополнительных этапа стирки с PBS-TBN, чтобы в общей сложности выполнить четыре стирки, повторив шаги 4.19.1–4.19.3.
- После удаления последнего (четвертого) промывочного буфера извлеките микротитровую пластину из магнитного планшетного сепаратора и повторно суспендируйте шарики в 100 мкл PBS-TBN/лунку с помощью пипеттора.
- Проанализируйте результаты.
- Считайте показания таблички на двухрепортерной системе анализа потока, чтобы определить MFI каждой реакции, используя следующие настройки прибора: объем аспирации = 50 мкл; минимальное количество бусин = 100 бусин; настройка таймаута = 40 с; стробирование: 7,000-17,000; режим работы = Dual Reporter.
- При использовании системы с двумя репортерами убедитесь, что Reporter Channel 1 измеряет флуоресценцию оранжевого PE (количество rhPD-L1, прикрепленных к конъюгированным шарикам rhPD-1), а Reporter Channel 2 измеряет флуоресценцию синего BV421 (количество прикрепленных блокирующих антител, связанных с rhPD-L1).
- Запустите дублирующиеся скважины для каждого условия и усредните два выходных значения MFI для каждого условия, прежде чем выполнять дальнейшие вычисления данных и построение графиков.
- Стандартизируйте значение MFI для каждого образца до отрицательного контроля и рассчитайте процент ингибирования для каждого образца:
Ингибирование % = (100 × [МФО отрицательного контроля − МФО выборки])/МФО с отрицательным контролем
ПРИМЕЧАНИЕ: Отрицательные контрольные значения MFI (без ингибирования) являются самыми высокими значениями; связанный сигнал PD-L1 MFI равен 100%, а ингибирование связывания rhPD-L1 с rhPD-1 определено как 0%.

Рисунок 1: Схема двухрепортерного блокадного анализа PD-1/PD-L1. Биотинилированный рекомбинантный человеческий PD-L1 (rhPD-L1) предварительно инкубируют с выбранными антителами PDL1-Vaxx, индуцированными анти-PDL1, а затем соединяют с магнитными шариками, связанными с rhPD-1, чтобы обеспечить образование комплекса контрольных точек PD-1/PD-L1. Затем обнаруживается и маркируется комплексированный rhPD-L1 с добавлением стрептавидин-связанного фикоэритрина (SAPE, оранжевый флуорофор). Антитела против эпитопов PDL1-Vaxx нацелены на rhPD-L1, который интегрировался в rhPD-1, предварительно связанный с магнитными шариками, и они подсвечиваются с помощью вторичного антитела, конъюгированного Brilliant Violet 421 (BV421, синий флуорофор). Как биотинилированные rhPD-L1, которые комплексируются с PD-1 (сигнал PE), так и антитела против PDL1, которые распознают и связывают rhPD-L1 (сигнал BV421), анализируются одновременно с помощью двухрепортерного проточного цитометрического прибора, который опрашивает образцы на наличие обоих флуорофоров в двух отдельных репортерных каналах. Выходные значения для каждого образца представляют собой медианную интенсивность флуоресценции каждого флуорофора. Ингибирование образования комплекса PD1/PD-L1 различными антителами, индуцированными PDL1-Vaxx, затем экстраполируют путем сравнения экспериментальных сигналов с сигналами, полученными с помощью моноклонального антитела с отрицательным контролем, которое не связывается с rhPD-L1 (ингибирование 0%). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы увидеть увеличенную версию этого рисунка.