Этот протокол разработан для ускорения и обеспечения эффективной изоляции внеклеточных везикул из грудного молока человека с высокой чистотой.
Методическая статья
Этот протокол разработан для ускорения и обеспечения эффективной изоляции внеклеточных везикул из грудного молока человека с высокой чистотой.
Внеклеточные везикулы (ВВ), наноразмерные частицы размером примерно 20-1000 нм, быстро привлекают внимание благодаря своему терапевтическому потенциалу. В частности, было показано, что внеклеточные везикулы, полученные из грудного молока человека (HBMDEV), обеспечивают защиту в экспериментальных моделях некротизирующего энтероколита, кишечного заболевания, которое в первую очередь поражает недоношенных детей, что приводит к смертности до 50%. Тем не менее, традиционные методы выделения внеклеточных везикул, такие как дифференциальное ультрацентрифугирование, эксклюзионная хроматография и т. д., либо требуют много времени, либо требуют специализированных инструментов, ни один из которых не является практичным в клинических условиях. Следовательно, существует потребность в простом методе изоляции, который позволит быстро реактивно вводить HBMDEV пациентам. Здесь предлагается комбинация центрифугирования грудного молока человека для удаления жира и клеточного мусора в сочетании с быстрой ультрафильтрацией оставшегося обезжиренного молока, что дает высокий выход и функциональные внеклеточные везикулы. Использование этой методики может позволить использовать HBMDEV в качестве практического терапевтического варианта в клинических условиях.
Внеклеточные везикулы (ВВ) представляют собой вездесущие наночастицы размером примерно 20-1000 нм, происходящие либо через эндосомальные пути (когда микровезикулярные тельца сливаются с плазматической мембраной, что способствует высвобождению клеточного груза во внеклеточное пространство), либо через пути плазматической мембраны (т.е. почкование). ВВ содержат клеточный груз хозяина, такой как липиды, белки, нуклеиновые кислоты, различные метаболиты и другое содержимое в зависимости от их источника. Кроме того, ВВ играют важную роль в межклеточной коммуникации, ангиогенезе, подавлении иммунитета, ремоделировании микроокружения опухоли, прогрессировании рака и т.д.1,2,3,4. Примечательно, что грудное молоко (HBM) богато электромобилями и легко доступно кормящим матерям5. В последнее время ВВ, полученные из грудного молока человека (HBMDEV), привлекают внимание в качестве терапевтических векторов для лечения болезней 1,2. Недоношенные новорожденные или новорожденные с низкой массой тела при рождении восприимчивы к нескольким инфекциям, включая некротизирующий энтероколит. Некротизирующий энтероколит, характеризующийся некрозом подвздошной или толстой кишки, варьируется от легкого воспаления кишечника до полисистемной органной недостаточности с коэффициентом младенческой смертности до 50%6. Предварительная обработка ВВ, полученных из грудного молока, достаточна для защиты от воспаления кишечника в экспериментальных моделях НЭК in vitro и in vivo 2,7. Следовательно, использование HBMDEV может быть жизнеспособным вариантом для лечения НЭК в клинических условиях.
Несмотря на терапевтические перспективы HBMDEV, существуют известные ограничения использования современных методов изоляции, заключающиеся в том, что они либо требуют много времени, либо специализированного оборудования, ни одно из которых не является универсально практичным для клинических условий. «Золотой стандарт» изоляции электромобилей включает в себя несколько раундов дифференциального ультрацентрифугирования, которое, хотя и дает удовлетворительный выход электромобилей, может повлиять на их структурную целостностьи функциональность. Кроме того, время ультрацентрифугирования может составлять не менее 2 часов, что является дорогостоящим ресурсом в клинических условиях9. Изоляционные комплекты доказали свою эффективность как экономию времени, так и некоторую экономическую эффективность. Однако изоляция с помощью таких методов также приводит к низкой урожайности и, следовательно, к низкой масштабируемости. Следовательно, существует потребность в методах изоляции HBMDEV, которые экономят время и являются экономически эффективными без ущерба для производительности электромобиля.
Этот протокол направлен на то, чтобы описать пошаговый метод быстрой изоляции электромобилей от HBM с использованием существующих клинически доступных инструментов, одобренных FDA. Для достижения этой цели было использовано стандартное центрифугирование и система расширения фильтра клинического класса, чтобы изолировать электромобили от HBM. Эти везикулы находятся в пределах ожидаемого диапазона размеров, морфология дисплея соответствует известным EV, обогащены маркерами EV и функционально аналогичны EV, выделенным с помощью традиционных методов изоляции ультрацентрифугированием. Таким образом, данный протокол изоляции электромобилей HBM может обеспечить практическую, быструю изоляцию и применение электромобилей, выделенных из HBM, в клинических условиях.
Грудное молоко было собрано в региональном отделении интенсивной терапии Университета Алабамы в Бирмингеме (UAB). Отобранные образцы были собраны после того, как грудное молоко было разморожено для использования пациентом, и пациентка не могла принимать все кормление. Эти корма обычно выбрасываются, но были собраны в исследовательских целях. Образцы были собраны у обезличенных особей и хранились при температуре −80 °C до начала экспериментов. Сборник утвержден протокольным N160203002 года Совета по внутреннему контролю ЗАО. Используемые реагенты и оборудование приведены в Таблице материалов.
1. Выделение внеклеточных везикул (дифференциальное ультрацентрифугирование)
2. Выделение внеклеточных везикул (метод быстрой фильтрации)
3. Анализ трекинга Nanosight
4. Негативное окрашивание внеклеточных везикул и просвечивающая электронная микроскопия
Примечание: Образцы с концентрацией экзосом в диапазоне 108 были использованы для проведения просвечивающей электронной микроскопии (ПЭМ).
5. Концентрация белка
6. Вестерн-блот
7. Культивирование клеток ИЭК-6 in vitro
Изоляция электромобилей с помощью ультрацентрифугирования и быстрой изоляции
С догматической точки зрения, выделение EV из HBM включает центрифугирование для удаления молочного жира и других крупных частиц с последующей фильтрацией, несколькими раундами ультрацентрифугирования и повторной суспендированием образца, обогащенного EV, в PBS. Метод быстрой фильтрации использует центрифугирование для удаления молочного жира и клеточного мусора с последующей фильтрацией с помощью фильтра-удлинителя 0,22 мкм с дальнейшим удалением остаточного мусора, в результате чего получается образец, обогащенный EV, сравнимый с традиционным ультрацентрифугированием (Рисунок 1).
Определение характеристик HBMDEV с помощью системы быстрой фильтрации с удлинителем фильтра
Анализ слежения с помощью наноприцела показал сопоставимый размер частиц между ультрацентрифугированными (рис. 2A) и изолированными быстрыми фильтрами HBMDEV (рис. 2B). Оба метода показывают, что изолированные электромобили имеют средний размер около 100 нм. ВВ переносят различный груз (т.е. белки, липиды, микроРНК и т.д.) для секреции от клеток-хозяев к их различным мишеням. Следовательно, первым исследуемым белком-мишенью был белок теплового шока 70 (Hsp70), белок, который, как известно, транспортируется через EVs13. Вестерн-блоттинг показывает, что EV, выделенные с помощью быстрой фильтрации, показали сопоставимую экспрессию Hsp70, что и выделенные с помощью ультрацентрифугирования (рисунок 3A и дополнительный рисунок 1A). Кроме того, ВВ могут быть идентифицированы по поверхностной экспрессии тетраспанинов, таких как CD9 и CD6314. Вестерн-блоттинг показал, что EV, выделенные с помощью быстрой фильтрации, действительно экспрессируют CD9 (рисунок 3B и дополнительный рисунок 2B) и CD63 (рисунок 3C и дополнительный рисунок 3C). Наконец, морфологический анализ HBMDEV с помощью просвечивающей электронной микроскопии выявил сходную морфологию везикул между двумя методами выделения (рис. 4A-D).
Несколько лабораторий показали, что ВВ обладают защитными свойствами, которые способствуют выживанию клеток во время клеточного стресса 2,3,7. Как и в ранее опубликованных отчетах, ВВ, выделенные с помощью метода быстрой фильтрации, способны защищать эпителиальные клетки кишечника (IEC-6) от гибели клеток, вызванной перекисью водорода2 (рис. 5A, B). Эти данные свидетельствуют о том, что выделенные методом быстрой фильтрации HBMDEV не только обладают сравнительными качествами с выделенными методом дифференциального ультрацентрифугирования, но и функционально сходны.

Рисунок 1: Схема, показывающая различия между методами ультрацентрифугирования и быстрой фильтрации выделения ВВ из грудного молока человека. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.

Рисунок 2: Анализ отслеживания Nanosight EV, выделенных из грудного молока человека с использованием ультрацентрифугирования и метода быстрой фильтрации. (A) NTA EV грудного молока человека (разбавленных в 1:1000 в 1x PBS), выделенных с помощью ультрацентрифугирования. Представленные данные представляют собой единое представление 3-4 независимых испытаний. (B) НТА EV грудного молока человека, выделенных с помощью быстрой фильтрации. Представленные данные представляют собой единое представление 3-4 независимых испытаний. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этой цифры.

Рисунок 3: Вестерн-блоттинг EV, выделенных с помощью ультрацентрифугирования и быстрой фильтрации. (А) Односекундное воздействие 10 мкг белка теплового шока 70 (Hsp70). «L» обозначает лестницу, «U» — ультрацентрифугирование, а «R» — быструю фильтрацию. Образцы, полученные с помощью быстрой фильтрации, дополнительно концентрировали центрифугированием при 110 000 × г в течение 70 мин, выполненным дважды. Показанное изображение представляет собой одно из четырех независимых испытаний. (B) Двадцать второе воздействие 10 μг CD9. «L» обозначает лестницу, «U» — ультрацентрифугирование, а «R» — быструю фильтрацию. Образцы быстрой фильтрации концентрировали центрифугированием при 110 000 × г в течение 70 мин, выполненных дважды. Показанное изображение представляет собой одно из четырех независимых испытаний. (C) Двадцать второе воздействие 10 μг CD63. «L» обозначает лестницу, «U» — ультрацентрифугирование, а «R» — быструю фильтрацию. Образцы быстрой фильтрации концентрировали центрифугированием при 110 000 × г в течение 70 мин, выполненных дважды. Показанное изображение представляет собой одно из четырех независимых испытаний. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этой цифры.

Рисунок 4: Анализ ВВ с помощью просвечивающей электронной микроскопии, выделенных с помощью ультрацентрифугирования и быстрой фильтрации. (A) Электронная микрофотография ВВ, выделенных с помощью ультрацентрифугирования при увеличении 8000×. Масштабная линейка = 800 нм. Показанное изображение представляет собой одно из трех независимых испытаний. (B) Электронная микрофотография EV, выделенных с помощью ультрацентрифугирования при увеличении 20 000×. Масштабная линейка = 200 нм. Показанное изображение представляет собой одно из трех независимых испытаний. (C) Электронная микрофотография электромобилей, выделенных с помощью быстрой фильтрации при увеличении 8 000×. Масштабная линейка = 800 нм. EV концентрировали центрифугированием при 110 000 × г в течение 70 минут, выполненным дважды. Показанное изображение представляет собой одно из трех независимых испытаний. (D) Электронная микрофотография электромобилей, выделенных с помощью быстрой фильтрации при увеличении 20 000×. Масштабная линейка = 200 нм. ВВ концентрировали центрифугированием при 110 000 × г в течение 70 мин, выполненным дважды. Показанное изображение представляет собой одно из трех независимых испытаний. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этой цифры.

Рисунок 5: Функциональный анализ электромобилей, выделенных с помощью ультрацентрифугирования и быстрой фильтрации. (A) Клеточная жизнеспособность клеток IEC-6, культивируемых в полной среде RPMI-1640, не содержащей EV. Клетки обрабатывали в течение ночи 400 мкМ, H, 2,O2 и 10 мкг/мл EV одновременно. Представленные данные представляют собой одно из двух независимых испытаний. (B) Количество клеток IEC-6, культивируемых в полной среде RPMI-1640, не содержащей EV. Клетки обрабатывали в течение ночи 400 мкМ, H, 2,O2 и 10 мкг/мл EV одновременно. Представленные данные представляют собой одно из двух независимых испытаний. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этой цифры.
Дополнительный рисунок 1: Вестерн-блоттинг Hsp70 в электромобилях, выделенных с помощью ультрацентрифугирования и быстрой фильтрации. Односекундная экспозиция 10 мкг белка теплового шока 70 (Hsp70). «L» обозначает лестницу, «U» — ультрацентрифугирование, а «R» — быструю фильтрацию. Образцы быстрой фильтрации концентрировали центрифугированием при 110 000 × г в течение 70 мин, выполненных дважды. Каждый образец представляет собой одну биологическую реплику. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить этот файл.
Дополнительный рисунок 2: Вестерн-блоттинг CD9 в электромобилях, выделенных с помощью ультрацентрифугирования и быстрой фильтрации. Пятиминутная экспозиция 10 мкг CD9. «L» обозначает лестницу, «U» — ультрацентрифугирование, а «R» — быструю фильтрацию. Образцы быстрой фильтрации концентрировали центрифугированием при давлении 110 000 × г в течение 70 минут, выполненных дважды. Каждый образец представляет собой одну биологическую реплику. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить этот файл.
Дополнительный рисунок 3: Вестерн-блоттинг CD63 в EV, выделенных с помощью ультрацентрифугирования и быстрой фильтрации. Десятиминутное воздействие 10 мкг CD63. «L» обозначает лестницу, «U» — ультрацентрифугирование, а «R» — быструю фильтрацию. Образцы быстрой фильтрации концентрировали центрифугированием при давлении 110 000 × г в течение 70 минут, выполненных дважды. Каждый образец представляет собой одну биологическую реплику. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить этот файл.
Электромобили привлекают внимание, поскольку в литературе предполагается, что они могут регулировать различные воспалительные механизмы и обладают защитными свойствами 2,7. Тем не менее, ограничением практического использования ВВ в клинических условиях является время, необходимое для выделения ВВ и извлечения достаточного выхода 8,15. Здесь был изложен пошаговый протокол для быстрой и эффективной изоляции электромобилей от HBM с помощью одобренной FDA системы фильтрации. Полезность этого метода позволяет вдвое сократить традиционные методы изоляции электромобилей без ущерба для производительности. Таким образом, данный протокол может обеспечить практическое терапевтическое применение ВВ, полученных из грудного молока человека, в клинических условиях, если терапия ВВ будет одобрена в обозримом будущем.
Существующие протоколы изоляции электромобилей продемонстрировали стабильный и эффективный выход электромобилей из исходной жидкости. Тем не менее, традиционные средства изоляции, будь то золотой стандарт, дифференциальное ультрацентрифугирование или использование коммерческих наборов, не лишены своих ограничений. Выделение электромобилей с помощью дифференциального ультрацентрифугирования, хотя и эффективно, занимает много времени благодаря протоколам, включающим совокупное время вращения минимум ~3 часа 2,8,15. Время изоляции в сочетании с протоколами для правильной количественной оценки числа ВВ затруднит их использование в условиях ограниченного времени в клинических условиях. Более того, коммерческие наборы, хотя и эффективны, но стоят дорого. Кроме того, количество образцов, которые могут быть обработаны в одном комплекте, невелико, учитывая высокую стоимость этих наборов 8,15.
Этот протокол предлагает решение этих ограничений, которое экономит время и деньги без ущерба для производительности или чистоты электромобиля. Чтобы этот протокол был эффективным, необходимо выполнить несколько ключевых шагов при его выполнении. Разбавление и первоначальное центрифугирование грудного молока человека необходимы для удаления внеклеточного мусора и молочного жира из образца молока. Удаление этого мусора имеет решающее значение для предотвращения засорения системы удлинения фильтра и, таким образом, предотвращает необходимость использования нескольких фильтров для одного образца. Кроме того, промывка системы расширения фильтра PBS имеет решающее значение, так как она подготавливает фильтр при подготовке к отбору пробы. Грунтование помогает гарантировать, что образец не будет потерян в процессе грунтования. Следует отметить, что в зависимости от содержания образца грудного молока может потребоваться более одного комплекта удлинителей фильтра, независимо от разбавления и центрифугирования образца перед фильтрацией. В этом случае может быть использовано более одного фильтра; Тем не менее, новый набор расширений фильтра должен быть загрунтован перед фильтрацией образца.
Этот протокол эффективен и последовательно изолирует ВВ от грудного молока человека, однако необходимо учитывать несколько ограничений. Перед фильтрацией образца необходимо провести этапы центрифуги (общее время ~20 мин между обоими спинами). Попытки отфильтровать разбавленную пробу без центрифугирования приведут к повторному засорению системы расширения фильтра, потере пробы, а также добавят дополнительное время к протоколу изоляции EV. Более того, проба не была чистой, о чем свидетельствуют анализы НТА и ПЭМ. Попытки использовать образцы, которые не были центрифугированы перед фильтрацией, могут привести к попаданию нежелательных загрязнителей в образец, что может привести к нецелевым эффектам в зависимости от будущего применения изолированных электромобилей в будущем. Кроме того, этот протокол был реализован только в отношении выделения EV из грудного молока человека. Следовательно, эффективность этого протокола в изоляции ВВ от других жидкостей не исследовалась. Учитывая водную природу всех жидкостей организма, не ожидается, что возникнут какие-либо различия в чистоте и выходе EV, если этот протокол будет использоваться для изоляции EV от других источников.
Следует также отметить, что этот протокол эффективен при выделении малых внеклеточных везикул (sEV). По данным NTA, электромобили, полученные от HBM, имели размер ~100 нм, что говорит о том, что более крупных электромобилей в образце не было. Причина в том, что образцы были отфильтрованы с помощью фильтра 0,22 мкм, который в основном используется для выделения экзосом и других более мелких EV, что было основным направлением деятельности лаборатории во время этого исследования. Теоретически использование фильтра с большими размерами пор может позволить изолировать более крупные EV. Однако эти вопросы выходят за рамки настоящего исследования.
ВВ, полученные из грудного молока человека, представляют собой естественный терапевтический источник, который легко доступен для клинического использования. Одним из ограничений для внедрения работы с электромобилями в клинические условия является изоляция электромобилей практическим методом, который потенциально может быть использован любым учреждением. Этот протокол разработан для преодоления этого ограничения и может быть легко применен в условиях больницы и реализован с использованием существующей системы фильтрации больничного класса, одобренной FDA, коммерчески доступной или может быть приобретена по гораздо более низкой цене, чем стандартная ультрацентрифуга. Этот метод является экономически эффективным и позволяет получить богатый электромобилями и чистый образец из системы фильтрации, которая уже используется в клинических условиях.
Автор (авторы) заявил об отсутствии потенциального конфликта интересов в отношении исследования, авторства и/или публикации данной статьи.
Изображения и рисунки были сгенерированы с помощью biorender.com. Исследование, о котором сообщается в этой публикации, было поддержано UAB High Resolution Imaging Facility. Эта работа была поддержана NIH/NICHD 5R21HD104481.
| Имя | Компания | Каталожный номер | Комментарии |
|---|---|---|---|
| (H+L) HRP-сопряжённый антимышиный антимыши | Био-Рад | 1721011 | |
| (H+L) HRP-конъюгатный анти-кролик | Био-Рад | 1706515 | |
| Фильтр для шприца 0.20 | Фишербранд | 09-719C | |
| Сито с 0,70 ммм-ячейки | Корнинг | 431751 | |
| 1.5M Tris HCL | Изготовлено внутри компании | ||
| Трубки объемом 15 мл | Falcon | 352096 | |
| Набор удлинителя фильтра диаметром 16 дюймов | B-BRAUN | FE2012F | |
| 1M Трис HCL | Teknova | T1068 | |
| 1x PBS | Gibco | 10010-031 | |
| Трубки объёмом 50 мл | Falcon | 353070 | |
| 5-кратный редукционный буфер образца | Thermo Scientific | 39000 | |
| Ациламид | Fisher Scientifc | BP1410-1 | |
| Амфотерицин B | Gibco | 15290-018 | |
| Камера AMT NanoSprint43 Mark-II | AMT | ||
| Анти-Анти | Gibco | 15240-062 | |
| Anti-CD63 | Новусбио | NBP2-32830 | |
| Анти-CD9 | Инвитроген | 10626D | |
| APS | Thermo Scientific | 17874 | |
| Набор для анализа белков BCA | Пирс | 23227 | |
| Трубы Бекмана | Бекман Коултер | 344059 | |
| BrightStar ECL Chemiluminescent | Alkali Scientific | XR92 | |
| FBS с истощением экзосомов | Fisher Scientific | NC0464480 | |
| Быстрый блокирующий буфер | Пирс | 37575 | |
| Сыворотка плода для быка | Жизненные технологии | 10082147 | |
| HSP70 | Инвитроген | MA3-006 | |
| Человеческий инсулин | Сигма-Олдрич | I9278-5ML | |
| Перекись водорода | Fisher Scientific | H325-500 | |
| IEC-6 | ATCC | CRL-1592 | |
| JEOL 1400 FLASH TEM | JEOL США Inc | ||
| Буфер с маркировкой полосы, уменьшающий буфер выборок | Thermo Scientific | 39000 | |
| Сухое молоко | Биомир | 30620074-1 | |
| Nanosight NS 300 | Malvern Instruments Ltd. | ||
| Мембрана нитроцеллюлозы | Жизненные технологии | 88018 | |
| Аппарат разряда PELCO easiGlow | Тед Пелла | ||
| Мини-таблетки с ингибитором протеазы | Пирс | A32955 | |
| Буфер RIPA | Пирс | 89901 | |
| RPMI 1640 | Fisher Scientifc | 11875119 | |
| SDS | Fisher Scientifc | BP2436-200 | |
| Фляга Т-25 | Thermo Scientific | 156367 | |
| TBS | Изготовлено внутри компании | ||
| TEMED | Био-Рад | 161-0801 | |
| Трипсин ЭДТА | Гибсо | 25200-056 | |
| Tween 20 | Thermo Scientific | J20605-AP |