$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Все опасные химикаты (например, глутаральдегид, буфер натрия какодилата, гексаметилдисилазан [HMDS] и этанол) обрабатывались в соответствии с институциональной политикой по охране окружающей среды и безопасности (EHS). Подготовка и использование летучих и токсичных реагентов проводились в сертифицированной вытяжке химических паров с соответствующими средствами индивидуальной защиты (лабораторный халат, защита для глаз и химически устойчивые перчатки), а горючие растворители держались подальше от источников воспламенения. Химические отходы были разделены и собраны в правильно маркированные контейнеры (включая специальные отходы, содержащие мышьяк, для какодилата и растворительные отходы для HMDS/этанола) для утилизации в рамках институциональной программы по опасным отходам. Биологически опасные материалы (бактериальные культуры, загрязнённые пластины и одноразовые материалы) были деконтаминированы в соответствии с процедурами биобезопасности (например, автоклавирование или одобренные дезинфицирующие средства) перед утилизацией, а любая стерилизация с использованием этиленоксида проводилась в соответствии с сертифицированными протоколами предприятия и необходимыми методами аэрации.
3D-печатные модели
Модели были разработаны с использованием бесплатного программного обеспечения для автоматизированного проектирования и печатаны с помощью 3D-принтера с технологией моделирования сплавленного осаджения, с нитями диаметром 1,75 мм из полимолочной кислоты (PLA) и полиэтилентерефталатгликоля (PETG) (Таблица материалов). Параметры печати, используемые для изготовления образцов, были следующими: скорость движения сопла (0,4 мм) 1800 мм/мин; скорость первого слоя 300 мм/мин; температура экструзии сопла 220 °C (PLA) и 255 °C (PETG); температура слоя — 60 °C; высота слоя — 0,08 мм; ширина экструзии 0,48 мм и; плотность заполнения 100% для всех образцов. Ни один из образцов не требовал использования опорных конструкций. 3D-модели включали диски, плоскодонные пластины, калгарийское биопленочное устройство (CBD) и модифицированное устройство Роббинса (MRD). Диски были спроектированы как цилиндр с диаметром 6 мм x 6 мм (высота).
Для CBD была создана модель (Таблица материалов). CBD состоял из двух частей: базовой пластины, стандартной микротитровой пластины на 96 лунок (формат ANSI/SLAS) и крышки (штифтовая пластина): полимерной (PLA или PETG) крышки с 96 цилиндрическими колышками диаметром 2 мм и высотой 5 мм. MRD был разработан с штифтами диаметром и высотой 4 мм, закреплёнными в модели с винтовой резьбой (Таблица материалов). После завершения печати модели аккуратно снимались с платформы, визуально осматривались на наличие деформаций и затем стерилизовались оксидом этилена.
Дисковая модель статической биопленки
Этот метод был использован для индуцирования образования биопленки на PLA с использованием ранее описанных цилиндрических дисков диаметром 6 мм× 6 мм 23 (рисунок 1).

Рисунок 1: Диски PLA и PETG и пластина с 24 лунками для формирования биопленки на моделях этих дисков. (A) Репрезентативные 3D-печатные диски PLA и PETG до бактериальной инокуляции и формирования биопленки. (B) Диски PLA и PETG, помещаемые в 24-ядровую пластину во время индукции биопленки при условиях культуры in vitro . Сокращения; PLA = полимолочная кислота; PETG = модифицированный полиэтилентерефталатгликоль. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы увидеть увеличенную версию этой фигуры.
S. aureus хранился при −80 °C в триптическом соевом бульоне (TSB) с добавлением 15% глицерина и перед каждым экспериментом культивировался на кровяном агаре и инкубировался в течение 24 часов при 37 °C. Изолированная колония была повторно суспендирована в 10 мл TSB с добавлением 50 мМ глюкозы, добавлена в коническую трубку объёмом 50 мл и инкубирована 24 часа при 37 °C в орбитальном шейкере при 120 об/мин. Полученная культура центрифугировала в течение 5 минут при 200 x g, после чего супернатант отбрасывали. Гранулу промывали три раза с помощью 10 мл стерильного раствора 0,9% NaCl. На последнем этапе промывки гранулу повторно суспензировали в 10 мл свежего TSB для получения бактериальной суспензии с мутностью, эквивалентной стандарту Макфарланда 0,5 (примерно 1,5 × 108 CFU/mL), как было определено с помощью нефелометрии. Затем суспензия разбавлялась в пропорции 1:10 на 10 мл TSB в конической трубке объёмом 15 мл для достижения конечной бактериальной концентрации 107 CFU/mL. Для экспериментов с дисками в каждую яме стерильных пластин с 24 лунками добавлялось по 2 мл предыдущей бактериальной суспензии, чтобы покрыть каждую группу дисков (PLA и PETG) на 2 часа для обеспечения клеточной адгезии. Затем диски асептически переносились стерильными пинцетами на новую стерильную пластину с 24 лунками, содержащую 2 мл 0,9% NaCl для удаления планктонных клеток. В колодцы добавляли свежие 10 мл TSB, а пластины инкубировали при 37 °C в течение 24 часов. На этом этапе клетки, прилипшие к поверхности диска, образуют биоплёнку. После инкубации культурная среда была аспирирована, а диски промывались 2 мл 0,9% NaCl для удаления остаточных сред и неприлипающих клеток. Была подготовлена пластина с 24 лунками с 1 мл раствора ванкомицина при последовательном разбавлении (2–4 096 мг/л), и диски были погружены в течение 24 часов. Была включена контрольная группа без ванкомицина (NaCl 0,9%). Через 24 часа диски были промыты с 2 мл NaCl 0,9%.
Для количественной оценки прилипших бактерий на дисках каждый диск с помощью стерильного пинцета переносили в микротрубку с 1 мл стерильного 0,9% NaCl и соникували в ультразвуковой ванне в течение 15 минут при 40 кГц и 37 °C для отделения приклеенных клеток. Микротрубки подвергались вихрям в течение 60 секунд для полного расщепления клеточных кластеров. Аликвоты 100 мкл неразбавленного образца (10°) и разбавления 10⁻2 и 10⁻4 в стерильном 0,9% NaCl были покрыты на TSA и инкубированы в течение 24 часов при 37 °C. Рост бактерий количественно оценивался путём подсчёта CFU на пластине и экспрессировался как CFU/mL.
Плоскодонные пластины с 24 лунками для минимальной концентрации удаления биопленки
Для экспериментов в пластинах с 24 лунками в каждую яме добавляли 3 мл бактериальной суспензии (подготовленной как описано выше) в течение 2 часов для обеспечения достаточного сцепления клеток. После этого бактериальная суспензия была аспирирована, и добавлено 3 мл стерильного NaCl с 0,9% NaCl для удаления планктонных клеток. Затем добавляли свежие 3 мл TSB, и пластины инкубировали при 37 °C в течение 24 часов. На этом этапе клетки, прилипшие к поверхностям скважины, образуют биопленку. После инкубации TSB был аспирирован, а скважины промыты 3 мл 0,9% NaCl для удаления остатков среды и неприлипающих клеток. В каждую скважину добавлялось 3 мл раствора ванкомицина при последовательном разбавлении (2–4 096 мг/л). Была включена контрольная группа без ванкомицина (NaCl 0,9%).
Через 24 часа раствор был удалён, и каждый колодец дважды аккуратно промывался 3 мл 0,9% NaCl. В каждую скважину добавляли три миллилитра 0,9% NaCl, пластину закрывали и герметизировали парапленкой, а затем в ультразвуковой ванне в течение 15 минут при 40 кГц и 37 °C для отсоединения прилипшей биопленки. Из скважин были собраны аликвоты по 100 мкл, а неразбавленный образец (10°) и разбавления 10⁻2 и 10⁻4 , приготовленные в стерильном 0,9% NaCl, были покрыты на TSA и инкубированы в течение 24 часов при 37 °C. Рост бактерий затем количественно оценивался с помощью подсчёта CFU/mL. Все эксперименты проводились в тройном экземпляре. Минимальная концентрация удаления биопленки (MBEC) была определена как уменьшение не менее 3 log10 по сравнению с контрольной группой (см. рисунок 2).

Рисунок 2: Печатные пластины с 24 лунками. (A) Пластины с 24 лунками, напечатанные с использованием PLA. (B) Пластины с 24 лунками, напечатанные с использованием PETG. Сокращения; PLA = полимолочная кислота; PETG = полиэтилентерефталатгликоль. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы увидеть увеличенную версию этой фигуры.
Калгарийское биопленочное устройство
CBD состоит из микротитровой пластины на 96 лунок и крышки с 96 колышками, каждый из которых идеально подходит в колодец при размещении крышки на тарелке. Для индуцирования образования биопленки каждую яму, стерильную пластину на 96 лунок, заполняли 200 мкл бактериальной суспензии, после чего на пластину размещали стерильные крышки. Собранные пластины инкубировали при 37 °C в течение 24 часов в статических условиях, чтобы обеспечить формирование биопленки на колках. После инкубации крышки колков аккуратно промывались в пластине на 96 лунок с 200 мкл 0,9% NaCl для удаления планктонных клеток. Пластина с колышками была погружена в другую пластину с 96 лунками, содержащую ванкомицин в прогрессивных концентрациях (2–4 096 мг/л), и инкубировала при 37 °C в течение 24 часов в статических условиях.
Пластина с колышками промывалась в пластине на 96 лунок с 200 мкл 0,9% NaCl, а колки аккуратно штамповались в 15-сантиметровой пластине TSA и инкубировали при 37 °C в течение 24 часов. Наблюдался рост бактерий, и MBEC был определен как самая низкая концентрация, при которой рост не происходил. Все эксперименты проводились в трёх экземплярах (см. рисунок 3).

Рисунок 3: Калгарийское устройство и пластины с плоским дном на 96 лунок с использованием PLA и PETG. (A) Калгарийское устройство, напечатанное PLA. (B) Пластины с плоским дном на 96 лунок напечатаны PLA. (C) Калгарийское устройство, напечатанное с помощью PETG. (D) Пластины с плоским дном с 96 лунками, напечатанные с использованием PETG. Сокращения; PLA = полимолочная кислота; PETG = полиэтилентерефталатгликоль. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы увидеть увеличенную версию этой фигуры.
Динамическая система при непрерывных условиях течения
Каждый MRD содержит пять отдельных колков, закреплённых в модели винтовой резьбы, расположенных линейно вдоль канала с прямоугольным сечением. Динамическая система состояла из колбы с 1 л раствора, а антибиотик для тестирования был соединён с перистальтическим насосом через силиконовую трубку, соединённую с MRD. Сборка проводилась в ламинарном шкафу с воздушным потоком для предотвращения загрязнения. Средний расход поддерживался на уровне 1 мл/мин и циркулировал по системе в течение 24 часов. Жидкость, проходящая через MRD, сбрасывается в другую стеклянную колбу (без рециркуляции).
Биопленки S. aureus индуцировались на колки MRD, опуская колки на пластинах с 24 лунками с TSB с 3 мл при концентрации 107 CFU/mL. Колки аккуратно промывались погружением в пластину на 24 лунки, заполненную 3 мл раствора 0,9% NaCl. Колки аккуратно вкручивались в MRD (n = 5). Раствор ванкомицина (40 мг/л), разбавленный в 0,9% NaCl, был введён через MDR с помощью насоса, как описано выше, в течение 24 часов. Была включена контрольная группа без антибиотиков (0,9% NaCl). Эта концентрация была выбрана на основе концентрации сыворотки, полученной при высоких дозах внутривенного ванкомицина, как описаноранее 24. Штифты асептически извлекались из MRD стерильным пинцетом, помещались в микротрубки с 1 мл стерильного NaCl 0,9% NaCl после промывки 0,9% NaCl и соник в ультразвуковой ванне в течение 15 минут при 40 кГц и 37 °C для полного отслоения биопленки. Микротрубки были вихрены в течение 60 секунд, и процедура повторялась три раза для разрушения остаточных биопленочных агрегатов. Аликвоты объёмом 100 мкл были покрыты на TSA, а пластины инкубировали 24 часа при 37 °C. Рост бактерий был количественно измерен и экспрессирован в виде CFU/mL (рисунок 4).

Рисунок 4: Модифицированное устройство Роббинса с PETG и PLA и фотография динамической системы. (A) модифицированное устройство Роббинса, напечатанное PETG или PLA. (B) Фото динамической системы. Сокращения; PLA = полимолочная кислота; PETG = полиэтилентерефталатгликоль. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы увидеть увеличенную версию этой фигуры.
Сканирующая электронная микроскопия
Для визуализации морфологии и структуры биопленок на дисках была проведена сканирующая электронная микроскопия (SEM). Биопленка индуцируется на дисках, как описано в протоколах. Диски аккуратно извлекались из пластины стерильным пинцетом и фиксировались раствором (0,68 г сахарозы, 0,42 г натрия какодилата, 0,6 мл 30% глутаральдегида) с 19,4 мл деионизированной воды в течение 45 минут. Впоследствии образцы перемещали в буферный раствор (0,68 г сахарозы и 0,42 г натрия какодилата) на 10 минут. Затем образцы были обезвожены в серии с градированным этанолом (35%, 50%, 70% и 100%) по 10 минут каждая. После этого образцы перемещали в другую чашку Петри и покрывали 100% гексаметилдилазаном на 10 минут. Наконец, диски были покрыты золотом с помощью роторного насоса и закреплены на металлическом стуле для наблюдения при различных увеличениях на сканирующем электронном микроскопе (см. рисунок 5).

Рисунок 5: Сканирующая электронная микроскопия 3D-печатных моделей PLA и PETG с индукцией биопленки и без неё. (A) Сканирующая электронная микроскопия PLA без биопленки. (B) Сканирующая электронная микроскопия PETG без биопленки. (C) Сканирующая электронная микроскопия бактерий, образующих биопленку, на дисках PLA. (D) Сканирующая электронная микроскопия бактерий, образующих биопленку, на дисках PETG. C и D демонстрируют типичные признаки биопленок: организацию бактерий в трёхмерную структуру, прикрепление к поверхностям и наличие внеклеточного матрикса. Белая полосы чешуи символизирует 10 мкм. Сокращения; PLA = полимолочная кислота; PETG = полиэтилентерефталатгликоль. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы увидеть увеличенную версию этой фигуры.
Статистический анализ
Некоторые анализы были описательными. Для количественных данных размер выборки оправдывал использование медианы с межквартильным диапазоном с использованием теста Манна-Уитни для статистического сравнения. p-значение < 0,05 считалось статистически значимым.