Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.

Методическая статья

Автоматизированный количественный анализ лёгочных сосудов при врождённой диафрагмальной грыже с использованием глубокого обучения

119 просмотров

DOI:

10.3791/70428

8 мая 2026 г.

В этой статье

Краткое содержание

Этот протокол описывает полностью автоматизированный конвейер глубокого обучения для сегментации и анализа лёгочных сосудов в неонатальных КТ-сканированиях. Метод позволяет количественно морфометрическую оценку сосудистого развития у врождённой диафрагмальной грыжи (CDH) и контрольных пациентов, поддерживая неинвазивную характеристику лёгочной гипоплазии и сосудистого недоразвития.

Аннотация

Врожденная диафрагмальная грыжа (CDH) характеризуется лёгочной гипоплазией и недоразвитием сосудов, что приводит к нарушению газообмена и высокой неонатальной смертности. Точная и количественная оценка лёгочных сосудов крайне важна для понимания тяжести заболевания, однако ручная сегментация трёхмерных сосудистых сетей на медицинских изображениях требует много времени и зависит от оператора.

Этот протокол представляет собой полностью автоматизированный метод на основе глубокого обучения для сегментации лёгочных сосудов и морфометрического анализа с использованием постнатальной компьютерной томографии (КТ). Конвейер включает стандартизированные этапы предварительной обработки — преобразование в единицы Хаунсфилда, окна, изотропное редискретирование и контрастно-ограниченное адаптивное гистограммное уравнивание (CLAHE) — для нормализации данных визуализации и улучшения видимости сосудов. Архитектура сверточной нейронной сети U-Net (CNN) затем обучается сегментировать лёгочную сосудистую систему, а затем трехмерный алгоритм скелетизации для количественной оценки морфометрических параметров, таких как количество ветвей, средняя длина ветви и глубина поколений.

Репрезентативные результаты показывают, что предлагаемая модель достигает высокой точности сегментации, при этом конфигурация трансферного обучения обеспечивает наилучшую производительность. Количественный морфометрический анализ показывает заметно сниженную сосудистую сложность при CDH по сравнению с контрольными лёгкими, что соответствует известным патологическим признакам лёгочной гипоплазии.

Этот автоматизированный подход позволяет воспроизводить, количественно и неинвазивно оценивать морфологию лёгочных сосудов при CDH. Метод может быть адаптирован для других методов визуализации и применён для изучения развития лёгких плода и новорождённых, что способствует трансляционным исследованиям и будущей клинической интеграции.

Введение

Врождённая диафрагмальная грыжа (CDH) — это угрожающая жизни врождённая аномалия, характеризующаяся диафрагмальной аномалией, приводящей к грыжи брюшной внутренней клеткив грудную клетку 1,2. Это физическое сжатие серьёзно нарушает развитие лёгких, что приводит к гипоплазии лёгочных и персистирующей легочной гипертензии (ППГН), которые являются основными факторами заболеваемости и смертности. Помимо легочной гипоплазии и недоразвития сосудов, напряжённое развитие сердца и желудочковая дисфункция также значительно влияют на клинические результаты новорождённых с CDH. Основная п....

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

Все процедуры, связанные с человеческими участниками, проводились в соответствии с руководящими принципами институционального комитета по этике человеческих исследований и утверждён Институциональным обзорным советом (IRB #2017-6361). Исследование проводилось в соответствии с применимыми нормативными стандартами. Данные пациентов были собраны ретроспективно и деактивированы перед анализом. Обзор разработанной системы показан на рисунке 1.

1. Предварительная обработка изображений

  1. Загрузить необработанные КТ неонатальных пациентов в формате DICOM в ра....

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

Модель глубокого обучения, обученная с использованием трансферного обучения, достигла наивысших результатов сегментации среди всех конфигураций с точностью 0,714, чувствительностью 0,706 и результатом F1 0,672 на независимом тестовом наборе. Базовая модель, обучаемая с нуля, показала снижение производительности (точность: 0,703, чувствительность: 0,589, оценка F1: 0,551), тогда как модель сегментационного ввода показала умеренные результаты (оценка F1: 0,630).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

Несколько этапов этого протокола критически важны для достижения точных и воспроизводимых результатов. Этап предварительной обработки изображений должен быть тщательно выполнен, особенно преобразование в единицы Хаунсфилда и применение оконного использования (WL = -400 HU, WW = 1500 HU), поскольку эти параметры определяют видимость сосудистыхструктур 14,15,16,17.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

У авторов нет финансовых раскрытий, чтобы декларировать.

Благодарности

Эмрах Айдын получил поддержку от Научно-технологического исследовательского совета Турции (TÜBİTAK) 2219 Международной программы постдокторских исследовательских стипендий для граждан Турции (1059B191501313). Аслыгюль Аксан и Мустафа Экрем Эркан получили поддержку от Научно-технологического исследовательского совета Турции (TÜBİTAK) 2209-A — программы поддержки исследовательских проектов для студентов бакалавриата.

....

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
Анализировать 12.0AnalyzeDirecthttps://analyzedirect.com/Используется для обзора, редактирования и измерений изображений в КТ
Данные КТ (постнатальное торакальное сканирование)Институциональный архивН/ДРетроспективный набор данных CDH и контрольных новорожденных
dcm2niixОткрытый исходный код (GitHub)https://github.com/rordenlab/dcm2niixПреобразование DICOM в формат NIfTI
ITK-SNAPОткрытый исходный код (http://www.itksnap.org)http://www.itksnap.org3D-инструмент аннотирования медицинских изображений
NetworkXОткрытый исходный кодhttps://networkx.orgИспользуется для анализа сосудистых деревьев на основе графов
OpenCV (функция CLAHE)Открытый исходный кодhttps://opencv.orgИспользуется для усиления контраста изображения
Пандас, НампиОткрытый исходный кодhttps://pandas.pydata.org, https://numpy.orgУправление данными и численные операции
Python 3.8+Фонд программного обеспечения Pythonhttps://www.python.orgЯзык программирования для анализа и разработки моделей
PyTorch 1.13+Meta AIhttps://pytorch.orgФреймворк глубокого обучения для реализации U-Net
Scikit-imageОткрытый исходный кодhttps://scikit-image.orgБиблиотека обработки изображений, используемая для скелетонизации
Scikit-learnОткрытый исходный кодhttps://scikit-learn.orgБиблиотека машинного обучения для классификации
Ubuntu 20.04 LTSКаноническийhttps://ubuntu.comОперационная система, используемая во всех процессах обработки
Рабочая станция с видеокартой NVIDIA RTX 3090NVIDIAhttps://www.nvidia.comТребуется для обучения моделей глубокого обучения

Ссылки

  1. Keijzer, R., et al. Dual-hit hypothesis explains pulmonary hypoplasia in the nitrofen model of congenital diaphragmatic hernia. Am J Pathol. 156 (4), 1299-1306 (2000).
  2. Aydin, E., et al. The survivorship bias in congenital diaphragmatic hernia....

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Теги

U Net

Эта статья была опубликована

Видео скоро будет доступно