$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Этические соображения и обучаемая группа
Это ретроспективное исследование было одобрено комитетом по институциональной этике. Информированное согласие было отменено, так как вся защищённая медицинская информация была анонимизирована. В состав исследований входили пациенты, полученные из базы данных визуализации Первой народной больницы Наньтуна, которые проходили МРТ поясничного отдела позвоночника из-за боли в пояснице с января 2022 по декабрь 2023 года. Также были собраны клинические особенности пациентов (Таблица 1).
Критерии включения и исключения
Современный диагностический стандарт DLBP следует методу дискографии Международной ассоциации по изучению боли 1995 года, который вызывает боль при повышенном давлении, но не является широко признанным из-за высокойинвазивности 8. Поэтому в этом исследовании был принят рестриктивный интраоперационный тест на провокацию боли в диске в качестве диагностического метода DLBP, соответствующий принципам дискографии, минимизируя дальнейшее повреждение диска иосложнения 31. Процедура включала пациентов в положении лежа под воздействием спинальной анестезии, при этом мишевой поясничный диск находился с помощью рентгеновского наведения C-руки. Игла весом 18 G (<22 G) была введена заднелатеральным подходом в центральное пульпозное ядро, избегая нервных корней и дюрального мешка. После подтверждения установки иглы вводили физиологический раствор или неионный контраст (например, иогексол) с частотой не более 0,5 мл/мин, при давлении ниже 50 psi и общим объёме инъекции менее 3 мл, чтобы имитировать повышенное внутридисковое давление и вызвать знакомые симптомы боли в пояснице, с визуальной аналоговой шкалой (VAS) ≥ 7.
Критерии включения в группу DLBP: Пациенты, включённые здесь, прошли МРТ, испытывают рецидивирующую боль в пояснице более 3 месяцев, с неудачным консервативным лечением, с онемением нижней конечности или радиационной болью в нижней части конечностей или без него, и положительный результат интраоперационного теста на вызов боли в диске.
Критерии включения группы, не связанные с DLBP: Пациенты, включённые здесь, прошли МРТ; не имеют истории боли в пояснице в течение 3 месяцев или здоровые люди, проходящие физическое обследование; отсутствуют аномалий на МРТ; и имеют стандартизированную оценку с индексом инвалидности Освестри (ODI) <10 и VAS ≤2.
Критерии исключения: Исключать пациентов с другими причинами боли в пояснице, такими как значительная грыжа диска, сдавливающая нервы, переломы, инфекции позвоночника, спондилолистез, опухоли, остеопороз или метаболические заболевания костей; история операций до осмотра; изображения нечёткого или низкого качества; неспособность определить интересующий регион (ROI).
В итоге было включено 243 пациента, из которых 81 пациент с DLBP и 162 контрольных группы.
Параметры МРТ
Все пациенты, вошедшие в это исследование, прошли 3,0 Т МРТ с использованием последовательностей, включающих сагиттальную и аксиальную T1-взвешенную визуализацию (T1WI) и T2-взвешенную визуализацию (T2WI). В исследовании использовались три разных МРТ-аппарата: Siemens Verio, Siemens Prisma и Philips Ingenia CX. Параметры сканирования были установлены следующим образом: для сагиттального T2WI TR варьировалась от 2000 до 4597 мс, TE — от 90 до 120 мс, толщина среза от 4,0 до 4,8 мм, с 15 включёнными срезами, полоса пропускания от 250 Гц до 340 Гц, размер матрицы 384 × 384 или 512 × 512, процент поля обзора фазы 100%, и поле зрения 300 мм.
Функции визуализации HIZ — это измерение и статистика
В этом исследовании использовалось программное обеспечение 3D Slicer (версия 5.6.1, https://download.slicer.org/?version=5.6.1) для ручного анализа изображений поясничного МРТ T2 от 243 пациентов и контрольных групп. Рабочий процесс обработки данных был следующим: Изображения импортировались с помощью функции Add DICOM Data в 3D Slicer. Измерения проводились с использованием функции Markups двумя аспирантами-исследователями позвоночника под руководством радиологов и хирургов позвоночника с более чем 10-летним клиническим опытом. Расхождения в измерениях были устранены путём консультации с двумя врачами. Все значения измерений были усреднены двумя статистиками для обеспечения точности. На сагиттальных изображениях измерялись два взаимно перпендикулярных максимальных диаметра зоны высокой интенсивности (HIZ), определяемые как Хиж (близкое вертикальное направление) и Хизв (близкое к горизонтальному направлении). Функция сегментации использовалась для определения области HIZ, а площадь наиболее заметного HIZ на сагиттальной плоскости вычислялась как Hizarea. На осевых изображениях измерялась максимальная длина HIZ, получившая название Hizl. Кроме того, были определены три бинарные переменные: Hiz (наличие HIZ), Other (наличие многосегментного HIZ) и Position (пересекает ли HIZ заднюю среднюю линию) (Таблица 2).
Радиомика отличается экстракцией и стандартизацией
Для интеграции конкретной работы ресемплирования скалярного объёма в контекст обработки изображений поясничного МРТ T2 от 243 пациентов и контролей с помощью 3D-слайсера были выполнены следующие детальные шаги: процесс начался с импорта изображений поясничного МРТ T2 в 3D Slicer. Для обеспечения согласованности и снижения смещения гетерогенности все изображения были передискретированы до размера вокселей 0,6 × 0,6 × 0,6 мм с использованием модуля Resample Scalar Volume Volume. Конкретные шаги были следующими: перейти в раздел Модули и выбрать Resample Scalar Volume. В разделе Parameter Set убедитесь, что выбран объём скаляра повторной сэмпли . В разделе параметров передискретизации установите интервал 0.6, 0.6, 0.6 для определения целевых размеров вокселей. Выберите подходящий метод интерполяции из таких параметров, как линейный, ближайший сосед, bspline, hamming, косинус, уэлч, lanczos или blackman, при этом линейный метод по умолчанию является линейным. Для Output Volume выберите или создайте новый том для хранения пересэмплированных данных. После проверки настроек нажмите Применить , чтобы выполнить процесс пересэмплирования.
После повторной пробы два аспиранта-исследователя позвоночника, под руководством радиологов и хирургов с более чем 10-летним опытом, провели полуавтоматическое разграничение интересующей области (ROI). Расхождения решались в ходе консультаций. Конкретные шаги были следующими: выбрать слой (пересэмплировать новый объем), создать новый сегментационный слой и использовать функцию Draw для разграничения слой за слоем. Используйте функцию «Заполнить между срезами » для заполнения между слоями. Сгладить сформированную рентабельность с помощью метода сглаживания медианы с размером ядра 3,0 мм, 5 x 5 пикселей. Используя библиотеку PyRadiomics, из пересэмплированных изображений было извлечено 107 радиоминых особенностей, включая особенности формы, статистические признаки первого порядка, матрицу совместного появления серого уровня (GLCM), матрицу длины серого уровня (GLRLM), матрицу зон размера серого уровня (GLSZM), соседнюю матрицу разницы серых оттенков (NGTDM) и матрицу зависимостей серого уровня (GLDM) (дополнительная таблица 1)). Наконец, извлеченные данные признаков стандартизировались с помощью метода Z-score для преобразования их естественного диапазона в стандартизированный.
Группировка по признакам
Группы были распределены следующим образом:
d0 (Базовая группа): Включены клинические признаки, n(d0) = 5.
d1 (Базовая группа тонкой настройки): Включены клинические признаки и особенности визуализации HIZ, n(d1) = 12.
d2 (Модельная группа): Включены клинические признаки и признаки радиомики, n(d2) = 112.
D (Группа тонкой настройки модели): Включены клинические особенности, особенности визуализации HIZ и радиомики, n(D) = 119.
Чтение и предобработка данных
Данные для соответствующих групп читались с помощью функции read_excel в программном обеспечении R (версия 4.3.1, https://www.r-project.org/, платформа: x86_64-w64-mingw32/x64 [64-bit]) с кодированием UTF-8 (системное кодирование по умолчанию), которое поддерживает большинство письменных языков по всему миру. Функция select использовалась для отделения целевой переменной от переменных признаков.
Выбор функций
Для обеспечения воспроизводимости разделения данных четыре набора данных (D, d2, d1, d0) следовали одинаковому процессу обработки с фиксированным случайным посевом 80. В фрейм данных добавлялся столбец с метками, преобразованный в тип фактора, а случайные метки (1 и 0) генерировались с помощью биномиального распределения для разделения данных на обучающие и тестовые наборы в соотношении 8:2 (вероятность 80% для обучающего набора). Из-за ограниченного количества функций группы d0 и d1 не требовали выбора признаков, тогда как группы d2 и D проходили выбор признаков:
Сначала тест Mann-Whitney U применялся к обучающему набору для выбора признаков с p-значениями <0,05. Затем была проведена регрессия Лассо с 10-кратной перекрёстной валидацией и регрегризацией L1 для определения оптимального коэффициента штрафа и выбора признаков из одной итерации. Было установлено случайное семя от 1 до 100, и вышеуказанные шаги (разделение данных, тест Манна-Уитни U и регрессия Лассо) повторялись в цикле. Для последующего моделирования были выбраны признаки, появляющиеся более 50 раз за 100 итераций, чтобы обеспечить надёжность при построении модели и прогнозировании диагностики. Особенности моделирования каждой группы приведены в таблице 3.
Поиск по сетке и настройка моделей
Для оптимизации моделей применялся поиск по сетке для систематического изучения и оценки различных комбинаций гиперпараметров. С помощью итеративной настройки и оценки производительности в этом исследовании был выявлен набор гиперпараметров, обеспечивающих наилучшие значения ROC AUC для тренировочных и тестовых наборов, тем самым оптимизируя производительность модели.
Разработка и оценка модели
Вся разработка модели и анализ данных проводились в R (версия 4.3.1). В этом исследовании применялись различные алгоритмы машинного обучения, включая Random Forest (RF), Support Vector Machine (SVM), Decision Tree (TREE), K-ближайшие соседи (KNN) и логистическую регрессию (LOG), для разработки 20 моделей по четырём группам (d0, d1, d2 и D) для прогнозирования диагностики DLBP. Производительность модели оценивалась по следующим метрикам: ROC AUC, PR AUC, точность, чувствительность, специфичность, положительное прогностическое значение (PPV), отрицательное прогностическое значение (NPV) и оценка F1.
Значения ROC AUC и PR AUC генерировались непосредственно на основе кривых ROC и PR, а остальные метрики (точность, чувствительность, специфичность, PPV, NPV и F1) были рассчитаны и статистически проанализированы с использованием соответствующих функций в R. Из 20 разработанных моделей в этом исследовании было выбрано 8 репрезентативных моделей для оценки на основе вышеуказанных показателей эффективности.
Формулы для каждой метрики следующие:




Q

TP: Истинный позитив; TN: True Negative; FP: ложноположительный результат; FN: ложноотрицательный результат.
Анализ интерпретируемости SHAP
Модель случайного леса в группе D показала наилучшие результаты в оценке модели. Для дальнейшей интерпретации прогнозов модели в этом исследовании была перестроена модель на Python (версия 3.7.9) и проведена анализ интерпретируемости SHAP. Для поддержания согласованности гиперпараметры тренировки модели Random Forest в Python были идентичны тем, что использовались в R, а рабочий процесс обработки данных также был последовательным. В частности, мы использовали интерпретатор древесной модели для анализа вклада каждой особенности в диагностические прогнозы модели в наборах для обучения и тестирования. Для лучшей визуализации мы создали графики распределения значений SHAP, графики важности признаков и графики сил SHAP для отдельных прогнозов.
Статистический анализ
Все анализы данных проводились с использованием R (версия 4.3.1, https://www.r-project.org/, платформа: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-бит)) и Python (версия 3.7.9, https://www.python.org/downloads/release/python-379/). Непрерывные переменные описывались как средние ± стандартном отклонении, а категориальные переменные — как частота и процент. Сравнение между DLBP и Non-DLBP было проанализировано с помощью U-теста, при этом P-значение менее 0,05 считалось статистически значимым.