В настоящем отчете описана процедура проведения ПЭТ-визуализации на мышах in vivo с помощью пресс-форм BCAM и анализа данных с помощью автоматизированного инструмента SaaS. Предоставляются пошаговые инструкции по подготовке мыши, получению изображений и обработке данных. Этот автоматизированный рабочий процесс также выдавал данные, которые соответствовали ручному анализу. Ниже приведены некоторые ключевые технические соображения.
Несмотря на то, что опухоль не входит в число органов, определенных OPM, критическим шагом в этом протоколе является правильная имплантация подкожных опухолей, чтобы в конечном итоге обеспечить оптимальное выравнивание всех органов мыши в полости тела и BCAM. OPM может выдавать точные данные только тогда, когда позвоночник мыши относительно прямой, а внутренние органы расположены нейтрально. Чрезмерно большие или неправильно расположенные опухоли могут повлиять на осанку мыши и проникнуть в ее полость, тем самым смещая внутренние органы. Этот сдвиг, в свою очередь, исказит полученный количественный анализ от алгоритма OPM. Другие сообщали о влиянии непрямого позвоночника на выравнивание внутренних органов с использованием различных методов визуализации и алгоритмов сегментации13,14. Поэтому крайне важно использовать шаблон для управления имплантацией опухоли и тщательного мониторинга роста опухоли, чтобы убедиться, что опухоли расположены правильно и находятся в идеальном диапазоне размеров.
Еще одной областью возможного отклонения является выбор подходящего по размеру BCAM. BCAM создаются в интегралах по 2 g с диапазоном 18-26 g. Однако, поскольку мыши с разным составом тела (например, больше мышц по сравнению с большим количеством жира) могут иметь одинаковую массу тела, но разные физические размеры, важно выбрать наиболее подходящий BCAM, используя их массу тела в качестве общего ориентира. Повышайте или понижайте уровень методом проб и ошибок и помните, что правильное выравнивание имеет решающее значение. Выбор слишком большого BCAM приведет к тому, что внутренние органы мыши «опустятся» ближе к дну кровати, что особенно повлияет на точность анализа на спинные органы, такие как почки и позвоночник. Напротив, помещение слишком маленькой мыши в BCAM может давить на полости тела, искажать положение органов и потенциально вызывать трудности в дыхании. Использование ленты для фиксации конечностей на платформах для лап поможет с настройкой и позиционированием.
Несмотря на то, что этот рабочий процесс позволяет стандартизированный и автоматизированный анализ изображений ПЭТ, стоит отметить, что текущий OPM построен на основе иммунокомпетентной линии мышей C57BL/6 и здоровых мышей. Другие штаммы и состояния здоровья мышей могут иметь другие анатомические особенности, которые требуют дополнительной корректировки, оптимизации и валидации алгоритма. Например, иммунодефицитные штаммы, такие как NSG или NCG, имеют меньшую селезенку. Точно так же мыши с имплантатами ортотопических опухолей могут иметь разные размеры, формы и расположение внутренних органов в зависимости от их статуса заболевания. Еще одним ограничением этого рабочего процесса является общая пропускная способность на этапе сбора данных эксперимента. В основном это связано с дополнительным временем, необходимым для правильной настройки мыши в BCAM. Обучение и практика могут повысить эффективность работы оператора при правильном размещении. Добавление второй док-станции также может увеличить общую пропускную способность, где одна док-станция может служить для установки BCAM, а другая — для извлечения мыши в клетку для восстановления. Тем не менее, даже с учетом увеличения времени, необходимого для настройки BCAM перед сканированием, вложение времени окупается за счет экономии времени на этапе анализа данных. Например, в данном исследовании OPM понадобилось менее 10 минут, чтобы проанализировать десять изображений (с 4 ROI), в то время как высококвалифицированному аналитику потребовалось 3-4 часа, чтобы вручную сегментировать и проанализировать тот же набор изображений и ROI. Неопытному аналитику потребуется еще больше времени для ручного анализа. Платформа SaaS позволяет анализировать ПЭТ-сканирование большими партиями, при этом полный анализ биораспределения in vivo может быть завершен в течение нескольких минут после загрузки данных. Это чрезвычайно полезная функция при работе с большими объемами данных из нескольких групп и/или в нескольких временных точках, как описано ниже.
Ручная сегментация органов для одного объекта может занять много времени и обычно требует значительного предварительного обучения оператора. Даже при адекватной подготовке ручной анализ неизбежно сталкивается с межоператорскими вариациями, которые могут исказить количественные результаты15,16. В отличие от этого, автоматизированная сегментация и анализ данных могут точно и эффективно определить общее биораспределение радиоактивного индикатора и устранить изменчивость, которая коренится в действиях человека. Такие преимущества автоматизации были замечены как при анализе клинических изображений, так и в доклиническом пространстве. Например, Sluis et al. продемонстрировали, что для сегментации интересующих органов требуется 4 часа для сканирования по сравнению с 30 минутами при использованииоблачных методов искусственного интеллекта. В другом исследовании, проведенном Nazari et al., также сообщается, что основанный на алгоритмах анализ печени и почек показал точные результаты в пределах 7,0% по сравнению с двумя медицинскими физиками. Данные на рисунке 4 также наглядно продемонстрировали надежность рабочего процесса анализа ПЭТ-изображений на основе SaaS и то, что автоматизированный анализ дает стабильные результаты по сравнению с ручным анализом.
Подводя итог, можно сказать, что в этой статье показан рабочий процесс использования пресс-форм BCAM для упрощения стандартизированного доклинического получения изображений ПЭТ/КТ, а также автоматизированного анализа данных ПЭТ с поддержкой SaaS. Показано, что эта технология платформы относительно проста в использовании, а качество данных, генерируемых автоматизацией, соответствует ручному анализу, но при этом имеет значительные преимущества в экономии времени. Таким образом, такой рабочий процесс может сэкономить исследователям сотни часов на анализе данных, а также помочь стандартизировать и уменьшить межоператорскую вариативность. Эта процедура может помочь в разработке множества лекарственных соединений в разных модальностях и показаниях. В частности, модальности больших молекул, такие как терапевтические антитела, биспецифические антитела, иммуноклеточные антитела, конъюгаты антитела-лекарственные препараты и даже наночастицы, могут быть легко помечены радиометаллами (например, Zr-89, Cu-64) для обеспечения оценки биораспределения, опосредованного ПЭТ-визуализацией19,20. Аналогичным образом, эта платформенная технология может помочь определить дозиметрию новых радиотерапевтических средств у мышей21. Применение этой процедуры станет большим добавлением к разработке лекарств.