Культивирование и обработка клеток
Мышиные нейронные клетки HT22 и человеческие глиомы U87 и U251 были культивированы в среде Modified Eagle Medium компании Dulbecco, дополненной сывороткой из 10% плода и 4 мМ L-глутамина, в увлажнённых условиях при 37 °C с 5% CO₂. Для упрощения экспериментальной согласованности все методы лечения клеток были стандартизированы и описаны здесь. В этом разделе описываются конкретные состояния, используемые в каждой группе лечения, а также соответствующие анализы на последующих этапах.
Лечение CaA:
Клетки HT22 обрабатывались с увеличением концентраций CaA (0, 0,1, 0,5, 1, 10, 50, 100, 250 и 500 мкм) в течение 72 часа. Глиомные клетки U87 и U251 обрабатывались CaA в концентрациях 5, 20 или 50 мкм в течение 24 часов для большинства экспериментов, или с 50 мкм в течение 0, 6, 12 или 18 часов для исследований с течением времени. Эти методы лечения использовались в следующих анализах: вестерн-блоттинг для субъединицы цистеина/глутамата антипортера (xCT), глутатион пероксидаза 4 (GPX4), ферритин (FTH1), глутаминазу и PI3K/Akt/млекопитающую мишени рапамицина (mTOR)/эукариотического фактора инициации 4B (EIF4B) (общий и фосфорилированный уровень); количественную полимеразную цепную реакцию в реальном времени (RT-qPCR) для белков, ассоциированных с Nrf2 и Кельха-подобного ECH 1 (Keap1); измерение ROS с использованием 2′,7′-дихлордигидрофлуоресцеинового диацетата (DCFH-DA); Количественная оценка GSH и MDA; обнаружение Fe2 + на основе FerroOrange; пролиферационный анализ на 5-этинил-2′-дезоксиуридин (EdU); Анализ формирования колоний; Анализ жизнеспособности клеток 3-(4,5-диметилтиазол-2-ил)-2,5-дифенилтетразолия бромида (MTT).
Совместное лечение липрокстатином-1 (Lip1):
Клетки предварительно обработали 50 нМ Lip1 в течение 2 часов перед добавлением 50 мкм CaA. Эти условия применялись в MTT-анализе (0, 24, 48, 72 часа); анализ формирования колоний; EdU анализ; Анализ апоптоза Annexin V/PI (с/без цисплатина 20 нм).
Совместное лечение MG132:
Клетки обработали 10 мкм MG132 самостоятельно или в сочетании с 50 мкм CaA в течение 24 часов. Это применялось к вестерн-блоттингу для стабилизации белка Nrf2 (общего и ядерного); Иммунопреципитационные (IP) анализы для убиквитинированных Nrf2 и Keap1.
Совместное лечение цисплатином:
Клетки обрабатывали 20 нМ цисплатином отдельно или в сочетании с 20 мкм CaA в течение 24 часов. Эти методы использовались в апоптозном анализе Annexin V/йодид пропидия (PI).
Гиперэкспрессия Nrf2 :
Клетки были трансфектированы плазмидой сверхэкспрессии Nrf2 с 2,5 мкг или пустым вектором с использованием трансфекционного агента в течение 18 часов, затем обработаны 50 мкм CaA в течение 24 часа. Это состояние использовалось при западном блотинге для xCT, GPX4, FTH1 и глутаминазы; ROS, MDA, GSH анализы; FerroOrange окрашивание для внутриклеточного железа.
Диаграмма рабочего процесса (дополнительный рисунок S1) суммирует вышеуказанные экспериментальные условия и соответствующие анализы. Этот рисунок визуально связывает каждый протокол лечения с его конкретными последующим анализом для повышения прозрачности и воспроизводимости.
Оценка жизнеспособности клеток
Жизнеспособность клеток оценивалась с использованием традиционного колориметрического метода MTT, как описаноранее 16. Клетки HT22, U251 и U87 были покрыты в культивированные пластины с 96 лунками и инкубированы ночью для обеспечения прикрепления. После завершения периода обработки в каждую скважину вводилось по 15 мкл раствора MTT, а пластины инкубировали в течение 4 часов при 37 °C. Затем среда отбрасывалась, и для растворения образованных кристаллов формазана добавляли 150 мкл диметилсульфоксида (DMSO). Поглощение впоследствии фиксировалось на 490 нм с помощью считывателя микропластин. Более высокие значения поглощения свидетельствуют о большей жизнеспособности клеток, тогда как снижение поглощения указывает на цитотоксические эффекты.
Инкорпорный анализ EdU
Для оценки синтеза ДНК и пролиферации клеток были проведены инкорпорационные анализы EdU с использованием EdU Imaging Kit, как описановыше 17. Кратко времени клетки глиомы U251 и U87 были посеяны в пластины с 24 лунками. После обработки клетки инкубировали с EdU (конечная концентрация 10 мкм) и культивировали ещё 24 часа. После инкубационного этапа клетки фиксировались с помощью 4% параформальдегида, затем пермеабилизировали с помощью 0,5% тритона X-100 и окрашивались согласно инструкциям комплекта. Процент EdU-положительных клеток (пролиферирующих клеток) был количественно измерен флуоресцентной микроскопией и нормализован до общего количества ядер, окрашенных 4′,6-диамидино-2-фенилиндолом (DAPI).
Анализ формирования колоний
Для анализа формирования колонии клетки глиомы U251 и U87 были покрыты в пластинах диаметром 3,5 см при низкой плотности (по 500 клеток на чашу). После обработки культурная среда была заменена на свежую, безлекарственную среду, и клетки поддерживались ещё 14 дней для формирования колонии, при этом замена среды проводилась каждые три дня. Полученные колонии затем фиксировались с помощью 4% параформальдегида, окрашены 0,1% кристаллической фиолетовой и подсчитывались вручную под микроскопом. Скопления диаметром более 75 мкм были отмечены как колонии. Каждый эксперимент проводился в тройном экземпляре и повторялся три раза. Этот анализ соответствовал общепринятым протоколам оценки долгосрочной пролиферативнойспособности 18. Колонии должны выглядеть как плотные, круглые скопления; Меньшее количество и меньшие колонии свидетельствуют о снижении пролиферационной способности.
Оценка клеточного апоптоза
Апоптотическая клеточная смерть оценивалась с помощью набора для обнаружения апоптоза FITC-Annexin V, как было описаноранее 16. Глиомные клетки U87 и U251 обрабатывались цисплатином 20 нМ при наличии или отсутствии 20 мкм CaA в течение 24 часов до окрашивания. Для экспериментов с ингибированием ферроптоза клетки предварительно обрабатывали 50 нМ Lip1 в течение 2 часов, затем совместно лечили 20 мкм CaA и 20 нМ цисплатина в течение дополнительных 24 часов. После указанных обработок клетки были собраны (300 × г, 5 минут) и окрашены Annexin V-FITC и PI согласно инструкции производителя. После маркировки образцы исследовались на проточном цитометре. Сбор данных проводился с использованием каналов FL1 (FITC) и FL2 (PI), с применением компенсационных настроек для минимизации спектрального перекрытия. Впоследствии была рассчитана доля клеток Annexin V-положительных для определения степени апоптоза.
Вестерн-блот анализ
Вестерн блоттинг проводился согласно установленнымпроцедурам 19,20. Кратко, после назначенных методов лечения, клетки лизировали в буфере RIPA с ингибиторами протеазы и фосфатазы, а уровни белка определялись с помощью анализа Брэдфорда. Для экспериментов по оценке субклеточного распределения Nrf2 ядерные и цитоплазматические белки экстракцировались с помощью коммерческого комплекта для ядерной экстракции согласно инструкциям производителя.
В общей сложности 40 мкг белка из каждого образца растворялось на 10% геле SDS-PAGE и затем переносилось на мембраны PVDF. Мембраны блокировались 5% обезжиренным молоком, приготовленным в PBST (PBS с 0,1% Tween-20) в течение 1 часа при комнатной температуре, после чего проводилась ночная инкубация с первичными антителами при 4 °C. После промывания в течение 1 часа при 37 °C применялись вторичные антитела, сопряжённые с HRP (1:5 000), а сигналы обнаруживались с помощью системы усиленной хемилюминесценции (ECL).
Уровни экспрессии xCT, глутаминазы, GPX4 и FTH1 измерялись с использованием глицеролдегид-3-фосфатдегидрогеназы (GAPDH) в качестве контроля нагрузки. Фосфорилированные белки (p-PI3K, p-Akt, p-mTOR и p-EIF4B) были количественно измерены относительно их общего уровня белка, тогда как общие белки нормализовались относительно GAPDH. Ядерный NRF2 был нормализован до Lamin B. Ожидаемые результаты включают дозозависимое и временно-зависимое снижение Nrf2 и p-PI3K/Akt/mTOR/EIF4B, а также снижение уровня маркеров, связанных с ферроптозом, в клетках, обработанных CaA.
Для убиквитинационных тестов клетки обрабатывали MG132 (10 мкм) с CaA или без него (50 мкм) в течение 24 часов. После лизиса белковые комплексы иммунопреципитировали с помощью анти-Nrf2 или анти-Keap1; обычный кроличий IgG использовался как отрицательный контроль. Иммунопреципитаты затем исследовали антиубиквитиновым антителами для обнаружения убиквитинированных форм, а полные лизаты также исследовали на уровень белка Nrf2 и ECH-ассоциированного с Kelch-подобным белком 1 (Keap1) для подтверждения входных данных.
Экстракция РНК и количественная ПЦР в реальном времени (qRT-PCR)
Экстракция РНК и qRT-ПЦР проводились по стандартнымпротоколам 21. Кратко, клетки глиомы U87 и U251 обрабатывались с содержанием 50 мкм CaA или без него в течение разных периодов (6 и 18 часов). Общая РНК была выделена и преобразована в кДНК посредством обратной транскрипции. Количественное ПЦР в реальном времени (qRT-PCR) проводилось с использованием SYBR Green qPCR Master Mix на платформе реального времени PCR. Относительная экспрессия генов была определена с помощью расчёта 2-ΔΔCt. Последовательности праймеров, используемые для Nrf2, Keap1 и домашнего гена GAPDH, были следующими:
Nrf2 форвард, 5′-CACATCCAGTCAGAAACCAGTGG-3′;
Nrf2 реверс, 5′-GGAATGTCTGCCCAAAAGCTG-3′
Keap1 вперед, 5′-CAACTTCGCTGAGCAGATTGGC-3′;
Keap1 реверс, 5′-TGATGAGGGTCACCAGGGCA-3′
GAPDH вперед, 5′-CGGAGTCAACGGGGTTGGGG-3′;
GAPDH реверс, 5′-AGCCTTCTACATGGTGGTGAAGAC-3′
Трансдукция NRF2
Клетки глиомы U251 и U87 временно трансфектировались либо с помощью плазмиды Nrf2 с переэкспрессией, либо с соответствующим пустым контрольным вектором с использованием липидного трансфекционного реагента; Процедура основывалась на традиционных методах переходнойтрансфекции 22. Кратко время клетки сеяли в пластины с 6 колодцями с плотностью 3 × 10⁵ клеток на скважину и культивировали за ночь для достижения примерно 70-80% слияния на момент трансфекции. Для каждой скважины 2,5 мкг плазмидной ДНК разбавлялось в 125 мкл восстановленной сывороточной среды и смешивалось с 5 мкл трансфекционного реагента. Отдельно 3,75 мкл трансфекционного реагента было разведено ещё в 125 мкл восстановленной сывороточной среды. Разбавленные смеси ДНК и трансфекционных реагентов затем комбинировали, аккуратно смешивались и инкубировали в течение 10–15 минут при комнатной температуре для формирования комплекса. Полученные трансфекционные комплексы (общий объём 250 мкл) добавлялись по капли в каждую яму, содержащую клетки в свежей полной среде.
После 18 часов инкубации при 37 °C в CO₂-инкубаторе среда заменялась свежей культурной средой. Затем клетки были проведены последующие анализы, включая вестерн-блотинг, анализ ROS, количественную оценку MDA/GSH и исследования накопления железа. Этот протокол следует широко признанным процедурам экспрессии временных генов и обеспечивает устойчивую экспрессию Nrf2 в течение 24-48 часов после трансфекции.
Измерение внутриклеточного железа
Внутриклеточные уровни Fe2+ измерялись с помощью флуоресцентного индикатора FerroOrange. Кратковременные глиомные клетки U251 и U87 были засеяны в пластины с 24 лунками и обработаны различными концентрациями CaA (5, 20 и 50 мкм). Для оценки влияния сверхэкспрессии Nrf2 на ферроптоз клетки U87 и U251 были трансфектированы плазмидой экспрессии Nrf2 или пустым вектором. Через 18 часов среда была заменена, и клетки обработаны 50 мкм CaA в течение 24 часов. Впоследствии клетки подвергались воздействию 1 мкм FerroOrange в безсывороточной среде и инкубировали при 37 °C в течение 30 минут перед анализом. После инкубации клетки промывали и наблюдали под флуоресцентным микроскопом с использованием фильтра TRITC (возбуждение ~543 нм, эмиссия 560-600 нм), где повышенная интенсивность оранжевой флуоресценции указывает на более высокий уровень лабильного Fe2+, обычно локализованного в цитоплазме. Этот метод был адаптирован из проверенных анализов железа на основе флуоресцентныхзондов 23.
Измерение GSH и MDA
Внутриклеточные уровни GSH и MDA были определены в соответствии со стандартизированными протоколами оценки окислительногостресса 24. Кратковременные глиомные клетки U251 и U87 были засеяны в пластины с 24 лунками и обработаны различными концентрациями CaA (5, 20 и 50 мкм). Для оценки влияния сверхэкспрессии Nrf2 на ферроптоз клетки U87 и U251 были трансфектированы плазмидой экспрессии Nrf2 или пустым вектором. Через 18 часов среда была заменена, а клетки обработаны 50 мкм CaA в течение 24 часов. Впоследствии клетки лизировали в буфере RIPA, а общие концентрации белка измерялись с помощью набора для количественной оценки белков BCA. Содержимое GSH и MDA впоследствии анализировалось с помощью коммерческих наборов для обнаружения в соответствии с протоколами производителей.
ROS-анализ
Внутриклеточная генерация ROS оценивалась с помощью флуоресцентного зонда DCFH-DA в соответствии с установленнымипротоколами 25. Кратковременные глиомные клетки U251 и U87 были засеяны в пластины с 24 лунками и обработаны различными концентрациями CaA (5, 20 и 50 мкм). Для оценки влияния сверхэкспрессии Nrf2 на ферроптоз клетки U87 и U251 были трансфектированы плазмидой экспрессии Nrf2 или пустым вектором. Через 18 часов среда была заменена, а клетки обработаны 50 мкм CaA в течение 24 часов. Впоследствии клетки обработали 5 мкм dcfh-da при 37 °C в течение 1 часа, после чего проводили промывки PBS для удаления излишков красителя. Флуоресцентные сигналы визуализировались с помощью инвертированного флуоресцентного микроскопа, оснащённого FITC-фильтром (возбуждение 488 нм, излучение 525 нм), а изображения были сделаны для анализа. Повышенная интенсивность зелёной флуоресценции соответствует повышенному внутриклеточному уровню ROS.
Эксперименты на животных
Все эксперименты на животных проводились строго в соответствии с рекомендациями Руководства по уходу и использованию лабораторных животных Национальных институтов здоровья. Протокол был утверждён Институциональным комитетом по уходу и использованию животных Народной больницы Вэйфан под номером одобрения [2025SDL579]. Для создания модели ксенотрансплантата глиомы 2 × 106 клеток U87 были ресуспендированы в 0,2 мл PBS и подкожно инъекциированы в левый бок 4-недельного самца BALB/c голых мышей. После развития опухолей в течение 7 дней мыши были случайным образом распределены по трём группам (n = 8 на группу): нелеченая контрольная, CaA-обработанная (2,5 мг/кг) и CaA (2,5 мг/кг) в сочетании с Lip1 (10 мг/кг). Лечение проводилось с помощью ежедневной интрабрюшинной инъекции в течение 14 последовательных дней. Размеры опухоли измерялись каждые 3 дня с помощью суппортов, а объёмы — по формуле: объём = (длина × ширина²) / 2. На 21-й день всех мышей усыпили, опухоли удаляли и фотографировали для дальнейшего анализа.
Секвенирование РНК и анализ путей KEGG
Секвенирование РНК проводилось для профилирования транскрипционных изменений после воздействия CaA. Целостность РНК была подтверждена с помощью микрообъёмного УФ-ВИС-спектрофотометра и капиллярной электрофорезной системы перед секвенированием на платформе Illumina. Чистые считывания были сопоставлены с человеческим референсным геномом (GRCh38) с HISAT2, а экспрессия гена количественно оценивалась как FPKM. Дифференциально экспрессированные гены были идентифицированы с помощью DESeq2 (FDR < 0,05, |log₂FC| ≥ 1), а функциональное обогащение оценивалось с помощью анализа путей KEGG (скорректированный P < 0,05).
Анализ молекулярного стыковки
Молекулярное стыкование использовалось для прогнозирования взаимодействия между CaA и путём PI3K/Act. Кристаллическая структура человеческой каталитической субъединицы PI3K p110α (PIK3CA) была получена из Белкового банка данных (PDB ID: 8BFU). Структура CaA была извлечена из PubChem и минимизирована с помощью программного обеспечения для молекулярного моделирования. С помощью программного обеспечения для подготовки молекулярного стыковки все молекулы воды и несущественные лиганды были удалены из структуры PIK3CA, а также добавлены атомы водорода. Стыковочная сетка была определена вокруг активного участка PIK3CA (на основе известных координат точки связи), а для выполнения стыковки использовался алгоритм стыковки. Позы связывания CaA с наивысшими баллами были отобраны по аффинности связывания (ккал/моль) и исследованы на ключевые взаимодействия. Взаимодействия белков и лигандов, такие как водородные связи и гидрофобные контакты, были визуализированы с помощью программного обеспечения для молекулярной визуализации и 2D-картирования взаимодействий.
Безопасность и утилизация отходов
Все эксперименты с использованием химических реагентов, таких как DMSO, флуоресцентные красители (DCFH-DA, FerroOrange) и фиксативные средства, проводились в выхлопной вытяжке с соответствующими средствами индивидуальной защиты (СИЗ), включая перчатки и защитные очки. DMSO и флуоресцентные зонды использовались с осторожностью из-за их способности проникать через кожу и возможной цитотоксичности. Загрязнённые материалы, включая наконечники пипеток, культиваторные пластины и перчатки, были захвачены в специально отведённых контейнерах для опасных отходов. Ткани и туши животных рассматривались как биологически опасные отходы и сожжгли или автоклавировались в соответствии с институциональными нормами биобезопасности и местными экологическими нормами.
Статистический анализ
Все результаты представлены в виде среднего ± стандартного отклонения (SD). Различия между двумя группами оценивались с помощью двухстороннего t-теста Student. Для анализов с участием нескольких групп применялся односторонний ANOVA с соответствующими пост-хок сравнениями (например, тест Тьюки). p-значение ниже 0,05 считалось показателем статистической значимости.