Методическая статья

Сравнительное исследование режимов сбора данных DDA и DIA на масс-спектрометрии UPLC-Q-Orbitrap с использованием порошка Хуайхуа

DOI:

10.3791/69227

⸱

3 октября 2025 г.

 ,  ,  ,  ,  , 
1School of Pharmacy, Chengdu University of Traditional Chinese Medicine, 2Department of Pharmacy, Shizuishan Maternal and Child Health Hospital, 3Department of Assets and Laboratory Management, Chengdu University of Traditional Chinese Medicine

В этой статье

Краткое содержание

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

В этом исследовании сравниваются моды DDA и DIA (UCLC-QE-Orbitrap MS) для анализа порошка Хуайхуа, сложной ТКМ. Разработаны оптимизированные методы DDA и DIA; соединения были идентифицированы с помощью Compound Discoverer. Были оценены характеристики (идентификация соединения, воспроизводимость, спектральное качество, чувствительность), что дало эмпирические рекомендации по выбору режима сканирования ТКМ.

Аннотация

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

В этом исследовании систематически оцениваются сравнительные характеристики двух режимов масс-спектрометрии, зависимого от данных (DDA) и независимого от данных (DIA), в сочетании со сверхвысокоэффективной жидкостной хроматографией-квадруполь-орбитрапной масс-спектрометрией высокого разрешения (UPLC-Q-Orbitrap HRMS) для комплексного химического профилирования сложных составов традиционной китайской медицины (ТКМ). Порошок Хуайхуа, классический рецепт, был использован в качестве модельной системы для эмпирической оценки. Оптимизированные методы сбора данных DDA и DIA были разработаны отдельно: метод DDA включал в себя стратегию целевого выбора ионов-прекурсоров с настраиваемыми параметрами фрагментации, в то время как метод DIA использовал стратегию сегментированного окна переменных для охвата целевого диапазона m/z , выполняя несмещенную фрагментацию всех ионов-предшественников. Идентификация Compound была выполнена с помощью программного обеспечения Compound Discoverer. Сравнительная оценка была сосредоточена на эксплуатационных характеристиках двух режимов сбора данных, включая количество идентифицированных соединений, воспроизводимость, спектральное качество МС/МС и чувствительность обнаружения активных компонентов с низкой концентрацией. Результаты показали, что режим DDA дает большее общее количество обнаруженных соединений, в то время как режим DIA генерирует большую долю идентификаций с высокой степенью достоверности (10,63 % с оценками спектрального совпадения >0,8). Примечательно, что подход DIA продемонстрировал значительно превосходную воспроизводимость времени удержания и пиковой площади для шести репрезентативных соединений, при этом рутин показал >3-кратную разницу во времени удержания RSD между двумя режимами регистрации. Тем не менее, DDA производил более чистые спектры MS/MS с отчетливыми осколочными ионами, в то время как спектры DIA демонстрировали интерференцию от загрязняющих ионов. В то же время, DIA эффективно обнаруживала активные компоненты с низким содержанием кислорода, ионные хроматограммы и фрагменты MS/MS не могли быть выделены в режиме DDA. Это исследование предоставляет важные экспериментальные данные и аналитические наборы данных для выбора режимов получения масс-спектрометрии с высоким разрешением для сложных исследований рецептуры ТКМ. Последующие исследователи могут интегрировать взаимодополняющие преимущества обоих подходов для достижения двойных целей в комплексной характеристике соединений.

Введение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Формулы традиционной китайской медицины (ТКМ) обладают сложными химическими системами со значительными вариациями концентраций компонентов, в частности, присутствием многочисленных активных ингредиентов с низким содержанием питательных веществ, что создает серьезные проблемы для аналитических технологий. Порошок хуайхуа, классическая и известная формула традиционной китайской медицины, состоит из четырех лекарственных трав: софоры японской, листьев Platycladus orientalis, шипов Schizonepeta tenuifolia и кожуры цитрусовых aurantium. Эта формула содержит широкий спектр биологически активных веществ, включая флавоноиды, алкалоиды и летучие масла, со значительными вариациями их концентраций. Он служит репрезентативной моделью сложных систем1 для исследования материальной основы формул ТКМ. Точная, всесторонняя и надежная характеристика его химического состава является важнейшей предпосылкой для выяснения фармакодинамической материальной базы и улучшения стандартов контроля качества.

Сверхвысокоэффективная жидкостная хроматография-квадруполь-электростатическое поле Orbitrap High Resolution Mass-Spectrometry (UPLC-QE-Orbitrap MS) стала основной платформой для анализа химических компонентов в сложных системах ТКМ благодаря своему исключительному разрешению, чувствительности и погрешности по массе. С точки зрения стратегий сбора данных, Data-Dependent Acquisition (DDA) и Data-Independent Acquisition (DIA) являются двумя основными способами 2,3,4 (рис. 1). Режим DDA избирательно инициирует фрагментацию ионов с высоким содержанием на основе заданных правил (например, пороговых значений интенсивности ионов-предшественников, динамического исключения), что приводит к получению целевых высококачественных спектров MS/MS, которые облегчают структурное выяснение. Тем не менее, он имеет ограничения 5,6,7,8 в покрытии ионов с низким содержанием. В отличие от этого, режим DIA выполняет недискриминационную фрагментацию всех ионов-предшественников в заданном диапазоне отношения массы к заряду с использованием непрерывных или переменных окон. Теоретически он захватывает все обнаруживаемые ионы, значительно увеличивая широту и воспроизводимость обнаружения, что особенно подходит для нецелевого глобального анализа, хотя результирующие смешанные спектры MS/MS более сложны для интерпретации 5,9.

В настоящее время, несмотря на то, что методы DDA и DIA применяются по отдельности в анализе ТКМ, систематические эмпирические сравнительные исследования по основным показателям эффективности, таким как широта идентификации (особенно для компонентов с низким содержанием концентрации), качество спектра МС/МС и чувствительность обнаружения, в рамках одной и той же сложной системы формул ТКМ (например, порошок Хуайхуа) остаются недостаточными. Выяснение применимых сценариев, преимуществ и ограничений этих двух режимов в сложных матрицах ТКМ имеет решающее значение для исследователей для оптимизации выбора стратегии на основе конкретных экспериментальных целей10.

Здесь кратко изложены ключевые параметры и ограничения, чтобы помочь читателям разобраться в применимости этого протокола. Метод обладает высокой эффективностью для профилирования сложных растительных матриц с оптимизированными параметрами для системы, содержащей флавоноиды и алкалоиды. Критическое переменное окно DIA было установлено на 30 м/з после эмпирического тестирования; Этот параметр необходимо настраивать для образцов с разными физико-химическими свойствами. Метод надежно обнаруживает ионы с низким содержанием (пиковая площадь ~105), но требует сбора данных в отдельных режимах положительной и отрицательной ионизации для обеспечения качества данных. Основным ограничением является зависимость DIA от спектральных библиотек и передового программного обеспечения для деконволюции для уверенной идентификации, что влияет на требования к вычислительным ресурсам.

Соответственно, данное исследование направлено на проведение углубленного и систематического сравнения комплексной производительности режимов сканирования DDA и DIA на платформе UPLC-QE-Orbitrap MS с использованием классической формулы Huaihua Powder в качестве примера. Будут разработаны оптимизированные методы сканирования DDA и DIA, адаптированные для анализа порошка Huaihua. Обработка данных будет выполняться с помощью программного обеспечения Compound Discoverer для оценки и сравнения двух мод в следующих измерениях: (1) общее количество идентифицированных соединений; (2) качество получаемых спектров МС/МС; (3) воспроизводимость площадей пиков и времен удержания репрезентативных соединений; и 4) чувствительность обнаружения активных компонентов с низким содержанием золота. Ожидается, что это исследование предоставит убедительные экспериментальные доказательства и поддержку данных для выбора режимов сканирования масс-спектрометрии с высоким разрешением в исследованиях сложных систем ТКМ, изучая потенциал взаимодополняющих преимуществ DDA и DIA для достижения «баланса между широтой и глубиной» и продвижения модернизации ТКМ.

В ходе эксперимента по настройке параметра окна сегментированной переменной в режиме сбора данных DIA мы предлагаем установить его на 30 м/з. При этом эффект сбора положительных и отрицательных ионов по отдельности лучше.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Реагенты и оборудование, использованные в данном исследовании, перечислены в Таблице материалов.

1. Приготовление тестового раствора порошка Хуайхуа

  1. В соответствии с нормами обработки «Жареный цветок софоры» в издании Китайской фармакопеи за 2020 год (часть I) возьмите соответствующее количество исходного материала цветков софоры, удалите примеси и ветки, просейте золу и мусор, положите на горячую сковороду и обжарьте на медленном огне (100 °C) до темно-желтого цвета. Выньте и остудите.
  2. Приготовьте переработанные продукты из листьев Platycladus orientalis в соответствии с «Общими правилами приготовления» в издании Китайской фармакопеи за 2020 год (часть IV). Возьмите соответствующее количество оригинальных листьев Platycladus orientalis , удалите загрязнения, положите на горячую сковороду и жарьте, помешивая, на медленном огне (100 ºC) до желтого цвета. Выньте и остудите.
  3. Приготовьте обработанные продукты Жикэ в соответствии с методом «жареных отрубей Fructus Aurantii» в Китайской фармакопее за 2020 год (часть I). Возьмите соответствующее количество сырья жике, удалите примеси, нагрейте до 100 °C и посыпьте соответствующим количеством пшеничных отрубей в соотношении 1:10 (материалы к вспомогательным веществам).
    1. Как только дым поднимется, добавьте сырые ломтики жике и быстро обжарьте. Когда поверхность станет желтой или темно-желтой, извлеките, просейте отруби, остудите и отложите в сторону.
  4. Приготовьте порошок Хуайхуа в соответствии с весовым соотношением 1:1:1 от Китайской медицинской формулологии (New Century 3rd Edition). Аккуратно взвесьте по 1 г каждого травяного порошка (просеянного через сито No 5).
    1. Смешайте порошки в ступке и смешайте в соответствии с «методом растирания и смешивания» для порошков традиционной китайской медицины: мягко и последовательно растирать в одном направлении в течение 10 минут.
    2. Рассматривайте равномерно перемешанный порошок, если не наблюдается видимых разводов, агломератов или цветовых вариаций, что приводит к однородному виду по всей смеси. Приготовьте окончательный образец порошка Хуайхуа с помощью этого метода.
  5. Оцените однородность смешивания с помощью стандартизированного протокола визуального контроля. Исследуйте порошковую смесь при постоянном освещении на белом фоне.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Однородную смесь следует считать только в том случае, если она соответствует всем следующим критериям: равномерный цвет по всей длине без видимых разводов или вкраплений отдельных компонентов; однородная текстура без грубых или мелких расхождений; отсутствие явных различий в цветовом оттенке при выборке из нескольких точек; и нет агрегированных гранулированных комков, которые можно было бы обнаружить при ближайшем рассмотрении. Проведите эту оценку с помощью двух независимых аналитиков, чтобы обеспечить согласованность.
  6. Точно взвесьте 0,1 г хорошо перемешанного образца порошка Huaihua. Переложите образец в мерную колбу объемом 10 мл. Добавьте 8 мл метанола.
  7. Выполняют ультразвуковую экстракцию в течение 60 мин мощностью 500 Вт и частотой 40 кГц. Остудить до комнатной температуры. Восполните объем до отметки метанолом.
    1. Хорошо встряхните до получения конечной концентрации 10 мг/мл экстракта порошка хуайхуа. Фильтруйте через микропористую мембрану (PVDF) толщиной 0,22 мкм. Перелейте фильтрат во флакон с образцом для тестирования.
      ПРИМЕЧАНИЕ: В ходе эксперимента жидкость из органических отходов и другие связанные с ними токсичные и вредные реагенты были классифицированы и маркированы. И каждые 2 недели сотрудники Офиса управления активами и экспериментами Университета традиционной китайской медицины Чэнду перевозят его в квалифицированное учреждение для унифицированной переработки и переработки.

2. Условия обнаружения UPLC-Q-Orbitrap HRMS

  1. Настройка параметров хроматографической системы
    1. Используйте колонку C18 (3,0 мм × 100 мм, 2,6 мкм). Поддерживайте температуру колонны на уровне 30 °C. Используйте подвижную фазу А (0,1 % муравьиной кислоты в воде) и подвижную фазу В (ацетонитрил).
    2. Запрограммируйте градиент следующим образом: 0-10 мин, 5%-20% B; 10-25 мин, 20%-50% В; 25-40 мин, 50%-95% В; 40-45 мин, 95% В. Установите скорость потока на 0,3 мл/мин. Введите 5 мкл образца.
  2. Выполняйте масс-спектрометрическое исследование со следующими настройками параметров.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Источник ионов: ионизация с помощью нагретого электроспрея (H-ESI); Режим сканирования: в режиме сбора данных DDA одновременно регистрируйте положительные и отрицательные ионы; в режиме регистрации DIA получать положительные и отрицательные ионы отдельно; Параметры источника ионов: Напряжение распыления +3,5 кВ (положительные ионы)/-2,8 кВ (отрицательные ионы); скорость воздушного потока в тубусе 40 arb; скорость вспомогательного воздушного потока 10 arb; скорость продувочного газа 1 arb; Температура ионной передающей трубки: 320 °C; Температура испарения: 350 °C; Уровень RF для объектива S-Lens: 55%.
    1. Построение и оптимизация метода Data-Dependent Acquisition (DDA)
      1. Для Full MS Scan (Полное МС) выберите следующие настройки:
        ПРИМЕЧАНИЕ: Резолюция: 35 000; Дальность сканирования: 100-1000 м/з; Автоматическая регулировка усиления (АРУ) цели: 3e6; Максимальное время впрыска (Max IT): 100 мс.
      2. Для Data-Dependent MS/MS Scan (dd-MS2) выберите следующие настройки:
        1. Для отбора молекулярных ионов поддерживайте порог интенсивности 5e4. Исключите незаряженные ионы и изотопные пики (включите исключение изотопов). Применяйте динамическое исключение со временем исключения 15 с и допуском по массе ±10 ppm, чтобы предотвратить повторный отбор ионов высокой интенсивности.
        2. Для настроек фрагментации поддерживайте следующее: Окно изоляции: 1,0 м/з; Метод фрагментации: высокоэнергетическая диссоциация столкновений (HCD); Нормированная энергия столкновения (NCE): 20, 40, 60 В; Вторичное разрешение: 17 500; Цель АРУ: 1e5; Максимальное время: 50 мс; Стратегия TopN: Выберите 3 основных молекулярных иона с самой высокой интенсивностью фрагментации в каждом цикле сканирования.
    2. Построение и оптимизация метода DIA
      1. Для Full MS Scanning используйте те же параметры, что и в методе DDA.
      2. Для независимого от данных сканирования МС/МС (DIA-MS/MS) установите стратегию выделения окна сегментированных переменных.
      3. Определите целевую дальность как 100-1000 м/з. Деление окон на основе распределения содержания ионов во всем м/з диапазоне с использованием высококачественных спектров DDA в оптимизированных хроматографических условиях. Установите переменные окна, чтобы сбалансировать общее содержание ионов по сегментам, избегая насыщения или недостаточности.
      4. Оптимизируйте до 30 окон, чтобы сбалансировать покрытие и время цикла.
        ПРИМЕЧАНИЕ: Настройки фрагментации - Метод фрагментации: HCD; NCE: 20, 40, 60 В; Разрешение: 17 500; Цель АРУ: 1e6; Max IT: Авто; Сегментированное переменное окно: 30 м/з.; Количество циклов: 30.
      5. Составьте список включений на основе центральной молекулярной массы каждого сегмента окна выделения, например, m/z 115, 145, 175, 205 ... 925, 955, 985.
    3. Процесс сбора данных
      1. Балансировка системы: Уравновесьте хроматографическую колонку с подвижной фазой в течение не менее 5 минут.
      2. Запуск образца перед экспериментом: Приготовьте тестовый раствор порошка Huaihua в соответствии с процедурой приготовления. Введите 5 последовательных образцов. Оцените стабильность системы (время удержания RSD < 2 %, общая интенсивность ионного тока, RSD < 5 %).
      3. Запуск заготовки: Введите чистый раствор метанола для вычитания фона.
      4. Запуск образца порошка Huaihua: Анализируйте каждый образец путем инъекции в случайном порядке. Запускайте все образцы независимо для каждого режима сканирования (DDA, DIA).
    4. Обработка данных
      1. Идентификация соединений
        1. Импортируйте необработанные данные, полученные с помощью масс-спектрометрии, в программное обеспечение Compound Discoverer. Создание рабочего процесса идентификации для неизвестных компонентов. Выполнение обработки и выравнивания пиков. Сопоставьте измеренные спектры MS/MS с онлайн-базой данных MS/MS mzCloud и локальной базой данных MS/MS mzVault.
        2. Примените следующие параметры фильтрации: порог площади пика 105, отклонение массы ± 5 ppm для первичных и вторичных ионов и оценка соответствия ≥80. Сравнивайте отфильтрованные ионы с информацией о соединениях из баз данных, справочных стандартов и соответствующей литературы для идентификации химических компонентов.
        3. Конкретная операция в программном обеспечении Compound Discoverer: Создайте новый процесс анализа и выберите рабочий процесс Natural Product/Natural Product Unknown ID w Stats Online и Local Database Searchers .
        4. Убедитесь, что включен узел Detect Compounds (Обнаружение соединений) для идентификации и извлечения пиковых значений. Добавьте в рабочий процесс базы данных Поиск в mzCloud и Поиск в mzVault.
        5. Добавьте файл с исходными данными и задайте параметры фильтрации (порог пиковой площади 105, отклонение массы ± 5 ppm как для первичных, так и для вторичных ионов). Нажмите кнопку «Выполнить », чтобы выполнить анализ.
      2. Сравнительный анализ связанных показателей
        1. Идентификационное количество: Сравните общее количество соединений, идентифицированных в режимах положительных и отрицательных ионов для режимов DDA и DIA. Построение карт распределения ионов для каждой моды.
        2. Исследование воспроизводимости: Сравните различия во времени удержания (RT) и пиковой площади (AA) репрезентативных соединений с высокой концентрацией (рутин, кверцитрин), средней концентрацией (неогесперидин, нарингин) и низкой концентрацией (псораленол, триметилколхициновая кислота) между режимами DDA и DIA (n = 5).
        3. Качество спектра МС/МС: Оценка качества спектров фрагментных ионов МС/МС пулегона, ключевого соединения в Q-маркере, в режимах DDA и DIA.
        4. Обнаружение компонентов с низкой концентрацией: Сравните обнаружение фрагментов MS/MS репрезентативных соединений с низкой концентрацией (карвон, аденозин) в режимах DDA и DIA5.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Общая идентификация соединений

Хроматограммы общего ионного тока порошка Huaihua в двух режимах сбора данных показаны на рисунке 2 с минимальными общими различиями. В режиме сбора данных DDA было идентифицировано в общей сложности 14 958 соединений как в положительном, так и в отрицательном ионном режимах, в то время как в режиме сбора данных DIA было идентифицировано 9 489 соединен...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

В этом исследовании особенно стоит упомянуть, что мы обнаружили, что в режиме сбора данных DIA установка значений окна сегментированной переменной не должна быть слишком большой. Мы попытались установить его на 300 мц и 100 мц, но итоговый спектральный эффект был плохим. После неоднократных исследований и попыток мы, наконец, выбрали окно приобретения 30mz как наиболее подходящее. Таким образом, настройка окна сбора данных оказывает решающее влияние на успех или неудачу эксперимента.

...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

Благодарности

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Настоящее исследование выполнено при финансовой поддержке Молодежного фонда Фонда естественных наук провинции Сычуань (No 2025ZNSFSC1823); Проект научно-технических инноваций в области Сычуань (MZGC20230055); и Программа содействия исследованиям талантов в детском саду Университета традиционной китайской медицины Чэнду «Ученые Синлинь» для специального проекта «Таланты в детском саду» (MPRC2022017).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
АцетонитрилТермо Фишер/Хроматографическая чистота
Программное обеспечение Compound Discoverer 3.3Термо Фишер/Обработка данных масс-спектрометрии и идентификация соединений
Фруктус АурантииСычуань Нэйцзян220709Травы в рецепте порошка Хуайхуа
Листья Platycladus orientalisШаньдун Линьи240619Травы в рецепте порошка Хуайхуа
Шизонепета колосоваяЦзянсу Тайчжоу240601Травы в рецепте порошка Хуайхуа
Цветок софорыСычуань Гуангань241017Травы в рецепте порошка Хуайхуа
Ультразвуковая очистительная машинаJietuo Оборудование для ультразвуковой очистки Co., Ltd240ХТКомпонентная экстракция порошка Хуайхуа
UPLC-Q-Orbitrap HRMSТермо Фишер/Масс-спектрометр высокого разрешения
ВодаКомпания Watsons/Сверхчистая вода

Ссылки

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Wang, D., et al. Establishment of fingerprint and chemical composition study of the classic formula Huaihua San based on two mass spectrometry techniques. Chin Herb Med. 56 (10), 3499-3512 (2025).
  2. Stincone, P., et al. Evaluation of data-dependent MS/MS acquisition parameters for non-targeted metabolomics and molecular networking of environmental samples: Focus on the Q Exactive platform. Anal Chem. 95 (34), 12673-12682 (2023).
  3. Guo, J., Huan, T. Comparison of fullscan, datadependent, and dataindependent acquisition modes in liquid chromatographymass spectrometry based untargeted metabolomics. Anal Chem. 92 (12), 8072-8080 (2020).
  4. FernándezCosta, C., et al. Impact of the identification strategy on the reproducibility of the DDA and DIA results. J Proteome Res. 19 (8), 3153-3161 (2020).
  5. Wang, H. D., et al. A novel hybrid scan approach enabling the ionmobility separation and the alternate datadependent and dataindependent acquisitions (HDDIDDA): Its combination with offline two-dimensional liquid chromatography for comprehensively characterizing the multicomponents from Compound Danshen Dripping Pill. Anal Chim Acta. 1193, 339320(2022).
  6. El Boudlali, H., et al. High-resolution accuratemass spectrometry-baseduntargeted metabolomics: Reproducibility and detection power across data-dependent acquisition, dataindependent acquisition, and AcquireX. Comput Struct Biotechnol J. 27, 2412-2423 (2025).
  7. Guo, J., Shen, S., Xing, S., Huan, T. DaDIA: Hybridizing data-dependent and data-independent acquisition modes for generating high-quality metabolomic data. Anal Chem. 93 (4), 2669-2677 (2021).
  8. Wu, Y., Wang, Y. A comparative study of dataindependent acquisition and datadependent acquisition in liquid chromatographymass spectrometrybased untargeted metabolomics analysis of Panax genus sample. Anal Bioanal Chem. 417 (14), 3215-3228 (2025).
  9. Barkovits, K., et al. Reproducibility, specificity, and accuracy of relative quantification using spectral library-based data-independent acquisition. Mol Cell Proteomics. 19 (1), 181-197 (2020).
  10. Barbier Saint Hilaire, P., et al. Comparative evaluation of data-dependent and data-independent acquisition workflows implemented on an Orbitrap Fusion for untargeted metabolomics. Metabolites. 10 (4), 158(2020).
  11. Zheng, R. L., et al. Screening and extraction process optimization for potential α-glucosidase inhibitors from quinoa seeds. Food Med Homol. 1, 9420004(2024).
  12. Cao, Z. X., et al. Analysis and comparison of staminate flowers components in five Chinese walnut varieties. Food Med Homol. 1, 9420005(2024).
  13. Zhou, J. W., et al. Anti-virulence potential of carvone against Serratia marcescens. Food Med Homol. 1, 9420001(2024).
  14. Tabb, D. L., et al. Interrogating dataindependent acquisition LCMS/MS for affinity proteomics. J Proteins Proteom. 15 (3), 281-298 (2024).
  15. Wartmann, Y., Boxler, M. I., Kraemer, T., Steuer, A. E. Impact of three different peak picking software tools on the quality of untargeted metabolomics data. J Pharm Biomed Anal. 248, 116302(2024).
  16. Bilbao, A., et al. Processing strategies and software solutions for data-independent acquisition in mass spectrometry. Proteomics. 15 (56), 964-980 (2015).
  17. Guan, S., Taylor, P. P., Han, Z., Moran, M. F., Ma, B. Data-dependentindependent acquisition (DDIA) proteomics. J Proteome Res. 19 (8), 3230-3237 (2020).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на повторное использование текста или иллюстраций этой статьи JoVE

Запросить разрешение

Теги

DDA

Похожие статьи