$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Цель этого исследования состояла в том, чтобы точно контролировать внутриклеточное распределение оптогенетического белка и оценить его эффективность в пределах определенного цитоплазматического компартмента. Мы также показали точные возможности стимуляции системы точечного сканирования клеток, экспрессирующих оптогенетический белок. Для достижения этой цели мы использовали нацеленный на ядро bPAC-nLuc с высоким уровнем экспрессии, но очень ограниченным распределением, ограниченным ядром. Результаты показали, что точки стимуляции, разделенные всего ~1 мкм, могут либо запускать продукцию цАМФ, либо нет, в зависимости от клеточного распределения оптогенетического белка; только стимуляция, направленная на ядро, была способна повысить уровень цАМФ. В этом протоколе цель состояла не в том, чтобы создать локализованное повышение цАМФ, а скорее в том, чтобы показать, что кратковременные световые стимуляции могут быть достаточно точными для активации оптогенетических белков в очень ограниченных областях клетки без стимуляции окружающих белков. Тем не менее, этот подход представляет собой необходимый контроль для изучения других оптогенетических белков с диффузным распределением и/или генерацией локализованных подъемов цАМФ. Это может быть достигнуто путем варьирования уровней экспрессии оптогенетического белка, интенсивности и частоты стимуляции и т.д. Для точного измерения этих локализованных сигналов решающее значение имеет тщательный учет параметров сбора данных и характеристик датчиков. Это включает в себя выбор подходящих положений и размеров ROI, определение частоты сбора данных, а также выбор FRET/интенсиометрических датчиков с оптимальным сродством, интенсивностью, динамическим диапазоном и константой диссоциации.
В недавно опубликованной статье мы использовали аналогичную стратегию, чтобы функционально продемонстрировать распределение нацеленного на ядро bPAC-nLuc и способность модифицированной фосфодиэстеразы (ФДЭ; ΔRI-ФДЭ8) устранять повышение цАМФ в клеточной линии, полученной из щитовидной железы9. В этой статье мы проводили стимуляцию клеток по прямой линии, а не по сетке, а пятна освещения располагались относительно клеточных ориентиров (например, ядерного центра, ядерного края и т. д.), а не в виде систематической схемы. Примечательно, что даже стимуляции, направленные на ядерный край, были недостаточны для запуска обнаруживаемого ответа цАМФ. Мы предположили, что это, вероятно, связано со стимуляцией недостаточной массы NLS-bPAC-nLuc9. Тем не менее, в настоящем протоколе некоторые стимуляции, направленные в окрестности ядерного края, вызывали обнаруживаемое увеличение цАМФ. Это расхождение может быть связано с различными факторами, включая уровни экспрессии bPAC-nLuc, характеристики стимуляции, морфологию ядра, наличие эндогенных ФДЭ, буферных белков и т. д.
В то время как другие целевые или нецелевые оптогенетические белки могут демонстрировать более диффузное распределение, этот систематический подход позволяет делать значимые выводы путем тщательной постановки экспериментов и анализа данных. Кроме того, этот подход позволяет нацеливаться на специализированные клеточные структуры (например, ламеллиподии, дендриты, первичные реснички и т.д.), облегчая сравнение реакций в дистальной и проксимальной областях этих структур и/или клеточного тела.
Эта стратегия также может быть использована для оценки активации нижележащих элементов в пути цАМФ, таких как протеинкиназа А (PKA) или обменный белок, непосредственно активируемый цАМФ (EPAC1). Кроме того, поскольку bPAC-nLuc не подвержен влиянию тех же модуляторов, что и эндогенные АС, на которые могут влиять локальные взаимодействия с белками или другие факторы, можно предположить, что он последовательно генерирует одно и то же количество цАМФ при том же уровне экспрессии. Исследуя снижение повышения цАМФ или снижение уровня цАМФ после временного повышения, этот подход позволяет оценить деградацию цАМФ, диффузию или функциональность и распределение эндогенных или трансфицированных ФДЭ. Эта стратегия оказывается особенно полезной для оценки поведения любого оптогенетического белка в различных клеточных местоположениях, помогая избежать смещения произвольного размещения стимулирующих точек в цитоплазме.
Важно учитывать, что размер пятна стимуляции и его энергия в конечном итоге будут зависеть от конкретных характеристик используемой установки (световых путей, объективов, системы сканирования и т. д.). Для обеспечения точных результатов при проведении каждого эксперимента в каждой конкретной системе следует учитывать относительную экспрессию оптогенетического белка, чувствительность клеток к используемой длине волны и любые другие параметры. Также важно отметить, что мы не изучили в полной мере, в какой степени система может быть задействована в реализации меньших точек стимуляции и/или более плотных сеток (т.е. менее разнесенных точек стимуляции) для систематической оценки более мелких клеточных структур с повышенной точностью. Кроме того, мы протестировали эту стратегию, используя только систему сканирования точек UGA-42 Geo. Такой подход может быть возможен при использовании различных систем, при условии, что они могут воспроизводимо генерировать равномерно расположенные локализованные пятна. Каждая система должна быть оптимизирована для получения одинаковых результатов.
Наконец, следует тщательно оценить потенциальную стимуляцию датчиков FRET системой стимуляции. Например, голубой флуоресцентный белок (CFP) обязательно будет стимулироваться или даже отбеливаться лазером с длиной волны 445 нм, используемым в этом протоколе. Использование лазерных фильтров с более высокой интенсивностью лазера (или фильтров с более высоким коэффициентом пропускания нейтральной плотности (ND)) увеличит вероятность стимуляции флуоресцентных сенсоров и внесения ложной информации в эксперимент и/или создания проблем с анализом данных. Также следует тщательно оценить нормальное фотообесцвечивание FRET/интенсиометрических датчиков. Наконец, поскольку bPAC может быть чувствителен к окружающему свету и генерировать цАМФ даже в темных условиях (темновая активность bPAC была измерена как 33 ± 5 пмоль/мин/мг белка3), после трансфекции bPAC-nLUC следует осторожно манипулировать клетками, чтобы избежать светового загрязнения (например, в инкубаторе, до и/или во время экспериментов и т. д.). Необязательно, клетки можно инкубировать с ингибитором ФДЭ (например, 3-изобутил-1-метилксантином; IBMX10) для определения исходной активности bPAC-nLuc и подтверждения того, что используемые условия освещения являются достаточно темными.