Культивирование клеток PC12
Клеточную линию PC12 размножали в Roswell Park Memorial Institute 1640 (RPMI-1640) в питательной среде, содержащей 10% фетальной бычьей сыворотки (FBS) и 1% пенициллина/стрептомицина, с рутинным поддержанием в стандартных условиях культивирования (37 °C, 5%CO2 в увлажненной атмосфере). Для проведения экспериментов адгезивные клетки наносили на культуральные сосуды и позволяли им размножаться до достижения почти сливающихся монослоев (примерно 90% покрытия поверхности). Клеточную диссоциацию осуществляли с помощью ферментативной обработки с использованием 0,25% раствора трипсина-ЭДТА с последующим проведением трех последовательных циклов субкультивирования для обеспечения стабильности популяции. Впоследствии обработанные ячейки были выделены для последующего экспериментального применения и аналитических оценок.
Анализ жизнеспособности клеток
Жизнеспособность клеток оценивали для оценки цитотоксичности гемина и локостатина на клетках PC12 в соответствии с инструкциями, предоставленными производителем набора для анализа. Клетки PC12 равномерно засеивали в 96-луночные планшеты и культивировали гемином или локостатином в течение 24 ч. После промывки фосфатно-соевым буфером (PBS) клетки инкубировали в среде RPMI-1640, содержащей 10% раствор соли тетразолия, в течение 90 мин при 37 °С. Затем значения оптической плотности (OD) были измерены на длине волны 450 нм с помощью считывателя микропланшетов.
Количественная полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (ОТ-кПЦР)
Общую РНК экстрагировали из клеток PC12 с помощью реагента для экстракции РНК. Сначала образец гомогенизировали в экстракционном реагенте, обеспечив тщательный лизис. В смесь добавляли хлороформ, энергично встряхивали и центрифугировали для разделения фаз (12 000 × г, 15 мин, 4 °C). Собирали водную фазу, содержащую РНК, и осаждали РНК путем добавления изопропанола (водная фаза: iPrOH = 1:1) и инкубации при комнатной температуре. Центрифугирование проводили для гранулирования РНК (12 000 × г, 10 мин, 4 °C), добавляли 1 мл 70% этанола для удаления примесей, и, наконец, гранулу РНК растворяли в воде, не содержащей РНКазы, для хранения при -80 °C. Матрицы комплементарной ДНК (кДНК) были получены путем обратной транскрипции с помощью RT Master Mix. Полученные матрицы затем разбавляли в соотношении 1:5 и подвергали количественной ПЦР в реальном времени на приборе для ПЦР в реальном времени. Каждый образец амплифицировали в трех экземплярах, а относительное количество продукта ПЦР усредняли. Используемые праймеры перечислены в таблице 1, где β-актин служит в качестве гена-домохозяйки. Относительную концентрацию мРНК определяли по формуле E = 2−ΔΔCt, а для каждой реакции регистрировали значение критического порогового цикла (СТ).
Внутриклеточные анализы активных форм кислорода (АФК) и гидропероксида липидов (ПОЛ)
Уровни АФК и ПОЛ определяли с помощью проточной цитометрии. Клетки PC12 обрабатывали гемином (80 мкМ), локостатином (5 мкМ) и ML385 (5 мкМ) в течение 24 ч и 3 раза промывали PBS в посуде. Затем клетки инкубировали при 37 °C с 5%CO2 в течение 40 мин в присутствии 2',7'-дихлордигидрофлуоресцеина диацетата (DCFH-DA), зонда ROS, и BODIPY 581/591 C11, зонда LPO. После промывки PBS для удаления избытка зондов интенсивность флуоресценции измеряли с помощью проточной цитометрии. Для всех образцов была применена последовательная стратегия стробирования: сначала клетки были закрыты на FSC-A против SSC-A для исключения мусора, затем отдельные клетки были отобраны с помощью FSC-A и FSC-H. Неокрашенные клетки и клетки, обработанные только гемином, использовали в качестве отрицательного и положительного контроля для установления компенсации флуоресценции и ворот. Данные были проанализированы с помощью связанного программного обеспечения.
Экстракция белка и вестерн-блоттинг
Экстракция общего белка
Надосадочная жидкость обработанных клеток PC12 была отброшена, после чего последовали три промывки ледяным PBS. Клетки собирали с помощью трипсина и центрифугировали при 200 × г в течение 5 минут. После удаления надосадочной жидкости клеточную гранулу гомогенизировали в холодном буфере для лизиса методом радиоиммунопреципитации (RIPA), содержащем 10% ингибитора протеазы и 10% ингибитора фосфатазы. После 30-минутной инкубации на льду лизат центрифугировали при 12 000 × г в течение 15 минут при 4 °С. Прозрачную надосадочную жидкость смешивали с загрузочным буфером (4:1) и нагревали при 95 °C в течение 5 минут для денатурации белков. Образцы белка хранили при -80 °C для последующего использования.
Вестерн-блоттинг
Белки разделяли с помощью SDS-PAGE с использованием стекирующего геля и разрешающего геля, а образцы загружали в лунки. Электрофорез проводили при напряжении 80 В для стекирующего геля и 120 В для разрешающего геля. Белки переносили на мембрану из поливинилиденфторида (PVDF) (предварительно активированную в метаноле в течение 1 мин) с помощью системы переноса при постоянном токе 300 мА в течение 1-2 ч. Мембрану блокировали 5% обезжиренным молоком в TBST в течение 2 ч при комнатной температуре для предотвращения неспецифического связывания. После трех промываний TBST (по 10 мин каждая) мембрану инкубировали в течение ночи при 4 °C со следующими первичными антителами, разведенными в TBST: Rabbit anti-ACSL4 (1:1,000), Rabbit anti-GPX4 (1:1,000), Rabbit anti-HO-1 (1:2,000), Rabbit anti-NRF2 (1:1,000), Rabbit anti-RKIP (1:1,500) и Mouse anti-β-actin (1:5,000). Мембрану промывали в течение 3 х 10 мин TBST и инкубировали с HRP-конъюгированными вторичными антителами в течение 2 ч при комнатной температуре: HRP-меченый козий антимышиный IgG (1:1000), меченный HRP козий антикролик IgG (1:1000). После дополнительных промываний TBST в течение 3 x 5 минут сигналы белков визуализировали с помощью набора ECL Western Blot Kit и количественно оценивали с помощью программного обеспечения ImageJ.
Иммунофлуоресцентное окрашивание
Клетки высевали на покровные листы, предварительно помещенные в культивальные планшеты, и давали им прилипнуть. После экспериментальных обработок надосадочная жидкость была отброшена, а клетки были промыты 3 раза PBS. Клетки фиксировали 4% параформальдегидом (PFA) в течение 15 мин при комнатной температуре, после чего проводили три промывки PBS. Впоследствии клетки проникали 0,1% Triton X-100 в течение 10 мин при комнатной температуре и 3 раза промывали PBS. Неспецифическое связывание блокировали путем инкубации с 3% бычьим сывороточным альбумином (БСА) в течение 30 мин при комнатной температуре. Первичные антитела применяли в течение ночи при 4 °C: Rabbit anti-HO-1 (1:500), Rabbit anti-NRF2 (1:500). После трех промывок PBS на следующий день клетки инкубировали с флуоресцентными вторичными антителами в темноте в течение 1 ч при комнатной температуре: Alexa Fluor 488-labeled Goat Anti-Rabbit IgG (1:500). После окончательной промывки образцы монтировали с монтажной средой, содержащей 4',6-диамидино-2'-фенилиндол (DAPI) для ядерного противозакрашивания. Изображения были получены с помощью конфокального лазерного сканирующего микроскопа.
Статистический анализ
Данные измерений выражали в виде среднего значения ± стандартного отклонения (S.D.). Для анализа были взяты количественные данные, представляющие собой результаты трех независимых повторных анализов. Для сравнения между двумя группами был применен t-критерий, в то время как для сравнения между несколькими группами использовался односторонний дисперсионный анализ (ANOVA), за которым последовал апостериорный тест Тьюки для множественных сравнений. p-значение < 0,05 считалось статистически значимым.