Все процедуры соответствовали институциональным и национальным нормам и были утверждены Этическим комитетом Народной больницы Синтай (No 2024-124). Требование письменного информированного согласия было отменено, поскольку использовались регулярные клинические данные и остаточные образцы. Все данные были анонимизированы перед анализом.
Дизайн исследования, сеттинг и общая схема
Это исследование проводилось как наблюдательная когорта с одним центром, предназначенная для оценки клинических последствий сыворотки MMP-12 и опухоли CDH13 по отдельности и в комбинации для молекулярного подтипирования рака лёгких и персонализированной терапии. Исследование проводилось в Народной больнице Синтай. Были выявлены подходящие пациенты, проходившие лечение с января 2021 по июнь 2022 года, и были зачислены 262 последовательных пациента, соответствующие заранее установленным критериям включения и исключения.
Общий рабочий процесс исследования иллюстрируется на рисунке 1. Схема отражает весь процесс от идентификации пациента до анализа, включая скрининг и регистрацию пациентов, базовую клиникопатологическую характеристику и молекулярное профилирование, полученные на основе рутинных клинических испытаний, сбор и обработку сыворотки до лечения, подготовку опухолевой ткани для иммуногистохимии CDH13, количественную оценку сыворотки MMP-12, иммунореактивную оценку CDH13, классификацию терапии первой линии и последующих путей лечения, а также продольный результат установления, включая ответ на лечение, выживаемость без прогрессирования и общую выживаемость. Схема отличает диагностический и молекулярный подтипирование от анализов лечения и результатов, а также указывает периоды сбора биообразцов, получения молекулярных результатов, начала терапии и проведения последующих оценок.
Скрининг участников, критерии допуска и абстракция клинических данных
Потенциально подходящие пациенты были выявлены из информационной системы больницы и регистра патологии в заранее определённое окно регистрации (январь 2021 — июнь 2022 года). Первичный рак лёгких был подтверждён с помощью гистопатологии, дополненной междисциплинарным клиническим обзором при необходимости. Были зачислены последовательные взрослые пациенты, соответствовавшие всем критериям отбора. Критерии включения включали гистологически подтверждённый первичный рак лёгких, наличие образца сыворотки перед лечением, полученного до начала любой противоопухолевой терапии (и до операции у пациентов, проходящих раннюю резекцию), наличие опухолевой ткани, достаточной для иммуногистохимии CDH13, а также информацию о молекулярных подтипах, полученную в рамках рутинного клинического лечения. Исключены пациенты с задокументированным анамнезом другой злокачественной опухоли до регистрации, пациенты с недостаточным объёмом сыворотки или нарушенной целостностью образца, пациенты без оценённой опухолевой ткани для оценки CDH13 и пациенты, получившие системную противораковую терапию до начала базового анализа крови.
Клиникопатологические и лечебные данные были извлечены из электронных медицинских записей с использованием стандартизированной формы отчёта о случаях с заранее заданными определениями переменных и правилами кодирования. Зафиксированные переменные включали демографию (возраст и пол), воздействие курения, состояние эффективности Восточной кооперативной онкологической группы (ECOG), сопутствующие заболевания, исходные результаты визуализации, гистологический подтип, стадию метастазирования опухолевых узлов (TNM) (согласно системе стадирования, используемой в рутинной клинической практике в течение исследования), исходные лабораторные параметры и подробную информацию о лечении (включая схему первой линии, даты начала, модификации дозы и переходы к лечению). Воздействие курения количественно оценивалось в годах паков следующим образом: Пачки-годы = (сигареты в день ÷ 20) × года курения. Если история курения неполна или противоречит между записями, переменная курения классифицировалась как неизвестная, а источник фиксировался как несоответствие в журнале абстракции; Отсутствие было обработано согласно заранее заданному плану статистического анализа.
Сбор, обработка и хранение образцов
Периферическая венозная кровь была взята на исходном уровне перед началом противоопухолевой терапии. Сыворотка отделялась центрифугой при 1500 × г в течение 10 минут при комнатной температуре. Сывороточный супернатант был перенесён в малосвязывающие криовиалы без нарушения клеточного слоя. Сыворотка была аликотирована на порции по 200–500 мкл для минимизации циклов замерзания и оттаивания, а аликвоты хранились при −80 °C до партийного анализа. Фиксировался интервал от сбора крови до замораживания для каждого образца, а образцы с временем от сбора до заморозки более 2 часов исключались.
Заранее определённые процедуры предварительного анализа качества применялись путём документирования гемолиза и липемии при обработке. Явно гемолизованные образцы были исключены из количественной оценки ИФС. Сывороточные аликвоты размораживались на льду непосредственно перед анализом, смешивались с помощью мягкой инверсии и центрифугировали при 2000 × г в течение 5 минут для удаления частиц при необходимости. Интенсивное перемешивание и вихри избегались, чтобы предотвратить образование пузырьков и оптические артефакты во время измерений поглощения.
Получение и подготовка тканей опухоли
Были получены опухолевые ткани с помощью рутинных диагностических процедур (биопсия, бронхоскопия, биопсия с иглой кора или хирургическая резекция). Ткань фиксировалась в нейтральном буферном формалине согласно стандартной практике патологии и встраивалась в парафин. Срезы (3–4 мкм) были подготовлены на заряженных слайдах для иммуногистохимии. Неокрашенные стекли хранились в сухой среде при комнатной температуре и окрашивались в заранее определённый интервал для минимизации деградации антигена. Велся журнал цепочки хранения, связывающий идентификаторы образцов с деидентифицированными кодами исследований. Патолог, проводивший оценку CDH13, был ослеплен на значения сыворотки MMP-12, молекулярный подтип, лечение и исходы.
Количественная оценка сыворотки MMP-12 с помощью ферментно-связанного иммуносорбентного анализа (ELISA)
Периферическая венозная кровь собиралась перед любой противоопухолевой терапией, желательно в течение 7 дней до биопсии или начала лечения. Сыворотка MMP-12 была измерена с помощью коммерческого набора для ИФА MMP-12 для человека. Каждая сыворотка аликвот размораживалась один раз на льду, аккуратно смешивалась и анализировалась в дубляжах согласно инструкциям набора. Стандартная кривая генерировалась на каждой пластине с помощью последовательных разбавлений предоставленного рекомбинантного стандарта, а поглощение считывалось на 450 нм с коррекцией опоры с помощью считывателя микропластин. Концентрации рассчитывались с помощью четырёхпараметрической стандартной кривой логистической регрессии. Для обеспечения аналитической надёжности на каждую пластину включались внутренние сыворотки контроля качества (QC) и контролировались на точность внутри- и между анализами (целевые коэффициенты вариации, соответствующие валидации анализа). Если результаты опускались ниже нижнего предела количественной оценки, половина этого предела назначалась для статистического анализа; Если результаты превышали верхний предел, измерение повторялось после соответствующего разбавления. Чтобы минимизировать эффекты пакетов, образцы случайным образом распределялись между пластинами, и на каждой пластине добавлялся одинаковый набор сывороток качества для отслеживания вариабельности между пластинами. Сотрудники лаборатории, выполнявшие ИФС, были ослеплены к клинической группировке и результатам.
Иммуногистохимия опухолей CDH13 и иммунореактивная оценка
Иммуногистохимия CDH13 проводилась на формалин-фиксированных, парафин-встроенных срезах опухоли с использованием валидированного первичного антитела к CDH13. Комплексы антиген–антитела были обнаружены с помощью полимерной системы обнаружения, а окрашивание визуализировалось с помощью 3,3′-диаминобензидина (DAB). Идентичный процесс окрашивания применялся ко всем исследованным образцам; Слайды обрабатывались партиями, и были включены соответствующие элементы контроля.
Парафиновые блоки разделялись с размером 3–4 мкм, депарафинизовались ксилолом и регидратированы с помощью градированного этанола в дистиллированную воду. Извлекательное извлечение эпитопов под нагревом проводилось в цитратном буфере (10 мМ, pH 6,0) в микроволновой печи при температуре 95–100 °C в течение 15 минут, после чего охлаждение до комнатной температуры на 20 минут. Эндогенная пероксидазная активность была закалена 3% перекиси водорода в течение 10 минут при комнатной температуре, а блокировка белка проводилась с использованием обычного раствора для блокировки сыворотки в течение 20 минут при комнатной температуре. Срезы инкубировали с первичным антителом к CDH13 ночью при температуре 4 °C. После промывки полимерный реагент на основе вторичного обнаружения применялся в течение 20–30 минут при комнатной температуре, после чего следовала визуализация с хромогеном 3,3′-DAB в течение 3–5 минут под микроскопическим наблюдением. Секции были покрыты гематоксилином, обезвожены с помощью сортированного этанола, очищены ксилолом и установлены с помощью постоянного монтажного материала.
Внутренние меры контроля качества были включены в каждом забеге окрашивания. Известный CDH13-положительный срез ткани был обработан параллельно как положительный контроль, а первичное антитело было опущено в отрицательной контрольной группе. Запуск допускался только тогда, когда положительный контроль демонстрировал ожидаемый узор окрашивания с соответствующей интенсивностью, а отрицательный контроль не показывал специфических окрашиваний. Окрашивания повторялись при забегах с чрезмерным фоном, неудачной производительностью управления или при неспецифическом сигнале, который нарушает интерпретацию.
Экспрессия CDH13 была количественно измерена с помощью иммунореактивного шкала (IRS), основанного на интенсивности окрашивания и доле положительных опухолевых клеток. Два обученных патолога оценивали все слайды независимо, не обращая внимания на измерения биомаркеров сыворотки, молекулярный подтип, лечение и результаты. Несоответствие баллов определялось совместным обзором на многоголовом микроскопе, и был зафиксирован признанный IRS. Интенсивность окрашивания была определена как 0 (без окрашивания), 1 (слабая), 2 (умеренная) или 3 (сильная). Доля положительных опухолевых клеток была определена как 0 (0%), 1 (1–10%), 2 (11–50%), 3 (51–80%) или 4 (81–100%). IRS рассчитывался следующим образом: IRS = балл интенсивности × пропорции. Значения IRS варьировались от 0 до 12. Низкая экспрессия CDH13 была определена как IRS ≤ 3 на основе широко используемого порога для иммунореактивного оценивания. IRS была сохранена как непрерывная переменная, так и дихотомична категория для дальнейших анализов, включая сравнения подгрупп и комбинированное моделирование биомаркеров. Межнаблюдательное соглашение оценивалось в предварительно определённой случайной выборке, включающей 30% случаев, с использованием взвешенной статистики каппа, а процедура выборки, оценка соглашения и решения по рассмотрению были задокументированы в аудиторском следе.
Молекулярная подтипизация и классификация лечения
Информация о молекулярных подтипах была получена в результате рутинных клинических испытаний на диагностической опухолевой ткани. Результаты были получены на основе клинически валидированных анализов, реализованных в стандартном медицинском обслуживании, включая таргетное тестирование на основе ПЦР, целенаправленные панели секвенирования следующего поколения, иммуногистохимию и флуоресцентную гибридизацию in situ. Для каждого пациента фиксировались тип анализа, источник образца, отчет об адекватности образца и дата подачи отчёта. Пациенты классифицировались по статусу действующего изменения драйвера, включая мутации, активирующие EGFR, перестановки ALK, перестановки ROS1, мутации KRAS, мутации BRAF, изменения пропуска MET exon 14, перестановки RET, изменения ERBB2 и слияния NTRK. В месте проведения был зафиксирован балл доли опухоли PD-L1, а экспрессия PD-L1 классифицирована по стратам, используемым в рутинной практике в течение исследования. Все категории молекулярных подтипов были заранее определены перед анализом. При сообщении о нескольких действенных изменениях пациентов распределяли согласно заранее определённому иерархическому правилу классификации, приоритизирующему изменения с установленными терапевтическими последствиями, направленными на генотип, в следующем порядке: мутации EGFR, перестановки ALK, перестановки ROS1, мутации BRAF, пропущенные изменения MET экзон 14, перестановки RET, изменения ERBB2, слияния NTRK и мутации KRAS.
Информация о лечении была извлечена из медицинских записей, включая схему первой линии, даты начала и прекращения, а также последующие линии терапии. Первоначальное лечение было классифицировано на взаимно исключающие категории лечения, определённые априори: генотип-ориентированная таргетная терапия, терапия на основе ингибиторов иммунных контрольных точек, терапия на основе химиотерапии и многомодальное управление с использованием хирургии с периоперационным системным лечением по мере необходимости. Дата индекса определялась как дата начала системной терапии первой линии; Для пациентов, проходящих операцию с помощью предварительной резекции, дата индекса была датой операции, а последующая системная терапия классифицировалась как адъювантная согласно клинической карте. Для анализов, посвящённых персонализированной терапии, пациенты были стратификацированы совместно по молекулярному подтипу и категории лечения, а концентрации MMP-12 в сыворотке и экспрессию CDH13 в сыворотке сравнивались между драйвер-положительными и драйвер-отрицательными заболеваниями, а также между группами лечения на основе таргетной терапии и ингибиторов иммунных контрольных точек.
Определения результатов и последующие действия
Дата индекса определялась как дата начала первой линии противоопухолевой терапии. Для пациентов, проходящих операцию с помощью предварительной хирургической резекции, дата операции определялась как дата операции; Последующая системная терапия классифицировалась как адъювантная или паллиативная согласно медицинской карте. За каждым пациентом следили от даты индекса до смерти, даты последнего подтвержденного контакта или даты административной цензуры — в зависимости от того, что наступит раньше. Продолжительность последующих записей фиксировалась в месяцах, и для каждой конечной точки сохранялись индикатор события и соответствующая дата события или цензуры. Результаты определялись посредством структурированного абстракции электронной медицинской карты, включая радиологические отчёты, документацию онкологических клиник, стационарные записи и телефонное наблюдение по необходимости. Использовалась заранее определённая форма отчёта по делу, а также применялись единые правила иерархии источников. Когда даты или классификации различались в разных записях, расхождения устранялись путём приоритета в современных радиологических отчетах и заметках по лечению; окончательная оценка и подтверждающие источники были задокументированы. Был ведён журнал последующих исследований, фиксирующий даты визуализации, переходы в лечение, госпитализации и попытки контакта, чтобы минимизировать потери при последующем наблюдении и обеспечить отслеживаемость.
Опухолевой ответ оценивался у пациентов с измеряемым заболеванием согласно версии RECIST 1.1. Лучший общий ответ классифицировался как полный ответ, частичный ответ, стабильное заболевание или прогрессирующее заболевание. Показатель объективного ответа определялся как полный или частичный ответ, а уровень контроля заболевания — как полный ответ, частичный ответ или стабильное заболевание. Даты ответа и прогрессирования определялись на основе самых ранних задокументированных доказательств.
Выживаемость без прогрессирования (PFS) определялась как интервал от даты индекса до первого случая прогрессирования заболевания или смерти по любой причине, в зависимости от того, что наступит раньше. Прогрессирование определялось преимущественно на основе радиологических отчётов, которые фиксируют прогрессирование согласно RECIST 1.1. Когда радиология отсутствует на момент клинического ухудшения, предполагается, что прогрессирование, задокументированное клиницистами, если оно явно связано с ухудшением опухолевой нагрузки и приводит к изменению метода противоракового лечения. Пациенты, не имевшие события на дату последней объективной оценки, подвергались цензуре, подтверждая отсутствие прогрессирования. Если новая линия системной терапии была инициирована без явной документации о прогрессировании, визуализация пересматривалась и предоставлялась современная клиническая документация. Если прогрессирование не было подтверждено, пациентов цензурировали на последнем рентгеновском обследовании перед изменением лечения, и фиксировалось применяемое правило решения.
Общая выживаемость (OS) определялась как интервал от даты индекса до смерти по любой причине. Жизненное состояние определялось с помощью больничных записей и амбулаторных заметок, дополненных структурированным телефонным подтверждением по необходимости. Дата смерти фиксировалась в медицинской карте или, когда она была недоступна, как дата, подтвержденная семьёй при повторном контакте, с подтверждающей документацией в журнале последующих осмотров. Пациенты, живые на момент последнего подтвержденного контакта, подвергались цензуре.
Был реализован стандартизированный рабочий процесс последующего наблюдения, согласованный с рутинными методами ухода. Во время активной системной терапии фиксировались клинические оценки в каждом цикле лечения, а также фиксировались рентгенографические повторные оценки с регулярными интервалами, определёнными клиническим протоколом, при этом фиксировалась методика визуализации и дата для каждой оценки. После завершения терапии первой линии или во время послеоперационного наблюдения фиксировались повторные визиты и обследования визуализации согласно институциональному графику. Когда очное наблюдение не удалось завершить, проводилось структурированное телефонное наблюдение для подтверждения продолжения лечения, документирования интервальных госпитализаций, подтверждения статуса болезни с помощью внешней визуализации, где это было применимо, и подтверждения выживаемости. Все пропущенные визиты, недоступные попытки и причины прекращения последующих встреч были задокументированы. Перед тем, как признать пациента потерянным для последующего наблюдения, контакт пытался провести как минимум ещё два раза в разные дни, и каждая попытка фиксировалась на фото.
Процедурное разделение между оценкой биомаркеров и определением результатов сохранялось. Персонал, проводивший измерение сыворотки MMP-12 и CDH13, был ослеплен клиническими результатами. Абстракция результатов проводилась без доступа к результатам биомаркеров, когда это было возможно. Для конечных точек прогресса и реагирования применялся двухэтапный процесс рассмотрения. Обученный рефератист назначал классификацию событий и даты по заранее установленным правилам, после чего старший клиницист самостоятельно проверял задания. Расхождения были устранены путём совместного пересмотра оригинального радиологического отчёта, онкологических заметок и сроков лечения, а также ведётся аудитский след всех решений по рассмотрению решений.
Проводились проверки согласованности для выявления неправдоподобных последовательностей, включая события, датированные до даты индекса, переходы к лечению без соответствующих оценок или даты смерти без подтверждающей документации. Отмеченные случаи сверялись путём возвращения к исходным документам и обновления набора данных с датированной корректировкой, в которой указывалась причина изменения и подтверждающие доказательства.
Статистический анализ
Статистический анализ проводился с использованием SPSS (версия 26.0) и R (версия 4.3.0). Непрерывные переменные представлялись как средние ± стандартное отклонение или медиану (межквартильный диапазон), в зависимости от необходимости, а категориальные переменные — как подсчёты и проценты. Групповые сравнения использовали параметрические или непараметрические тесты, как хи-квадрат или точные тесты Фишера для категориальных данных. Все тесты были двусторонними, при этом P < 0,05 считался статистически значимым.
Ковариаты были отобраны априори на основе клинической значимости и предыдущих доказательств, и один и тот же набор ковариатов применялся в смежных моделях для поддержки сопоставимости. Основные корректировочные переменные включали возраст, пол, воздействие курения, стадию ТНМ, статус эффективности ЭКОГ и гистологический подтип, с дополнительной корректировкой для группы лечения, когда целью анализа является молекулярный подтип внутри исследуемых популяций. Мультиколлинеарность оценивалась с использованием коэффициентов инфляции дисперсии, а проблемная коллинеарность решалась с помощью заранее заданных правил уменьшения переменных. Были представлены скорректированные коэффициенты шансов с 95% доверительными интервалами и двусторонними значениями P. Количество ковариат, включённых в многомерную логистическую и регрессионную модели Кокса, было заранее определено и ограничено относительно количества событий исхода, чтобы минимизировать риск перенагона. Соотношение событий на переменную осталось приемлемым (≥10) для всех моделей. Для многокатегорийных молекулярных подтипов либо подбирались мультиномиальные логистические регрессионные модели, либо проводился набор бинарных логистических сравнений с использованием заранее заданной эталонной категории, при этом стратегия моделирования была чётко изложена.
Выживаемость без прогрессирования и общая выживаемость анализировались с помощью оценок Каплана–Мейера, а кривые выживаемости сравнивались с помощью логарифмического теста. Связь между биомаркерами и результатами была количественно оценена с помощью регрессии пропорциональных рисков Кокса, при этом соотношения опасностей соотносятся с 95% доверительными интервалами. Многомерные модели Кокса были построены с использованием заранее заданных клиникопатологических ковариат, включая молекулярный подтип и категорию лечения, для оценки последствий для персонализированной терапии. Предположение о пропорциональных рисках было подтверждено с помощью остаточной диагностики Шёнфельда и графиков выживаемости с логарифмом минус логарифми. Если предположение о пропорциональных опасностях было нарушено для ковариата, вопрос решался с помощью заранее определённого подхода, такого как стратификация по этой ковариате или включение временно-зависимого члена взаимодействия, и приводилась окончательная спецификация модели.
Недостающие данные обрабатывались с использованием заранее заданной стратегии. Когда отсутствие было минимальным, проводились полные анализы случая; в остальном использовалась множественная импутация с цепными уравнениями, включая все переменные в аналитических моделях. Было сгенерировано десять вчисленных наборов данных, а объединённые оценки рассчитаны с использованием правил Рубина. Для анализов с несколькими сравнениями подтипов или несколькими конечными точками уровень ложного обнаружения контролировался с помощью заранее заданной процедуры, или анализы чётко обозначались как исследовательские для обеспечения прозрачности относительно множественности.
Набор данных анализа был заблокирован до подбора модели, и поддерживался комплексный словарь данных, определяющий каждую переменную, единицу, схему кодирования и допустимый диапазон. Были включены дублирующие образцы контроля качества на различных пробных пластинах для количественной оценки изменчивости между пластинами и мониторинга дрейфа. Для оценки по иммуногистохимии были задокументированы критерии оценки, процедуры ослепления и оценка межнаблюдательного соглашения, а журналы рассмотрения для несоответствующих случаев сохранялись. Были внедрены запрограммированные проверки диапазона и логической согласованности по ключевым переменным, включая дату индекса, дату сбора выборки, дату начала лечения и даты результатов. Все статистические скрипты и журналы вывода с контролем версий сохранялись для полного воспроизведения аналитического рабочего процесса.