Методическая статья

Выделение и очистка бактериальных внеклеточных везикул из фекалий человека с помощью центрифугирования с градиентом плотности

DOI:

10.3791/65574

⸱

1 сентября 2023 г.

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Laboratory Medicine, Nanfang Hospital, Southern Medical University

* These authors contributed equally

В этой статье

Краткое содержание

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

В этом исследовании описывается метод выделения и очистки бактериальных внеклеточных везикул (БЭВ), обогащенных из фекалий человека с помощью центрифугирования с градиентом плотности (ДГК), определяются физические характеристики БЭВ с точки зрения морфологии, размера частиц и концентрации, а также обсуждаются потенциальные применения подхода ДГК в клинических и научных исследованиях.

Аннотация

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Бактериальные внеклеточные везикулы (БЭВ) — это нановезикулы, полученные из бактерий, которые играют активную роль в коммуникации бактерии-бактерии и бактерии-хозяина, перенося биологически активные молекулы, такие как белки, липиды и нуклеиновые кислоты, унаследованные от родительских бактерий. БЭВ, полученные из микробиоты кишечника, оказывают воздействие на желудочно-кишечный тракт и могут достигать отдаленных органов, что приводит к значительным последствиям для физиологии и патологии. Теоретические исследования, изучающие типы, количества и роль БЭВ, полученных из фекалий человека, имеют решающее значение для понимания секреции и функции БЭВ из микробиоты кишечника. Эти исследования также требуют совершенствования существующей стратегии по изоляции и очистке БЭВ.

В этом исследовании оптимизирован процесс изоляции и очистки электромобилей путем установления двух режимов центрифугирования с градиентом плотности (DGC): сверху вниз и снизу вверх. Обогащенное распределение БЭВ определяли во фракциях от 6 до 8 (F6-F8). Эффективность подхода оценивалась на основе морфологии частиц, размера, концентрации и содержания белка. Были рассчитаны скорости извлечения частиц и белков, а также проанализировано наличие специфических маркеров для сравнения восстановления и чистоты двух режимов ДГК. Результаты показали, что режим центрифугирования «Сверху вниз» имеет более низкие уровни загрязнения и обеспечивает скорость восстановления и чистоту, аналогичные режиму «Снизу вверх». Время центрифугирования 7 ч было достаточным для достижения концентрации фекальных БЭВ 108/мг.

Помимо фекалий, этот метод может быть применен и к другим типам жидкостей организма с соответствующей модификацией в соответствии с различиями в компонентах и вязкости. В заключение, этот подробный и надежный протокол облегчит стандартизированную изоляцию и очистку БЭВ и, таким образом, заложит основу для последующего мультиомиксного анализа и функциональных экспериментов.

Введение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Кишечник широко признан органом, содержащим самые многочисленные микробные сообщества в организме человека, причем более 90% бактерий участвуют в колонизации и размножении 1,2. Обширные данные свидетельствуют о том, что микробиота кишечника модулирует микроокружение кишечника и одновременно взаимодействует с дисфункцией отдаленных органов, в первую очередь через нарушение кишечного барьера 3,4. Появляется все больше данных, указывающих на корреляцию между дисбалансом микробиоты кишечника и прогрессированием воспалительных заболеваний кишечника (ВЗК)5,6, а также когнитивных нарушений через ось кишечник-мозг 5,6,7,8. Бактериальные внеклеточные везикулы (БЭВ), продуцируемые бактериями, играют значительную роль в этих патологических процессах.

БЭВ представляют собой наноразмерные частицы, инкапсулирующие производные бактерий, диаметром от 20 до 400 нм. Было продемонстрировано, что они облегчают взаимодействие между бактериями и их организмами-хозяевами 9,10. Несмотря на свою невидимость, эти частицы привлекают все большее внимание исследователей из-за их предполагаемого широкого применения в качестве диагностических биомаркеров, терапевтических мишеней и средств доставки лекарств11. Человеческие фекалии, часто используемые в качестве биологических образцов для изучения БЭВ, в основном полученные из кишечных бактерий, содержат сложную смесь воды, бактерий, липидов, белков, непереваренных остатков пищи и отслоившихся эпителиальных клеток. Сложный состав фекалий создает проблемы для изоляции и чистоты БЭВ, тем самым препятствуя всестороннему, объективному и реалистичному анализу БЭВ. Таким образом, эффективные стратегии минимизации помех от загрязняющих компонентов и повышения производительности электромобилей стали критически важными проблемами, требующими немедленного внимания.

Существующие стратегии изоляции в значительной степени основаны на таких методах, как сверхвысокоскоростное центрифугирование (UC), центрифугирование с градиентом плотности (DGC) и эксклюзионная хроматография (SEC)12,13,14,15,16,17. В настоящее время ДГК является одним из наиболее широко применяемых методов в области разделения БЭВ, охватывающим два седиментационно-плавающих режима, «сверху-вниз» и «снизу-вверх», которые определяются начальным положением загрузки образца. Эти методы позволяют дифференцировать внеклеточные везикулы (ВВ) от других компонентов на основе различий в размерах и плотности, обеспечивая различную чистоту и скорость восстановления. Предыдущие исследования показали, что стратегии однократного подхода недостаточны для адекватного отделения ВВ от растворимых белков в образцах биологических жидкостей, таких как липопротеин в крови18 и белок Тамма-Хорсфолла в моче19. Кроме того, распределение по размерам эукариотических внеклеточных везикул (ВЭВ) часто пересекается с распределением БЭВ, что обуславливает необходимость дальнейших методологических усовершенствований для оптимизации выхода БЭВ. Следовательно, дальнейшее изучение БЭВ зависит от разработки эффективных методологий сепарации и очистки. Примечательно, что Tulkens et al.15 использовали ортогональную биофизическую стратегию для отделения фекальных БЭВ от ВЭЭ, в которой время центрифугирования в режиме ДГК «снизу вверх» составляло до 18 ч. В отличие от этого, это исследование сократило его до 7 ч, что значительно сэкономило время градиентно-ультрацентрифугирования и упростило процесс.

В настоящем исследовании мы выделили и очистили фекальные БЭВ с использованием двух режимов ДГК в оптимизированных буферных условиях после обогащения БЭВ диапазоном дифференциальных скоростей центрифугирования, от низкой до чрезвычайно высокой. Оценки, основанные на морфологии, размере частиц и концентрации, показали похвальную эффективность этого усовершенствованного метода. Это исследование может послужить основой для будущих исследований, расширяя его применение в более широкой области и предлагая понимание гетерогенности БЭВ в организме человека. Это также способствует стандартизации методов разделения и анализа электромобилей.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Комитет по этике больницы Наньфан Южного медицинского университета санкционировал это исследование, которое проводилось с информированного согласия участников. Все методы, используемые в настоящем документе, соответствуют стандартным операционным рекомендациям, предоставленным Международными стандартами микробиома человека (IHMS: http://www.microbiome-standards.org/). Все последующие процедуры по работе с жидкостями должны выполняться в шкафу биобезопасности или на сверхчистом стенде.

1. Сбор и аликвотирование проб фекалий

  1. Раздайте пробоотборник кала, запечатанный пакет и коробку со льдом, а также предоставьте участникам подробные инструкции о том, как получить и сохранить образцы.
  2. Проинструктируйте каждого участника собрать образец фекалий с помощью предоставленного пробоотборника и транспортировать его в лабораторию при температуре 4 °C в течение 24 часов.
  3. При поступлении в лабораторию используйте стерильную ложку для аликвотирования менее 3,5 г кала в предварительно взвешенную центрифужную пробирку объемом 50 мл. Отметьте вес образца фекалий на пробирке для последующих процедур предварительной обработки.
    ТОЧКА ПАУЗЫ: Если немедленная обработка образцов невозможна, выделите образец для длительного хранения при температуре -80 °C после соответствующей записи.

2. Подготовка образцов кала

  1. Охладите 500 мл фосфатно-солевого буфера (PBS) при температуре 4 °C. Отфильтруйте предварительно охлажденный PBS через фильтр из полиэфирсульфона (PES) 0,22 мкм с помощью шприца объемом 50 мл в десять центрифугирующих пробирок по 50 мл.
  2. Положите на лед две пробирки по 50 мл, каждая из которых содержит 3,5 г образцов фекалий. Добавьте 35 мл PBS в каждую пробирку.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Рассчитайте необходимое количество PBS для растворения фекалий, обеспечив максимальную концентрацию образца 10% (w/v). При обработке дополнительных образцов при необходимости используйте больше пробирок.
  3. Встряхните образцы при 300 об/мин в течение 2 ч при 4 °C или поместите их на 8 ч по крайней мере при 4 °C до тех пор, пока кал полностью не станет полностью взвешенным.

3. Центрифугирование с дифференциальной скоростью

  1. Охладите высокоскоростную охлаждаемую центрифугу до 4 °C.
  2. Отрегулируйте вес двух пробирок, содержащих образцы, подготовленные на шаге 2.3, с помощью PBS до достижения общего веса 0,1 г.
  3. Центрифугируют образцы при 3 000 × г в течение 20 мин при 4 °C.
  4. Осторожно пипетируйте надосадочную жидкость в две чистые центрифужные пробирки объемом 50 мл, оставляя примерно 1 мл над гранулой. Используйте для этого процесса одноразовую пластиковую пипетку Пастера.
  5. Отрегулируйте вес двух пробирок с помощью PBS, чтобы общий вес не ± 0,1 г.
  6. Центрифугируют перенесенную надосадочную жидкость при 12 000 × г в течение 30 мин при 4 °С.
  7. Аспирировать надосадочную жидкость с помощью шприца объемом 20 мл, извлечь иглу шприца и отфильтровать ее через фильтры 0,22 мкм в пробирки по 50 мл. На этом этапе объем надосадочной жидкости должен составлять примерно 30 мл.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Если после центрифугирования 12 000 × г все еще видно значительное количество примесей, необходимо повторить стадию центрифугирования при 12 000 × г в течение 30 мин при 4 °C. Несоблюдение этого требования может привести к значительной потере электромобилей из-за закупорки пор во время фильтрации.

4. Сверхскоростное центрифугирование

  1. Очистите ротор и ковш, протерев их 75% спиртом, чтобы удалить остаточные загрязнения.
  2. Поместите ультрацентрифужную пробирку объемом 38,5 мл в держатель пробирки.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Выберите подходящую ультрацентрифужную пробирку в зависимости от объема образца. Избегайте ультрафиолетового излучения и неподходящих химических реагентов для стерилизации центробежных пробирок, как указано в руководстве по эксплуатации.
  3. Перелейте примерно 30 мл отфильтрованной фекальной надосадочной жидкости из этапа 3.7 в ультрацентрифужную пробирку.
  4. Наполните пробирку с ультрацентрифугой примерно 8 мл PBS, оставляя зазор 3 мм от отверстия пробирки.
  5. Поместите две ультрацентрифужные пробирки с образцами в противоположные ультрацентрифугирующие ведра, например, ведро 1 соответствует 4 (1-4), 2-5, 3-6.
  6. Отрегулируйте вес двух ведер с помощью PBS, чтобы общий вес не ± 0,005 г.
  7. Установите все ковши на ротор, независимо от того, загружены ли трубы.
  8. Запустите вакуум и центрифугируйте образцы при 160 000 × г в течение 70 мин при 4 °C.
  9. Отпустите вакуум камеры и откройте дверцу, как только на главной странице прибора отобразится сообщение Готово.
  10. Снимите ротор с ультрацентрифуги.
  11. Переместите ведра с ротора на стойку и извлеките трубки с помощью кусачек.
  12. Выбросьте надосадочную жидкость, которая будет содержать видимые коричневые гранулы на дне.
  13. Ресуспендируйте гранулы, многократно пипетируя их вверх и вниз с помощью пипетки объемом 1 000 мкл с 1 мл предварительно охлажденного (4 °C) PBS до полного суспензии. Наполните пробирку примерно 37 мл PBS, оставляя зазор 3 мм от отверстия.
  14. Выполните еще одно ультрацентрифугирование в соответствии с шагами 4.5-4.11 при 160 000 × г в течение 70 мин при 4 °C, чтобы удалить частично присоединенные загрязняющие компоненты со стенок пробирки.
  15. Выбросьте надосадочную жидкость, переверните две ультрацентрифужные пробирки на 5 минут и удалите остатки раствора с внутренней стенки с помощью стеклоочистителей.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Очистка внутренней стенки сводит к минимуму помехи от остаточного загрязнения, прилипшего к стенке пробирки ультрацентрифуги. Выбирайте стеклоочистители, которые не будут влиять на анализ BEV, особенно в отношении размера частиц.
  16. Ресуспендируйте гранулы в каждой пробирке, пипетируя их вверх и вниз 1,2 мл предварительно охлажденного (4 °C) PBS с помощью пипетки на 1 000 мкл.
  17. Перелейте 1,2 мл раствора PBS/BEV из одной ультрацентрифужной пробирки в чистую микропробирку объемом 1,5 мл.
    ТОЧКА ПАУЗЫ: Раствор PBS/BEV, собранный из одной ультрацентрифужной пробирки, может перейти к шагу 6. Храните раствор из другой пробирки при температуре -80 °C.

5. Приготовление раствора для центрифугирования с градиентом плотности

  1. Приготовление 0,02 м буфера HEPES
    1. Смешайте 0,477 г порошка HEPES и 0,8 г NaCl с 90 мл автоклавной деионизированной воды.
    2. Отрегулируйте pH до 7,2, добавив 1 М гидроксид натрия (NaOH). Довести объем до 100 мл деионизированной водой и отфильтровать раствор через мембраны PES 0,22 мкм.
      ВНИМАНИЕ: Гидроксид натрия является сильной едкой щелочью. Операторы должны бережно обращаться с ним и подготавливать его в вытяжном шкафу.
  2. Приготовление буфера градиента плотности
    1. Рассчитайте необходимый объем каждого буфера градиента плотности исходя из количества ультрацентрифужных пробирок для центрифугирования градиента плотности (шаг 6) (в этом протоколе объемы для 60%, 50%, 40%, 20% и 10% градиентных растворов составляли 2,5 мл, 3 мл, 6 мл, 6 мл и 6 мл соответственно).
    2. Для приготовления 50%-ного (массового) рабочего раствора йодиксанола смешают 0,02-миллионный буфер HEPES и 60%-ный (массовый/объемный) исходный раствор йодиксанола в объемном соотношении 1:5 (0,5 мл:2,5 мл).
      ПРИМЕЧАНИЕ: Используйте одноразовый шприц объемом 20 мл для удаления исходного раствора йодиксанола и избегайте введения воздуха.
    3. Для приготовления йодиксаноловых буферов с различными концентрациями смешайте 50%-ный рабочий раствор йодиксанола из стадии 5.2.2 с буфером HEPE, полученным на стадии 5.1, с помощью пипетки объемом 1 000 мкл в соответствии с пропорциями, указанными в таблице 1.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Выполните шаг 5 на ультрачистом столе с выключенным светом. Открытый исходный раствор йодиксанола хранить в холодильнике при температуре 4 °C, чтобы предотвратить рост бактерий. Храните раствор йодиксанола и буфер HEPES в защищенном от света месте.

6. Создание системы градиентного центрифугирования плотности

  1. Нисходящий режим DGC
    1. Смешайте 500 мкл раствора PBS/BEV, выделенного на этапе 4, с 3 мл PBS. Осторожно перемешайте растворы с помощью пипетки на 1 000 мкл, чтобы получить 3,5 мл раствора PBS/BEV.
    2. Поместите ультрацентрифужную пробирку объемом 31 мл на пенопластовую пластину с отверстиями и пометьте ее как «↓».
    3. Вертикально добавьте 3 мл 50% раствора йодиксанола на дно пробирки с помощью пипетки на 1 000 мкл.
    4. Наклоните трубку под углом 70° и расположите держатель трубки или другую опору немного выше уровня пенопластовой пластины, ниже отверстия трубки.
    5. Добавьте 3 мл 40% раствора йодиксанола поверх 50% раствора йодиксанола с помощью пипетки на 1000 мкл.
    6. Добавьте 3 мл 20% раствора йодиксанола поверх 40% раствора йодиксанола с помощью пипетки объемом 1 000 мкл.
    7. Добавьте 3 мл 10% раствора йодиксанола поверх 20% раствора йодиксанола с помощью пипетки на 1000 мкл.
    8. Добавьте 3,5 мл раствора PBS/BEV из этапа 6.1.1 поверх 10% раствора йодиксанола с помощью пипетки объемом 1 000 мкл.
    9. Аккуратно верните трубки в вертикальное положение.
      ПРИМЕЧАНИЕ: После пипетирования должно быть видно расслоение.
  2. Восходящий режим DGC
    1. Поместите ультрацентрифужную пробирку объемом 31 мл на пенопластовую пластину с отверстиями и обозначьте ее как «↑».
    2. Вертикально добавьте 2,5 мл 60% раствора йодиксанола на дно пробирки. Осторожно смешайте его с 500 мкл раствора PBS/BEV, выделенного на этапе 4, с помощью пипетки на 1 000 мкл для получения 3 мл 50% раствора йодиксанола/БЭВ.
    3. Наклоните трубку под углом 70° и расположите держатель трубки или другую опору немного выше уровня пенопластовой пластины, ниже отверстия трубки.
    4. Добавьте 3 мл 40% раствора йодиксанола поверх 50% раствора йодиксанола/БЭВ с помощью пипетки объемом 1 000 мкл.
    5. Добавьте 3 мл 20% раствора йодиксанола поверх 40% раствора йодиксанола с помощью пипетки на 1000 мкл.
    6. Добавьте 3 мл 10% раствора йодиксанола поверх 20% раствора йодиксанола с помощью пипетки на 1000 мкл.
    7. Добавьте 3,5 мл PBS поверх 10% раствора йодиксанола с помощью пипетки объемом 1000 мкл.
    8. Аккуратно верните трубки в вертикальное положение.
    9. К этому моменту осталось 200 мкл суспензии, полученной на стадии 4.17, которую впоследствии можно проанализировать как группу, названную «UC».
      ПРИМЕЧАНИЕ: При переносе растворов на шаге 6 всегда держите наконечник пипетки напротив стенки пробирки ультрацентрифуги перпендикулярно оси пробирки.

7. Градиентное центрифугирование и сбор фракций

  1. Отрегулируйте вес двух пробирок с помощью PBS, чтобы достичь общего веса в пределах ± 0,005 г.
  2. Поместите пробирки в ведра в соответствии с шагом 4.5 и подвергните их центрифугированию при 160 000 × г в течение 7 ч при 4 °C.
  3. Соберите фракции с помощью пипетки (1000 мкл) сверху вниз у боковой стенки в следующем порядке: 3 мл, 2 мл, 1 мл, 1 мл, 1 мл, 1 мл, 1 мл, 1 мл, 1,5 мл и 3 мл в ультрацентрифужную пробирку объемом 38,5 мл.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Следите за тем, чтобы линия прямой видимости находилась на том же уровне, что и поверхность жидкости.
  4. Проводят ультрацентрифугирование для каждой фракции, полученной на стадии 7.3, согласно стадии 4 при 160 000 × г в течение 70 мин при 4 °С.
  5. Удалите надосадочную жидкость и переверните пробирки ультрацентрифуги на 5 минут.
  6. Ресуспендант гранул в 200 мкл предварительно охлажденного (4 °C) PBS с помощью пипетки на 200 мкл.
  7. Перелейте раствор PBS/BEV в чистую микропробирку объемом 1,5 мл.
  8. Разметьте дроби от F1 до F10 и проанализируйте их на основе шага 8.
    ТОЧКА ПАУЗЫ: Если образцы, полученные на этапе 7.8, не могут быть обработаны немедленно, храните их при температуре -80 °C.

8. Характеристика и количественный анализ собранных фракций

  1. Определите значения поглощения (наружный диаметр 340 нм) каждой фракции с помощью микропланшетного детектора с пустым регулятором для расчета их соответствующей плотности.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Замените решение PBS/BEV (шаги 6.1.1 и 6.2.2) на PBS, чтобы установить пустой элемент управления.
    1. Готовят по 100 мкл 0%, 5%, 10%, 12,5% и 20% раствора йодиксанола, разбавленного 0,02 М HEPES на основе 50% исходного раствора (этап 5.2.2) в качестве стандартов, соответствующих плотностям 1,0058 г/мл, 1,0318 г/мл, 1,058 г/мл, 1,0708 г/мл и 1,111 г/мл соответственно.
    2. Добавляют по 50 мкл каждой фракции из контрольной заготовки (приготовленной на стадии 7.3) и 50 мкл каждого стандартного раствора (приготовленного на стадии 8.1.1) для дублирования лунок 96-луночного планшета.
    3. Установите длину волны 340 нм, измерьте оптическую плотность конечной точки и вычислите плотность каждой фракции.
    4. Определите F4-F9 как диапазон фракций BEV на основе их плотности.
  2. Определите концентрацию белка фракций БЭВ с помощью анализа бицинхониновой кислоты (BCA).
    1. Разбавьте вещество в десять раз в PBS, предусмотренном производителем, для приготовления стандартного белкового раствора 0,5 мкг/мкл.
    2. Добавьте стандартный белковый раствор (приготовленный на этапе 8.2.1) с различными объемами в соответствии с инструкциями по реагенту и добавьте каждую лунку 96-луночного планшета PBS до общего объема 20 мкл.
    3. Добавьте в каждую лунку по 20 мкл образцов, подготовленных на стадии 7.8, и образцов, оставшихся после ЯК, определенных на стадии 6.2.9.
    4. Смешайте реагенты А и В в соотношении 50:1, и перенесите по 200 мкл в каждую лунку.
    5. Инкубируйте планшет на водяной бане с температурой 37 °C в течение 30 минут.
    6. Измерьте значение абсорбции с помощью микропланшетного ридера, рассчитайте концентрацию белка (мкг/мкл) и определите содержание белка (мкг) в образцах на основе стандартной кривой (x: оптическая плотность; y: концентрация белка), полученной из значений стандартных растворов, разбавленных на этапе 8.2.2.
  3. Охарактеризовать фракции БЭВ, определенные на шаге 8.1.4, с помощью просвечивающей электронной микроскопии (ПЭМ) для проверки наличия БЭВ. Все нижеперечисленные процедуры следует выполнять на льду.
    1. Нанести по 10 мкл каждой выделенной фракции F4-F9 из стадии 7.8 и образцов, оставшихся после ЯК, определенных в шаге 6.2.9, на медные сетки на основе Formvar/Carbon в течение 20 минут и промокнуть фильтровальной бумагой.
    2. Промойте образцы 100 мкл PBS три раза по 1 минуте и промокните фильтровальной бумагой.
    3. Зафиксируйте образцы 100 мкл 1%-ного (массового) глутарового альдегида в течение 5 мин и промокните фильтровальной бумагой.
    4. Промойте решетки 100 мкл PBS десять раз по 2 минуты и промокните фильтровальной бумагой.
    5. Окрасьте решетки 50 мкл 1,5% (по массе) уранилацетата в течение 10 минут и промокните фильтровальной бумагой.
      ВНИМАНИЕ: Уранилацетат радиоактивен и чрезвычайно токсичен при контакте с кожей или вдыхании. Работайте с растворами с уранилацетатом в вытяжном шкафу и соблюдайте соответствующие меры безопасности.
    6. Переложите сетки на 1%-ную (массовую) каплю метилцеллюлозы на 5 минут и промокните фильтровальной бумагой.
    7. Храните высушенные на воздухе решетки в темном, непыльном месте до наблюдения.
    8. Захват изображений и их анализ с помощью ПЭМ.
  4. Охарактеризуйте фракции BEV, определенные на шаге 8.1.4, с помощью анализа отслеживания наночастиц (NTA) для подсчета количества частиц.
    1. Откалибруйте систему, используя частицы полистирола с длиной волны 110 нм.
    2. Промойте пулу с пробами с помощью PBS.
    3. Разбавляют пробы из различных фракций, полученных на стадии 7.8, и образцы, оставшиеся после ЯК, определенного на стадии 6.2.9, до концентрации в диапазоне 105-10 9 частиц/мл с оптимизированной концентрацией 107 частиц/мл.
    4. Запись и анализ в 11 положениях с тремя повторениями, поддерживая температуру около 23-30 °C.
  5. Анализ содержания белка в образцах методом окрашивания кумасси бриллиантовым синим цветом (CBBS) и вестерн-блоттингом (WB).
    1. Разбавляют образцы БЭВ из различных фракций, полученных на стадии 7.8, и образцы, оставшиеся после ЯК, определенных на стадии 6.2.9, с помощью PBS и 5 × загрузочного буфера до конечной концентрации 0,5 или 1 мкг/мкл, если требуется количественное определение, обеспечивая достаточную загрузку образца в 20 мкл (10 мкг или 20 мкг) каждой лунки на стадии 8.5.2. Образцы кипятят при температуре 95 °C в течение 10 мин.
    2. Соберите готовый полиакриламидный гель в резервуар для электрофореза и перенесите образцы в лунки.
    3. Проводят вертикальный электрофорез со следующими параметрами: 160 В в течение 50 мин.
    4. Окрасьте гель в растворе Coomassie brilliant blue в течение 1 ч, промойте в деионизированной воде до тех пор, пока синий фон не посветлеет, и сделайте снимки на камеру.
    5. Проводят процедуры протеинового блоттинга для других гелей со следующими параметрами: 400 мА в течение 20 мин.
    6. Заблокируйте промокательные мембраны 5%-ным раствором BSA в течение 1 ч при комнатной температуре.
    7. Промойте мембраны в буфере TBST три раза по 5 минут каждый.
    8. Инкубируют мембраны с первичными антителами (маркеры БЭВ: ЛПС, ОМПА, ЛТА; маркеры ЭРВ: CD63, CD9, TSG-101, синтенин, интегрин β1; Другие маркеры загрязнения: Флагеллин, Кальнексин) в течение 8-12 ч при 4 °C.
    9. Промыть мембраны в буфере TBST три раза по 10 мин каждый.
    10. Инкубируют мембраны со вторичными антителами в течение 1 ч при комнатной температуре.
    11. Выполните шаг 8.5.9.
    12. Разработайте блоттинг с помощью хемилюминесцентного аппарата.
    13. Замените раствор PBS/BEV (этап 6.1.1 и этап 6.2.2) на БЭВ из Escherichia coli для установления положительного контроля (см. Таблицу материалов для процедуры выделения сырых E. coli-BEV) и проведите все вышеуказанные эксперименты для определения характеристик БЭВ.
      ТОЧКА ПАУЗЫ: Определите F6-F8 как распределение фракций, обогащенных БЭВ, на основе результатов описанной выше характеристики фекальных БЭВ и используйте этот суженный диапазон для последующего анализа.
  6. Рассчитайте скорость восстановления в пересчете на частицы и белки, чтобы оценить эффективность двух режимов DGC. Результаты ниже представлены в процентном соотношении.
    1. Рассчитайте скорость восстановления частиц в режиме Top-down: общее количество частиц в F6-F8/частиц после UC, определенное на шаге 6.2.9.
    2. Рассчитайте скорость восстановления частиц в режиме «снизу вверх»: общее количество частиц в F6-F8/частиц после UC, определенное на шаге 6.2.9.
    3. Рассчитайте скорость восстановления белков в нисходящем режиме: общее содержание белка в F6-F8 (мкг)/содержание белка после ЯК, определенное на шаге 6.2.9 (мкг).
    4. Рассчитайте скорость восстановления белков в режиме «Снизу вверх»: общее содержание белка в F6-F8 (мкг)/содержание белка после ЯК, определенное в шаге 6.2.9 (мкг).
  7. Рассчитайте соотношение частиц/белков для оценки чистоты, традиционно определяемой для UC и двух режимов DGC, и все приведенные ниже результаты были представлены в процентах.
    1. Соотношение частиц/белков после ЯК определено в шаге 6.2.9: частицы после ЯК/содержание белка после ЯК (мкг).
    2. Соотношение частиц/белков в нисходящем режиме: общее количество частиц в F6-F8/содержание белка в F6-F8 (мкг).
    3. Соотношение частиц/белок в режиме «снизу вверх»: общее количество частиц в F6-F8/содержание белка в F6-F8 (мкг).
  8. Выберите наиболее подходящий режим центрифугирования (в протоколе был выбран режим сверху вниз) для очистки фекальных БЭВ и последующего анализа.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Определение распределения фракций, обогащенных BEV
Для определения распределения фракций, обогащенных внеклеточными везикулами бактерий (БЭВ), был установлен холостой контроль для измерения значений абсорбции при ОД 340 нм, а плотность каждой фракции рассчитывалась на основе измерений и рекомендаций по йодиксанолу (шаг 8.1). В таблице 2 представлены результаты измерения плотности, демонстрирующие, что фракции от F4 до F9 показали плотность в диапазоне, обычно связанном с внеклеточными...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Бактериальные внеклеточные везикулы (БЭВ) представляют собой липидно-бислойные наночастицы, секретируемые бактериями, несущие множество белков, липидов, нуклеиновых кислот и других биологически активных молекул, способствующих опосредованию функциональных эффектов бактерий20. Было подтверждено, что БЭВ, полученные из кишечника, участвуют в развитии таких заболеваний, как воспалительные заболевания кишечника, болезнь Крона и колоректальный рак, а также влияют на общий метаболизм и опосредуют наруше...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

Благодарности

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Работа выполнена при поддержке Национального научного фонда для выдающихся молодых ученых (82025024); Ключевой проект Национального фонда естественных наук Китая (82230080); Национальная программа ключевых исследований и разработок Китая (2021YFA1300604); Национальный фонд естественных наук Китая (81871735, 82272438 и 82002245); Гуандунский фонд естественных наук для выдающихся молодых ученых (2023B1515020058); Фонд естественных наук провинции Гуандун (2021A1515011639); Крупная государственная программа развития фундаментальных исследований Фонда естественных наук провинции Шаньдун в Китае (ZR2020ZD11); Научный фонд постдокторантуры (2022M720059); Программа развития выдающейся молодежи больницы Наньфан Южного медицинского университета (2022J001).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
1 % (масс./об.) глутаральдегида (полученного из 2,5 % исходного раствора в деионизированной воде)ACMECAP1126Морфологическое наблюдение для BEV с использованием TEM на Шаге 8.3.3
1 % (w/v) метилцеллюлозы (полученной из исходного порошка в деионизированной воде)Sigma-AldrichM7027Морфологическое наблюдение для BEV с использованием TEM на Уровне 8.3.6
1,5 % (w/v) уранилацетата (полученного из исходного порошка в деионизированной воде)Polysciences21447-25Морфологическое наблюдение для БЭВ с использованием ПЭМ на шаге 8.3.5
1000; L, 200 μ L, 10 μ L ПипеткаKIRGENKG1313, KG1212, KG1011Перенос раствора
5 % (w/v) раствора бычьего сывороточного альбумина (приготовленного из оригинального порошка в буфере TBST)Fdbio scienceFD0030Используется в вестерн-блоттинге для блокировки на Шаге 8.5.6
5 &; загрузочный буферFdbio scienceFD006Используется при вестерн-блоттинге и окрашивании Кумасси блестящим синим цветом на Шаге 8.5.1
75 % (v/v) спиртаLIRCONLIRCON-500 млДезинфекция поверхностей
96-луночный планшетRarA8096Измерить значения абсорбции 
Антитело против кальнексинаAbcamab92573Вестерн-блоттинг (Первичное антитело)
Антитело против CD63Abcamab134045Вестерн-блоттинг (Первичное антитело)
Антитело против CD9Abcamab236630Вестерн-блоттинг (Первичное антитело)
Антитело против флагеллинаSino Biological40067-MM06Вестерн-блоттинг (Первичное антитело)
Антитело против интегрина бета 1Abcamab30394Вестерн-блоттинг (Первичное антитело)
Антитело против ЛПСThermo FisherMA1-83152Вестерн-блоттинг (Первичное антитело)
Антитело против LTAThermo Fisher MA1-7402Вестерн-блоттинг (Первичное антитело)
Антитело против OmpACUSABIOCSB-PA359226ZA01EOD, https://www.cusabio.com/Вестерн-блоттинг (Первичное антитело)
Антитело против синтенинаAbcamab133267Вестерн-блоттинг (Первичное антитело)
Антитело против TSG101Abcamab125011Вестерн-блоттинг (Первичное антитело)
АвтоклавZEALWAYGR110DPСтерилизация расходных материалов и сред, использованных в эксперименте
BalanceMettler ToledoAL104Balance пробирка с образцом загруженным PBS
анализом бицинхониновой кислоты Fdbio scienceFD2001Измерьте содержание белка в BEV на этапе 8.2
BioRenderBioRenderhttps://app.biorender.comСделайте схематический рабочий процесс выделения и очистки BEV показанным на рисунке 1
Кабинет биобезопасностиHaierHR1200- II B2Peform процедуры по обработке образцов кала
Центрифуга 5810 R; Ротор F-34-6-38Eppendorf5805000092; 5804727002, адаптер: 5804774000Предварительная обработка для BEV (Шаг 3)
Аппарат для хемилюминесценцииBIO-OIOI600SE-MFИспользуется в вестерн-блоттинге для детектирования сигнала на Шаге 8.5.12
Цитирование 5BioTekF01Микропланшетный детектор для измерения значений абсорбции (Шаг 8.1) и флуоресценции (Рисунок 6) 
Дил-лабированный липопротеин низкой плотностиACMECAC12038Определение распределения интерферирующих компонентов 
Оборудование для электрофорезаBio-rad1658033Используется в вестерн-блоттинге для разделения и переноса белков на Ступени 8.5.2, 8.5.3, 8.5.5
Набор для усиленной хемилюминесценции HRP Fdbio scienceFD8020Используется в вестерн-блоттинге для обнаружения сигнала на Шаге 8.5.12
Escherichia coli  American Type Culture CollectionATCC8739Isolate BEV в качестве положительного контроля. Протокол: Растворите 25 г порошка LB в 1 л деионизированной воды и проведите автоклав. Трансфер 800 μ L консервированной кишечной палочки в среду. Культивируйте при 37 °deg; C в шейкере инкубатора. Затем центрифугировать при 3 000 раз; g в течение 20 мин при 4 °°; С, 12 000 и раз; g в течение 30 мин при 4°°; C, отфильтровать надосадочную жидкость через 0,22 μ м мембраны, и выполнять сверхскоростное центрифугирование при 160, 000 & раз; g в течение 70 мин при 4°C. Окатыши, определенные как сырые BEV из Escherichia coli, суспендировали в 1,2 мл PBS (Этапы 3, 4).       
Пробирки Falcon 50 млKIRGENKG2811Предварительная обработка для BEV (Шаг 3)
Буфер для окрашивания белка FetoAbsciab.001.50Окрашивание в бриллиантовый синий цвет Coomassie на Шаге 8.5.4
Фильтровальная бумагаBiosharpBS-TFP-070BМорфологическое наблюдение за BEV с использованием TEM на Шаге 8.3 (Промокание раствора)
Медные сетки с поддержкой Formvar/Carbon Sigma-AldrichTEM-FCF200CU50Морфологическое наблюдение за BEV с использованием TEM на Step 8.3
HEPES powderMeilunbioMB6078Приготовление йодиксаноловых буферов с различными концентрациями для центрифугирования градиента
плотности HRP AffiniPure Goat Anti-mouse IgG (H+L)Fdbio scienceFDM007Western blotting (вторичное антитело)
HRP AffiniPure Goat Anti-rabbit IgG (H+L)Fdbio наукаFDR007Вестерн-блоттинг (вторичное антитело)
Шейкер инкубатораQiangwenDHZ-LКультивировать Escherichia coli 
Kimwipes™ Салфетки для деликатной задачиKimtech Science34155Протрите внутреннюю стенку ультрацентрифужной пробирки с шагом 4,15
фунта бульонаHopebioHB0128Культивируйте кишечную палочку 
Морозильная камера с низкой температурой (-80 °°; C)HaierDW-86L338JХранение образцов
МетанолАлальддинM116118Используется в вестерн-блоттинге для активации мембраны PVDF на ступени 8.5.5
Микропробирки 1,5 млKIRGENKG2211Восстановление фракций после центрифугирования с градиентом плотности
Микропробирки 2 млKIRGENKG2911Восстановление фракций после центрифугирования с градиентом плотности
пробирки 5 млBBIF610888-0001Восстановление фракций после центрифугирования градиента плотности
Считыватель микропланшетов Термо Фишер Multiskan MK3Измерьте содержание белка в BEV на шаге 8,2
Фильтр миллипор 0,22 μ mMerck многопороваяSLGP033RBфильтрационная стерилизация; Материал: полиэфирсульфон, PES
NaClGHTECH1.01307.040Раствор для центрифугирования с градиентом
плотности NaOHGHTECH1.01394.068Раствор для центрифугирования с градиентом плотности (регулировка pH)
Optima™ XPN-100Beckman CoulterA94469Ультрацентрифугирование для выделения БЭВ на ступеньках 4, 7
OptiPrep™Serumwerk Bernburg AG1893Градиент плотности центрифугирования стоковый раствор
Орбитальный шейкерYouningCS-100Растворение кала на этапе 2
Фосфатный буферный физиологический растворProcellPB180327Растворение кала на этапе 2
ПипеткаEppendorf3120000267, 3120000259Перенос раствора
Пластиковая пастеровская пипеткаABCbioABC217003-4Удалить надосадочную жидкость при предварительной обработке на этапе 3.4
Мембраны из поливинилидендифторида (PVDF)МиллипорыISEQ00010, IPVH00010Используется в вестерн-блоттинге для переноса белка на этапе 8.5.5
Сборный полиакриламидный гель, 4– 20% 15 лунокACEF15420ГельИспользуется в вестерн-блоттинге для разделения белка на Шаге 8.5.2, 8.5.3
Разбавитель первичного антителаFdbio scienceFD0040Используется в вестерн-блоттинге на Шаге 8.5.8
Белковый лестницаFdbio scienceFD0672Используется при вестерн-блоттинге и окрашивании Кумасси бриллиантовым синим цветом на Шаге 8.5
Раствор для быстрого блоттингабелка UBIOUW0500Используется в вестерн-блоттинге для переноса белка на этапе 8.5.5
Ротор SW 32 Ti Ротор с качающимся ведромBeckman Coulter369650Ультрацентрифугирование для выделения BEV на этапе 4, 7
Шприц 20 мл, 50 мл JetwayZSQ-20ML, YCXWJZSQ-50 млБуферы для переноса и удаления надосадочной жидкости при предварительной обработке
порошка TBSFdbio scienceFD1021Используется в вестерн-блоттинге на Шаге 8.5
Просвечивающий электронный микроскоп (TEM)Hitachi H-7650Морфологическое наблюдение для BEV на этапе 8.3
Tween-20Fdbio scienceFD0020Используется в вестерн-блоттинге на этапе 8.5
Ультрацентрифужная пробиркаBeckman326823, 355642Ультрацентрифугирование для выделения BEV на этапе 4, 7
Ультрачистый стендAIRTECHSW-CJ-2FDФорма процедур по работе с жидкостью
Водяная баняBluepardCU600Используется для измерения содержания белка в BEV на этапе 8.2.5
ZetaViewParticle MetrixS/N 21-734, программное обеспечение ZetaView (версия 8.05.14 SP7)Анализ отслеживания наночастиц (NTA) для измерения размера частиц и концентрации BEV на шаге 8.4
Микропробирки

Ссылки

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Costello, E. K., et al. Bacterial community variation in human body habitats across space and time. Science. 326 (5960), 1694-1697 (2009).
  2. Greenhalgh, K., Meyer, K. M., Aagaard, K. M., Wilmes, P. The human gut microbiome in health: establishment and resilience of microbiota over a lifetime. Environmental Microbiology. 18 (7), 2103-2116 (2016).
  3. de Vos, W. M., Tilg, H., Van Hul, M., Cani, P. D. Gut microbiome and health: mechanistic insights. Gut. 71 (5), 1020-1032 (2022).
  4. Zhou, P., Yang, D., Sun, D., Zhou, Y. Gut microbiome: New biomarkers in early screening of colorectal cancer. Journal of Clinical Laboratory Analysis. 36 (5), 24359(2022).
  5. Paik, D., et al. Human gut bacteria produce Τ(Η)17-modulating bile acid metabolites. Nature. 603 (7903), 907-912 (2022).
  6. Parada Venegas, D., et al. Short chain fatty acids (SCFAs)-mediated gut epithelial and immune regulation and its relevance for inflammatory bowel diseases. Frontiers in Immunology. 10, 277(2019).
  7. Jiang, C., Li, G., Huang, P., Liu, Z., Zhao, B. The Gut microbiota and Alzheimer's disease. Journal of Alzheimer's Disease. 58 (1), 1-15 (2017).
  8. Morais, L. H., Schreiber, H. L. t, Mazmanian, S. K. The gut microbiota-brain axis in behaviour and brain disorders. Nature Reviews Microbiology. 19 (4), 241-255 (2021).
  9. Kim, J. H., Lee, J., Park, J., Gho, Y. S. Gram-negative and Gram-positive bacterial extracellular vesicles. Seminars in Cell and Developmental Biology. 40, 97-104 (2015).
  10. Toyofuku, M., Nomura, N., Eberl, L. Types and origins of bacterial membrane vesicles. Nature Reviews Microbiology. 17 (1), 13-24 (2019).
  11. Xie, J., Li, Q., Haesebrouck, F., Van Hoecke, L., Vandenbroucke, R. E. The tremendous biomedical potential of bacterial extracellular vesicles. Trends in Biotechnology. 40 (10), 1173-1194 (2022).
  12. Coumans, F. A. W., et al. Methodological guidelines to study extracellular vesicles. Circulation Research. 120 (10), 1632-1648 (2017).
  13. Northrop-Albrecht, E. J., Taylor, W. R., Huang, B. Q., Kisiel, J. B., Lucien, F. Assessment of extracellular vesicle isolation methods from human stool supernatant. Journal of Extracellular Vesicles. 11 (4), 12208(2022).
  14. Park, Y. E., et al. Microbial changes in stool, saliva, serum, and urine before and after anti-TNF-α therapy in patients with inflammatory bowel diseases. Scientific Reports. 12 (1), 6359(2022).
  15. Tulkens, J., De Wever, O., Hendrix, A. Analyzing bacterial extracellular vesicles in human body fluids by orthogonal biophysical separation and biochemical characterization. Nature Protocols. 15 (1), 40-67 (2020).
  16. Tulkens, J., et al. Increased levels of systemic LPS-positive bacterial extracellular vesicles in patients with intestinal barrier dysfunction. Gut. 69 (1), 191-193 (2020).
  17. Kang, C. S., et al. Extracellular vesicles derived from gut microbiota, especially Akkermansia muciniphila, protect the progression of dextran sulfate sodium-induced colitis. PloS one. 8 (10), 76520(2013).
  18. Simonsen, J. B. What are we looking at? Extracellular vesicles, lipoproteins, or both. Circulation Research. 121 (8), 920-922 (2017).
  19. Correll, V. L., et al. Optimization of small extracellular vesicle isolation from expressed prostatic secretions in urine for in-depth proteomic analysis. Journal of Extracellular Vesicles. 11 (2), 12184(2022).
  20. Liang, X., et al. Gut bacterial extracellular vesicles: important players in regulating intestinal microenvironment. Gut Microbes. 14 (1), 2134689(2022).
  21. Alberti, G., et al. Extracellular vesicles derived from gut microbiota in inflammatory bowel disease and colorectal cancer. Biomedical papers of the Medical Faculty of the University Palacky, Olomouc, Czech Republic. 165 (3), 233-240 (2021).
  22. Díez-Sainz, E., Milagro, F. I., Riezu-Boj, J. I., Lorente-Cebrián, S. Effects of gut microbiota-derived extracellular vesicles on obesity and diabetes and their potential modulation through diet. Journal of Physiology and Biochemistry. 78 (2), 485-499 (2022).
  23. Lajqi, T., et al. Gut microbiota-derived small extracellular vesicles endorse memory-like inflammatory responses in murine neutrophils. Biomedicines. 10 (2), 442(2022).
  24. Lee, K. E., et al. The extracellular vesicle of gut microbial Paenalcaligenes hominis is a risk factor for vagus nerve-mediated cognitive impairment. Microbiome. 8 (1), 107(2020).
  25. Villard, A., Boursier, J., Andriantsitohaina, R. Bacterial and eukaryotic extracellular vesicles and nonalcoholic fatty liver disease: new players in the gut-liver axis. American Journal of Physiology-Gastrointestinal and Liver Physiology. 320 (4), G485-G495 (2021).
  26. Wei, S., et al. Outer membrane vesicles enhance tau phosphorylation and contribute to cognitive impairment. Journal of Cellular Physiology. 235 (5), 4843-4855 (2020).
  27. Bitto, N. J., Kaparakis-Liaskos, M. Methods of bacterial membrane vesicle production, purification, quantification, and examination of their immunogenic functions. Methods in Molecular Biology. 2523, 43-61 (2022).
  28. Stentz, R., Miquel-Clopés, A., Carding, S. R. Production, isolation, and characterization of bioengineered bacterial extracellular membrane vesicles derived from Bacteroides thetaiotaomicron and their use in vaccine development. Methods in Molecular Biology. 2414, 171-190 (2022).
  29. Zhang, Q., Jeppesen, D. K., Higginbotham, J. N., Franklin, J. L., Coffey, R. J. Comprehensive isolation of extracellular vesicles and nanoparticles. Nature Protocols. 18 (5), 1462-1487 (2023).
  30. Iwai, K., Minamisawa, T., Suga, K., Yajima, Y., Shiba, K. Isolation of human salivary extracellular vesicles by iodixanol density gradient ultracentrifugation and their characterizations. Journal of Extracellular Vesicles. 5, 30829(2016).
  31. Vandeputte, D., et al. Stool consistency is strongly associated with gut microbiota richness and composition, enterotypes and bacterial growth rates. Gut. 65 (1), 57-62 (2016).
  32. Wen, M., et al. Bacterial extracellular vesicles: A position paper by the Microbial Vesicles Task Force of the Chinese Society of Extracellular Vesicles. Interdisciplinary Medicine. 1, 12046(2023).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на повторное использование текста или иллюстраций этой статьи JoVE

Запросить разрешение

Теги

BEVBEV

Похожие статьи