$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
До начала сбора тканей было получено информированное согласие всех участников. Это исследование было одобрено Этическим комитетом Первой аффилированной больницы Китайского медицинского университета (одобрение No [2018]2018-110-2). Письменное информированное согласие было получено от всех участников перед сбором тканей
Изоляция и культура hADSC
Сбор тканей: Образцы жировой ткани человека в области брюшной полости были получены во время рутинных плановых процедур липосакции, проводимых в отделении пластической хирургии Первой аффилированной больницы Китайского медицинского университета. Все доноры были здоровыми женщинами-добровольцами, проходившими косметическую абдоминальную липосакцию, и дополнительных хирургических вмешательств для исследовательских целей не проводилось. Образцы тканей были собраны хирургом в стерильных условиях сразу после аспирации и перенесены в лабораторию в стерильных контейнерах на льду в течение 30 минут.
Размер выборки: В исследование было включено всего 6 доноров, включая 3 молодых донора (возраст: 27,00 ± 4,58 года) и 3 пожилых донора (возраст: 62,33 ± 4,04 года).
Обработка тканей: Переместить фрагменты жировой ткани в коническую трубку объёмом 50 мл, центрифугировать при 1800 x g в течение 3 минут при 4 °C и аккуратно аспирировать верхнюю масляную фазу (чтобы удалить избыточные липиды). Добавьте 0,2% коллагеназы IV типа (конечный объём: 5-10 мл на 1 г жировой ткани) в тканевую гранулу, затем поместите трубку в водяную баню или инкубатор при температуре 37 °C на 45 минут. Аккуратно перемешивайте трубку каждые 10-15 минут во время пищеварения, чтобы обеспечить равномерный контакт между коллагеназой и тканями. После переваривания прекратите реакцию, добавив DMEM с низким содержанием глюкозы, дополненную 10% FBS и 1% пенициллина/стрептомицина (соотношение объёма среды нейтрализации к раствору коллагеназы = 1:1).
ВНИМАНИЕ: При обращении с коллагеназой надевайте одноразовые перчатки, лабораторный халат и защитные очки, чтобы избежать контакта кожи и глаз, подготовьте и используйте реагент в биологическом шкафу безопасности (BSC) для предотвращения загрязнения аэрозолями, а в случае разлива немедленно протирайте 75% этанола и утилизируйте загрязнённые материалы как биологические отходы.
Изоляция клеток: Центрифугуйте нейтрализированную пищеварительную смесь при 1200 г в течение 10 минут при 4 °C, чтобы пеллетировать клетки. Сбросьте супернатант, затем снова суспензуйте гранулу в буфере эритроцитного лизиса (155 мМ NH₄Cl, 10 мМ KHCO₃, 0,1 мМ EDTA; pH 7,4; объём: 2-3 мл на гранулу) и инкубировать при комнатной температуре (22-25 °C) в течение 5 минут для лиза остаточных эритроцитов. Фильтруйте суспензию клетки последовательно через сита диаметром 200 мкм, чтобы удалить непереваренные тканевые остатки и получить суспензию с одной клеточкой.
Подсчёт клеток: До посева количество клеток количественно измерялось с помощью гемоцитометра. Кратко, hADSC отделялись с трипсинов-ЭДТА 0,25%, ресуспендовали в почвенной среде и смешивали 1:1 с раствором трипана синего 0,4%. Жизнеспособные клетки (неокрашенные) подсчитывались вручную с помощью гемоцитометра Нойбауэра под световым микроскопом, а общее количество жизнеспособных клеток рассчитывалось как: количество клеток/мл = (средний подсчитанный коэффициент разбавления x 104).
Культура клеток: Засейте фильтрованные клетки при плотности 5 x 103 клетки/см² в среде роста (низкоглюкозный DMEM + 10% FBS + 1% пенициллина/стрептомицина) и инкубировать при 37 °C с 5%CO2. Заменяйте среду каждые 2-3 дня, чтобы удалить неприлипшие клетки и поддерживать оптимальные условия для культуры. Все hADSC, использованные для последующих экспериментов — включая характеристику клеток (обнаружение поверхностных маркеров, анализы на дифференцировку по трилинейе), стимуляцию DCEF, анализ миграции и морфологии, анализы старения/пролиферации и секвенирование РНК — находились в проходах 3 по 5.
Характеристика hADSC
Экспрессия маркеров поверхности клеток: Культивировать клетки до 70% совпадения, затем диссоциировать адгезирующие клетки с помощью 0,25% трипсина-ЭДТА (инкубировать при 37 °C в течение 3 минут). Центрифугуйте ячейку при суспензии 300 x g в течение 5 минут при 4 °C, сбросьте супернатант и снова суспензируйте гранулу в 1x PBS (объём: 1-2 мл). Аликвотируйте 1 x 105 клеток на образец (ревзвешенное в 100 мкл при 1x PBS) и добавляйте флуоресцентно конъюгированные антитела при указанных разбавлениях: анти-CD44 (1:50), анти-CD90 (1:100), анти-CD29 (1:50), анти-CD73 (1:50) и анти-CD105 (1:20)1,4,7. Инкубировать смесь антитела и клеток при 4 °C в течение 30 минут в темноте, чтобы избежать закаления флуорофора. После инкубации центрифугуйте при 1000 г в течение 5 минут при 4 °C и полностью аспирируйте супернатант. Суспензируйте гранулу в 1-2 мл 1x PBS, снова центрифугуйте при 1 000 x g в течение 3 минут при 4 °C, сбросьте супернатант и повторите этот процесс промывания два раза для удаления несвязанных антител. Наконец, суспензировать клеточную гранулу в 200 мкл свежего 1x PBS, получить флуоресцентные данные с помощью потокового цитометра и провести количественный анализ с помощью программного обеспечения FlowJo (v10). Рабочий процесс гейтинга следовал стандартным процедурам фенотипирования MSC: элемент FSC-SSC для исключения мусора и выбора основной популяции ячеек на основе размера и детализации, затем исключение дублетов с использованием графиков FSC-A против FSC-H и графиков SSC-A против SSC-H для обеспечения событий с одной ячейкой. Затем была проведена гейтинг живых клеток для исключения трипан-синеположительных или PI-положительных мёртвых клеток. Флуоресцентное гейтинг проводилось для однократных контролей, а неокрашенные контроли использовались для установки порогов для CD29, CD44, CD73, CD90, CD105 (положительные маркеры) и CD34, CD45 (отрицательные маркеры). Были экспортированы и проанализированы представительные участки ограждения для подтверждения идентичности hADSC.
Потенциал дифференцировки
Адипогенная дифференциация: Собирайте HADSC поколения P3 при слиянии 85% с использованием 0,25% трипсина-EDTA, затем посевайте их в пластинах с 24 колодцами при плотности 1 x 10⁵ ячеек на колодец (используя полный DMEM-среду) и инкубируют при 37 °C с 5%CO2 , пока клетки снова не достигнут 85% слияния. Для индукции используйте набор для дифференцировки адипогенеза, составляющий компонент комплекта A (адипогенный индуктор) и компонент B (адипогенный поддерживающий) согласно руководству, а компонент A — первые 3 дня, а затем переходите на компонент B в течение 1 дня. Повторяйте этот цикл в течение 3 недель. Для окрашивания аспирируйте индукционную среду, аккуратно промывайте клетки 3 мл 1x PBS (чтобы не нарушать слои клеток), фиксируйте клетки с 4% параформальдегидом (PFA) при комнатной температуре в течение 20 минут, затем инкубировать раствором 0,3% масло Red O (приготовленным в 60% изопропаноле) при комнатной температуре в течение 15 минут. Промыйте клетки 3 раза с помощью PBS для удаления лишнего окраски, затем сфотографируйте липидные капли с помощью инвертированного светового микроскопа (20 раз).
Остеогенная дифференциация: Семена hADSC в пластинах с 12 лунками при плотности 1 x 10⁵ клеток на колодцу, и когда клетки достигают 85% слияния, используйте набор для дифференцировки остеогенеза для индукции — восстанавливайте компонент A (остеогенный индуктор) и компонент B (остеогенная добавка) в низкоглюкозном DMEM (конечные концентрации: 10% FBS, 1% пенициллина/стрептомицина, 0,1 мкм дексаметазона, 10 мМ β-глицерофосфата, 0,05 мМ аскорбиновой кислоты-2-фосфат) и обновлять среду каждые 3 дня в течение 3 недель. Для окрашивания фиксируйте клетки с 4% PFA при комнатной температуре на 15 минут, промывайте 3 раза с 1x PBS, затем инкубуйте раствором 2% Ализарин Red S (pH 4.2, приготовленные в деионизированной воде) при комнатной температуре в течение 30 минут. Промывайте клетки 3 раза с помощью 1x PBS для удаления несвязанного окрашивания, затем сфотографируйте кальциевые узелки под фазово-контрастным микроскопом (20x) и количественно оцените минерализацию, измеряя площадь узлов с Alizarin Red S-положительными с помощью программного обеспечения ImageJ.
Хондрогенная дифференциация: Центрифугуйте 250 000 hADSC при 500 x g в течение 5 минут при 4 °C в конической трубке объёмом 15 мл для формирования клеточной гранулы, добавьте 500 мкл полного DMEM-среды в пробирку и инкубируемые на ночь при 37 °C с 5%CO2 для стабилизации гранулы. На следующий день используйте набор для дифференцировки хондрогенеза для индукции — восстановите компонент A (хондрогенный индуктор) в среде, независимой отCO2 (конечные концентрации: 1% пенициллин/стрептомицин, 10 нг/мл TGF-β3, 50 мкг/мл аскорбиновой кислоты-2-фосфат, 100 мкг/мл пирувата натрия) и аккуратно обновляйте среду каждые 3 дня (избегайте беспокойства гранулы). После 3 недель индукции зафиксировать клеточную гранулу 4% PFA при комнатной температуре на 30 минут, аспирировать фиксатор, инкубировать раствором толуидина Blue O 0,1% (с в/в) (приготовленным в буфере ацетата натрия 0,1 м, pH 4,0) при комнатной температуре в течение 15 минут, аспирировать морилку, промыть гранулу 3 раза деионизированной водой, чтобы удалить избыток красителя, затем снимите под микроскопом с ярким полем (20x) и количественно измерите накопление сульфатированного протеогликана, измеряя среднюю оптическую плотность (OD) окрашивания толуидином Blue O с помощью программного обеспечения ImageJ.
ВНИМАНИЕ: При работе с 4% PFA (токсичным и коррозионным реагентом) работайте исключительно в выхлопной вытяжке, надевая одноразовые перчатки, лабораторный халат и защитные очки, чтобы избежать вдыхания пара или контакта с кожей и глазами — если возникает контакт, немедленно промыйте проточной водой в течение 15 минут и обратитесь за медицинской помощью. Для утилизации опасных отходов собирайте использованные материалы, загрязнённые PFA и PFA (например, наконечники пипеток, пластины) в специализированный контейнер для химических отходов с маркировкой PFA Waste и утилизируйте, используя институциональные протоколы по опасным отходам, чтобы избежать смешивания с биологическими отходами.
Сборка камеры электротаксиса: Просверлите два отверстия (диаметром 0,75 см) на противоположных концах центральной линии на крышке чашки Петри диаметром 10 см, расположенной в 1 см от края чашки (чтобы разместить мосты агар-соль). Нанесите тонкий слой вакуумной смазки (≤ 2 см в длину, ≤ 1 см шириной) на дно чашки Петри вдоль центральной линии, на расстоянии 4 см от каждого края (рисунок 1A). Используя стерильные щипцы с мелким наконечником, положите стерильную стеклянную накладку размером 1 см x 2 см на каждое смазочное пятно и аккуратно прижмите для плотного уплотнения (чтобы избежать повреждения скольжения при покрытии; Рисунок 1B-C). Нанесите ещё один тонкий слой вакуумной смазки поверх каждого прикреплённого покрытия, затем нанесите второй стерильный стеклянный слой размером 1 см x 2 см непосредственно на смазку, чтобы получить двойной стек с накладкой. Аккуратно прижимайте, чтобы обеспечить плотное уплотнение между двумя крышками (предотвратить утечку среде; Рисунок 1D). Вдоль диагональной линии, соединяющей верхний левый угол одной стеки с ближайшим краем тарелки и нижний правый угол противоположной стопки с ближайшим краем, нанесите вакуумную смазку, чтобы создать непрерывную стену барьера. Стена должна плотно прилипать к дну посуды (без щелей) и иметь примерно 2 см в высоту и 0,5 см в ширину (рисунок 1E). Стерилизуйте собранную камеру под ультрафиолетовым светом в течение 20 минут (чтобы избежать микробного загрязнения), затем храните при комнатной температуре в стерильных условиях до использования (рисунок 1F).
Стимуляция DCEF: Поместите стерильные стеклянные стекли (для засева клеток) в чашку Петри диаметром 10 см и инкубируем на ночь при 37 °C с 5%CO2 для предварительной подготовки стеклян (способствуя прилипанию клеток). Приготовить раствор Штейнберга, разбавляя 10 мл 10x стандартного раствора в 90 млddH 2O (стерильные; конечные концентрации: 58 мМ NaCl, 0,67 мМ KCl, 0,44 мМ Ca(NO3)24H2O, 0,83 мМ MgSO47H2O, 10 мМ HEPES; pH 7,4). Добавьте 0,3 г агар к 20 мл подготовленного раствора Штайнберга, разогрейте в микроволновке 20 секунд, пока агар полностью не растворится и не станет прозрачным, затем сразу заполните специальные стеклянные сольные мосты горячей смесью агар-штайнберга и дайте ей затвердеть при комнатной температуре. После затвердевания стерилизуйте соляные мосты под ультрафиолетовым светом в течение 15 минут, затем стерилизуйте две стаканы (каждая с 30 мл раствора Steinberg) под ультрафиолетовым светом в течение 15 минут. Семенные hADSC генерации P3 на предварительно кондиционированных стерильных стеклах с плотностью 2 x 10⁴ клетки/см², инкубируют при 37 °C с 5%CO2 в течение 24 часов, чтобы обеспечить адгезию клеток, затем переместить клеточные стекли на взлётно-посадочную полосу собранной электротаксисной камеры и закрепить их стерильными боковыми затворами (чтобы предотвратить движение). Герметизируя полосу, наместив стеклянную накладку размером 3 см на 2 см поверх вакуумной смазки, аккуратно прижимая для плотного уплотнения и нанося дополнительную вакуумную смазку вдоль краёв верхнего покрытия, чтобы создать барьер (предотвратить испарение среды). Заполните резервуары камеры средой, независимой отCO2 (дополненной 10% FBS и 1% пенициллином/стрептомицином; объём: 5-8 мл на резервуар), вставьте стерилизованные мосты агар-соли через отверстия в крышке чашки Петри (один конец погружен в средний резервуар, другой — в стаканы, заполненные раствором Steinberg), и подключите стаканы к источнику питания через электроды Ag/AgCl (для подачи стабильного постоянного тока). Примените постоянное электрическое поле (DCEF) 2 В/см в течение 4 часа, контролируйте напряжение каждые 15 минут с помощью цифрового мультиметра (при необходимости регулируйте для поддержания постоянной напряжённости поля) и делайте таймлапс-изображения миграции ячеек каждые 5 минут на 4 случайных полях с помощью программного обеспечения (5x объективный, режим яркого поля).
ПРИМЕЧАНИЕ: При использовании электрического оборудования убедитесь, что источник питания и электроды сухие и размещены на непроводящей поверхности, чтобы избежать электрического удара. При подключении или отключении электродов надевайте изолированные перчатки, отключайте питание перед регулировкой, а в случае средней утечки на электрические компоненты немедленно отключите питание и протирайте впитывающей бумагой, пропитанной 75% этанола. В этом исследовании, минимизируя толщину камеры электрофореза и поддерживая её примерно на уровне 1 мм, а также проводя многоточечные измерения напряжения на обоих концах камеры, колебания напряжённости поля контролировались в пределах 10%. В таких условиях считается, что распределение электрического поля в зоне культуры по сутиравномерно 26.
Анализ миграции и морфологии
Живые изображения: Для hADSC при стимуляции DCEF импортируйте последовательности изображений с таймлапсами (интервалы в 5 минут) в программное обеспечение ImageJ, вручную отслеживайте 100 ячеек по 4 независимым полям от начала (t=0) до конца стимуляции (t=4 h) с помощью плагина Manual Tracking, и рассчитывайте среднюю скорость миграции (мкм/мин) и направленность (отношение D/T, где D = расстояние по прямой линии от начала до конца, T = общая длина пути) с помощью плагина Chemotaxis Tool (ImageJ).
Отслеживание: Вычислите следующие параметры миграции для количественной оценки электротаксического поведения: направленность (Σcosθi/n, где θi — угол между вектором смещения ячейки и направлением электрического поля (EF), а n — общее количество отслеживаемых ячеек от -1 до 1, при этом значения ближе к 1 указывают на более сильную анодовую миграцию), накопленное расстояние (общая длина пути, пройденная каждой ячейкой в период стимуляции, в мкм), скорость пути (накопленное расстояние, делённое на время стимуляции в мкм/ч) и евклидово расстояние (прямое смещение каждой ячейки от начала до конца в мкм, отражающее чистую миграцию).
Морфометрия: После стимуляции DCEF фиксируйте клетки с 4% PFA при комнатной температуре на 20 минут, промывайте 3 раза с 1x PBS, окрашивайте цитоскелет фаллоидином-TRITC (разбавление 1:500 в 1x PBS; объём: 200 мкл на скважину для пластин с 24 лунками) при комнатной температуре в течение 30 минут (для маркировки F-актина) и контрокрашивание ядра DAPI (1 мкг/мл в 1x PBS; объём: 100 мкл на одну скважину) в течение 5 минут. Клетки снимались с помощью флуоресцентного микроскопа при увеличении в 20 раз (с репрезентативными изображениями высокого разрешения, полученными в 40 раз). Phalloidin-TRITC визуализировали с использованием длины волны возбуждения 540-555 нм и длины волны излучения 565-580 нм, тогда как DAPI — с использованием длины волны возбуждения 358-405 нм и длины волны излучения 420-480 нм. Затем измеряйте следующие морфологические параметры на ImageJ: Длинная ось (максимальный диаметр Ферета, самое длинное расстояние между любыми двумя точками на периметре ячейки), вертикальная длина (ширина ячейки, перпендикулярная длинной оси) и вертикальность (sinα, где α — угол между длинной осью ячейки и направлением EF, при этом более высокие значения указывают на большее выравнивание с EF).
Анализы старения и пролиферации
Окрашивание SA-β-Gal: Используйте набор для обнаружения стареющих клеток (синих окрашенных клеток) под микроскопом яркого поля (20x объектив). Семена HADSC генерации P3 в пластинах с 6 колодцями при плотности 2 x10-5 клеток на колодцу, культивировать до 80% совпадения, аспирировать среду, аккуратно промыть клетки 3 раза с помощью 1x PBS, добавить 1 мл фиксирующего раствора (в наборе) в каждую скважину и инкубировать при комнатной температуре в течение 15 минут, промыть клетки 3 раза с 1x PBS для удаления остаточного фиксативного средства после фиксации, добавляйте 0,5 мл рабочего раствора для окрашивания SA-β-галлон (приготовленного путём смешивания 50 мкл субстрата SA-β-галлон с 450 мкл буфера для окрашивания согласно инструкции к набору), герметизуйте пластину прозрачной пленкой (чтобы предотвратить испарение), инкубируемые ночью (16-18 часов) при 37 °C (избегайте воздействияCO2 , так как он изменяет pH и подавляет активность ферментов), На следующий день зафиксировать яркополевые изображения ≥10 случайных полей на одну скважину (10x объективно), посчитать количество окрашенных синим (SA-β-gal+) ячеек и общее количество ячеек, а также вычислить процент стареющих клеток как (Количество клеток SA-β-gal+ / Общее количество ячеек) x 100.
Иммунокрашивание Ki67
После окрашивания SA-β-gal аспирируют раствор для окрашивания, промывайте клетки 2 раза с 1x PBS, пропустите мембраны клетки с 0,1% Triton X-100 (приготовленным в 1x PBS; 1 мл на колодцу) при комнатной температуре в течение 10 минут и блокируйте связывание неспецифических антител с помощью 5% BSA (в 1x PBS; 1 мл на колодцу) при комнатной температуре в течение 1 часа. Клетки затем инкубировали первичным антителом Анти-Ki67 (разбавление 1:200 в 1% BSA/PBS; 500 мкл на скважину) при 4 °C ночью. На следующий день клетки были промыты трижды с помощью 1x PBS (по 5 минут каждая), удалять несвязанные первичные антитела и инкубировать с Alexa Fluor 488 488-конъюгированным вторичным антителом (разбавление 1:500 в 1% BSA/PBS; 500 мкл на колодцу) при комнатной температуре в течение 1 часа в темноте. Клетки промывались три раза с 1x PBS и окрашивали DAPI (1 мкг/мл в 1x PBS; 200 мкл на яму) в течение 5 минут. Флуоресцентные изображения были получены с помощью флуоресцентного микроскопа при увеличении в 20 раз (при этом репрезентативные изображения высокого разрешения получались при 40-кратном увеличении). Клетки Ki67+ с маркировкой Alexa Fluor 488 визуализировались с использованием длины волны возбуждения 485-495 нм и длины волны излучения 515-545 нм, тогда как ядра с окрашенным DAPI были сфотографированы с использованием длины волны возбуждения 358-405 нм и длины волны излучения 420-480 нм. Процент пролиферативных клеток рассчитывался следующим образом: (Количество клеток Ki67+ / Число ядер DAPI+ ) x 100.
ПРИМЕЧАНИЕ: При работе с первичными и вторичными антителами работайте в BSC для предотвращения загрязнения, акво-антитела в одноразовых объёмах для предотвращения повторных циклов замораживания и оттаивания и собирайте материалы, заражённые антителами (например, наконечники пипеток, пластины) в специальный автоклавируемый пакет биологических отходов для стерилизации путем автоклава перед утилизацией.
Возрастно-зависимый электротаксисный анализ hADSC: Используйте блок питания постоянного тока для генерации DCEF трёх интенсивностей: 0 мВ/мм (контрольный), 100 мВ/мм и 200 мВ/мм, используйте рабочую станцию с живыми ячейками для наблюдения и записи миграции ячеек в реальном времени, а для каждой интенсивности EF количественно сравнивайте анодальную миграционную способность hADSC от молодых и пожилых женщин-доноров, измеряя накопленное расстояние, Евклидово расстояние, скорость следа и направленность, с тремя независимыми биологическими репликами на группу для обеспечения надёжности результата. Параметры электротактической миграции количественно оценивались с помощью плагинов Manual Tracking и Chemotaxis Tool в ImageJ (NIH). Отдельные клетки вручную отслеживались на протяжении всего 4-часового периода стимуляции, и следующие параметры вычислялись по стандартным методам: Накопленное расстояние: общая длина пути, пройденная каждой ячейкой за период записи. Евклидово расстояние: прямолинейное расстояние между начальной и конечной позицией ячейки. Скорость пути: накопленное расстояние, делённое на общее время отслеживания (мкм/ч). Направленность: вычисляется как средний косинус угла (θ) между каждым вектором смещения и вектором электрического поля (значения варьируются от -1 до 1; значения ближе к 1 указывают на сильную анодальную миграцию).
Секвенирование РНК
Экстракция и подготовка РНК: Стерилизуйте контейнер, наполненный льдом, под ультрафиолетовым светом в течение 15 минут (для поддержания стабильности РНК) и выполняйте все последующие этапы на льду. Перенесите стеклянные стекла с hADSC (1 см x 2 см) из камеры электротаксиса в стерильную чашу Петри, промыйте клетки 3 раза 3 мл ледяного 1x PBS (аккуратно добавьте PBS, слегка перемешайте и полностью аспирируйте для удаления остаточной среды), затем добавьте 1 мл реагента TRIzol в каждый затвор и инкубировать при комнатной температуре в течение 20 минут до полной лизы клеток (убедитесь, что лизат покрывает весь клеточный слой). Перенесите лизат в центрифужную трубку без РНазы объемом 1,5 мл, добавьте 0,2 мл хлороформа, интенсивно запустите вихрь в течение 15 секунд для индуцирования фазового разделения, инкубируем трубку на льду в течение 15 минут, затем центрифугуйте при 12 000 x g в течение 15 минут при 4 °C. Это делит лизат на три слоя: верхнюю водную фазу, содержащую РНК, средний белковый слой и нижнюю органическую фазу. Аккуратно перенесите верхнюю водную фазу (≈ 0,5 мл) в новую трубку без РНазы (избегайте прикосновения к среднему слою), добавьте 0,5 мл изопропанола, аккуратно вторгайтесь в вихрь для осадки РНК, инкубируете на льду 10 минут, затем центрифугуйте при 12 000 x г в течение 10 минут при 4 °C; РНК образует белую гранулу внизу трубки. Сбросить супернатант, повторить осаждение изопропанола один раз для улучшения чистоты РНК, полностью аспирировать супернатант, высушить РНК на воздухе в BSC при комнатной температуре в течение 5-10 минут (не пересушать, так как это снижает растворимость), ресуспензировать РНК-гранулу в 30 мкл воды, обработанной DEPC, инкубировать при 55 °C в течение 10 минут для облегчения растворения, количественно измерять чистоту РНК с помощью соотношения A260/A280 (целевое: 1,8-2,0) с помощью спектрофотометра, оценить целостность РНК с помощью РНК-наночипа; цель: Целостность РНК [RIN] > 8.0, и хранить квалифицированные образцы РНК при -80 °C до секвенирования.
ВНИМАНИЕ: Тризол и хлороформ токсичны, летучие и канцерогенные, поэтому обращайтесь исключительно с ними в вытяжке с дымом, надевая нитриловые перчатки, лабораторный халат и защитные очки — избегайте вдыхания паров, протирайте бумажным полотенцем и промывайте с мылом и водой в течение 10 минут, если они пролились на кожу, и не смешивайте с отбеливателем или другими окислителями (так как это может образовывать токсичные газы). Для утилизации опасных отходов, связанных с экстракцией РНК, собирайте смеси, изопропаноловые супернатанты и загрязнённые трубки в герметичный, химически устойчивый контейнер с маркировкой РНК (не смешивать с водными или биологическими отходами) и утилизировать по институциональным протоколам по опасным отходам, чтобы не сбросить в канализацию.
Предварительная обработка данных и контроль качества: Подготовьте секвенирующие библиотеки с использованием комплекта подготовки библиотеки mRNA-seq VAHTS по протоколу производителя — обогащать мРНК с помощью магнитных шариков олиго(dT), фрагментировать мРНК в фрагменты по 200-300 бп с помощью двухвалентных катионов, синтезировать кДНК первой цепочки с помощью случайных гексамеров, затем кДНК второй цепоти, выполнять ремонт концов, добавлять A-хвосты, лигировать адаптеры секвенирования, амплифицировать библиотеки с помощью ПЦР и очищать с помощью шариков. Секвенируйте библиотеки на платформе секвенирования (150 парных конечных чтений), генерируя примерно 50 миллионов необработанных чтений на выборку, затем с помощью программного обеспечения обрезать чтения низкого качества (удалять чтения с >50% оснований с рейтингом качества Phred <20) и последовательности адаптеров, сохраняя примерно 48 миллионов чистых считываний на образец (квартал 30 > 90%) для дальнейшего анализа после обрезания.
Анализ биоинформатики: Выровнять чистые считывания с человеческим эталонным геномом (GRCh38/hg38) с помощью программного обеспечения Hisat2 v2.2.1 и сохранять результаты выравнивания в формате BAM-файлов, использовать программное обеспечение htseq-count v0.13.5 для подсчёта количества считываний, отображённых к каждому гену (на основе аннотаций генов Ensembl), нормализовать данные о количестве генов с помощью функции estimateSizeFactors из пакета DESeq (2012) R, чтобы устранить эффекты пакетов и различия в глубине секвенирования, а также проведение дифференциального анализа экспрессии с использованием функции nbinomTest (пакет DESeq), выбирая дифференциально экспрессированные гены (DEG) с использованием порогов изменения свержения (FC) > 2 и скорректированного p-значения (padj) < 0,05. Провести анализ обогащения генной онтологии (GO) (биологический процесс, молекулярная функция, клеточный компонент) и анализ обогащения путей Киотской энциклопедии генов и геномов (KEGG) на ДЭГ-х с использованием пакета clusterProfiler v4.0 R, с акцентом на обогащения, связанные с миграцией клеток (например, адгезия клеток, миграция клеток), транспортом ионов (например, трансмембранный транспорт ионов натрия) и сигнальными путями (например, сигнальный путь PI3K-Act). Выполнять неконтролируемую иерархическую кластеризацию на DEG с помощью пакета pheatmap v1.0.12 R и визуализировать паттерны экспрессии генов по образцам с помощью тепловой карты (z-баллы с масштабированием строк).
Статистический анализ: Все экспериментальные данные представлены как Среднее ± Стандартная ошибка среднего (Mean ± SEM), с как минимум 3 независимыми биологическими репликами на группу (n ≥ 3). Используйте t-тест Студента для сравнения различий между двумя группами (например, молодые и пожилые доноры) и односторонний анализ дисперсии (ANOVA), затем пост-хок тест Тьюки для сравнения различий между тремя и более группами (например, разные интенсивности EF), проведение статистического анализа с помощью программного обеспечения SPSS 23.0 и определение статистической значимости следующим образом: *p < 0.05, **p < 0.01, p < 0,001.