Чтобы продемонстрировать эффективность метода, в качестве положительного контроля была проанализирована стандартная смесь ТЖК (10 мкг/мл каждой из смеси ацетилтропина/ацетилпсевдотропина [монозамещенная], по 10 мкг/мл каждой из смеси двух изомеров анизодамина, а также гиосциамин [монозамещенный], литорин [монозамещенный] и скополамин [тризамещенный]) (рис. 2). Полная хроматограмма сканирования Q1 (отображается в виде базовой пиковой хроматограммы) показана на рисунке 2A, при этом стандартные структуры TA обозначены соответствующими пиками. PrIS для m/z 124 (рис. 2B) отображает пики в своей хроматограмме для монозамещенных ТА; Следовательно, отображается смесь ацетилтропина и псевдотропина, гиосциамин и литорин. Пики, соответствующие ацетилтропину и псевдотропину в хроматограмме m/z 124, невелики (возможно, потому, что они имеют более низкую концентрацию, чем другие стандарты, и, возможно, потому, что они могут производить менее распространенный фрагмент m/z 124, чем другие монозамещенные ТА). Тем не менее, они по-прежнему обнаруживаются как на этой хроматограмме, так и в соответствующем канале PrIS. Рисунок 2C и рисунок 2D представляют собой хроматограммы PrIS для m/z 122 и 140 соответственно. Обнаруживая дизамещенные фрагменты ТА, они оба помечают два изомера анизодамина, причем более сильный сигнал виден на канале m/z 140. Поскольку разные ТА могут обладать фрагментами разной интенсивности, каналы m/z 122 и 140 следует исследовать вместе. Наконец, каналы m/z 156 (рис. 2E) и m/z 138 (рис. 2F), диагностические для тризамещенных ТА, демонстрируют один пик для скополамина (единственный тризамещенный ТА в стандартной смеси).
Затем с помощью NLS-хроматограмм были назначены присутствующие эфирные группы. На рисунке 2G показана NLS-хроматограмма для 60 Да (потеря уксусной кислоты из ацетатных эфиров): видны два ацетилированных монозамещенных изомера ТА. NLS-хроматограмма для 166 Да (рис. 2I), предназначенная для идентификации фенилмолочных или тропных эфиров, правильно идентифицирует все алкалоиды, содержащие любую из этих групп (гиосциамин, литторин, два изомера анизодамина и скополамин). Наконец, как и предсказывалось, хроматограмма (рис. 2H) для потери 100 Da (диагностика сложных эфиров тиглоила) является пустой, за исключением незначительной примеси при относительной массе 1,75 мин, так как ни один из стандартных алкалоидов не содержит эту группу.
Затем метод был проверен на ложноположительные результаты. Водно-метанольный экстракт листьев томата (Solanum lycopersicum) служил в качестве отрицательного контроля. Несмотря на то, что помидоры являются пасленовыми растениями, они не производят ТЗ. Полная хроматограмма с базовым пиком сканирования Q1 показана на рисунке 3A. PrIS для m/z 124 (рис. 3B) в основном пустой, с небольшими базовыми флуктуациями, которые, вероятно, являются шумом детектора (ни один сигнал не соответствовал этим массам на сканированиях Q1 или Q3). Две особенности с ОТК 2,6 и 3,4 мин дают фрагмент 124, но изучение сканирования ионов продукта DD показывает, что эти особенности не производят никаких других монозамещенных фрагментов тропана (m/z 93 или 142), что позволяет предположить, что они не являются ТА. Этот пример также подчеркивает полезность включения ионного сканирования продукта DD в этот метод для исключения ложных срабатываний. Аналогично, канал m/z 122 для дизамещенных TA (рис. 3C) также показывает только шум. Хроматограммы PrIS для m/z 140, m/z 138 и m/z 156, а также три NLS, которые предполагают только не-TA признаки на сканировании DD, показаны на дополнительном рисунке 1A-F.
Чтобы продемонстрировать использование этого метода для дерепликации образца, содержащего TA, был проанализирован экстракт корня D. metel var. 'fastuosa'. Корни являются основным местом биосинтеза ТА у пасленовых, и было предсказано, что в них присутствует множество разнообразных ТА. Полная хроматограмма сканирования Q1 показана на рисунке 4A. Как и ожидалось, на PrI были обнаружены многочисленные особенности различной плотности для m/z 124 (Рисунок 4B), m/z 122 (Рисунок 4C), m/z 140 (Рисунок 4D), m/z 156 (Рисунок 4E) и m/z 138 (Рисунок 4F). Многие из этих TA также были ацетилированы или тиглоилированы, или получены из фенилмолочной/тропной кислоты, как показано многочисленными сигналами в хроматограммах NLS на рисунке 4G-I, соответственно.
Электронная таблица, предоставленная в виде файла .xls (пустой лист для использования читателем находится в дополнительном файле 1, корень D. metel находится в дополнительном файле 2), была использована для того, чтобы сначала задокументировать, какие особенности (массы или r.t.s) кажутся похожими на TA (с использованием критериев в шаге 3.1). Далее были отмечены осколки и нейтральные потери, относящиеся к этим особенностям. Метод чрезвычайно чувствителен: каналы PrIS легко обнаруживают даже малораспространенные ТА, которые не дают видимых пиков на соответствующих хроматограммах. Используя фрагменты и нейтральные потери, можно затем предложить структуру алкалоида, следуя шагу 3.5.
Пример использования спектральных данных для аннотирования алкалоидов представлен на рисунке 5. Полная хроматограмма Q1 для корня D. metel представлена на рисунке 5A. Была выбрана функция на 14,4 минуты; спектр сканирования Q1 (рис. 5B) показывает родительскую массу m/z 224 для этого пика. Спектр ионного сканирования продукта DD показан на рисунке 5C. Канал PrIS для m/z 124 (рис. 5D) указывает на то, что ион 224 производит этот фрагмент (также виден на сканировании ионов продукта DD). Канал NLS для 100 Да (для обнаружения тиглоилированных TA) также помечает m/z 224 (также подтверждено сканированием ионов продукта DD). Сложение нейтральных потерь и наименьшего массового фрагмента TA (100 + 124 Da) равно родительской массе, 224, подтверждает, что тиглоильная группа является единственной заменой; вероятная структура этого алкалоида указана на рисунке 5В. Для ди- и тризамещенных ТА наблюдаемые массы нейтральных потерь были добавлены к наименьшей массе ТА, а затем была предложена другая замена для объяснения оставшейся массы: например, m/z 222 с дизамещенными фрагментами ТА 140 и 122 и нейтральными потерями 100 Да имеет остаточную массу 100 (222-122 = 100), Вероятно, это вторая группа тиглоилов. Этот рабочий процесс можно интуитивно использовать для процесса элиминации: объект, в котором отсутствуют фрагменты тропана (даже если он может потерять 60, 100 или 166 Да), вряд ли будет ТА. В качестве примера тщательной и быстрой репликации с использованием этого рабочего процесса в корне D. metel был идентифицирован 71 отдельный ТК различной плотности и полярности, включая множественные изомерные соединения (Дополнительный файл 2). Некоторые из этих соединений имели эфирные группы, которые не могли быть легко отнесены к другим, а некоторые дополнительные соединения были помечены как потенциальные ТЗ, но не могли быть аннотированы с высокой степенью достоверности.
Также был проанализирован метанольно-водный экстракт молотых семян D. stramonium. Полная хроматограмма основания и пика Q1 для корня D. metel показана на рисунке 6A. PrIS для m/z 124 показан на рисунке 6B, а PrIS для m/z 122 показан на рисунке 6C; другие хроматограммы показаны на дополнительном рисунке 2A-F. На рисунке 6B показано очень большое количество монозамещенного тропанового алкалоида при относительном весе = 12,6 мин, вероятно, гиосциамина. Таблица, показывающая аннотации начальных ТП, включена в Дополнительный файл 3. Эффективность метода оказалась ниже для этого конкретного образца: две очень обильные особенности с m/z 259 при r.t.s 8,5 и 10,2 мин дали пики на NLS-хроматограммах для 60 и 100 Да (дополнительный рисунок 2 D,E) с массой m/z 260 (изотоп M+1), указанной в соответствующих спектрах. Эти соединения не являются ТА, а образуют фрагменты, согласующиеся с бета-карболиновыми алкалоидами27. Они не ацетилированы и не тиглоилированы, но теряют 60 или 100 от своего изотопа M+1, что делает их появление на этих двух каналах NLS неправильным. Кроме того, скополамин (r.t. = 10,5 мин) дал фрагмент m/z 122 из своего пика изотопа m/z 305 M+1, изотоп ожидаемого фрагмента скополамина m/z 121. Несмотря на то, что в этих методах используются функции деизотопирования, при таких высоких концентрациях образцов возможна некоторая «утечка» изотопов. Хотя это может быть уникальным явлением для инструмента, используемого в этом исследовании или в этом образце, его стоит отметить.
С помощью этого метода в семенах D. stramonium аннотировали 40 ТА, в том числе несколько, которые, по-видимому, гликозилированы, теряя массу 162 (гексоза), 146 (дезоксигексозу) или 132 Да (ксилоза или аналогичный сахар). В то время как гексозосодержащие ТК были зарегистрированы в Merremia (Convolvulaceae)28, Duboisia29 и Atropa25, это первое сообщение о дезоксигексозе или ксилозосодержащих ТЖ. Один ТА имел относительное сечение 13,8 мин (Рисунок 7A) и массу m/z 436 (сканирование Q1 на Рисунке 7B). Эта функция выдавала сигнал на канале m/z 124, указывающий на монозамещение TA (рис. 7D), но не давала сигналов ни на одном другом канале PrIS или NLS. Сканирование ионов продукта DD (рис. 7C) показало ожидаемую m/z 124, потерю 312 Да, возможно, 166 + 146 Да, от родительского иона. MS/MS с высоким разрешением был получен на квадрупольном времяпролетном приборе (спектр на рисунке 7E), который показал фрагмент m/z 290, предполагающий гиосциамин или литорингликозилированный на гидроксильном эфире с рамнозой или аналогичным сахаром; измеренная точная масса также была очень близка к точной, рассчитанной для рамнозилгиосциамина или литорина (структура на рисунке 7E). Благодаря своей беспрецедентной структуре и распространенности, этот алкалоид заслуживает выделения из семян D. stramonium , что является примером, демонстрирующим использование этого метода в открытии новых алкалоидов.

Рисунок 1: Релевантные фрагменты и потери, наблюдаемые при МС ТК. (А) Характерные фрагменты (и их диагностические массы), образованные из монозамещенных, дизамещенных и трисубситутированных ТП, а также репрезентативные примеры алкалоидов в каждом классе. (В) Общие нейтральные потери, наблюдаемые от сложных эфиров в ТК (и их диагностические массы). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этой цифры.

Рисунок 2: Сканирование ионов с положительным контролем предшественника и нейтральных потерь. Для всех хроматограмм ось X — это время удержания, а ось Y — подсчет (содержание ионов). (A) Общая ионная хроматограмма стандартной смеси алкалоидов в виде основной пиковой хроматограммы. Указаны структуры стандартов; Соответствующие вершины обозначены красными стрелками. (B-F) представляют собой хроматограммы PrIS для (B) m/z 124, (C) 122, (D) 140, (E) 156 и (F) 138. (Г-И) NLS-хроматограммы для 60 Да (ацетил, G), 100 Да (тиглоил, H) и 166 Да (фенилмолочная/тропная кислота, I). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этой цифры.

Рисунок 3: Сканирование ионов прекурсора с отрицательным контролем и нейтральными потерями. Для всех хроматограмм ось X — это время удержания, а ось Y — подсчет (содержание ионов). (A) Хроматограмма общих ионов в виде хроматограммы основания и пика метанола/водного экстракта листьев S. lycopersicum . (B) Хроматограмма PrIS для m/z 124, показывающая только два нетропановых признака при относительном отношении 2,6 и 3,4 мин. (C) Хроматограмма PrIS для m/z 122, пустая, за исключением шума детектора. Используются те же масштабы, что и на рисунке 2; остальные хроматограммы представлены на дополнительном рисунке 1. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этой цифры.

Рисунок 4: Применение метода MS/MS к корням D. metel var. 'fastuosa'. Для всех хроматограмм ось X — это время удержания, а ось Y — подсчет (содержание ионов). (A) Общая ионная хроматограмма в виде хроматограммы основания и пика метанола/водного экстракта корней D. metel var. 'fastuosa'. (B-F) — хроматограммы PrIS для m/z (B) 124, (C) 122, (D) 140, (E) 156 и (F) 138. (G-I) — NLS-хроматограммы для 60 Da (ацетил, G), 100 Da (тиглоил, H) и 166 Da (фенилмолочная/тропная кислота, I). Обратите внимание на обильные сигналы на каждой хроматограмме, соответствующие многочисленным ТА. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этой цифры.

Рисунок 5: Применение комбинированного ионного сканирования продукта DD, сканирования ионов-предшественников и метода сканирования нейтральных потерь для предложения структуры TA. (A) Хроматограмма общих ионов в виде хроматограммы метанола/воды из корней D. metel var. ' fastuosa' . Пик при относительном весе = 14,4 мин обозначен красной стрелкой. (B) Q1 (обзорное сканирование) с большой массой m/z 224 для этого пика. Для всех спектров ось X — это масса, а ось Y — интенсивность. (C) Сканирование ионов продукта DD, показывающее фрагментацию иона m/z 224, указывающую на потерю 100 Да и фрагмент m/z 124 (красные стрелки). Это соединение появляется как в канале (D) m/z 124 PrIS, так и в (E) канале 100 Da NLS, что указывает на то, что оно является как монозамещенным, так и тиглоилированным (структура на панели C). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этой цифры.

Рисунок 6: Применение метода MS/MS к семенам D. stramonium . Для всех хроматограмм ось X — это время удержания, а ось Y — подсчет (содержание ионов). (A) Общая ионная хроматограмма в виде пиковой хроматограммы метанола/водного экстракта семян D. stramonium. (B) Хроматограмма PrIS для m/z 124; (C) изображает хроматограмму PrIS для m/z 140. Остальные хроматограммы представлены на дополнительном рисунке 2. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этой цифры.

Рисунок 7: Аннотирование нового алкалоида в семенах D. stramonium . Для всех хроматограмм ось X — это время удержания, а ось Y — подсчет (содержание ионов). (A) Общая ионная хроматограмма в виде хроматограммы основания и пика метанола/водного экстракта семян D. stramonium. Обозначается особенность при r.t. = 13,7 мин. (B) Q1 (обзорное сканирование), показывающее массу m/z 436 для этого пика. Для всех спектров ось X — это масса, а ось Y — интенсивность. (C) Сканирование ионов продукта DD, показывающее фрагментацию m/z 436 иона. (D) Это монозамещенное соединение ТА появляется в канале m/z 124 PrIS. (E) Спектр MS/MS с высоким разрешением для этой новой ТА, наряду с предполагаемыми структурами и точной массой. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этой цифры.
Дополнительный рисунок 1: Дополнительное сканирование ионов прекурсора негативного контроля и нейтральных потерь. (А-С) Хроматограммы PrIS для m/z (A) 140, (B) 156 и (C) 138. (Д-Ж) NLS-хроматограммы для 60 Да (ацетил, D), 100 Да (тиглоил, E) и 166 Да (фенилмолочная/тропная кислота, F). Используемые масштабы такие же, как на рисунке 2. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить этот файл.
Дополнительный рисунок 2: Применение метода MS/MS к семенам D. stramonium; дополнительные хроматограммы. (A-C) представляют собой хроматограммы PrIS для m/z (A) 140, (B) 156 и (C) 138. (Д-Ж) NLS-хроматограммы для 60 Да (ацетил, D), 100 Да (тиглоил, E) и 166 Да (фенилмолочная/тропная кислота, F). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить этот файл.
Дополнительный файл 1: Пустая электронная таблица, используемая для аннотаций к алкалоидам. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить этот файл.
Дополнительный файл 2: Таблица аннотаций и структур алкалоидов для корней D. metel var. 'fastuosa'. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить этот файл.
Дополнительный файл 3: Таблица аннотаций и структур алкалоидов для семян D. stramonium. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить этот файл.