Кишечный эпителий тесно взаимодействует с подлежащими мезенхимальными стромическими клетками кишечника (iMSC), регулируя развитие, гомеостаз и регенерацию. Однако стандартизированные методы последовательного выделения как эпителиальных, так и стромальных фракций из свиновидной ткани ограничены. Этот протокол описывает оптимизированный пошаговый процесс для выделения крипт и iMSC из одного и того же джеюнального сегмента поросят. Метод использует диссоциационный буфер на основе этиледиаминететрауксусной кислоты/дитиотрейтола (ЭДТА/ДТТ) для освобождения крипт, а затем внеклеточного матрикса с помощью коллагеназы/диспазы для выделения iMSC. Этот подход минимизирует пространственные вариации в изолированных клетках. Изолированные крипты были успешно культивированы и сформировали типичные расширяющиеся двумерные (2D) энтероидные монослои на покрытых гидрогелем коллагеном пластинах. Культивируемые iMSC прилипали к колбам культуры и экспрессировали стромальные маркеры, такие как рецептор фактора роста альфа (PDGFRα) и кластер дифференцировки 81 (CD81), определённые методом иммунного окрашивания. В целом, этот оптимизированный протокол изоляции даёт как эпителиальные, так и стромальные клетки из одного и того же джеюнального сегмента поросят, что обеспечивает воспроизводимую основу для будущих исследований с участием кишечных органоидов и ко-культурных систем iMSC с целью выяснения механизмов, контролирующих эпителиально-стромальные взаимодействия у свиней — трансляционно значимая модель для воспроизведения человеческой физиологии и развития животных.