$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Источники данных FAERS
Реальные данные для этого исследования были получены из базы данных FAERS (https://fis.fda.gov/extensions/FPD-QDE-FAERS/FPD-QDE-FAERS.html). Это общедоступная и анонимизированная база данных, поэтому этическое одобрение для этого исследования не требовалось. Информация о пяти включённых препаратах приведена в таблице 1. Поиск был проведён с ограничением побочных эффектов переломом бедра, а время поиска составляло период с первого по четвертый квартал 2023 года. Для обеспечения надёжных и стабильных данных исследование стандартизировало терминологию сообщаемых побочных событий с помощью версии MedDRA Dictionary 26.142. Ежеквартальные ASCII-файлы FAERS с первого по четвертый квартал 2023 года были скачаны и импортированы для анализа. Извлеченные таблицы FAERS включали DEMO, DRUG, REAC, THER, RPSR и OUTC. Эти столы были объединены во всех кварталах перед отбором. Отчёты были связаны с помощью CASEID и PRIMARYID для обеспечения согласованности по демографическим, лекарственным, реакционным, терапевтическим, репортёрским и исходным данным. Целевые препараты включали этанерцепт, адалимумаб, инфликсимаб, цертолизумаб пегол и голимумаб. Названия лекарств в таблице DRUG стандартизировались путём преобразования текста в заглавные, удаления дополнительных пробелов и проверки вариантов написания при необходимости. Целевые препараты были выявлены по стандартизированным дженерическим названиям в таблице DRUG, а ограничение роли лекарств проводилось с использованием ROLE_COD = «PS», что указывает на основной подозрительныйпрепарат 43. Конкретная дорожная карта методов скрининга исследований показана на рисунке 2. После очистки и скрининга данных был получен уникальный и анализируемый набор данных с подходящими отчётами о переломах бедра для последующих анализов.
Дублирующие отчёты FAERS были удалены до обнаружения сигнала. Дубликаты были выявлены согласно CASEID и PRIMARYID. Когда несколько отчётов использовали один и тот же CASEID, последний отчёт сохранялся согласно FDA_DT. Если несколько отчётов имели одинаковый CASEID и FDA_DT, отчёт с самым высоким PRIMARYID сохранялся. После дедупликации каждый CASEID вносил только одну запись в итоговый аналитический набор данных. Отчёты включались, если они соответствовали всем следующим критериям: дата отчетности между 1-м и 4-м кварталами 2023 года; неблагоприятное событие кодировалось как «перелом бедра»; по крайней мере один из пяти ингибиторов TNF был зафиксирован в таблице DRUG; а роль наркотиков была закодирована как основной подозреваемый. Отчёты исключались, если они были дублирующими, не содержали достоверной информации о CASEID или PRIMARYID, не содержали соответствующей записи в DRUG или REAC, не включали целевое побочное событие или указывали целевой ингибитор TNF только как сопутствующий или вторичный подозрительный препарат.
Источники данных GWAS для менделевской рандомизации
Данные о воздействии TNF-α в менделевской рандомизации для этого исследования были получены из базы данных IEU OpenGWAS (https://gwas.mrcieu.ac.uk/) с идентификатором GWAS prot-c-3722_49_2 из исследования Suhre K и др. В исследовании было европейское происхождение, а число SNP составляло 501 42844.
Данные о воздействии для sTNFR1 в менделевской рандомизации для этого исследования были получены из базы данных IEU OpenGWAS (https://gwas.mrcieu.ac.uk/) с идентификатором GWAS prot-c-c-2654_19_1 из исследования Suhre K и др. В исследовании было европейское происхождение, а число SNP составляло 501 42844.
Данные о воздействии для sTNFR2 в менделевской рандомизации для этого исследования были получены из базы данных IEU OpenGWAS (https://gwas.mrcieu.ac.uk/) с идентификатором GWAS prot-c-3152_57_1 из исследования Suhre K и др. В исследовании было европейское происхождение, а число SNP составляло 501 42844.
Данные о результатах по перелому бедра, GWAS ID GCST90161240, зарегистрированные в каталоге GWAS (https://www.ebi.ac.uk/gwas/studies/GCST90161240), представляют собой данные мета-анализа крупномасштабного GWAS, включающего 11 516 случаев переломов бедра и 723 838 контрольныхгрупп 45. Классификация заболеваний соответствует Международной классификации болезней (ICD; коды ICD-10 S72.0–S72.2 и код ICD-9 820).
Этическое одобрение и информированное согласие были получены в оригинальных исследованиях GWAS. Поскольку в данном исследовании использовались публично доступные, анонимизированные данные FAERS и общедоступные сводные статистические данные GWAS, дополнительное этическое одобрение не требовалось.
Программная среда и реализация рабочих процессов
Все анализы проводились с использованием версии R 4.3.2. Импорт, очистка, слияние и табуляция данных FAERS осуществлялись с использованием рабочих процессов управления данными на базе R. Таблицы данных импортировались с помощью функций, таких как data.table::fread() или readr::read_delim(), объединялись с помощью CASEID и PRIMARYID и обрабатывались с помощью функций dplyr. Описательная статистика и 2 × 2 таблицы непредвиденных обстоятельств были созданы с помощью индивидуальных скриптов R.
Менделевский рандомизационный анализ проводился с использованием версии TwoSampleMR 0.5.6. Инструменты экспозиции извлекались с использованием порога значимости P < 1 × 10⁻5 или отформатированы из сводной статистики GWAS с использованием структур, совместимых с TwoSampleMR. Скопление инструментов проводилось с использованием clump_data() приclump_r 2 = 0,001 и clump_kb = 10 000. Данные результатов извлекались или форматировались с помощью extract_outcome_data() или read_outcome_data(), в зависимости от исходного формата. Наборы по воздействию и результатам были гармонизированы с помощью harmonise_data(). Причинные оценки были получены с помощью mr() с помощью следующих менделевых методов рандомизации: MR-Egger, взвешенная медиана, взвешенная с обратной дисперсией, простой режим и взвешенный режим. Гетерогенность оценивалась с помощью mr_heterogeneity(), а горизонтальная плейотропия — с помощью mr_pleiotropy_test(). Все наборы данных были импортированы, очищены, гармонизированы и проанализированы в рамках этой программной среды для обеспечения согласованного и воспроизводимого аналитического рабочего процесса.
Анализ фармаконадзора
Для обобщения побочных эффектов, связанных с переломами бедра, использовались описательные анализы, связанные с пятью препаратами. Анализ обнаружения сигналов затем проводился с использованием четырёх алгоритмов диспропорциональности, включая коэффициент вероятности отчетности (ROR), пропорциональный коэффициент отчетности (PRR), многоэлементный гамма-сжиматель Пуассона (MGPS) и нейронную сеть распространения доверия (BCPNN). Критерии для четырёх основных алгоритмов приведены в Таблице 246.
Менделевский рандомизационный анализ
Сводные статистические данные по TNF-α, sTNFR1 и sTNFR2 были извлечены в виде наборов данных по воздействию, а сводные статистические данные по переломам бедра — в качестве исходного набора данных. Анализ ограничивался наборами данных по европейским происхождению, когда был доступен, чтобы снизить предвзятость по стратификации популяции.
Для минимизации смещения, вызванного дисбалансом связей и слабыми инструментами, применялись следующие критерии: порог значимости по всему геному P < 1 × 10⁻5, порог дисбаланса связи r2 < 0,001, окно скопления 10 000 кб и F-статистика > 20. F-статистика была рассчитана для каждой сохранившейся инструментальной переменной как beta2/se2 для оценки прочности прибора. SNP с F-статистикой ≤ 20 были исключены из последующих анализов.
После выбора SNP наборы по воздействию и результатам были гармонизированы для согласования аллелей эффекта. Во время гармонизации аллели эффекта и другие аллели были выровнены между наборами по воздействию и результатам. SNP с несовместимыми аллелями были удалены, а палиндромные SNP с неоднозначными частотами аллелей исключены, если ориентация цепочки не удаётся определить. После гармонизации оставшиеся SNP были проверены для подтверждения того, что бета-коэффициенты соответствуют одному и тому же аллелю эффекта в обоих наборах данных. Количество SNP, сохраняемых после скупления и гармонизации, фиксировалось для каждой экспозиции как контрольная точка промежуточной воспроизводимости.
Были применены пять менделевых методов рандомизации, включая MR-Egger, взвешенную медиану, взвешенную с обратной дисперсией, простой режим и взвешенный режим. Потенциальная гетерогенность инструментальных переменных оценивалась с помощью Q-теста Кокрана, а P < 0,05 считался признаком значимой гетерогенности. Потенциальная горизонтальная плейотропия оценивалась с помощью перехвата MR-Egger, и P < 0,05 указывал на плейотропию, что указывает на снижение достоверности причиннойоценки 47. Эти анализы получили оценки причинно-следственных эффектов, а также статистику гетерогенности и плейотропии для каждого воздействия.
Промежуточные контрольные точки для воспроизводимости
Промежуточные контрольные точки фиксировались после каждого основного этапа обработки для обеспечения воспроизводимости рабочих процессов. Для рабочего процесса FAERS контрольные пункты включали количество импортированных записей DEMO, количество уникальных записей после дедупликации, количество сообщений с переломом бедра в качестве целевого нежелательного события, количество сообщений о пяти ингибиторах TNF и окончательное количество допустимых отчётов, в которых ингибиторы TNF были зарегистрированы как первичные подозрительные препараты. Для менделевского процесса рандомизации контрольные точки включали количество SNP, извлечённых для каждого воздействия, количество SNP, сохранившихся после скопления дисбаланса связи, количество SNP, доступных в наборе результатов, количество SNP, сохранившихся после гармонизации, и окончательное количество инструментальных переменных, используемых в каждом менделевском рандомизационном анализе.
Статистическая отчетность
Были представлены непрерывные результаты с соответствующими оценками эффекта, 95% доверительными интервалами (95% ДИ) и значениями P . Если не указано иное, статистическая значимость определялась как двустороннее P < 0,05. Для фармаконадзорного анализа описываемые оценки и оценки непропорциональности для каждого отдельного ингибитора ФНО, а также для объединённой группы ингибиторов ФНО. Для менделевского рандомизационного анализа были представлены причинные оценки, стандартные ошибки, 95% доверительные интервалы, значения P , статистика гетерогенности, результаты тестов на плейотропию и количество удержанных SNP для каждого воздействия.