Методическая статья

Chromatin Accessibility Profiling in Whole Caenorhabditis elegans L4 Larvae

357 просмотров

⸱

DOI:

10.3791/69791

⸱

17 апреля 2026 г.

 ,  , 
1Departamento de Biología Celular y Desarrollo, Instituto de Fisiología Celular (IFC), Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM)

В этой статье

Краткое содержание

Здесь мы представляем быстрый и простой протокол ATAC-seq, который будет реализован в цельном червяче L4-стадии Caenorhabditis elegans с использованием всего 30 мкл червячной гранулы.

Аннотация

Доступность хроматина играет важную роль в транскрипции, восстановлении ДНК и сегрегации хромосом. Гипердоступные области обычно коррелируют с активными промоторами и энхансерами, способствуя связыванию транскрипционным факторам и регуляционной активности. Анализ доступного для транспозазы хроматина с помощью секвенирования (ATAC-seq) позволяет профилировать доступность хроматина на уровне всего генома с очень малым количеством клеток. Однако его реализация в Caenorhabditis elegans ограничена богатой коллагеновой кутикулой нематоды, которая усложняет клеточную диссоциацию. Здесь представлен оптимизированный протокол для выполнения ATAC-seq в целых червях на стадии L4. Процедура начинается с синхронизированных культур и включает нарушение кутикулы, ферментативную диссоциацию и подготовку суспензии клеток. Затем проникливые ядра подвергаются транспозиции Tn5, затем амплификации полимеразной цепной реакции (ПЦР) и очистке библиотек, готовых к секвенированию следующего поколения (NGS). Этот протокол требует 30 мкл червячных гранул, может быть выполнен за один день и генерирует 5 000–9 000 пиков доступности в эталонном штаме Bristol N2. Этот упрощённый рабочий процесс может быть адаптирован к другим этапам развития или к популяциям клеток, очищенным с помощью FACS. Снижая технические барьеры для ATAC-seq у C. elegans, этот метод расширяет возможности для изучения доступности хроматина по всему геному в ответ на генетические и экологические возмущения в контексте всего организма.

Введение

Эукариотические геномы плотно упакованы внутри ядра клетки. Для преодоления пространственных ограничений ДНК плотно обвивает нуклеосомы — мультибелковые комплексы, состоящие из восьми гистонов, которые сохраняются в разныхтипах 1. Паттерны доступности хроматина варьируются в зависимости от состояния клетки ткани и геноспецифическихпаттернов 2,3,4. Доступность нуклеосом тесно коррелирует с активной транскрипцией, особенно в промоторах и дистальных регуляторных областях, таких как энхансеры, которые доступны для транскрипционныхфакторов 5. Открытые хроматиновые области также играют важную роль в репарации, репликации и сегрегации хромосомДНК 3. В отличие от этого, сниженная доступность обычно коррелирует с заглушённым гетерохроматином и повторяющимисяпоследовательностями 6,7.

Картирование доступности хроматина стало мощным подходом к пониманию регуляции генов. Для изучения доступности хроматина применялись различные методы. Среди самых ранних методов для картирования положения нуклеосом и доступности нуклеосом в специфических локусах 8,9 использовались микрококковые нуклеазы (MNase) и DNase I. Позже эти методы были реализованы для общегеномных исследований в сочетании с секвенированием следующего поколения (NGS)10,11. Однако эти методы требуют тщательной калибровки концентрации ферментов и времени реакции, а также значительного количества ячеек для успешной реализации.

В 2013 году лаборатория Greenleaf разработала анализ доступного для транспозазного хроматина с использованием секвенирования (ATAC-seq) для бесшовного картирования доступности хроматина на уровне всего генома с использованием небольшого количестваклеток 12. ATAC-seq использует коммерчески доступную транспозазу Tn5 для предпочтения вставлять короткие последовательности ДНК (то есть штрихкоды) в открытые хроматиновые области, обычно лишённые нуклеосом, и коррелирует с активными промоторами и энхансерами. Протокол требует проницаемости клеток и выделения ядер, после чего следует ограниченная обработка Tn5 для метки гипердоступного хроматина. Позже комплементарные индексы включаются во время ПЦР, что облегчает мультиплексирование выборки доNGS 13. ATAC-seq доказал себя как надёжный протокол, который также позволяет использовать in silico транскрипционный фактор, и был реализован для одноэлементного разрешения14, 15, 16, 17. Помимо образцов мышей и человека, ATAC-seq был реализован в различных системах, включая данио-реро и беспозвоночных, таких как дрозофила, и нематод Caenorhabditis elegans 18,19,20.

На протяжении десятилетий C. elegans был мощной модельной системой в таких областях, как развитие, клеточная биология и нейронаука, что привело к фундаментальным открытиям, включая идентификацию микроРНК и РНК-интерференции (РНКи)21,22. У него компактный геном площадью 100 МБ с ~20 000 генов, кодирующихбелки 23. Регуляция генов осуществляется за счёт активности промоторов, а также дистальных энхансеров, которые были картированы с помощью ATAC-seq в различных тканях, стадиях развития и точкахстарения 24,18. Таким образом, профилирование доступности хроматина стало ценным инструментом для понимания регуляции генов у C. elegans. Следовательно, ATAC-seq обладает особыми перспективами для изучения эпигенетических ландшафтов в различных условиях окружающей среды или диких изолятах с целью выявления разнообразных транскрипционных реакций. Кроме того, он может дать представление о хроматиновой архитектуре других патогенных и непатогенных нематод.

Одной из основных методологических проблем у C. elegans является наличие богатой коллагеном кутикулы, которую необходимо диссоциировать для получения однородной клеточной суспензии из целыхчервей 25. Для решения этой задачи мы собрали и оптимизировали различные протоколы для дезинтеграции нематод, а затем проведения ATAC-seq у C. elegans18,26. Предпочтительно использовать личиночную стадию L4, так как в этот период развития у животных есть транскрипционно активная зародышевая линия, которая превращается в открытую хроматину, обеспечивая стабильный и информативный источник доступности хроматина в соматических клетках. Здесь мы представляем быстрый и эффективный протокол диссоциации червей и генерации суспензии клеток, позволяющий ATAC-seq у C. elegans. Наш метод оптимизирован для червей L4 стадий и требует всего 30 мкл гранулы червя, с потенциалом адаптации для других стадий развития или для меньших образцов, таких как клетки, очищенные FACS. Этот протокол может выполняться в различных штаммах и условиях C. elegans, что позволяет выявить пики доступности хроматина с 5 000–9 000 хроматинов в эталонном штамме Bristol-N2, что закладывает основу для последующих анализов доступности хроматина.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

Рекомендуется всегда носить перчатки.

ПРИМЕЧАНИЕ: День 1: Подготовка синхронизированной популяции червей. Все черви выращивались на пластинах NGM, посеянных E. coli OP50. Необходимые вещи перед началом: (на образец или штамм), одна 90 мм или две 60 мм пластины для взрослых червячей, одна 90 мм или две 60 мм пластины с пищей, M9 стерильныйбуфер 27 (3 г KH2PO4, 6 г Na2HPO4, 5 г NaCl, 1 мл 1 M MgSO4, H20 до 1 L. Стерилизация автоклавированием)

1. Коллекция червей

  1. Возьмите 90-мм (или две 30-мм пластины) с взрослой популяцией червя.
  2. Извлеките червей с помощью буфера M9 и переместите их в центрифугу на 15 мл.
  3. Повторите предыдущий шаг, чтобы извлечь все черви из пластины.
  4. Дайте червям осесть в трубке на 15 мл на минуту и аккуратно удалите буфер M9.
  5. Обязательно возьмите ~1 мл червей.

2. Отбеливание

  1. Добавьте 5 мл буфера M9 + 650 мкл NaOH 5M + 1 300 мкл бытового отбеливателя (5% раствора NaClO).
  2. Вихрь на максимальной скорости в течение 1–2 минут (не более 2,5 минут).
  3. Центрифугировать при температуре 1000 г в течение 1 минуты при нормальной температуре (RT).
  4. Удалите супернатант и добавьте 9 мл буфера M9.
  5. Повторите разделы 2.3 и 2.4 ещё пять раз.
  6. Подвесьте эмбрионы в 7 мл буфера M9.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Эффективность протокола отбеливания может варьироваться в зависимости от температуры и типа коммерческогоотбеливателя 28.

3. M9 (жидкое) вылупление яиц за ночь

  1. Убедитесь, что трубка для сбора с отбеленными яйцами хорошо закрыта.
  2. Поместите трубку в медленное движение при 20 °C (например, в шейкер внутри комнаты при 20 °C).
  3. Черви вылупятся за ночь и останавливаются в L1.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Не оставляйте трубку более чем на 12 часов.

4. День 2: рост червей: восстановление червей L1 .

  1. Возьмите пробирку из шейкера и проверьте под микроскопом, что там есть черви L1 .
  2. Дайте трубке оседнуть вертикально примерно на 1 час при RT.
  3. Удалите супернатант и переложите ~300 червей L1 на одну 90 мм или две 30 мм пластины с кормом.
  4. Поместите их в инкубатор при температуре 20 °C и дайте им расти 26 часов, чтобы достичь стадии L4.

5. День 3: Подготовка запасных растворов: Следующие растворы должны быть подготовлены для получения свежих решений на 4-й день

ПРИМЕЧАНИЕ: Это можно сделать на второй или третий день.

  1. 1 мл 10% SDS.
  2. 50 мл 1M HEPES pH 8 (автоклав).
  3. 250 мл сахарозы 20 % (автоклав).
  4. 100 мл 2M NaCl: подготовить (автоклав).
  5. 50 мл 2M KCl (автоклав).
  6. 10 мл 1M CaCl2 (автоклав).
  7. 10 мл 1M MgCl2 (автоклав).
  8. 100 мл 1M Tris, pH 7,4.
  9. 5 мл 5M NaCl (автоклав).
  10. 500 мкл 10% Tween-20.
  11. 500 мкл 10% Nonidet P40/IGEPAL.
  12. 100 мкл 5% дигитонина (нужно нагреть до 65 °C для растворения).
  13. 500 мкл 10% BSA (фильтр с 0,22 мкм) хранится при 4 °C.
    День 4: Черви L4 стадии для ATAC
    ПРИМЕЧАНИЕ: Перед началом убедитесь, что у вас есть инкубатор при температуре 25 °C, готовая центрифуга при 4 °C, нагрейте дигитонин до 65 °C (для свежей подготовки буфера), используйте стерильный буфер M9, стерильный фильтр H2O и 20 мкм.

6. Подготовка раствора

  1. Подготовьте свежие растворы (см. таблицу 1). Всегда держите L-15 10% FBS и яйцо-буфер в стерильных условиях и держите их холодными.

Таблица 1: Запасы для приготовления свежего раствора. Рецепты приготовления бульона для диссоциации нематод и протокола суспензии клеток (разделы 6 и 7). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать эту таблицу.

7. Диссоциация нематод и протокол суспензии клеток

ПРИМЕЧАНИЕ: Потребуется одна пластина диаметром 90 мм или две 30 мм с синхронизированной популяцией червячей L4.

  1. После 26 часов в инкубаторе при температуре 20 °C под микроскопом подтвердите, что большинство червей находятся на стадии L4.
  2. Извлечь все черви из пластин с помощью буфера M9 и поместить их в центрифугную трубку на 1,5 мл.
  3. Промыйте 5 раз с помощью 1 мл стерильного H2O, давая червям осесть под действием гравитации.
  4. Перенесите трубку с червями в инкубатор при температуре 25 °C на 30 минут, чтобы избавиться от остатков пищи в кишечнике.
  5. Возьмите 50 мкл червячной гранулы и поместите в новую трубку.
  6. Добавьте 200 мкл свежего буфера SDS-DTT и перемешайте в ротаторе трубки ровно 5 минут (не дольше).
  7. Добавьте 1 мл холодного яичного буфера и попробуйте на пикофуге, чтобы удалить супернатант. Повторите 6 раз.
  8. Добавьте 80 мкл свежеприготовленной проназа (15 мг/мл).
  9. С пипеткой на 200 мкл (с фильтрованными наконечниками) смешайте в 70 раз больше смеси червя-проназа и инкубируете 15 минут при RT.
  10. Добавьте 800 мкл L-15 10% FBS и центрифугуйте 5 минут при 500 x g при 4 °C.
  11. Добавьте 1 мл среды L-15 с 10% FBS и повторяйте центрифугирование.
  12. Повторите предыдущий шаг ещё дважды.
  13. Удалить супернатант и повторно суспензировать его в 900 мкл среды L-15 с 10% FBS.
  14. Фильтр с фильтром 20 мкм.

8. Изоляция ядер и хроматиновая маркировка

ПРИМЕЧАНИЕ: Используйте фильтрованные наконечники с пипеткой. Перед началом: Достаньте буфер Tn5, дайте ему оттаять, установите термоблок на 37 °C, достаните комплект для очистки ПЦР-продукции (таблица материалов), поставьте буфер EB на 37 °C, центрифугирование колонок должно быть проведено на RT.

  1. Центрифугировать фильтрованную ячейку в течение 5 минут при 500 x g при 4 °C.
  2. Удалите супернатант, оставив ~50 мкл.
  3. Добавьте 45 мкл буфера Лизис (свежеприготовленного) и аккуратно суспендируйте снова.
  4. Аккуратно добавьте 50 мкл буфера для стирки (не смешивайте).
  5. Центрифуга на 5 минут 500 г при 4 °C. Удалите супернатант. Держи во льду.
  6. Во время вращения для каждой реакции (Rx) подготовьте следующую смесь Tn5 на образец: 25 мкл Tn5 Buffer29, 24,8 мкл H2O, 0,2 мкЛ фермент Tn5. Подготовьте мастер-микс для нескольких образцов.
  7. После центрифугирования удалите супернатант. Держите ядра на ледяном состоянии. Добавьте 50 мкл смеси Tn5 в ядра и медленно пипетируйте семь раз. Инкубировать при 37 °C в течение 30 минут на термоблоке. Обязательно делайте маленькие постукивания по каждой трубке каждые 10 минут.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Снимите комплект для очистки ПЦР и поместите буфер EB в инкубатор при температуре 37 °C. Следующие 5 шагов будут использовать буферы этого набора.
  8. После инкубации Tn5 добавьте 300 мкл буфера PB (жёлтого) из комплекта и смешайте вихрь на максимальной скорости в течение 25 секунд.
  9. Возьмите весь объём из трубки и переведите его в спин-колонку (фиолетовую, хранится при 4 °C) и центрифугуйте 1 минуту на максимальной скорости на RT.
    ПРИМЕЧАНИЕ: В столбце будет храниться ДНК, поэтому супернатант можно будет с доверием отбросить.
  10. Добавьте 750 мкл буфера PE в спин-колонку и центрифугуйте 1 минуту на максимальной скорости при RT.
  11. Сбросьте супернатант вместе с трубкой для сбора забора. Поместите колонку в новую трубку объёмом 1,5 мл и повторите центрифугирование; убрать трубку объёмом 1,5 мл.
  12. Поместите колонку в новую, маркированную трубку объёмом 1,5 мл и добавьте 10 мкл буфера EB при 37 °C в центр столба. Старайтесь не трогать колонку. Оставьте на RT на 1 минуту.
  13. Центрифугировать 1 минуту на максимальной скорости на RT; никогда при 4 °C.
  14. Повторите последние 2 шага для получения всего 20 мкл элюции в буфере EB.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Необязательная пауза: Если проба останавливается, образцы можно хранить при -20 °C. Здесь помеченный хроматин находится в объеме 20 мкл.

9. Усиление библиотеки

  1. Для усиления библиотеки ATAC необходимо провести ПЦР в реальном времени для оценки правильного числа циклового усиления (см. Таблицу 2). Выполните это на ПЦР-пластине.
  2. Для оценки номеров циклов для окончательного усиления необходимо взять номер цикла, соответствующий первой трети кривой усиления. Идеально, чтобы число цикла не превышало 15. Для каждого образца необходимо оценить количество циклов.
    ПРИМЕЧАНИЕ: После qPCR маркированная ДНК находится в объеме 18 мкл. Опциональная пауза: если хотите остановиться, образцы можно хранить при -20 °C.
  3. Итоговое усиление библиотеки ATAC:
    1. Каждый образец должен иметь свой праймер для автодома (делайте заметки).
    2. Каждая выборка должна быть усилена для числа циклов (N), оцениваемого для каждого.
    3. Проведите эту ПЦР в пробирках объёмом 200 мкл (см. таблицу 3).
    4. Здесь имеется 8 мкл маркированной ДНК и 50 мкл амплифицированных библиотек ATAC
    5. Опциональная пауза: если хотите остановиться, образцы можно хранить при -20 °C.

Таблица 2: Инструкции по первому усилению библиотеки. Рецепт и программа ПЦР для первого усиления библиотеки (раздел 9). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать эту таблицу.

Таблица 3: Инструкции по окончательному усилению библиотеки ATAC. Рецепт и программа ПЦР для окончательного усиления библиотеки (раздел 9). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать эту таблицу.

10. Очищение библиотеки

ПРИМЕЧАНИЕ: Перед началом достаньте бусины выбора размера (AMPure, SPRIselect или самодельные откалиброванные бусы) из холодильника, чтобы они могли приспособиться к комнатной температуре. Тщательно смешивайте бусины с помощью вихря каждый раз перед использованием.

  1. Приготовьте 1 мл 80% этанола (молекулярного класса).
  2. Добавьте 25 мкл (0,5 воль) шариков в пробирку (где их 50 мкл) и смешайте с пипеткой.
  3. Инкубировать на RT в течение 10 минут.
  4. Поставьте трубки в магнитную стойку на 5 минут.
  5. Перенесите супернатант (70 мкл) на новую чистую трубку на 200 мкл.
    ПРИМЕЧАНИЕ: На этом этапе отбрасываются фрагменты ДНК весом <200 б.п.
  6. Добавьте 65 мкл (1,3 тома) бусины и перемешайте 10 раз.
  7. Инкубировать на RT в течение 10 минут.
  8. Поставьте трубки в магнитную стойку на 5 минут.
  9. Отбросьте супернатант (не вынимая лампу из магнитной стойки).
    ПРИМЕЧАНИЕ: На данный момент бусины содержат фрагменты ДНК весом >200 и <1000 bp.
  10. Пока трубка всё ещё лежит на магнитной стойке, добавьте 200 мкл свежеприготовленного этанола 80% прямо на шарики и несколько раз прокрутите пипетом, чтобы промыть их.
  11. Удалите этанол и повторите промывку с 200 мкл этанола.
  12. Сбросьте этанол, затем дайте шарикам высохнуть с открытой крышкой ~2–5 минут (не давайте им слишком сильно высохнуть).
  13. Вынимите образцы из магнитной стойки. Заново подвесьте в 50 мкл стерильногоH 20. Обязательно смойте все шарики со стенок трубки.
  14. Затем инкубировать трубку в магнитной стойке в течение 5 минут.
  15. Перенесите супернатант в новую чистую трубку. Здесь хранятся усиленные и очищенные библиотеки ATAC.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Библиотеки могут храниться при -20 °C на короткое время (до четырёх недель) или более длительное время при -80 °C.

11. Распределение размеров фрагментов

  1. После завершения окончательной амплификации рекомендуется провести часть образца через капиллярный электрофорез, чтобы увидеть паттерн распределения размеров фрагментов.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

Контроль качества после маркировки обеспечивает точную подготовку библиотеки
В ходе протокола важно уделять особое внимание qPCR, проводимому после хроматиновой маркировки (раздел 9), так как это важный этап для оценки качества ДНК и эффективности эксперимента. На рисунке 1A показаны две кривые усиления; Левая (меньше 15 циклов) представляет собой качественный материал, который показывает, что до этого момента всё было успешно, так что можно продолжать. Кривая справа (

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

Здесь мы описываем оптимизированный протокол профилирования доступности хроматина по всему геному с помощью ATAC-seq у целых L4-стадных червей Caenorhabditis elegans . Доступность хроматина напрямую влияет на экспрессию генов, репликацию, репликацию и рекомбинацию генов, и хотя ATAC-seq стал стандартным подходом для образцов клеток и тканей, его применение к целостным организмам создаёт уникальные технические сложности, особенно у нематод с непроницаемой, богатой коллагеном кути...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

Авторы заявляют, что у них нет конфликта интересов. При написании, анализе или подготовке этой рукописи генеративный ИИ не использовался.

Благодарности

Х. Херш-Гонсалес получил докторскую стипендию от Consejo Nacional de Humanidades, Ciencias y Tecnologías, CONAHCYT (ныне Secretaría de Ciencia, Humanidades, Tecnología e Innovación, SECIHTI) (#CVU 846476). Дж. Херш-Гонсалес получил поддержку стипендией CONAHCYT (ныне SECIHTI) (788519). Этот проект был поддержан грантом PAPIIT-UNAM IN217824 и грантом SECIHTI CBF-2025-I-2275 для VJV. В IFC мы благодарим UBM: Лауру Онгай-Лариос, Гвадалупе Кодис Уэрту и Минерву Мору Кабреру; UBMI: Аугусто Сезар Пут-Эрнандес и Карлос Перальта Альварес; а также Unidad de Cómputo, Imagenología, Taller и Biblioteca. Мы с благодарностью выражаем признательность Центру генетики Caenorhabditis (CGC) за предоставление штаммов, используемых в этой работе. CGC финансируется Офисом программ исследовательской инфраструктуры NIH (P40 OD010440).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
250 мл, 0,22 µм PESUltra Curzsc-200253
АгарBD214010
Agencourt AMPURE XPNalgeneA63886
Белок сыворотки быкаMaplica200100
Хлорид кальцияSigmaC5670-100G
CellTrics 20 µмSysmex04-0042-2315
ХолестеринSigmaC8503-25G
ДигитонинSigmaD141-500 мг
Одноразовые перчаткиMicroflex94-243
DL-ДитиотреитолsigmaD0632-10GВредно
Этиловый спирт, чистыйSigma1003661421
Фетальный бычий сывороточныйbiowestS181S-500
HEPESSigmaH3375-250 G
Illumina Tagment DNA Enzyme and Buffer (большой набор)Illumina20034211
Kapa Syber 50 млSigmaKK4618
Среда L-15 (Leivobitz)sigmaL4386-10L
Безводно хлористое магнийSigmaM8266-100G
Гептагидрат сульфата магнияSigmaM1880-500G
Гептагидрат сульфата магнияSigmaM1880-500G
Набор для очистки PCR MinElute (50 приготовлений)Qiagen28004
NEBNext® High-Fidelity 2X PCR Master MixNEBM0541S
Неонил P40 заменительSigma74835-1L
Pen StrepGibco15140-122
ПептонBD211677
Петри чаша 60 ммTritechT3308
Петри чаша 90 ммInterluxC9015-2C
Наконечники для пипеток 10 µл, с фильтромCellpro800108
Наконечники для пипеток 20 µл, с фильтромCellpro800708
Наконечники для пипеток 200 µл, с фильтромCellpro800608
Хлорид калияSigmaP9541 -500G
Двуосновный фосфат калия в порошкеJ.T. Baker3252-01
Одноосновный фосфат калия, кристаллыJ.T. Baker3246-01 500G
Хлорид натрияJT Baker3624-01
Додециловый сульфат натрияsigmaL4509-100G
Гидроксид натрияMacron7708-10
Гипохлорит натрияCloralex544394479
Двуосновный фосфат натрия 7-гидратированный кристаллJ.T. Baker3824-01
SPRIselectBeckmanB23318
СахарозSigmaS0389-500G
Фильтр шприца PVDF 0,22 µмUltra CurzSc-358812
База тризмыSigmaT1503 1KG
Tween 20SigmaP9416-50ML

Ссылки

  1. Poulet, A., et al. Identification and characterization of histones in Physarum polycephalum evidence a phylogenetic vicinity of mycetozoans to the animal kingdom. NAR Genom. Bioinform. 3 (4), lqab107(2021).
  2. Meléndez-Ramírez, C., et al. Dynamic landscape of chromatin accessibility and transcriptomic changes during differentiation of human embryonic stem cells into dopaminergic neurons. Sci. Rep. 11 (1), 16977(2021).
  3. Mansisidor, A. R., Risca, V. I. Chromatin accessibility: methods, mechanisms, and biological insights. Nucleus. 13 (1), 236-276 (2022).
  4. Koyanagi, K. O. Inferring chromatin accessibility during murine hematopoiesis through phylogenetic analysis. BMC Res. Notes. 16 (1), 222(2023).
  5. Gómora-García, J. C., Furlan-Magaril, M. Pioneer factors outline chromatin architecture. Curr. Opin. Cell Biol. 93, 102480(2025).
  6. Boivin, A., Dura, J. M. In vivo chromatin accessibility correlates with gene silencing in Drosophila. Genetics. 150 (4), 1539-1549 (1998).
  7. Penagos-Puig, A., Furlan-Magaril, M. Heterochromatin as an important driver of genome organization. Front. Cell Dev. Biol. 8, 579137(2020).
  8. Escamilla-Del-Arenal, M., Recillas-Targa, F. G. GATA-1 modulates the chromatin structure and activity of the chicken alpha-globin 3′ enhancer. Mol. Cell. Biol. 28 (2), 575-586 (2008).
  9. Zhong, J., et al. Mapping nucleosome positions using DNase-seq. Genome Res. 26 (3), 351-364 (2016).
  10. Johnson, S. M., et al. Flexibility and constraint in the nucleosome core landscape of Caenorhabditis elegans chromatin. Genome Res. 16 (12), 1505-1516 (2006).
  11. Boyle, A. P., et al. High-resolution mapping and characterization of open chromatin across the genome. Cell. 132 (2), 311-322 (2008).
  12. Buenrostro, J. D., et al. Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins, and nucleosome position. Nat. Methods. 10 (12), 1213-1218 (2013).
  13. Buenrostro, J. D., et al. ATAC-seq: A method for assaying chromatin accessibility genome-wide. Curr. Protoc. Mol. Biol. 109, 21.29.1-21.29.9 (2015).
  14. Corces, M. R., et al. The chromatin accessibility landscape of primary human cancers. Science. 362 (6413), eaav1898(2018).
  15. Shema, E., Bernstein, B. E., Buenrostro, J. D. Single-cell and single-molecule epigenomics to uncover genome regulation at unprecedented resolution. Nat. Genet. 51 (1), 19-25 (2019).
  16. Cao, J., et al. A human cell atlas of fetal gene expression. Science. 370 (6518), eaba7721(2020).
  17. Ma, S., et al. Chromatin potential identified by shared single-cell profiling of RNA and chromatin. Cell. 183 (4), 1103-1116.e20 (2020).
  18. Jänes, J., et al. Chromatin accessibility dynamics across C. elegans development and ageing. eLife. 7, e37344(2018).
  19. Dhillon-Richardson, R. M., et al. Fishing for developmental regulatory regions: Zebrafish tissue-specific ATAC-seq. Methods Mol. Biol. 2599, 271-282 (2023).
  20. Huynh, K., et al. Genetic variation in chromatin state across multiple tissues in Drosophila melanogaster. PLoS Genet. 19 (5), e1010439(2023).
  21. Lee, R. C., Feinbaum, R. L., Ambros, V. The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14. Cell. 75 (5), 843-854 (1993).
  22. Fire, A., et al. Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans. Nature. 391 (6669), 806-811 (1998).
  23. Hillier, L. W., et al. Genomics in C. elegans: so many genes, such a little worm. Genome Res. 15 (12), 1651-1660 (2005).
  24. Daugherty, A. C., et al. Chromatin accessibility dynamics reveal novel functional enhancers in C. elegans. Genome Res. 27 (12), 2096-2107 (2017).
  25. Johnstone, I. L. The cuticle of the nematode Caenorhabditis elegans: a complex collagen structure. Bioessays. 16 (3), 171-178 (1994).
  26. Zhang, S., Banerjee, D., Kuhn, J. R. Isolation and culture of larval cells from C. elegans. PLoS One. 6 (4), e19505(2011).
  27. Stiernagle, T. Maintenance of Caenorhabditis elegans. WormBook. , The C. elegans. Research Community. (2006).
  28. Porta-de-la-Riva, M., Fontrodona, L., Villanueva, A., Cerón, J. Basic Caenorhabditis elegans methods: synchronization and observation. JoVE. (64), e4019(2012).
  29. Corces, M. R., et al. An improved ATAC-seq protocol reduces background and enables interrogation of frozen tissues. Nat. Methods. 14 (10), 959-962 (2017).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на повторное использование текста или иллюстраций этой статьи JoVE

Запросить разрешение

Теги

ATAC SeqTn5

Похожие статьи