Исследование проводилось с одобрения и разрешения Комитета по этике исследований в области окружающей среды и биобезопасности Университета Фри-Стейт (UFS-ESD2022/0131/22). Подробная информация о реагентах и оборудовании здесь указана в Таблице материалов.
1. Условия роста растений
- Прорастите по 250 семян каждого сорта пшеницы, т.е. восприимчивой Tugela, умеренно устойчивой Tugela-Dn1 и устойчивой Tugela-Dn5, в отдельных чашках Петри.
- Добавьте 5 мл дистиллированной воды в каждую чашку Петри, запечатайте парафиновой пленкой и выдерживайте в камере для проращивания при температуре 25 °C в течение 2 дней.
- Пересадите пророщенные семена каждого сорта в горшки 15 см с почвой 1:1 и торфяным мхом (15 растений в горшке) в контролируемых тепличных условиях.
- Установите температурные режимы на уровне 18 °C и 24 °C днем и ночью соответственно.
- Орошайте растения каждые 3 дня водопроводной водой и снабжайте их 2 г/л удобрениями через 14 дней после появления всходов.
- Поместите растения в клетки, заключенные в сетки, и дайте им вырасти до стадии третьего листа 2,6 (с четырьмя биологическими репликами каждого сорта).
2. Зараженность сортов пшеницы препаратом RWASA2
- Заражайте сорта пшеницы Tugela, Tugela-Dn1 и Tugela-Dn5 RWASA2 по данным Jimoh et al.11 и Mohase and Taiwe12.
- Держите растения в двух отдельных наборах в клетках; Засейте один набор 20 партеногенетическими особями одного и того же клона RWASA2 на растение в каждом горшке в камерах роста, накрытых сетками. Еще один набор растений пшеницы держите в отдельном помещении под камерой выращивания с чистыми сетками и обращайтесь с ними как с контрольными.
ПРИМЕЧАНИЕ: Храните две обработки в разных комнатах и накрывайте растения клетками, заключенными в сетки. Кроме того, в случае, когда в исследовании используются два разных биотипа RWA, держите растения, зараженные одним биотипом RWA, от тех, которые заражены вторым биотипом, насколько это возможно, или в отдельных помещениях под камерами выращивания, накрытыми сетками, чтобы избежать любого возможного перекрестного заражения RWASA2.
- Для сбора урожая выберите второй и третий листы в два разных временных режима: краткосрочный период подкормки (1, 2 и 3 дня) и длительный период подкормки (7 и 14 дней), и заверните их во влажные бумажные полотенца.
- Немедленно переложите собранные листья в коробку со льдом, чтобы уменьшить метаболизм листьев перед экстракцией межклеточной промывочной жидкости (IWF).
3. Экстракция межклеточной промывочной жидкости (IWF) из апопласта
- Разрежьте собранные листья примерно трех сортов пшеницы на кусочки по 7 см.
- Дважды промойте кусочки листьев в дистиллированной воде, чтобы удалить цитозольное загрязнение с обрезанных концов 6,13.
- Поместите кусочки листьев в толстостенную стеклянную трубку и погрузите образцы в экстракционный буфер (50 мМ Tris-HCl, pH 7,8).
- Примените вакуумную инфильтрацию в течение 5 минут с помощью водоструйного насоса, чтобы пропитать листья экстракционным буфером.
- После этого извлеките кусочки листьев из стеклянной трубки и промокните их насухо бумажным полотенцем.
- Поместите высушенные кусочки листьев вертикально в предварительно охлажденные центрифужные пробирки с перфорированными дисками и центрифугируйте при температуре 500 x g в течение 10 минут при 4 °C.
- Используйте пипетку объемом 100 мкл для сбора надосадочной жидкости в предварительно охлажденные микроцентрифужные пробирки объемом 1,5 мл.
- Повторите всю процедуру экстракции с тем же листовым материалом.
- Соедините собранную надосадочную жидкость и храните при температуре −20°С.
ПРИМЕЧАНИЕ: Аликвоты надосадочной жидкости рассматриваются как источник содержания апопластов или IWF. IWF не использовался в данном исследовании, но было важно удалить его из тканей листа до того, как мы извлекли связанные с клеточной стенкой β-1,3-глюканазу и пероксидазу (POD).
4. Экстракция клеточной стенки-ассоциированной β-1,3-глюканазы и POD
ПРИМЕЧАНИЕ: Остатки листьев, оставшиеся после экстракции IWF, были использованы для извлечения общего белка клеточной стенки.
- Остатки листьев измельчить в мелкий порошок с помощью жидкого азота с помощью ступки и пестика.
- Перенесите приблизительно 200 мг измельченной в порошок ткани листа в ступку, содержащую 4 мл экстракционного буфера (50 мМ фосфата натрия с 1% (масс./об.) поливинилполипирролидона (ПВПП); рН 5,0) с последующим растиранием пестиком до получения гладкой пасты, которую затем переложите в микроцентрифужные пробирки.
- Инкубируйте смесь в микроцентрифужных пробирках в течение 3 минут на льду, а затем центрифугируйте при 10 000 x g в течение 15 минут при 4 °C.
- Соберите надосадочную жидкость (экстракты общего белка) в микроцентрифужные пробирки (аликвоты по 2 мл) и используйте его в качестве источника β-1,3-глюканазы и POD в течение всего исследования.
5. Определение нормы белка
- Определяют общую концентрацию белка в экстрактах по методу Брэдфорда14.
- Для получения стандарта белка готовят растворы бычьего сывороточного альбумина (БСА) в концентрациях 0,0 мг/мл, 0,1 мг/мл, 0,2 мг/мл, 0,3 мг/мл, 0,4 мг/мл, 0,5 мг/мл, 0,6 мг/мл, 0,7 мг/мл, 0,8 мг/мл, 0,9 мг/мл и 1,0 мг/мл, растворенные в 50 мМ натрий-фосфатном буфере.
- Приготовьте стандарт, добавив по 10 мкл каждого раствора БСА в 96-луночный микропланшет с 190 мкл (0,25% v/v) реагента Брэдфорда (см. Таблицу материалов).
- Инкубируйте при 25 °C в течение 20 мин и измерьте абсорбцию при 595 нм с помощью считывателя микропланшетов и используйте значения абсорбции для подготовки стандартной кривой для количественной оценки концентрации белка.
- Количественное определение концентрации белка
- Добавьте 10 мкл экстрагированного фермента (этап 4) в 96-луночный микропланшет со 190 мкл (0,25% v/v) реагента Брэдфорда в трех экземплярах.
- Инкубировать при комнатной температуре (25 °C) в течение 20 минут.
- Измерьте поглощение на длине волны 595 нм с помощью спектрофотометра с микропланшетным ридером и используйте значения поглощения для определения концентрации белка с использованием BSA в качестве стандарта белка (приготовлено на шаге 5.4).
6. Приготовьте стандартную глюкозу для активности β-1,3-глюканазы
- Стандартные растворы готовят в концентрациях от 0,00 мг/мл до 1,0 мг/мл (0,0 мг/мл, 0,1 мг/мл, 0,2 мг/мл, 0,3 мг/мл, 0,4 мг/мл, 0,5 мг/мл, 0,6 мг/мл, 0,7 мг/мл, 0,8 мг/мл, 0,9 мг/мл, 1,0 мг/мл) с растворенной в дистиллированной воде глюкозой.
- Добавьте по 300 мкл каждого раствора глюкозы и 600 мкл реагента 3,5-динитросалициловой кислоты (DNS) в соотношении 1:2 в микроцентрифужные пробирки объемом 1,5 мл и инкубируйте реакции при 100 °C в течение 5 мин (см. Таблицу материалов для реагентов DNS) (Miller et al.15).
- Дайте смеси остыть при комнатной температуре перед измерением поглощения на длине волны 540 нм с помощью спектрофотометра.
- Используйте средние значения абсорбции для построения стандартной кривой для определения активности фермента β-1,3-глюканазы.
7. Определение активности β-1,3-глюканазы
Примечание: Ферментативная активность связанной с клеточной стенкой β-1,3-глюканазы, экстрагированной из Tugela, Tugela-Dn1 и Tugela-Dn5, определялась количеством высвобождаемых редуцирующих сахаров, высвобождаемых при гидролизе 0,5% (w/v) смешанных связанных β-1,3-1,4-глюкана (MLG) и 0,4% (w/v) β-1,3-глюкановых субстратов с использованием модифицированного метода, описанного Miller et al.15. Всегда держите трубочки с белковыми аликвотами на льду. Если образцы были заморожены, разморозьте их на льду и приступайте сразу после размораживания.
- Добавьте 200 мкл экстракта фермента (поддерживайте концентрацию белка в диапазоне от 20 мкг/мл до 90 мкг/мл во всех реакциях, если не указано иное) и 300 мкл субстрата, растворенного в 50 мМ буфере цитрата натрия (pH 5,0) в микроцентрифужные пробирки объемом 1,5 мл.
ПРИМЕЧАНИЕ: Запустите реакцию параллельного бланка без ферментного экстракта для всех субстратов (первый бланк), и ферментный бланк будет состоять из ферментного экстракта без субстрата (второй бланк). Как субстрат, так и экстракт фермента были заменены буфером в первом и втором черных цветах соответственно.
- Инкубировать реакции при 37 °С в течение 24 ч и завершить реакцию нагреванием до 100 °С в течение 5 мин, затем центрифугировать при 10 000 х г в течение 10 мин при 4 °С.
- Смешать 300 мкл надосадочной жидкости с 600 мкл реагента DNS (соотношение 1:2) в новых микроцентрифужных пробирках объемом 1,5 мл и кипятить при 100 °C в течение 5 минут.
- Дайте раствору остыть до комнатной температуры и измерьте поглощение на длине волны 540 нм с помощью спектрофотометра.
ПРИМЕЧАНИЕ: Если концентрация общих редуцирующих сахаров в смеси высока, это приведет к образованию темно-коричневого раствора, который трудно прочитать с помощью спектрофотометра. Поэтому перед считыванием абсорбции необходимо дальнейшее разбавление образцов.
- Используйте стандартную кривую глюкозы, разработанную на шаге 6.4 выше, для определения активности фермента в единицах СИ стандартной кривой.
- Чтобы преобразовать активность в определенную активность, выраженную в μмоль глюкозы/ч/мг белка, используйте уравнение ниже:
Удельная активность = [(активность фермента/180,16)*1000]/время/концентрация белка
ПРИМЕЧАНИЕ: Преобразуйте активность фермента в мг/мл в г/мл; 180,16 г/моль – молекулярная масса глюкозы, 1000 – фактор, превращающий М в микромоли, время – период реакции, а концентрация белкового экстракта представлена в мг/мл. Одна единица активности β-1,3-глюканазы определяется как 1 мкм глюкозы, высвобождаемой из субстрата в течение 1 ч реакционного периода.
8. Определение активности пероксидазы (POD)
ПРИМЕЧАНИЕ: Активность связанной с клеточными стенками пероксидазы сортов пшеницы Tugela, Tugela-Dn1 и Tugela-Dn5 определяли путем количественного определения образования тетра-гваякола, полученного в единицу времени из гваякола16.
- Добавьте 30 мкл экстракта фермента, 30 мкл 1% (v/v) H2O2 и 970 мкл 5 мМ гваякола в кюветы при температуре 25 °C.
ПРИМЕЧАНИЕ: Проведите реакцию холостого типа без ферментного экстракта (первый бланк), а другой бланк для образцов фермента без субстрата (второй бланк). Образцы фермента или субстрата заменяли 50 мМ буфером фосфата натрия в первой и второй заготовках соответственно.
- Используйте кинетический режим спектрофотометра для отслеживания изменения поглощения на длине волны 470 нм.
- Определите наклон, на котором график был линейным, и используйте его в качестве значения поглощения.
- Рассчитайте среднее поглощение и используйте его для расчета активности POD.
- Рассчитайте активность пероксидазы с использованием молярного коэффициента экстинкции гваякола (26,6 мМ-1 см-1) и экспрессируйте активность в μмоль тетра-гваякол/мин/мг белка.
- Рассчитайте активность POD с помощью уравнения, используемого Mafa et al.6:
АКТИВНОСТЬ POD = [(ΔABS × DF) ÷ Концентрация белка] × 26,6 мМ-1 см-1 × 1 см
ПРИМЕЧАНИЕ: Где ΔABS = среднее поглощение; DF = коэффициент разбавления; 26,6 мМ-1 см-1 = гваякольный коэффициент экстинкции.
9. Определение характеристик POD
ПРИМЕЧАНИЕ: Анализ характеристик POD проводили с использованием экстрактов ферментов Tugela, Tugela-Dn1 и Tugela-Dn5 через 3 дня после заражения (dpi) в соответствии с аналогичными методами, описанными на шаге 8, с незначительными изменениями в реакционных буферах и температурах. Образцы ферментов всегда держали на льду во время проведения экспериментов. Запускайте реакции в четверках с параллельной реакцией бланка.
- Для оптимального определения pH выполните следующие шаги.
- Растворите субстрат гваякола в буферах с массой 50 мМ (цитрат натрия, pH 4 и 5), фосфат натрия (pH 6 и 7) и Tris-HCl (pH 8 и 9) (см. Таблицу материалов).
- Запустите реакцию при температуре 25 °C, как описано в шаге 8.
- Для проведения оптимальных температурных анализов выполните следующие шаги.
- Запускайте реакции при температуре 25 °C, 30 °C, 40 °C и 50 °C соответственно.
- Используйте субстрат из гваякола, растворенный в буфере pH 5 (оптимальный pH) и запустите реакцию, как описано в шаге 8.
- Для проведения анализов термостабильности выполните следующие действия.
- Перед началом реакции фермент инкубируют при 37 °C, 50 °C и 70 °C в течение 30 минут.
- Запускайте реакции в соответствии с методами, описанными в шаге 8, с использованием буфера цитрата натрия 50 мМ (pH 5) и при 40 °C (оптимальная температура).
10. Характеристика β-1,3-глюканазы
ПРИМЕЧАНИЕ: Проведите анализы характеризации в соответствии с методом, описанным на шаге 7, с использованием экстрактов ферментов с разрешением 3 точки на дюйм с некоторыми изменениями в реакционных буферах и температурах. Запускайте реакции в четыре раза, с параллельной реакцией холостого листа для каждой подложки.
- Для оптимального определения pH действуйте следующим образом:
- Растворите субстраты MLG и β-1,3-глюкана в буферах по 50 мМ (цитрат натрия, pH 4 и 5), фосфат натрия (pH 6 и 7) и Tris-HCl (pH 8 и 9).
- Запустите реакцию, как описано в шаге 7.
- Для проведения оптимальных температурных анализов действуйте следующим образом:
- Запускайте реакции при температуре 25 °C, 30 °C, 40 °C и 50 °C соответственно.
- Используйте субстраты MLG и β-1,3-глюканов, растворенные в 50 мМ буфере цитрата натрия (pH 5) с оптимальным pH (полученным на шаге 10.1) и запустите реакцию, как описано на шаге 7.
- Для проведения анализов термостабильности действуют следующим образом:
- Перед началом реакции фермент инкубируют при 37 °C, 50 °C и 70 °C в течение 30 минут.
- Проведите реакции с использованием субстратов, растворенных в 50 мМ буфере цитрата натрия (pH 5), и инкубируйте при 25 °C и 40 °C в течение 24 часов.
11. Оценка механизма действия β-1,3-глюканазы на различные субстраты глюкана
Примечание: Субстраты глюкана содержат один и тот же остаток глюкозы в своей основе, но гликозидные связи между единицами глюкопиранозы разнообразны и могут принимать α или β ориентацию. Гликозидные связи могут образовываться между несколькими атомами углерода молекул глюкозы, определяющими их химическую структуру, например, β-1,3-глюкан, β-1,4-глюкан и смешанный связанный β-1,3-1,4-глюкан (MLG)18,19,20. Механизм действия β-1,3-глюканазы определяли с использованием зараженных RWASA2 образцов Tugela, Tugela-Dn1 и Tugela-Dn 5 (источники ферментов) и субстратов β-1,3-глюкан (CM-курдлан), MLG (из ячменя) и β-1,4-глюкан (AZO-CM-целлюлоза). Механизм действия определяют при оптимальных условиях анализа (25 °C и 40 °C, pH 5,0) с использованием 0,1% (w/v) β-1,4-глюкан, 0,4% (w/v) β-1,3-глюкан или 0,5% (w/v) субстратов MLG.
- Растворите субстраты в 50 мМ буфере цитрата натрия (pH 5).
- Добавьте 200 мкл ферментного экстракта и 300 мкл субстрата в пробирки для микроцентрифуг объемом 1,5 мл.
- Инкубируйте реакции при двух разных температурах, 25 °C и 40 °C в течение 8 часов.
- Прекращение реакций нагреванием до 100 °C.
- Центрифугируйте реакционную смесь β-1,3-глюкана и MLG при 10 000 x g в течение 10 мин при 4 °C и действуйте, как описано на шаге 7.3.
- Для β-1,4-глюкана, после завершения реакции при 100 °С, разбавить смесь 800 мкл абсолютного этанола и центрифугировать при 4 °С в течение 10 мин при 10 000 х г.
- Перенесите надосадочную жидкость в кривые, измерьте абсорбцию на длине волны 590 нм с помощью спектрофотометра и рассчитайте активность β-1,3-глюканазы на β-1,4-глюкане по методике производителя (см. Таблицу материалов) и выразите активность в белках в единицах/мг.
12. Определение механизма действия β-1,3-глюканазы
ПРИМЕЧАНИЕ: Зараженный RWASA2 механизм действия Tugela, Tugela-Dn1 и Tugela-Dn5, индуцированный β-1,3-глюканазой, определяли с помощью ламинарин-олигосахаридов (ЛАМ) со степенью полимеризации (ДП) от 5 до 2. Используйте тонкослойную хроматографию (ТСХ), жидкостную хромато-масс-спектрометрию (ЖХ-МС) и набор для пероксидазы глюкозы (GOPOD) для определения ДП, необходимого для β-1,3-глюканазы для гидролиза субстрата. Для качественного анализа использовали ТСХ, а для количественного анализа – ЖХ-МС, который определил концентрацию олигосахаридов в гидролизате после реакции21.
- Готовят реакции β-1,3-глюканазы по способу действия
ПРИМЕЧАНИЕ: Приготовьте концентрированный белковый экстракт с помощью центрифугового концентрационного мембранного фильтра с массой 10 кДа, и таким образом получите концентрированные и неконцентрированные белковые экстракты RWASA2 для эксперимента.- Для концентрирования ферментов, извлеченных из каждого сорта, перенесите 5 мл экстрактов в центрифужные мембранные фильтры с центрифугой 10 кДа.
- Центрифугируйте мембранные фильтрующие трубки, содержащие экстракт, при концентрации 15 000 x g в течение 30 минут при 4 °C.
- Растворите ламинарипентаозу (LAM5), ламинаритетраозу (LAM4), ламинаритриозу (LAM3) и ламинарибиозу (LAM2) (см. Таблицу материалов) в 50 мМ цитрате натрия (pH 5) с получением 10 мг/мл.
- Чтобы начать реакцию, добавьте 20 μL белкового экстракта и 40 μL Laminaripentaose (LAM5), Laminaritetraose (LAM4), Laminaritriose (LAM3) и Laminaribiose (LAM2).
- Инкубировать реакцию при 40 °C в течение 16 часов и закончить кипячением при 100 °C в течение 5 минут.
- Проведение тонкослойной хроматографии (ТСХ)
- Разрежьте 4 пластины из кремнезема на 10 см2 части и проведите одну линию по поверхности пластины, оставляя пространство 1 см от нижней части одного края.
- Отметьте точки над линией и отметьте их в соответствии с различными сортами и DP ламинарин-олигосахаридов, на расстоянии 1 см друг от друга. Возьмите 2 пластины с диоксидом кремния для концентрированного белкового экстракта и 2 другие для неконцентрированных экстрактов.
- Добавьте 3 мкл реакционных смесей от 3 до 5 раз на соответствующие отмеченные пятна на пластине с кремнеземом и дайте пятнам на пластине полностью высохнуть, прежде чем повторять процесс.
- Аккуратно поместите пластины с кремнеземом в резервуар TLC, содержащий подвижную фазу н-бутанол: уксусная кислота: вода (2:1:1 v/v/v) стороной, содержащей пятна образцов на дне.
- Позвольте подвижной фазе переместиться снизу вверх пластины.
ПРИМЕЧАНИЕ: Этот шаг может занять примерно 2 часа. Не перемещайте и не тревожьте резервуар во время отделения образцов.
- Снимите пластины с подвижной фазы и дайте им высохнуть при комнатной температуре.
- Добавьте раствор для окрашивания в небольшую емкость, осторожно погрузите пластину с кремнеземом в раствор для окрашивания 0,3% (v/v) нафтола в 95% (v/v) этанола с использованием 5% (v/v) серной кислоты на 5 с, удалите его, а затем дайте высохнуть при комнатной температуре.
ПРИМЕЧАНИЕ: На этом шаге включите нагревательный блок/духовку и установите температуру на 100 °C.
- Положите высушенные пластины с кремнеземом на нагревательный блок и нагревайте при 100 °C в течение 7-10 минут или до появления сине-фиолетовых пятен. Сфотографируйте пластины с кремнеземом, на которых видны сине-фиолетовые пятна, и задокументируйте их.
- Количественно определить концентрацию гидролизатов ламинарина-олигосахаридов
ПРИМЕЧАНИЕ: Концентрация гидролизатов LAM будет количественно определена как для концентрированных, так и для неконцентрированных белковых экстрактов21.- Добавьте 20 мкл каждого образца в колонку C18 (углеводы 4,6 × 250 мм) и дайте отделить со скоростью потока 500 мкл/мин с помощью градиента воды (растворитель А) и ацетонитрила (растворитель В) от 100% В до 60% В в течение 10 мин с последующими этапами повторного уравновешивания колонки с общим временем выполнения 20 мин для обеспечения повторного уравновешивания колонки.
- Ионизируйте элюирующие аналиты в режиме отрицательного электрораспыления в масс-спектрометрическом источнике ионов с температурой нагревателя 400 °C для испарения избытка растворителя, небулайзерного газа 30 фунтов на квадратный дюйм, нагревательного газа с давлением 30 фунтов на квадратный дюйм и газа для завесы 20 фунтов на квадратный дюйм.
- Установите потенциал декластеризации на 350 В.
- Анализируйте элюирующие аналиты на масс-спектрометре в режиме сканирования Q1 в диапазоне от 150 Да до 1000 Да с временем выдержки 3 с.
- Запишите концентрации аналитов в таблицу.
- Количественное определение концентрации глюкозы
- Анализировать концентрацию глюкозы, полученную при гидролизе ламинарина с использованием реагента GOPOD, следуя инструкциям производителя22,23.
- Измерьте поглощение на длине волны 510 нм в фиксированном режиме спектрофотометра.
13. Сбор и анализ данных
- Рандомизируйте все эксперименты, чтобы избежать систематической ошибки во время заражения или сбора образцов, и проводите анализ в четверных количествах.
- Если не указано иное, используйте средства ± стандартного отклонения для представления значений на графиках и в таблицах, сгенерированных на основе собранных экспериментальных данных.
- Используйте Microsoft Excel для анализа всех данных и создания графиков.
- Выполняйте статистический анализ с помощью совместимого программного обеспечения.
ПРИМЕЧАНИЕ: Проведите многофакторный дисперсионный анализ (ANOVA) для проверки значимости между курсами лечения и ЛСД Фишера для проверки однородных групп при альфа-значении 0,05.