Method Article

EasyFiji: графический интерфейс для удобной обработки флуоресцентных изображений на Фиджи

DOI:

10.3791/69441

⸱

February 20th, 2026

 , 
1Center for Bioimage Informatics, St. Jude Children's Research Hospital, 2Cell and Tissue Imaging Center, St. Jude Children's Research Hospital

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

EasyFiji — это графический интерфейсный плагин для Фиджи (ImageJ), который предоставляет отобранный набор инструментов для визуализации и обработки флуоресцентных изображений, часто используемых биологами.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Fiji (Fiji Is Just ImageJ) — это обширный и расширяемый открытый пакет обработки изображений, широко используемый сообществом биоизображений. Однако для неспециалистов по биологии без вычислительной техники ручное взаимодействие с многочисленными возможностями Фиджи требует освоения и навигации в глубоко многослойной системе меню. Кроме того, поведение некоторых команд по умолчанию не идеально подходит для флуоресцентного отображения и обработки изображений. Для повышения эффективности для биологических исследователей, работающих с изображениями флуоресцентной микроскопии, мы разработали EasyFiji — специально отобранный графический интерфейс (GUI) для Фиджи. Каждая команда EasyFiji выполняется с помощью кнопок и ползунков, усиленных подсказками, и всегда отображается выполнение по каналу, как требуется для флуоресцентных изображений. Команды, изменяющие интенсивность пикселей, также невыполнимы одним кликом для более интерактивной обработки и могут быть автоматически записаны и сохранены в виде текста для ведения записи. Панель информации с изображением отображает настройки, важные для интерпретации изображения. Также добавлены новые функции рендеринга изображений и коррекции отбеливателя. Плагин свободно доступен на GitHub и как сайт обновления Fiji. Этот протокол описывает шаги использования интерфейса EasyFiji для визуализации и обработки изображений флуоресцентной микроскопии.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Fiji (Fiji Is Just ImageJ) — это обширный и расширяемый открытый пакет обработки изображений, широко используемый сообществом анализабиоизображений 1,2. Обширная кодовая база универсальных алгоритмов Фиджи, а также макроязык и интерфейс плагинов, может быть удобно использована вычислительными аналитиками для решения практически любой задачи обработки или анализа изображений. Однако для пользователей биологических наук с минимальным опытом вычислений >1 100 команд FIJI, разбросанных по глубоко слоистому выпадающему меню, могут быть пугающе сложными для эффективного использовани....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Этот протокол описывает, как устанавливать и использовать EasyFiji.

1. Установить EasyFiji...

  1. Скачайте последнюю версию Fiji (>1.54g), подходящую для операционной системы, и установите её в папку, к которой пользователь имеет доступ к чтению/записи (см. таблицу материалов для ссылки на сайт загрузки Fiji).
  2. Запустите Fiji и перейдите к Справке | Обновление... в меню меню.
  3. В окне обновления нажмите Управление сайтами обновления. Выберите EasyFiji из списка и нажмите «По....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Псевдоцветные изображения многоканальных флуоресцентных изображений могут использоваться для иллюстрации пространственных или интенсивных связей между сигналами; однако родные Фиджи предлагают только технику RGB-композитного рендеринга, которая по своей сути запутывает цвет и яркость на восприятии. Для иллюстрации этой проблемы на рисунке 2 используется двухканальное изображение N-Myc и РНК-полимеразы II (RNAPolII). На рисунке 2A

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Fiji — это открытое программное обеспечение для обработки и анализа изображений, широко популярное среди аналитиков изображений. Однако её сложный интерфейс меню и порой неинтуитивное поведение при отображении и обработке флуоресцентных изображений представляют собой трудности для невычислительных биологов. EasyFiji предлагает биологам отобранный набор тематически организованных и улучшенных подсказками кнопок и ползунков, которые стабильно демонстрируют специфическое поведение для канал.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Авторы заявляют, что у них нет конкурирующих финансовых интересов или других конфликтов интересов.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Мы благодарим членов Центра клеточной и тканевой визуализации Святого Иуды и Центра биоизображенной информатики за комментарии к рукописи. Биологические изображения были любезно предоставлены: Рисунок 2: Мелисса Марцан и Таня Миттаг; Рисунок 3: Пэн Вэй и Джеймс Морган; Рисунок 4A: Аарон Питр; Рисунок 4B: Аарон Питр и У Чжон Чо; Рисунок 5A: Хелен Чен и Хизер Меффорд; Рисунок 5B: Саурадип Синха и Гидре Креншуте.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
Сайт EasyFiji на GitHubОткрытый исходный кодhttps://github.com/stjude/EasyFiji
Форум EasyFiji Image.scОткрытый исходный кодhttps://forum.image.sc/t/announcing-easyfiji-a-user-friendly-gui-plugin-for-fiji/117617
Сайт EasyFiji ImageJ.netОткрытый исходный кодhttps://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#quick-start
Программное обеспечение FIJIОткрытый исходный кодhttps://imagej.net/software/fiji/downloads
Медиаплеер VLCОткрытый исходный кодhttps://www.videolan.org/vlc/

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Schindelin, J., et al. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).
  2. Rueden, C. T., et al. ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data. BMC Bioinformatics. 18 (1), 5....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Fluorescence Image ProcessingFiji PluginGraphical User InterfaceBioimage AnalysisChannel AdjustmentBleach CorrectionMaximum Intensity ProjectionColocalization AnalysisImage MetadataGaussian Blur

Related Articles