Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.

Методическая статья

Частота и распределение кроссинговеров при мейозе Caenorhabditis elegans методом генотипирования SNP с помощью ПЦР в реальном времени

1.2K просмотров

⸱

DOI:

10.3791/68183

⸱

11 июля 2025 г.

 ,  ,  , 
1Graduate School of Biology-Oriented Science and Technology, Kindai University, 2Department of Genetic Engineering, Faculty of Biology-Oriented Science and Technology, Kindai University, 3Graduate School of Frontier Biosciences, Osaka University

В этой статье

Краткое содержание

Этот протокол обеспечивает метод измерения частот кроссовера и их распределения во время мейоза у Caenorhabditis elegans. Для определения происхождения хромосом использовали генотипирование однонуклеотидного полиморфизма с помощью ПЦР в реальном времени. 4-точечное картирование позволило определить перекрестные распределения областей левого плеча, центра и правого плеча каждой хромосомы.

Аннотация

Caenorhabditis elegans является отличным модельным организмом для изучения мейоза. В дополнение к общим преимуществам, таким как короткий репродуктивный цикл, большое количество потомков и прозрачное тело для визуализации, существует шесть пар гомологичных голоцентрических хромосом. Существует сильная интерференция кроссовера и регулирование распределения кроссовера. Для измерения частоты кроссинговера было разработано картирование видимых маркеров, картирование snip-SNP и количественная оценка цитологических маркеров как предшественников формирования кроссинговера. Здесь мы представляем модифицированный метод генотипирования SNP для измерения частоты кроссинговера и распределения в оогенезе C. elegans . Этот метод позволяет избежать трудоемких этапов рестрикционного расщепления и гель-электрофореза и избежать двусмысленного суждения о неразрезанных полосах ДНК. Генотипирование однонуклеотидного полиморфизма (SNP) проводится с использованием гибридного штамма Bristol/Hawaiian. Скрещивание гермафродитов с самцами, экспрессирующими myo-3p::GFP, позволяет нам сосредоточиться на оогенезе. Лизат одного червя производит достаточное количество матрицы ДНК для всех шести хромосом. 5'-экзонуклеаза на основе химии TaqMan и SNP-специфичные зонды для связывания малых канавок (MGB) позволяют точно обнаруживать SNP со скоростью генотипирования около 97,7%. Мы используем точное обнаружение SNP для измерения частоты кроссовера у C. elegans. Этот метод также может быть применен для определения частоты кроссинговера у самцов или мутантов с дефектами кроссовера, а также для более специфических хромосомных интервалов.

Введение

Образование кроссинговера между гомологичными хромосомами имеет важное значение для правильной сегрегации хромосом, а также для создания генетическогоразнообразия. Ошибки в формировании кроссинговера вызывают анеуплоидию, которая может привести к бесплодию, выкидышу и врожденным дефектам2. Частота кроссинговера варьируется в зависимости от области хромосомы, типа мутанта, возраста и пола, что подчеркивает необходимость точного измерения частоты кроссинговера при каждом изэтих условий. Общая цель этого метода состоит в том, чтобы точно измерить частоту кроссинговера каждого хромосомного домена и тем самым точно определить распределение кроссинговеров по всей длине хромосомы C. elegans.

Традиционно, двухточечное картирование с использованием морфологических маркеров использовалось для измерения частотыкроссовера 6,7,8,9,10. У C. elegans для создания хромосомных карт часто используются фенотипы пухлых, коротких, толстых тел (Dpy) и нескоординированных движений (Unc)6. Преимуществами данного метода являются его низкая стоимость и возможность анализа множества потомков. К недостаткам этих методов можно отнести ограниченность выбора интересующих локусов и невозможность использования летальных потомков, поскольку их фенотипы не видны. Чтобы преодолеть неудобство выбора сайта, транспозоны Tc1 были использованы в качестве маркеров для сайтов с полиморфной последовательностью-меченными (STS)11,12. Tc1 можно обнаружить с помощью ПЦР и электрофореза. В то время как стандартный штамм Bristol N2 имел 30 копий транспозона Tc1, изоляты C. elegans из Бержерака во Франции (RW7000 и DP13) имели 500 копий Tc1. Таким образом, количество и распределение транспозонов Tc1 варьирует среди изолятов, и это используется для анализа хромосом потомства гибридных червей между изолятами методом ПЦР. Впоследствии SNP также использовались для измерения частоты кроссовера и распределения13,14. SNP между штаммами Bristol N2 и Hawaiian CB4856 появлялся каждые1000 б.о. 15,16. SNP детектируются как полиморфизмы длины рестрикционных фрагментов (RFLP) с помощью ПЦР, рестрикционного расщепления и электрофореза. В последнее время в качестве более эффективныхмаркеров были предложены небольшие сайты вставки/делеции (InDel), а также SNP между Bristol N2 и Hawaiian CB4856. Однако измерение частоты кроссовера с помощью Tc1, RFLP и InDel требует трудоемких процессов, таких как ПЦР, обработка ферментами рестрикции и электрофорез. Если каждый процесс не оптимизирован в крупномасштабном анализе, результаты могут быть неправильно интерпретированы из-за таких факторов, как точность ПЦР, тип используемого фермента рестрикции, эффективность расщепления ДНК, а также четкость и разделение полос во время электрофореза. В отличие от этого, в предлагаемом методе используется генотипирование SNP методом ПЦР в реальном времени для обеспечения точной и точной количественной оценки.

Кроссоверы не распределяются случайным образом по хромосомам. У C. elegans одиночные кроссоверы, как правило, чаще образуются в руках и подавляются в центре 3,5. Морфологическое двухточечное картирование не может определить, где происходят кроссинговеры за пределами маркерных генов. И наоборот, картирование SNP позволяет увеличить количество маркеров и, как было показано, облегчает определение точной области кроссинговера вдоль всей хромосомы 5,14,18. В этом исследовании мы использовали границы хромосомных доменов, предложенные Rockman и Kruyglyak5, и выбрали четыре SNP для анализа: на обоих концах хромосомы и на обоих концах границ центра/плеча.

Используя преимущества предыдущих методов, мы предложили точный и быстрый метод обнаружения SNP методом ПЦР в реальном времени с использованием TaqMan, 5'-нуклеазы19 для измерения кроссинговера между левым плечом, центром и правым плечом каждой хромосомы. Преимущества нашего метода перед альтернативными технологиями, по сравнению с предыдущими исследованиями 20,21,22, заключаются в точности и простоте. Этот метод представляет собой метод перекрестного анализа C. elegans с помощью количественной ПЦР и широко подходит для исследователей, изучающих мейоз.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

1. Первое генетическое скрещивание

  1. Подготовьте сопрягаемые пластины, которые состоят из обычных пластин среды для роста нематод (NGM) с небольшим пятном OP50 (~ 5 мм в диаметре) в чашке 35 мм.
  2. Добавьте трех гермафродитов L4 бристольского штамма N2 (или мутантов с бристольским прошлым) и девять молодых взрослых самцов гавайского штамма CB4856 на брачной пластине (рис. 1A).
    Примечание: Для анализа мутантов с высокой эмбриональной летальностью необходимо использовать в этом скрещивании сбалансированных мутантов как бристольского, так и гавайского происхождения. Чтобы получить мутантов с гавайским происхождением, бристольские мутанты должны быть скрещены с гавайским штаммом не менее шести раз, пока все интересующие нас участки SNP не будут иметь гавайское происхождение. В результате гавайский мутант содержит бристольский фон только в мутировавшей области и балансирной хромосоме.
  3. Инкубируйте планшет в течение 1,5 дней при температуре 20 °C, чтобы спарить два штамма. Перенесите каждого гермафродита на новую индивидуальную пластину NGM с OP50.
  4. Поместите пластины в инкубатор с температурой 20 °C на 1 день, чтобы дать им отложить оплодотворенные яйца. Перенесите каждого гермафродита на новую индивидуальную пластину NGM с OP50.
  5. Поместите планшеты в инкубатор с температурой 20 °C на 1 день, чтобы оплодотворенные яйца снова заложились. Удалите гермафродиты. Держите планшеты в течение 0,5 - 1 дня в инкубаторе при температуре 20 °C для выращивания потомства до L4.

2. Второй крест

  1. Выберите шесть скрещенных L4-гермафродитов (бристольско-гавайские гибриды) и 12-15 ccIs4251[(pSAK2) myo-3p::GFP::LacZ::NLS + (pSAK4) myo-3p::митохондриальный GFP + dpy-20(+)] I (TTS24) бристольских самцов на новую брачную пластину (рис. 1B).
    ПРИМЕЧАНИЕ: Вставленный штамм ccIs4251 получен из Генетического центра Caenorhabditis, и его необходимо скрещивать со штаммом N2 дикого типа более шести раз.
  2. Подержите тарелку в течение 1,5 дней при температуре 20 °C в инкубаторе для спаривания. Перенесите каждого гермафродита на новую пластину NGM с OP50.
  3. Поместите пластины в инкубатор с температурой 20 °C на 1 день, чтобы дать им отложить оплодотворенные яйца. Перенесите каждого гермафродита на новую индивидуальную пластину NGM с OP50.
  4. Держите тарелки в течение 1 дня в инкубаторе при температуре 20 °C, чтобы они снова отложили оплодотворенные яйца. Перенесите каждого родительского гермафродита в ПЦР-пробирку с 3 мкл буфера для лизиса, чтобы проверить, было ли первое скрещивание успешным.
  5. Проверьте генотипы родителей как бристольско-гавайский гибрид методом ПЦР в области хромосомы V. Разделите полосы с помощью электрофореза в агарозном геле на 2,5%.
    1. В SNP, WBVar01973670, длина ампликона ПЦР из бристольского генома составляет 220.о., а из гавайского генома — 196.о. Если результаты ПЦР указывают на то, что родителями являются бристольские гомозиготы, это связано с самооплодотворением первого скрещивания. Не стоит использовать потомство этих червей для дальнейшего анализа.

3. Отбор проб

  1. Приготовьте буфер для лизиса червей следующим образом: 50 мМ KCL, 10 мМ Tris pH 8,2, 2,5 мМ MgCl2, 0,45% IGEPAL CA-630 (NP-40), 0,45% Tween 20 и 0,01% желатина. Стерилизовать фильтрацией и хранить при комнатной температуре. Непосредственно перед применением добавьте 3 мкл 20 мг/мл протеиназы K (в H2O) в 1 мл буфера для лизиса и храните в аликвотах при -20 °C.
  2. Проверьте экспрессию GFP в мышце стенки тела потомков второго креста с помощью флуоресцентного препарирующего микроскопа перед добавлением червей в отдельные ПЦР-пробирки. Увеличение составляет 6,1-55x, а используемая длина волны - 440-460 нм.
  3. Выберите GFP-положительного одиночного червя и добавьте в каждую ПЦР-пробирку, содержащую 3 мкл буфера для лизиса червя (рис. 1C). Соберите в общей сложности 360 (90 x 4 биологических репликации) взрослых самцов, скрещенных в каждой из 360 ПЦР-пробирок.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Чтобы избежать отбора самооплодотворенного потомства, для отбора проб следует выбирать GFP-положительных червей. Неспаренные гермафродиты моложе L4 также доступны для анализа аутосом, но поскольку они имеют разное количество Х-хромосом, самцы и гермафродиты должны быть идентифицированы после выращивания до L4 и отобраны при анализе Х-хромосомы.
  4. Поместите образцы в морозильную камеру при температуре -80 °C на 5 минут. Образцы можно хранить при температуре -80 °C до начала лизиса.
  5. При анализе мутантов с высокой эмбриональной летальностью соберите мертвые эмбрионы вместо живых личинок для получения объективных результатов. Для сбора эмбрионов используйте наконечник пипетки с 0,5 мкл раствора хитиназы (20 мг/мл хитиназы, 50 мМ NaCl, 70 мМ KCl, 2,5 мМ MgCl2, 2,5 мМ CaCl2). Соберите эмбрионы в течение 4 ч после закладки.
    Примечание: Мертвые эмбрионы, отложенные более 4 часов назад, непригодны для ПЦР-анализа, вероятно, из-за деградации геномной ДНК.

4. Лизис образца

  1. Установите ПЦР-пробирки в термоамплификаторе при температуре 60 °C на 1 час, а затем при 95 °C в течение 15 минут. Добавьте 100 мкл воды без нуклеаз в каждую пробирку и хорошо перемешайте.
  2. Хранить образцы при температуре -20 °C до начала генотипирования SNP методом ПЦР в реальном времени.

5. Генотипирование SNP

  1. Сделайте смесь следующим образом (рисунок 2). В пробирку объемом 1,5 мл добавьте 125 мкл Master Mix, 6 мкл SNP Genotyping Assay (40x), 280 мкл дистиллированной воды (DW), Forward primer (450 нМ), Reverse primer (450 нМ), Probe 1 (100 нМ), Probe 2 (100 нМ).
    ПРИМЕЧАНИЕ: Преобразователи и праймеры перечислены в таблице 1.
  2. Тщательно перемешайте с помощью пипетки несколько раз, чтобы обеспечить равномерную концентрацию. Добавьте по 4 мкл смеси в каждую лунку 96-луночного ПЦР-планшета на опорном основании с 12-канальной микропипеткой.
  3. Добавьте в каждую лунку по 1 мкл лизата, содержащего ДНК каждого генома, и перемешайте с помощью пипетирования несколько раз.
  4. Подготовьте положительный контроль, т.е. гомозиготы Бристоля, гомозиготы Гавайев и гибриды Бристоля и Гавайя, а также три контрольных элемента без шаблона в качестве отрицательного контроля (рис. 3А).
  5. Заклейте пластину оптической клеевой пленкой. Прижмите пленку, ориентируясь на края каждой лунки с помощью аппликатора.
  6. Кратковременно центрифугируйте пластину, чтобы собрать жидкость на дне и удалить пузырьки воздуха из жидкости.
  7. Загрузите планшет на прибор для ПЦР в режиме реального времени. Нажмите кнопку « Создать новый эксперимент » в программном обеспечении.
  8. В параметре Свойства установите для параметра Тип инструмента значение QuantStudio 1 System, для параметра Тип блока — значение 96-луночный блок объемом 0,2 мл, для параметра Экспериментальный тип — значение Генотипирование, для параметра Химия — значение TaqMan Reagents, а для параметра Режим работы — значение Быстрый.
  9. В параметре Метод установите Объем на 5 мкл (убедившись, что правильный объем реакции соответствует настройкам), Количество циклов на 40 циклов (по умолчанию). Установите следующие настройки температуры и времени: Pre-Read Stage при 25 °C в течение 30 с, Hold Stage (активация фермента, горячий запуск) при 95 °C в течение 20 с, PCR Stage при 95 °C в течение 1 с, 60 °C в течение 20 с и Post-Read Stage при 25 °C в течение 30 с.
  10. В настройках планшета сопоставьте положения образцов и элементов управления для каждой лунки на экране программного обеспечения.
  11. Сохраните эксперимент на USB-устройстве, загрузите его в инструмент для ПЦР в реальном времени и нажмите кнопку «Запустить ».

6. Анализ данных

  1. Сохраните результаты на USB-накопителе и перенесите их на компьютер для анализа данных.
  2. Анализируйте данные дельта Rn (dRn) в реальном времени с помощью приведенной ниже формулы, где Rn (нормализованный репортер) — это сигнал флуоресценции от репортерного красителя, VIC и FAM, нормализованный путем деления на сигнал флуоресценции пассивного эталонного красителя, ROX.
    dRn = Rn - базовый уровень
  3. Рассмотрим график аллельной дискриминации.
  4. Подтвердите разделение кластеров (рис. 3B). На графике дискриминации аллелей бристольские гомозиготы сгруппированы в нижнем правом углу, бристольско-гавайские гибриды сгруппированы в верхнем правом углу, гавайские гомозиготы сгруппированы в верхнем левом углу, а отрицательный контроль сгруппирован в нижнем левом углу. Используйте следующие цветовые коды:
    Красный: Бристольский аллель
    Синий: гавайский аллель
    Зеленый: гетерозиготный
    Черный: Отрицательное управление
  5. Экспортируйте результаты в файл электронной таблицы и соберите данные генотипирования из всех четырех позиций SNP. Если в четырех последовательных позициях есть неопределенные вызовы, исключите данные из N-значения. Для анализа используйте 90 образцов на пластину.
    1. Определите кроссинговеры следующим образом: если SNP в позиции #1 является бристольско-гавайским гибридом, а позиции #2-#4 - это все бристольские гомозиготы [B/H]-[B/B]-[B/B]-[B/B], или позиция #1 - это бристольская гомозигота, а позиция #2-#4 - все бристольско-гавайские гибриды [B/B]-[B/H]-[B/H]-[B/H], Эти результаты указывают на одиночный кроссовер между позициями #1 и #2 (где-то на левом плече хромосомы). Аналогично, в случае [B/H]-[B/H]-[B/B]-[B/B] или [B/B]-[B/B]-[B/H]-[B/H], происходит одиночный кроссинговер между #2 и #3 (где-то в центральной области хромосомы), а в случае [B/H]-[B/H]-[B/H]-[B/B] или [B/B]-[B/B]-[B/B]-[B/H], Единственный кроссинговер происходит между #3 и #4 (где-то на правом плече хромосомы).
      ПРИМЕЧАНИЕ: Существует шесть моделей двойных кроссоверов. Слева и справа: [B/B]-[B/H]-[B/H]-[B/B] и [B/H]-[B/B]-[B/B]-[B/H], слева и в центре: [B/B]-[B/H]-[B/B]-[B/B] и [B/H]-[B/B]-[B/H], в центре и справа: [B/B]-[B/B]-[B/H]-[B/B] и [B/H]-[B/H]-[B/H]-[B/H].

7. Статистический анализ

  1. Вставьте значения в программное обеспечение SPSS Statistics (IBM). Для сравнения распределения кроссинговера в левом плече, центральной области и правом плече хромосом вставьте 82 хромосомы с кроссинговером в левом плече, 20 хромосом с кроссинговером в центральном плече и 68 хромосом с кроссинговером в правом плече.
  2. Выполните коррекцию ANOVA и Бонферрони и определите статистическую значимость с помощью двустороннего p-значения. Выполняйте столько сравнений, сколько требуется, например, левая рука против центра или WT против мутанта.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

Мы обнаружили четыре сайта SNP на хромосоме II у C. elegans с помощью анализа генотипирования SNP для количественной оценки образования кроссинговера по всей длине хромосомы, в левом плече, в центральной области и в правом плече. Обнаружение SNP выполняется в соответствии с инструкциями производителя. Мастер-микс содержит Taq DNA Polymerase, термолабильную урацил-N-гликозилазу (UNG), dNTP с dUTP и пассивный референтный краситель ROX. Taq ДНК-полимераза активируется при 95 °C, что позволяет ингибировать неспецифи...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

Здесь мы представили метод измерения частоты и распределения кроссинговера в мейозе C. elegans, основанный на генотипировании SNP скрещивающихся потомков бристольско-гавайских гибридных видов. В то время как обычный метод SNP-SNP (RFLP) требует гель-электрофореза после ПЦР, а обнаружение полос ДНК требует системы документирования геля 14,18, генотипирование SNP с помощью 5'-нуклеазного анализа с использованием ПЦР в реал...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

Благодарности

Штаммы были любезно предоставлены Генетическим центром Caenorhabditis (CGC), финансируемым Управлением программ исследовательской инфраструктуры NIH (P40 OD010440). Мы благодарим сотрудников лаборатории Сайто за их полезные обсуждения этой работы. Эта работа была поддержана грантом KAKENHI Японского общества содействия науке (JSPS) JP23K05868 TTS.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
101-1000; l Наконечник для пипеткиQSP111-N-Q
0,5 моль/I-раствор ЭДТА (pH 8,0)Накалай теске14347-21
10 моль/раствор гидроксида натрияНакалай теске94611-45
10X DreamTaq Зеленый буферThermo Fisher Scientific ЭП0713
10μ L, с длинным кончиком, грандуированныйФУКАЕКАСИ, УОТСОН110-207С
200μ L, стандартный наконечник, градуированныйФУКАЕКАСИ, УОТСОН110-705С
Порошок агараНакалай теске01028-14
АгарозаPH ЯпонияРН108
Автоклав TOMY модель ES-215 Паровой стерилизатор высокого давленияТОМИ СЕЙКОЕС-215
Bacto Peptone ферментативный перевар белкаThermo Fisher Scientific 211677
Борная кислотаНакалай теске05215-05
Caenorhabditis elegans Bristol wild-type Центр генетики канорхабдитаN2
Caenorhabditis elegans Гавайский дикий типЦентр генетики канорхабдитаКБ4856
Хлорид кальцияНакалай теске06729-55
ccIs4251 [(pSAK2) myo-3p::GFP::LacZ::NLS + (pSAK4) myo-3p::митохондриальный GFP + dpy-20(+)] IЛаборатория СайтоТТС24оригинал PD4251
ХолестеринНакалай теске08721-62
Заказные анализы генотипирования TaqMan SNPThermo Fisher Scientific 4332077
Смесь растворов дезоксинуклеотидов (dNTP)Биолаборатории Новой АнглииН04470
Планшет DigPrint Doc DP-T130zБио инструментыДП-Т130з
ди-гидрогенфосфат калияНакалай теске28726-05
Препарирующий микроскопКомпания NikonСМЗ-745 С-ДС
ДНК-полимераза Dream TaqThermo Fisher Scientific ЭП0713
Раствор бромида этидииНакалай теске14631-94
Прямая грунтовка для WBVar01973670IDT103988736ATGTCTCACCCAAGGTTGAA
желатинНакалай теске166-31
Жильсон ПИПЕТМАН Классическая пипеткаThermo Fisher Scientific 
ИГЕПАЛ CA-630Сигма-Олдрич18896
Гептагидрат сульфата магнияНакалай теске21003-75
MicroAmp Оптический 96-луночный реактонный планшетThermo Fisher Scientific N8010560
Оптическая адгедивная пленка MicroAmpThermo Fisher Scientific 4311971
МиниАмп  ТермоамплификаторThermo Fisher Scientific МиниАмпер
Система горизонтального электрофореза Mini-Sub Cell GT, лоток 7 x 10 смЛаборатории Bio-Rad1704466
Nichipet EXIIНитирё00-НПХ2-2
Nichipet EXII MULTIНитирё00-НПМ-12ВП
Пиппет Мате NEOНитирё00-ПМНЭО
Хлористый калийНакалай теске285-38
Дигидрогенфосфат калияНакалай теске28720-65
Протеиназа КThermo Fisher Scientific ЭО0491
Система для ПЦР в реальном времени QuantStudio 1, 96-лунка, 0,2 млThermo Fisher Scientific А40426
Быстрозарядная фиолетовая лестница 1kb Plus DNAБиолаборатории Новой АнглииН0550С
Обратный праймер для WBVar01973670IDT103988737tggctactcctagtcactga
Хлориды натрияНакалай теске31319-45
TaqPath ProAmp Мастер-миксThermo Fisher Scientific А30866
TC Тарелка 35, СтандартСАРШТЕДТ83.3900
Трис (гидроксиметил)аминометанНакалай теске35406-75
База ТризмаСигма-Олдрич  Т1503-1КГ
Подросток 20Реагент Йонеяма03706
WormStuff Червь PickДженеси Сайентиал59-АРМ
Червячные наконечники WormStuff (90/10% Pt/Ir, 30 калибр)Дженеси Сайентиал59-30ПИ36

Ссылки

  1. Jones, G., Kleckner, N., Zickler, D. Meiosis through three centuries. Chromosoma. 133 (2), 93-115 (2024).
  2. Hassold, T. J., Hunt, P. A. Missed connections: Recombination and human aneuploidy. Prenat Diagn. 41 (5), 584-590 (2021).
  3. Barnes, T. M., Kohara, Y., Coulson, A., Hekimi, S. Meiotic recombination, noncoding DNA and genomic organization in caenorhabditis elegans. Genetics. 141 (1), 159-179 (1995).
  4. Lim, J. G., Stine, R. R., Yanowitz, J. L. Domain-specific regulation of recombination in Caenorhabditis elegans in response to temperature, age, and sex. Genetics. 180 (2), 715-726 (2008).
  5. Rockman, M. V., Kruglyak, L. Recombinational landscape and population genomics of Caenorhabditis elegans. PLoS Genet. 5 (3), e1000419(2009).
  6. Brenner, S. The genetics of Caenorhabditis elegans. Genetics. 77 (1), 71-94 (1974).
  7. Li, W., Yanowitz, J. L. Atm and atr influence meiotic crossover formation through antagonistic and overlapping functions in Caenorhabditis elegans. Genetics. 212 (2), 431-443 (2019).
  8. Rose, A. M., Baillie, D. L. The effect of temperature and parental age on recombination and nondisjunction in Caenorhabditis elegans. Genetics. 92 (2), 409-418 (1979).
  9. Villeneuve, A. M. A cis-acting locus that promotes crossing over between X chromosomes in Caenorhabditis elegans. Genetics. 136 (3), 887-902 (1994).
  10. Youds, J. L., et al. Rtel-1 enforces meiotic crossover interference and homeostasis. Science. 327 (5970), 1254-1258 (2010).
  11. Emmons, S. W., Yesner, L., Ruan, K. S., Katzenberg, D. Evidence for a transposon in Caenorhabditis elegans. Cell. 32 (1), 55-65 (1983).
  12. Williams, B. D., Schrank, B., Huynh, C., Shownkeen, R., Waterston, R. H. A genetic mapping system in Caenorhabditis elegans based on polymorphic sequence-tagged sites. Genetics. 131 (3), 609-624 (1992).
  13. Hillers, K. J., Villeneuve, A. M. Chromosome-wide control of meiotic crossing over in C. elegans. Curr Biol. 13 (18), 1641-1647 (2003).
  14. Wicks, S. R., Yeh, R. T., Gish, W. R., Waterston, R. H., Plasterk, R. H. Rapid gene mapping in Caenorhabditis elegans using a high-density polymorphism map. Nat Genet. 28 (2), 160-164 (2001).
  15. Campos, T. L., Korhonen, P. K., Sternberg, P. W., Gasser, R. B., Young, N. D. Predicting gene essentiality in Caenorhabditis elegans by feature engineering and machine-learning. Comput Struct Biotechnol J. 18, 1093-1102 (2020).
  16. Fay, D., Bender, A. Snps: Introduction and two-point mapping. WormBook. , (2008).
  17. Hwang, H. Y., Wang, J. Fast genetic mapping using insertion-deletion polymorphisms in Caenorhabditis elegans. Sci Rep. 11 (1), 11017(2021).
  18. Davis, M. W., et al. Rapid single nucleotide polymorphism mapping in C. elegans. BMC Genomics. 6, 118(2005).
  19. Livak, K. J. Allelic discrimination using fluorogenic probes and the 5' nuclease assay. Genet Anal. 14 (5-6), 143-149 (1999).
  20. Li, Q., et al. The tumor suppressor BRCA1-BARD1 complex localizes to the synaptonemal complex and regulates recombination under meiotic dysfunction in Caenorhabditis elegans. PLoS Genet. 14 (11), e1007701(2018).
  21. Saito, T. T., Lui, D. Y., Kim, H. M., Meyer, K., Colaiacovo, M. P. Interplay between structure-specific endonucleases for crossover control during Caenorhabditis elegans meiosis. PLoS Genet. 9 (7), e1003586(2013).
  22. Saito, T. T., Youds, J. L., Boulton, S. J., Colaiacovo, M. P. Caenorhabditis elegans him-18/slx-4 interacts with slx-1 and xpf-1 and maintains genomic integrity in the germline by processing recombination intermediates. PLoS Genet. 5 (11), e1000735(2009).
  23. Longo, M. C., Berninger, M. S., Hartley, J. L. Use of uracil DNA glycosylase to control carry-over contamination in polymerase chain reactions. Gene. 93 (1), 125-128 (1990).
  24. Kutyavin, I. V., et al. 3'-minor groove binder-DNA probes increase sequence specificity at pcr extension temperatures. Nucleic Acids Res. 28 (2), 655-661 (2000).
  25. Hammarlund, M., Davis, M. W., Nguyen, H., Dayton, D., Jorgensen, E. M. Heterozygous insertions alter crossover distribution but allow crossover interference in Caenorhabditis elegans. Genetics. 171 (3), 1047-1056 (2005).
  26. Hodgkin, J., Horvitz, H. R., Brenner, S. Nondisjunction mutants of the nematode Caenorhabditis elegans. Genetics. 91 (1), 67-94 (1979).
  27. Meneely, P. M., Farago, A. F., Kauffman, T. M. Crossover distribution and high interference for both the X chromosome and an autosome during oogenesis and spermatogenesis in Caenorhabditis elegans. Genetics. 162 (3), 1169-1177 (2002).
  28. Nabeshima, K., Villeneuve, A. M., Hillers, K. J. Chromosome-wide regulation of meiotic crossover formation in Caenorhabditis elegans requires properly assembled chromosome axes. Genetics. 168 (3), 1275-1292 (2004).
  29. Phillips, C. M., Dernburg, A. F. A family of zinc-finger proteins is required for chromosome-specific pairing and synapsis during meiosis in C. elegans. Dev Cell. 11 (6), 817-829 (2006).
  30. Mancera, E., Bourgon, R., Brozzi, A., Huber, W., Steinmetz, L. M. High-resolution mapping of meiotic crossovers and non-crossovers in yeast. Nature. 454 (7203), 479-485 (2008).
  31. Qi, J., et al. Characterization of meiotic crossovers and gene conversion by whole-genome sequencing in Saccharomyces cerevisiae. BMC Genomics. 10, 475(2009).
  32. Miller, D. E., et al. A whole-chromosome analysis of meiotic recombination in Drosophila melanogaster. G3 (Bethesda). 2 (2), 249-260 (2012).
  33. Carlton, P. M., Farruggio, A. P., Dernburg, A. F. A link between meiotic prophase progression and crossover control. PLoS Genet. 2 (2), e12(2006).
  34. Tsai, C. J., et al. Meiotic crossover number and distribution are regulated by a dosage compensation protein that resembles a condensin subunit. Genes Dev. 22 (2), 194-211 (2008).
  35. Bhalla, N., Wynne, D. J., Jantsch, V., Dernburg, A. F. Zhp-3 acts at crossovers to couple meiotic recombination with synaptonemal complex disassembly and bivalent formation in C. elegans. PLoS Genet. 4 (10), e1000235(2008).
  36. Yokoo, R., et al. Cosa-1 reveals robust homeostasis and separable licensing and reinforcement steps governing meiotic crossovers. Cell. 149 (1), 75-87 (2012).
  37. Almanzar, D. E., et al. Meiotic DNA exchanges in C. elegans are promoted by proximity to the synaptonemal complex. Life Sci Alliance. 6 (4), e202301906(2023).
  38. De Los Santos, T., et al. The mus81/mms4 endonuclease acts independently of double-holliday junction resolution to promote a distinct subset of crossovers during meiosis in budding yeast. Genetics. 164 (1), 81-94 (2003).
  39. Saito, T. T., Colaiacovo, M. P. Regulation of crossover frequency and distribution during meiotic recombination. Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 82, 223-234 (2017).
  40. Zalevsky, J., Macqueen, A. J., Duffy, J. B., Kemphues, K. J., Villeneuve, A. M. Crossing over during Caenorhabditis elegans meiosis requires a conserved mutS-based pathway that is partially dispensable in budding yeast. Genetics. 153 (3), 1271-1283 (1999).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Теги

Частота кроссинговерамейотическая рекомбинациякартирование хромосомтехнология TaqManанализ оогенезагенетические мутантыраспределение кроссинговера
Частота и распределение кроссинговеров при мейозе Caenorhabditis elegans методом генотипирования SNP с помощью ПЦР в реальном времени
Связаться с нами
Порекомендовать библиотеке

Конфиденциальность

Условия использования

Политики

© 2026 MyJoVE Corporation. Все права защищены.