Быстрая настройка тканевых микрочипов и визуализации мозаичных областей на мультиплексном ионно-лучевом микроскопе с использованием интерфейса Tile/SED/Array

Summary

Мультиплексная ионно-лучевая визуализация (MIBI) часто используется для визуализации тканевых микрочипов и мозаичных, смежных областей тканей, но нынешнее программное обеспечение для постановки этих экспериментов является громоздким. Интерфейс tile/SED/array — это интуитивно понятный интерактивный графический инструмент, разработанный для значительного упрощения и ускорения настройки MIBI.

Abstract

Мультиплексная ионно-лучевая визуализация (MIBI) — это метод микроскопии нового поколения, основанный на масс-спектрометрии, который генерирует 40+ плексных изображений экспрессии белка в гистологических тканях, что позволяет детально препарировать клеточные фенотипы и гистоархитектурную организацию. Ключевым узким местом в работе является, когда пользователи выбирают физические места на ткани для визуализации. По мере увеличения масштаба и сложности экспериментов MIBI интерфейс, предоставляемый производителем, и инструменты сторонних производителей становятся все более громоздкими для визуализации больших тканевых микрочипов и мозаичных участков тканей. Таким образом, был разработан интерактивный веб-слой интерактивного графического интерфейса «что видишь, то и получаешь» (WYSIWYG) — интерфейс тайлов/SED/массива (TSAI) — для того, чтобы пользователи могли задавать местоположения изображений с помощью знакомых и интуитивно понятных жестов мыши, таких как перетаскивание, перетаскивание и рисование полигонов. Написанный в соответствии с веб-стандартами, уже встроенными в современные веб-браузеры, он не требует установки внешних программ, расширений или компиляторов. Этот интерфейс, представляющий интерес для сотен нынешних пользователей MIBI, значительно упрощает и ускоряет настройку больших и сложных прогонов MIBI.

Introduction

Мультиплексная ионно-лучевая визуализация (MIBI) — это метод одновременной визуализации 40+ белков на срезах гистологических тканей с разрешением до 250 нм ^1,2,3. После окрашивания участка гистологической ткани антителами, меченными изотопно чистыми элементарными металлами, прибор MIBI выполняет масс-спектрометрию вторичных ионов для одновременного количественного определения всех изотопов и, следовательно, экспрессии всех 40+ антигенов в отдельных точках ткани. Полученные 40+ изображений экспрессии белка, выполненные по сетке из миллионов точек, позволяют очертить границы клеток и идентифицировать конкретные типы клеток, сохраняя при этом пространственный контекст 1,2,3,4. Этот метод был использован сотнями пользователей примерно в 20 центрах для изучения клеточного состава, метаболических профилей и/или архитектуры десятков типов тканей в рамках изучения иммунного ответа на опухоли, воспаления тканей, вызванного инфекционными агентами, невропатологии деменции и иммунной толерантности при беременности 5,6,7,8,9^{. 10,11}.

Ключевым узким местом в работе прибора MIBI является настройка полей зрения (FOV) - от 200 x 200 μm² до 800 x 800 μm² участков ткани - для визуализации. MIBI визуализирует по одному полю зрения за раз, до 800 x 800^мкм2, поэтому для визуализации больших областей требуется сшивание нескольких полей зрения вместе. Визуализация тканевого микрочипа (например, восьми круглых тканей на рисунке 1A) включает в себя размещение нескольких полей зрения, расположенных на расстоянии друг от друга. Для настройки поля зрения интерфейс производителя предоставляет 1) изображение предметного стекла с оптической камеры с перекрестием, которое примерно соответствует заданной координате изображения (рисунок 1A) и 2) изображение вторичного электронного детектора (SED), которое показывает точную область в точке координаты, как сообщается, с точностью до 0,1 мкм (рисунок 1B). Во-первых, пользователь грубо позиционирует один угол обзора с помощью оптического изображения. Поскольку разрешение изображения составляет всего около 60 мкм на пиксель, если размещение смещено на два пикселя (2 пикселя x 60 мкм на пиксель), стандартный угол обзора 400 мкм будет смещен на 30%. Таким образом, пользователь должен использовать изображение SED для тонкой настройки положения - утомительная последовательность из дюжины шагов, включающая несколько всплывающих окон, ввод координат в текстовые поля, медленное подталкивание SED с помощью кнопок управления направлением и часто даже запись координат на бумаге (дополнительный рисунок 1). Этот процесс необходимо повторить для каждой точки 100+ ядра тканевого микрочипа (ТМА). Некоторые сторонние инструменты могут помочь с первоначальным черновым позиционированием¹². Тем не менее, они все еще требуют некоторых знаний в программировании, а окончательное позиционирование по-прежнему осуществляется с помощью процесса из дюжины шагов. Кроме того, очень сложно расположить сетки смежных полей зрения, которые позже будут сшиты в мозаичное панорамное изображение.

Таким образом, интерфейс тайлов/SED/массива (TSAI) был разработан с целью дать пользователям возможность быстро позиционировать большое количество FOV с помощью интуитивно понятного интерактивного графического интерфейса. TSAI состоит из двух основных компонентов: 1) Графический веб-интерфейс пользователя (Web UI) для быстрого размещения точек TMA и тканевых плиток и 2) Интеграция в пользовательский интерфейс управления MIBI для создания мозаичного изображения SED и корректировки положения поля зрения. Если использовать только оптическое изображение, многие поля зрения можно приблизительно расположить, а затем быстро отрегулировать с помощью инструментов навигации/настройки поля зрения (Рисунок 2, TSAI, левая ветвь). Однако, если выполняется мозаичное SED, FOV могут быть точно расположены на мозаичном изображении SED без необходимости дальнейшей настройки в режиме SED (Рисунок 2, TSAI, правая ветвь). Представляя общий интерес для сотен текущих пользователей MIBI, эти инструменты делают тайлинг и позиционирование TMA очень простыми даже для новичков и сокращают сложные настройки MIBI с нескольких часов до нескольких десятков минут.

Protocol

1. Загрузка ЦАИ

1. Запустите TSAI, открыв https://tsai.stanford.edu/research/mibi_tsai в веб-браузере компьютера управления пользователя MIBI.
   1. Этот экземпляр TSAI содержит пользовательские пресеты, которые не применяются ко всем инструментам. При его использовании стройте тайлы только из шаблона FOV, как показано ниже в шаге 2.6. TSAI выполняется локально в веб-браузере, и никакие данные об изображениях, .json или именах файлов не отправляются на сервер и не хранятся на нем.
2. Как вариант, вы можете настроить TSAI на любом веб-сайте с пользовательскими пресетами для любого инструмента.
   1. Перейдите в https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai и скачайте каталог mibi_tsai_standalone. Либо загрузите файл дополнительного кодирования 1 .zip и распакуйте содержимое в каталог с именем mibi_tsai_standalone.
   2. Откройте mibi_tsai_standalone/_resources/index.js в любом текстовом редакторе.
   3. При необходимости отредактируйте размер поля зрения, выбор времени/времени задержки, размер растра, FOV JSON и рекомендуемые предустановленные настройки в index.js в соответствии с настройками инструмента. В основном это относится к специализированным приборам, но выбор пар времени задержки/синхронизации следует проверять в любом случае. Сэкономьте index.js.
   4. Загружайте mibi_tsai_standalone на любой веб-сервер, доступный через Интернет, например, на веб-сайт лаборатории или веб-сайт университета.
   5. Откройте mibi_tsai_standalone/index.html в веб-браузере управляющего компьютера пользователя MIBI.

2. Загрузка слайда MIBI и создание файла шаблона

1. Войдите в систему отслеживания экспериментов MIBI (предоставляемый производителем веб-интерфейс для управления метаданными, связанными со сканированием) в веб-браузере.
2. На вкладке «Слайды » добавьте новый слайд и добавьте новый раздел (Дополнительный рисунок 2A-B). На вкладке Ресурсы выберите или создайте панель маркеров (дополнительный рисунок 2C).
3. На вкладке Sections добавьте новую секцию на панель (Дополнительный рисунок 2D).
4. Войдите в пользовательский интерфейс управления MIBI в веб-браузере. Загрузите слайд MIBI, нажав кнопку Exchange Sample и выбрав новый слайд (дополнительный рисунок 3A).
5. Создайте шаблон поля зрения, нажав кнопку «Добавить поле зрения » (дополнительный рисунок 3B) и задав размеры кадра, размер поля зрения, время задержки, режим визуализации и идентификатор сечения.
6. Экспортируйте (скачайте) список FOV в файл .json (дополнительный рисунок 3C). Загрузите оптическое изображение в виде файла .png (дополнительный рисунок 3D).

3. Корегистрация мотора оптического изображения и столика

1. Откройте веб-интерфейс TSAI в веб-браузере. Если корегистрация ранее не проводилась, меню оптической корегистрации должно открыться автоматически. Если она была выполнена и является адекватной, не повторяйте эти шаги.
2. Откройте меню «Оптическая корегистрация ». Нажмите кнопку Копировать код автоматической совместной регистрации в буфер обмена (дополнительный рисунок 4A).
3. Откройте интерфейс пользовательского управления MIBI в веб-браузере. Нажмите Ctrl+Shift+J , чтобы открыть консоль браузера, или щелкните правой кнопкой мыши на странице и выберите «Проверить», затем откройте вкладку «Консоль » (дополнительный рисунок 4B).
4. Вставьте код в консоль и нажмите Enter. Нажмите на ссылку, сгенерированную в консоли (дополнительный рисунок 4C). Это приведет к загрузке совместной регистрации в веб-интерфейс TSAI и сохранению ее в виде файла cookie, чтобы она сохранялась и не требовала повторения до тех пор, пока не произойдет изменение аппаратного обеспечения прибора.

4. Мозаичное сканирование SED

1. Загрузите файлы .png и .json оптического изображения из шага 2.6, перетащив их в веб-интерфейс TSAI.
2. Откройте меню SED Tiler и щелкните текстовое поле в верхнем ряду (дополнительный рисунок 5A).
3. Нажмите (± перетащите) оптическое изображение, чтобы выбрать верхний левый угол для сканирования с помощью самошифрования (дополнительный рисунок 5B).
4. Нажмите клавишу D или щелкните текстовое поле во второй строке меню SED Tiler.
5. Нажмите (± перетащите) оптическое изображение, чтобы выбрать правый нижний угол для сканирования с помощью самошифрования.
6. В меню SED Tiler выберите команду Копировать сканирование SED и изменить код коррекции сдвига в буфер обмена (дополнительный рисунок 5C).
7. Откройте интерфейс пользовательского управления MIBI в веб-браузере. Вставьте код в консоль и нажмите Enter (дополнительный рисунок 5D).
8. Переведите MIBI в режим SED на настройке QC - 300 μm, переместитесь в область, которая не будет обнаружена, и отрегулируйте усиление, фокусировку и стигмацию.
   1. Регулируйте яркость и контрастность изображения SED без изменения усиления. Нажмите B , чтобы увеличить яркость, или Shift+B , чтобы уменьшить ее. Нажмите C, чтобы увеличить контраст, или Shift+C , чтобы уменьшить его. Нажмите Shift+V , чтобы сбросить яркость и контрастность.
9. Нажмите Shift+T, чтобы начать мозаичное сканирование SED.
10. По завершении он должен автоматически сохранить новый файл .png мозаичного образа SED (рисунок 3). Символы могут быть добавлены в начало имени файла, но не изменяют никакую другую часть имени файла.
11. Если определенные плитки не в фокусе или отсканированы неправильно, отсканируйте их повторно.
    1. Нажмите Shift+R, чтобы добавить плитку в очередь повторного сканирования. Откроется диалоговое окно, в котором пользователю будет предложено ввести строку и столбец плитки. Номера индексируются с нулевой индексацией, таким образом вводится 8,0 очередей в девятую строку, в первую колонку.
    2. После добавления всех соответствующих плиток в очередь нажмите Shift+T для повторного сканирования. По завершении он должен автоматически сохранить новый файл .png мозаичного образа SED.
12. Критический шаг: Проверьте мозаичное сканирование SED на наличие больших перекосов (Рисунок 3C-D). При наличии обратитесь в службу поддержки производителя для регулировки мотора и луча изображения или попробуйте выполнить ручную коррекцию программного обеспечения с помощью клавиатуры в шагах с 4.12.1 по 4.12.9 (дополнительный рисунок 6A).
    1. Чтобы проверить выравнивание мотора ступени SED, переместитесь на область предметного стекла без ткани. Нажмите Shift+5 , чтобы записать пять полей зрения размером 400 мкм в шахматном порядке (Дополнительный рисунок 6B-C), или Shift+9 , чтобы зажечь схему 3 x 3 из 400 мкм FOV (Дополнительный рисунок 6D-E).
    2. Если столбцы FOV находятся слишком далеко друг от друга, нажмите 1 и установите значение x f(x) в отрицательную десятичную дробь, обычно в диапазоне от -0,0025 до -0,1.
    3. Если поле зрения третьего ряда смещено влево относительно поля зрения первого ряда, нажмите 2 и установите значение x f(y) в положительное десятичное число, обычно от 0,0025 до 0,1.
    4. Если поле зрения третьего столбца смещено вниз относительно поля зрения первого столбца, нажмите 3 и установите значение y f(x) в отрицательное десятичное число, обычно в диапазоне от -0,0025 до -0,1.
    5. Если строки FOV находятся слишком далеко друг от друга, нажмите 4 и установите значение y f(y) в отрицательную десятичную дробь, обычно от -0,0025 до -0,1.
    6. Повторяйте шаги с 4.12.1 по 4.12.5 до тех пор, пока шахматная доска и узоры 3 x 3 не образуют примерно прямую сетку (дополнительный рисунок 6C, E).
    7. Нажмите S, чтобы сохранить .png изображение узора со значениями коррекции в имени файла.
    8. Перетащите этот файл .png в веб-интерфейс TSAI, чтобы загрузить значения и сохранить их в файле cookie браузера.
    9. Выполните мозаичное сканирование SED для проверки коэффициентов. Основываясь на тех же принципах, что и в шагах с 4.12.2 по 4.12.5, внесите дальнейшие корректировки коэффициентов, чтобы исправить любые смещения в мозаичных изображениях SED.
13. Если мозаичный SED подходит, нажмите клавишу Escape. Вернитесь в веб-интерфейс TSAI.
14. Перетащите мозаичный файл .png SED в веб-интерфейс TSAI (дополнительный рисунок 5E).
15. Нажмите на вкладку SED и отрегулируйте масштаб (дополнительный рисунок 5F).
16. Чтобы настроить яркость и контрастность изображения и/или параметры рисования, такие как толщина линии и размер курсора, используйте меню параметров слайда над изображением SED.
17. Сочетания клавиш доступны и наиболее заметны рядом с элементами управления изображением: нажмите Z для увеличения и Shift+Z для уменьшения. Нажмите B, чтобы увеличить яркость, или Shift+B , чтобы уменьшить ее. Нажмите C для увеличения контраста или Shift+C для его уменьшения. Нажмите Shift+V , чтобы сбросить яркость и контрастность. Нажмите L , чтобы переключить надписи над плитками. Нажмите O , чтобы переключить круги радиусом 5 мм, нарисованные вокруг точек фокусировки.

5. Тканевый микрочип (ТМА)

1. Если вы задаете поле зрения для сетки точек ТМА, сначала установите шаблон поля зрения для репликации. В соответствующей плитке столбца Тайлы настройте столбцы и строки (Рисунок 4A) и отметьте/снимите флажки на карте (Рисунок 4B), а также при необходимости отрегулируйте другие настройки поля зрения.
2. На соответствующей плитке нажмите TMA , чтобы открыть меню параметров TMA (рисунок 4C). Задайте количество строк и столбцов точек ТМА (рисунок 4D). При необходимости добавьте префикс именования (рисунок 4E) и отредактируйте нумерацию начальных строк и столбцов (рисунок 4F).
3. На изображении слайда нажмите на четыре угла TMA (рисунок 4G-J). Щелкните и перетащите обведенные углы, чтобы настроить положение перекрестия так, чтобы они наилучшим образом совпадали с точками TMA.
4. Нажмите кнопку Build TMA в меню параметров TMA (рисунок 4K).
5. Наведите курсор на каждую плитку в столбце плиток, чтобы проверить ее расположение. Чтобы выполнить настройку, нажмите кнопку «Переместить » (рисунок 4L). Затем нажмите и перетащите изображение слайда или нажмите клавиши со стрелками на клавиатуре.
   1. Удерживая клавишу Shift , нажимайте клавиши со стрелками, чтобы переместиться на большее расстояние. Удерживайте клавишу Alt (Windows) или Opt (Mac), нажимая клавиши со стрелками, чтобы переместиться на более короткое расстояние.
   2. Когда выбран вариант перемещения, нажмите T , чтобы снять флажок рядом с именем плитки, удалить ее из представления и исключить из всех последующих файлов .json. В качестве альтернативы снимите флажок непосредственно с помощью мыши (рис. 4M) или полностью снимите его, нажав кнопку «Удалить».
   3. Когда выбрано перемещение, нажмите 2, 4 или 8 , чтобы установить размер поля зрения на 200 мкм, 400 мкм или 800 мкм соответственно, и размеры растра будут пропорционально масштабированы таким образом, чтобы разрешение изображения осталось неизменным.
   4. Когда выбран вариант перемещения, нажмите A , чтобы перейти к предыдущей плитке, или нажмите D , чтобы перейти к следующей плитке.
   5. Чтобы настроить другие параметры плитки, нажмите кнопку ≡, чтобы развернуть меню настроек, если оно не отображается.

6. Площадная/полигональная плитка

1. Если поле зрения установлено для покрытия смежного участка ткани, сначала отрегулируйте параметры поля зрения по мере необходимости в соответствующей плитке столбца Мозаика.
2. На соответствующей плитке нажмите кнопку Polygon (рисунок 5A). Нажмите на изображение слайда, чтобы задать вершины/углы области, на которую будет нанесена мозаика (Рисунок 5B-C). Дважды щелкните мышью, чтобы замкнуть многоугольник и покрыть область FOV (Рисунок 5D).
3. Прокрутите вниз столбец Тайлы и нажмите кнопку ≡ (^ в развернутом виде, Рисунок 5E) в новой плитке полигона, чтобы увидеть карту плитки.
4. Включите или выключите отдельные плитки, щелкнув по карте плиток (рисунок 5F) или щелкнув по кликеру (рисунок 5G) и щелкнув по мозаичным полям обзора на изображении слайда.
5. Чтобы отключить несколько полей зрения, нажмите « Ластик », а затем щелкните и перетащите мозаичные поля зрения на слайде (рисунок 5H).
6. Чтобы включить несколько полей обзора, нажмите на кнопку Кликер (рисунок 5G), а затем щелкните и перетащите пустые области на слайде, покрытом картой плиток.
7. Чтобы вставить строки выше, нажмите кнопку ▲ (Рисунок 5I). Чтобы вставить столбцы влево, нажмите кнопку ◄ (рисунок 5J).
8. Чтобы настроить положение плитки, нажмите «Переместить » (рис. 5K). Затем щелкните и перетащите изображение слайда, нажмите клавиши со стрелками на клавиатуре или используйте другие элементы управления, описанные в шагах с 5.5.1 по 5.5.5.

7. Навигация и настройка FOV

1. Если мозаика SED смещена или перекрестие оптического изображения не отражает фактическое положение двигателя сцены, отрегулируйте положения поля зрения в режиме SED в пользовательском интерфейсе управления MIBI с помощью приведенных ниже элементов управления с клавиатуры.
2. Откройте меню навигации/настройки FOV под изображением слайда (оптического или SED). Нажмите «Скопировать код навигации FOV в буфер обмена».
3. Откройте интерфейс пользовательского управления MIBI в веб-браузере. Переведите MIBI в режим SED и отрегулируйте усиление, фокусировку и стигмацию.
4. Нажмите Ctrl+Shift+J, чтобы открыть консоль браузера, или щелкните правой кнопкой мыши на странице и выберите «Проверить», затем откройте вкладку «Консоль».
5. Вставьте код в консоль и нажмите Enter. Код автоматически перейдет к первому полю зрения и точному позиционированию поля зрения, отображаемому в образе SED пользовательского интерфейса управления MIBI.
6. Регулируйте яркость и контрастность изображения SED без изменения усиления. Нажмите B , чтобы увеличить яркость, или Shift+B , чтобы уменьшить ее. Нажмите C, чтобы увеличить контраст, или Shift+C , чтобы уменьшить его. Нажмите Shift+V , чтобы сбросить яркость и контрастность.
7. Чтобы отрегулировать увеличение SED, нажмите клавиши M (200 μm), , (400 μm), . (800 μm) или / (максимум).
8. Чтобы переместить угол обзора, нажимайте клавиши со стрелками на клавиатуре. Сохраните положение, нажав W. Удерживая клавишу Shift , нажимайте клавиши со стрелками, чтобы переместиться на большее расстояние. Удерживайте клавишу Alt (Windows) или Opt (Mac), нажимая клавиши со стрелками, чтобы переместиться на более короткое расстояние. Обратите внимание, что только R1C1 любой заданной клетки может быть перемещен.
9. Чтобы включить или выключить поле зрения, нажмите T. Чтобы изменить размер поля зрения, нажмите 2 (200 μм), 4 (400 μм) или 8 (800 μм). Размеры растра будут масштабироваться пропорционально таким образом, чтобы разрешение изображения оставалось прежним.
10. Чтобы сохранить файл изображения SED и наложенного перекрестия, нажмите S. Чтобы сохранить черновик корректировок в файл .txt, нажмите X.
11. Когда все будет удовлетворено, нажмите D , чтобы перейти к следующему полю зрения, или A , чтобы вернуться к предыдущему углу обзора. Повторите шаги с 7.6 по 7.11 для всех FOV.
12. Когда закончите со всеми углами обзора, нажмите X или Escape. Корректировки будут сохранены в файл .txt и скопированы в буфер обмена.
13. Вернитесь в веб-интерфейс TSAI. Перетащите файл .txt в веб-интерфейс TSAI или вставьте корректировки в текстовое поле в меню навигации/корректировки FOV.
14. Нажмите кнопку «Настроить », чтобы применить корректировки к плиткам в столбце «Плитки».

8. JSON создание и импорт файлов

1. Под столбцом Плитки в разделе Выходные данные проверьте список плиток и предполагаемое время выполнения (дополнительный рисунок 7A).
2. В разделе Группировка выберите параметр группировки поля зрения (дополнительный рисунок 7B). Группировка не влияет на последовательно упорядоченный .json файл.
   1. Для файла случайного .json группировка полей зрения по листам будет упорядочивать поля зрения таким образом, что все поля зрения в пределах данного листа остаются вместе, даже если листы расположены в случайном порядке.
   2. Для файла рандомизированных .json параметр «Не группировать поля зрения» будет случайным образом упорядочивать поля зрения таким образом, что поля зрения из разных плиток будут перемешаны.
   3. Если была указана автофокусировка во время выполнения, поля обзора будут автоматически сгруппированы по ближайшему автофокусному узлу.
3. В разделе «Разделение» выберите параметр для разделения на несколько .json файлов (дополнительный рисунок 7C).
   1. Параметр «Не разделять» сохранит все поля зрения только в одном файле .json.
   2. Разделение на каждые # FOV разделит FOV на несколько .json файлов, где каждый файл содержит указанное количество FOV.
   3. Разделение каждые # часов # минут разделит FOV на несколько .json файлов, где предполагаемое время выполнения каждого файла составляет примерно указанное количество времени.
4. Просмотрите и переупорядочьте поле зрения в файлах .json, открыв меню «Переупорядочить» (дополнительный рисунок 7D). Чтобы переместить поле обзора, щелкните и перетащите его в нужное положение. Другие поля зрения будут интерактивно перестраиваться вокруг перетаскиваемого поля зрения.
5. Чтобы сохранить .json файл(ы), нажмите на кнопку (кнопки) FOVs под меню переупорядочивания. Последовательный .json упорядочивает поля зрения по плиткам, затем строкам, затем столбцам (дополнительный рисунок 7E). Случайный .json рандомизирует поля зрения в группах, выбранных на шаге 8.2 (дополнительный рисунок 7F).
6. Чтобы сохранить изображение ткани с полем зрения и примененными параметрами отображения (надписи плитки, яркость, контрастность и т. д.), нажмите кнопку «Сохранить мозаичное изображение » (дополнительный рисунок 7G). Это часто полезно для ведения записей и обмена информацией с соавторами.
7. Вернитесь к пользовательскому интерфейсу управления MIBI. Нажмите «Импортировать поля зрения» и выберите созданный файл .json. При необходимости отрегулируйте фокус, стигматизацию и ток и нажмите «Начать выполнение».

Results

TSAI предоставляет два метода настройки FOV (рисунок 2). Используется только оптическое изображение (рис. 2, ЦАИ, левая ветвь), как и в других существующих методах. Второй метод - создание мозаичного образа SED - уникален для TSAI (Рисунок 2, TSAI, правая ветвь). TSAI точно рисует поле зрения на этом изображении, избавляя от необходимости тратить часы на подталкивание поля зрения на место в режиме SED интерфейса производителя. Тем н...

Discussion

Мультиплексная ионно-лучевая визуализация (MIBI) является мощным методом для анализа детальных клеточных фенотипов и гистоархитектуры тканей 5,6,7,8,9,10,11. Вычислительные усилия в области MIBI в основном были сосредоточены на обработке данных после визуали...

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Компьютер MIBI	Ionpath
MIBIcontrol (программное обеспечение)	Ionpath
MIBIscope	Ionpath		Multiplexed Ion Beam Imaging (MIBI) микроскоп
MIBIslide	Ionpath	567001	Проводящий предметный стекал для
MIBI Tile/SED/Array Interface (TSAI) (программное обеспечение)		https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai/