В этом методе проводится предметно-ориентированное моделирование для прогнозирования и оценки возможных тепловых и механических эффектов, возникающих в результате применения TUS к мозгу. Наборы данных между участниками должны быть разделены и тщательно задокументированы, так как использование неправильного сканирования или файла данных приведет к неточному моделированию. При сборе большого количества сканов участников и совместном планировании важно обеспечить надлежащую маркировку изображений и папок и соблюдать осторожность при сортировке и сохранении файлов.
Для точного выполнения моделирования череп должен быть правильно смоделирован, чтобы получить специфическое понимание акустических и геометрических свойств. Таким образом, BabelBrain требует завершения компьютерной томографии или сканирования ZTE; если ни то, ни другое недоступно, BabelBrain может использовать упрощенную маску кости черепа, полученную с помощью инструмента талисмана. Компьютерная томография предоставляет наиболее точную информацию о характеристиках черепа, чтобы предсказать, как ультразвук будет распространяться в мозге после контакта с черепом. Это достигается за счет использования вокселизированной информации о кости черепа, хотя оценка объема кости все еще трудно предсказать из-за ее неоднородного характера51. Тем не менее, в последнее время для определения акустических свойств черепа и выполнения моделирования TUS используются ультракороткие последовательности TE MRI, такие как сканирование ZTE. Разрешение и контрастность костных пикселей на изображении ZTE не так высоки, как на КТ; однако, по сравнению с упрощенными масками, полученными только на основе МРТ T1-w и T2-w, изображения ZTE по-прежнему обеспечивают улучшенную оценку нагрева с помощью моделирования52 TUS, имеющих прогнозы, аналогичные тем, которые были сделаны с помощью компьютерной томографии53. Использование сканирования ZTE в моделировании исключает любое ненужное воздействие радиации и дополнительное время, необходимое для получения рентгеновских изображений компьютерной томографии, поскольку последовательности ZTE могут быть добавлены к исходному сеансу сканирования МРТ. Тем не менее, протоколы ZTE не являются стандартным продуктом для большинства МРТ-сканеров, и необходимы дополнительные исследования для улучшения постобработки на основе ZTE для использования в моделировании TUS. Если изображения CT или ZTE недоступны, инструмент charm, используемый в BabelBrain, создает упрощенную маску из изображений T1- и T2-w для прогнозирования характеристик черепа. Сравнение симуляций, выполненных с помощью компьютерной томографии и упрощенной маски, показало минимальные различия в рулевом управлении (1,00 мм ± 1,3 мм) и механическом перемещении (направление X 0,2 мм ± 0,4 мм; направление y 0,1 мм ± 0,5 мм), необходимых для достижения цели, однако несколько отличающееся распределение интенсивности (длина фокуса 6% ± 8%; ширина фокуса 2,7% ± 2%; объем фокуса 10,4% ± 16%; пиковое давление -0,5% ± 15% для упрощенной маски относительно КТ)36. Это показывает, что компьютерная томография обеспечивает более точное моделирование; однако, если вы не можете использовать компьютерную томографию или сканирование ZTE, упрощенная маска достаточна для полного моделирования экспериментов с TUS на людях.
Методы картирования акустических свойств остаются необходимой областью исследований, поскольку прогнозирование скорости звука и затухания по изображениям КТ и МРТ все еще требует лучшего понимания и оптимизации рабочего процесса. Таким образом, остается оговорка о потенциальном отклонении тепловых или механических эффектов от того, что прогнозируется в моделировании. Моделирование акустических эффектов в BabelBrain достигается с помощью библиотеки с открытым исходным кодом BabelViscoFDTD54,55, которая позволяет моделировать как линейное компрессионное, так и поперечное прохождение волн. Эта модель была проверена по сравнению с несколькими другими моделями по положению, размеру и величине фокусировки, отличающимся менее чем на 10 % по фокусному давлению и менее чем на 1 мм по фокусному положению56. Таким образом, акустическое моделирование согласуется с другими имитационными моделями. Тепловые прогнозы более сложны и не были экспериментально подтверждены, поскольку МР-термометрия не может быть выполнена в черепе, а изменения температуры, как ожидается, будут очень небольшими, что создает источник неопределенности. Тепловое моделирование, используемое в BabelBrain, согласуется между статьями, решая уравнение передачи биотепла (BHTE) для моделирования нагрева черепа через моделирование тепловой диффузии, эффектов перфузии и акустической мощности36,51. Оценки теплового подъема с помощью моделей затухания и поглощения используются для прогнозирования эффектов в черепе с помощью TUS на основе другой опубликованной литературы57, что на сегодняшний день служит лучшей альтернативой для моделирования нагрева черепа. Как видно из описанных методов, пользователь указывает продолжительность ультразвукового исследования, время перерыва после ультразвука, рабочий цикл и желаемую пространственно-пиковую интенсивность пульса и средней интенсивности в состоянии мозга, параметры безопасности которых рассчитываются как функция выбора параметров. Поэтому пользователь должен проверить все используемые параметры, чтобы убедиться, что они соответствуют требованиям безопасности. Также было замечено, что различные нейронавигационные системы, используемые для позиционирования преобразователя над исследуемой областью, имеют ошибку регистрации мишени приблизительно 3 мм 38,58,59. Однако, в зависимости от используемой частоты и размера мишени, фокальное пятно может быть достаточно большим, чтобы покрыть цель, даже с погрешностью в 3 мм. Хотя это может быть ограничением, оно все же дает большее преимущество по сравнению с альтернативными навигационными системами из-за инвазивности методов стереотаксической локализации.
BabelBrain оптимизирует этапы планирования, необходимые для завершения экспериментов TUS на людях, поскольку он эффективен, прост в использовании и является единственным доступным инструментом планирования с открытым исходным кодом на сегодняшний день. Это обеспечивает прозрачность экспериментальных методов в опубликованной литературе, поскольку используемые сценарии находятся в открытом доступе. Описанный метод завершает этапы подготовки данных и обработки изображений, устраняя необходимость в настраиваемых сценариях или каком-либо внешнем сотрудничестве для запуска моделирования. Таким образом, это устраняет основной барьер для экспериментаторов, позволяя им завершать планирование и моделирование напрямую, а большему количеству лабораторий — успешно проводить эксперименты с TUS. В дополнение к проспективному планированию экспериментов, этот метод также имеет потенциальные применения при планировании кавитационно-опосредованной ФУС-терапии36, такой как открытие гематоэнцефалического барьера59. В целом, этот метод обеспечивает эффективный, оптимизированный подход к планированию и проведению экспериментов с TUS на людях и разработке TUS для использования в клинических условиях.