Этот протокол описывает подход для изучения причинных эффектов хронических метаболических признаков на инсульт мелких сосудов и оценки опосредовающей роли депрессии с помощью менделевского рандомизационного анализа.
Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.
Исследовательская статья
* These authors contributed equally
Этот протокол описывает подход для изучения причинных эффектов хронических метаболических признаков на инсульт мелких сосудов и оценки опосредовающей роли депрессии с помощью менделевского рандомизационного анализа.
Хронические метаболические признаки, такие как индекс массы тела (ИМТ), ожирение и сахарный диабет 2 типа (ТД2D), являются известными факторами риска цереброваскулярных заболеваний. Депрессия, часто сопутствующая метаболическим нарушениям, может опосредовать эти ассоциации. Был проведён двухвыборный менделевский рандомизационный анализ (МР) для изучения причинно-следственных эффектов генетически предсказанного ИМТ, ожирения и Т2Д на инсульт мелких сосудов (СВС) и большое депрессивное расстройство (ВДР). Была дополнительно оценена связь между депрессией и СВС, а также проведен двухэтапный медиационный анализ МР, чтобы выяснить, опосредует ли депрессия связь между хроническими метаболическими признаками и риском СВС. Более высокий ИМТ, ожирение и ТД2 были существенно связаны с повышенным риском СВС (ИМТ: ИЛИ = 1,25, p = 1,27 × 10-3; Ожирение: OR = 1,09, p = 0,032; T2D: OR = 1.17, p = 1.14 × 10-7). Все три признака также повышали риск МДР (ИМТ: или = 1,20, p = 3,31 × 10-10; Ожирение: OR = 1,06, p = 0,006; T2D: OR = 1,03, p = 0,035). МДД, в свою очередь, увеличивал риск СВС (OR = 1,11, p = 0,035). Медиаторные анализы показали, что депрессия может иметь потенциальный частичный медиаторный эффект на связь ИМТ и СВС (косвенное влияние = 0,019, p = 0,046), тогда как ожирение через ожирение или ТД2 не было значимым. Эти результаты подчёркивают важность лечения сопутствующей депрессии у людей с метаболическими нарушениями для снижения риска цереброваскулярных заболеваний.
Инсульт является одной из ведущих причин смертности и инвалидности во всём мире: ежегодно регистрируется около 12 миллионов новых случаев, а более 100 миллионов человек живут с его долгосрочнымипоследствиями 1,2. С учетом старения мирового населения и растущей распространённости заболеваний, связанных с образом жизни, ожидается, что нагрузка на инсульт будет расти ещё больше, что приведёт к значительным последствиям для здоровья и социально-экономическихпоследствий 1,2. Помимо хорошо установленных факторов риска, таких как гипертония, диабет, дислипидемия, курение и ожирение, новые данные указывают на то, что психиатрические расстройства, особенно большое депрессивное расстройство (МДР), также могут способствовать рискуинсульта 3,4,5. Однако сложное взаимодействие между метаболическими заболеваниями, депрессией и инсультом остаётся плохо изученным.
Менделевская рандомизация (МР) использует генетические варианты как инструментальные переменные (IV) для уменьшения смешивания и обратной причинности, обеспечивая тем самым более надёжную основу для причинно-следственных выводов по сравнению с традиционными наблюдательнымиисследованиями 6. В отличие от наблюдательных конструкций, которые подвержены остаточному смешиванию, ошибкам измерения и обратной причинности, МР использует случайное распределение генетических вариантов при зачатии для приближения естественного эксперимента. Кроме того, по сравнению с другими методами причинного вывода, такими как модели медиации на основе регрессии, МР обеспечивает большую устойчивость к неизмеряемому смешиванию, особенно при исследовании сложных взаимосвязанных признаков. Масштабные геномные ассоциативные исследования (GWAS) позволили применить двухобразцовый МР для изучения причинных связей между сложными признаками и заболеваниями на генетическом уровне. Предыдущие исследования МРТ показали причинное влияние метаболических заболеваний — таких как индекс массы тела (ИМТ), ожирение и диабет 2 типа (Т2D) — наинсульт 7,8,9. Аналогично, генетические данные подтверждают двунаправленную связь между депрессией иинсультом 10. Тем не менее, систематически не оценивается вопрос о том, влияет ли депрессия на метаболические заболевания на инсульт.
Несколько возможных биологических механизмов поддерживают посредническую роль депрессии. Хронические метаболические нарушения известны тем, что способствуют системному воспалению, дисфункции эндотелиума и дисрегуляции гипоталамо–гипофиз–надпочечниковой оси, что может повысить уязвимость кдепрессии 11. В свою очередь, депрессия связана с поведенческими факторами риска (например, курение, физическая неактивность, плохое питание), автономным дисбалансом, гиперактивностью тромбоцитов и повышенной секрецией кортизола, что может повысить рискинсульта 12,13. Наблюдательные исследования пытались рассмотреть эти пути, но результаты остаются непоследовательными из-за смешивания, кратковременного наблюдения и ошибокизмерения 14. Следовательно, причинная природа пути метаболического заболевания — депрессии — инсульта остаётся неясной. Хотя МР может усиливать причинно-следственные выводы, она не может полностью прояснить детальные биологические механизмы или напрямую информировать клинические вмешательства, а его достоверность зависит от ключевых предположений, таких как отсутствие горизонтальной плейотропии.
В этом исследовании были изучены две гипотезы с использованием однопеременного, многовариантного и двухэтапного двухвыборочного МР-анализа. Во-первых, были изучены причинно-следственные связи между метаболическими признаками (ИМТ, ожирение и ТД2) и риском инсульта мелких сосудов (СВС). Во-вторых, была оценена потенциальная медиаторская роль депрессии в этих ассоциациях, и количественно измерена доля опосредованных. Эта аналитическая основа особенно подходит для распутывания эффектов медиации между коррелированными метаболическими и психиатрическими признаками, поскольку она разбивает полные эффекты на прямые и косвенные компоненты при минимизации замешательства. Используя масштабные сводные статистики GWAS, это исследование предоставляет новые генетические данные для уточнения взаимодействия между метаболическими расстройствами, депрессией и СВС. Эти результаты могут помочь выявить биологические пути, лежащие в основе риска инсульта, и разработать интегрированные стратегии профилактики, направленные как на метаболическое здоровье, так и на психическое здоровье.
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Были проведены одновариантные, многовариантные и двухэтапные двухобразные медиационные анализы МР для изучения причинной связи генетически предсказанных хронических метаболических заболеваний с риском СВС и оценки доли медиации при ВДД. Блок-схема МР-анализа в данном исследовании показана на рисунке 1. Подробные характеристики всех наборов данных GWAS, использованных в этом исследовании, обобщены в Дополнительной таблице 1. Сводная статистика GWAS была получена из общедоступной базы данных (IEU OpenGWAS: https://gwas.mrcieu.ac.uk/) с использованием программной платформы менделевского рандомизации (см. Таблицу материалов) с помощью функций extract_instruments() и extract_outcome_data(). Контакты включалиИМТ 15 (ebi-a-GCST90013974),ожирение 16 (ieu-a-90) и диабет 2 типа (T2D; ebi-a-GCST006867). Медиатором стало большое депрессивное расстройство (МДД; ieu-a-1188)18, а результатом стал СВС (ebi-a-GCST006909). Все наборы данных GWAS включали особей преимущественно европейского происхождения для минимизации смещения стратификации популяции.
Данные по хроническим метаболическим признакам GWAS
Хронические метаболические заболевания изучались как воздействия, включая ИМТ, ожирение и диабет 2 типа. Сводные статистические данные GWAS поИМТ 15 (ebi-a-GCST90013974) иожирению 16 (ieu-a-90) были получены из консорциума MRC-IEU и GIANT (европейское происхождение, до 407 609 человек по ИМТ и 32 858 случаев из 65 839 контролей по ожирению). Данные подиабету 2 типа 17 (ebi-a-GCST006867) были получены из консорциума DIAGRAM (европейское происхождение, 62 892 случая/596 424 контрольных группы). Эти наборы данных GWAS доступны публично и в основном основаны на данных UK Biobank и других крупных когортах.
Данные GWAS для депрессии
Для оценки депрессии использовались последние сводные статистические данные GWAS от Консорциума психиатрической геномики (PGC) (ieu-a-1188)18 , включая 59 851 случай и 113 154 контрольных группы европейского происхождения. Диагноз МДД в включённых когортах основывался на структурированных клинических интервью или подтвержденных самооценках согласно диагностическим критериям DSM-III/IV или ICD-9/10. Лица с историей биполярного расстройства или шизофрении были исключены.
Данные GWAS для SVS
Сводные статистические данные по инсульту были получены консорциумом MRC-IEU (ebi-a-GCST006909)19, который включал до 5 386 случаев и 192 662 контрольных группы преимущественно европейского происхождения. SVS определялась на основе диагноза врача и/или клинических записей. Этот набор данных широко используется в МРТ-исследованиях, изучающих сосудистые факторы риска, и является общедоступным.
Статистический анализ
Все анализы проводились в R (версия 4.1.2) с использованием программной платформы менделевского рандомизационного анализа (см. Таблицу материалов). Двухобразцовый МРТ проводился с использованием однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) в качестве инструментальных переменных (IV), которые должны удовлетворять три основных предположения: релевантность (связанная с воздействием), независимость (не связанная с конфузерами) и ограничение исключения (влияющее только на результат через воздействие)20,21,22. SNP были отобраны на основе геномной значимости (p < 5 × 10-5), обрезки дисбаланса связей (r2 < 0,001 в окне 10 000 кБ) и F-статистики >10, чтобы избежать слабого смещенияинструмента 20,22. Скопление LD проводилось с использованием европейской эталонной панели из проекта 1000Genomes Project 23. Палиндромные и неоднозначные SNP были исключены как при процедурах извлечения данных, так и при гармонизации. При извлечении данных результатов через функцию extract_outcome_data() палиндромные SNP изначально сохранялись с использованием стандартных функций экстракции, а для определения выравнивания цепотей, когда это было возможно, использовалась информация о частоте аллелей. SNP с малой частотой аллелей (MAF) ниже заранее определённого порога (например, MAF < 0,3) сохранялись, так как ориентация цепочки можно было надёжно определить, тогда как те, что имеют промежуточные аллели, считались неоднозначными. Во время гармонизации через функцию harmonise_data() палиндромные SNP с неоднозначной ориентацией цепочек — особенно с промежуточными частотами аллелей — были исключены для обеспечения согласованного согласования аллелей эффекта в наборах данных экспозиции, медиатора и результатов. Гармонизация SNP проводилась с помощью функции harmonise_data() для выравнивания эффектных аллелей между наборами данных. В ходе этого процесса аллельные цепи выравнивались для обеспечения согласованности, а SNP с несовместимыми аллелями или неоднозначностью цепочки исключались. После фильтрации для анализов по ИМТ было сохранено примерно 600–800 SNP для ИМТ, 70–90 SNP для ожирения и 326 SNP для T2D (см. Таблицу 1 и Таблицу 2).
Для однопеременного МР основным методом был взвешенный с обратной дисперсией (IVW), который оценивает причинный эффект путём объединения специфических для SNP оценок коэффициента с использованием взвешивания обратной дисперсии при предположении отсутствия горизонтальнойплейотропии 20. Плейотропия оценивалась с помощью теста перехвата MR-Egger, реализованного через функцию mr_pleiotropy(), при этом P < 0,05 указывал на потенциальную горизонтальную плейотропию. Гетерогенность оценивалась с помощью Q-теста Кокрана, реализуемого через функцию mr_heterogeneity(). Если была обнаружена гетерогенность (P < 0,05), применялась модель IVW с случайными эффектами; в противном случае использовалась модель IVW с фиксированными эффектами. Для многомерных МР-анализов SNP комбинировались между воздействием и медиаторами. Эффектные аллели гармонизировались с помощью функции harmonise_data() в наборах данных по воздействию, медиатору и результатам, а многомерный анализ IVW был выполнен в качестве основного метода.
Для учёта множественных сравнений коррекция коэффициента ложного обнаружения (FDR) применялась с помощью метода Бенжамини–Хохберга с помощью функции p.adjust() в R в основных менделевских рандомизационных анализах. В частности, была проведена корректировка общего числа первичных причинных тестов, включая влияние метаболических признаков на SVS (n = 3), метаболические признаки на депрессию (n = 3) и депрессию на SVS (n = 1), в результате чего было проведено семь тестов. Были рассчитаны скорректированные P-значения (q-значения FDR), а статистическая значимость интерпретировалась с учётом как номинальных P-значений, так и FDR-скорректированных значений. Результаты, остававшиеся значимыми после коррекции ФДР, считались надёжными, тогда как те, что имели только номинальную значимость, интерпретировались осторожно.
Анализ медиации
Для медиационного анализа применялась двухэтапная МР-схема для оценки косвенного влияния хронических метаболических признаков на СВС через депрессию. Эта структура была реализована путём проведения двух последовательных МР-анализа с использованием сводной статистики GWAS. В этой системе E обозначает воздействие (ИМТ, ожирение или Т2Д), M — медиатора (депрессия), а Y — результат (СВС). Во-первых, был оценен причинно-следственный эффект каждого хронического метаболического признака (ИМТ, ожирение и Типы 2D) на медиатора (β (E
M)). Во-вторых, оценивался причинно-следственный эффект медиатора на исход (β (M
Y)). Косвенный эффект (эффект медиации) был рассчитан путём умножения этих двух оценок:

а опосредованная доля получалась путем деления косвенного эффекта на общий эффект
(Пропорция опосредована =
).
Стандартная ошибка (SE) косвенного эффекта оценивалась с помощью дельта-метода, предполагая независимость между двумя оценками эффекта:
SE косвенно = 
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Причинное влияние хронических метаболических признаков на СВС
В однопеременных МРТ-анализах генетически предсказанный более высокий ИМТ, ожирение и тип 2 типа были положительно связаны с повышенным риском СВС. Связи были согласованы в анализах чувствительности, при этом не было признаков значительной горизонтальной плейотропии в тесте перехвата MR-Egger. Генетически предсказанный повышенный ИМТ был существенно связан с повышенным риском СВС, п...
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
В этом исследовании МРТ были систематически изучены причинные связи между основными хроническими метаболическими признаками (ИМТ, ожирение и ТД2), депрессией и СВС. В исследовании выделяются три ключевых вывода. Во-первых, генетически предсказанный повышенный ИМТ, ожирение и СД2 были причинно связаны с повышенным риском СВС. Во-вторых, эти метаболические признаки также были связаны с повышенным риском депрессии, тогда как сама депрессия имела причинно-следственную связь с СВС. В-третьих,...
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Авторы заявляют, что у них нет конкурирующих интересов.
Эта работа была поддержана Программой науки и технологий Цзясин (2023AD11020, 2023AD11019, 2022AY30029, 2023AD31033) и Программой медицины и медицинских наук и технологий Чжэцзяна (2024KY1689).
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
| Имя | Компания | Каталожный номер | Комментарии |
|---|---|---|---|
| Программное обеспечение R (версия 4.1.2) | The R Foundation | https://www.r-project.org/ | Статистическая вычислительная среда |
| Пакет TwoSampleMR (версия 0.6.22) | IEU OpenGWAS | https://mrcieu.github.io/TwoSampleMR/index.html | Платформа программного обеспечения для анализа менделевской рандомизации |
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.