Все экспериментальные процедуры были одобрены Институциональным комитетом по уходу и использованию животных NIH (IACUC) и соответствовали политике Службы общественного здравоохранения по гуманному уходу и использованию лабораторных животных.
1. Подготовка аппарата
ПРИМЕЧАНИЕ: Каждое оборудование системы тестирования IntelliCage состоит из большой пластиковой домашней клетки (39 см x 58 см x 21 см), в которой могут находиться до 16 однополых мышей. Предыдущие группы составляли от 8 до 16 мышей в клетке. Устройство оснащено четырьмя оперантными углами, все из которых подключаются к центральному микропроцессору на верхней крышке. Корм для грызунов доступен через большой металлический бункер, установленный в центре крышки. Внутри клетки мыши свободно перемещаются между углами оперантов и центральным жилым пространством, оборудованным подстилкой и материалами для обогащения. Каждый угол оперантов имеет небольшой круглый вход, в который физически входит только одна мышь за раз. Идентификация мыши считывается и записывается на основе двойных RFID-антенн и показаний температурного датчика, которые должны быть положительными для записи визита. В каждом оперантном углу мыши имеют два порта для носовых участков, каждый из которых управляет доступом к одной из двух моторных дверей. Эти программируемые моторизованные двери обеспечивают доступ к одной из двух бутылок с поипером. Исследователи вручную программируют условия доступа к бутылочкам-сиперу, а также чувствительность ликометров на основе ёмкостности. Данные посещения, носового покана и лизания записываются индивидуально для каждой мыши и передаются через центральный микропроцессор на компьютер, на который загружается проприетарная программа TSE. Хотя в этом протоколе это не обсуждается, каждая оперантная камера также содержит программируемый клапан воздуха для использования в аверсивном кондиционере.
- Оснастить пластиковую домашнюю клетку пятью сжатыми хлопковыми подушками (15,24 x 25,4 см), двумя небольшими хлопковыми квадратами (5,08 x 5,08 см) и четырьмя пластиковыми рыбельными конструкциями для подстилки и обогащения.
ПРИМЕЧАНИЕ: Использование сжатых хлопковых подушек рекомендуется по двум причинам: (1) чтобы избежать возможной пыли или хлопьев от часто используемых материалов подстилки, мешающих работе двери, и (2) чтобы облегчить обнаружение драк между животными.
- Поместите верхнюю крышку с оперантными углами в пластиковую домашнюю клетку.
- Если он отключён, подключите все оперантные углы к центральному микропроцессору с помощью предоставленных кабелей, а затем подключите центральный микропроцессор к компьютеру, предварительно загруженному программным обеспечением TSE с использованием кабелей CAN.
- Если используете несколько устройств, подключайте все клетки к одному компьютеру последовательно.
- Подключите микропроцессор к источнику питания и убедитесь, что светодиодные лампы в каждом углу включаются, а все восемь моторизованных дверей двигаются.
- Наполните восемь бутылок с сипером ~250 мл водопроводной воды (или другой жидкости), надёжно нажмите на крышки для правильного герметизации, а затем аккуратно прокрутите отверстия ликкометра, обеспечив плотное соединение с ликометром.
ПРИМЕЧАНИЕ: Чувствительность датчиков Visit, Nosepoke и Lick можно опционально оптимизировать с помощью пилотного эксперимента. Чтобы регулировать чувствительность каждого угла, следуйте инструкциям производителя, описанным в файле «Справка» программы «Контроллер». Все исследования использовали следующие параметры: посещение — 816 ВКЛЮЧЕНО/768 ВЫКЛЮЧЕНО; Nosepoke — 21 ON/26 OFF; Ликометр — 69 ВКЛЮЧЕНО/80 ВЫКЛЮЧЕНО/15 тайм-аут.
- Наполните контейнер кормом для грызунов.
- Включите компьютер, откройте приложение «Контроллер» и загрузите нужный файл эксперимента.
2. Подготовка животных
ПРИМЕЧАНИЕ: Животным следует имплантировать RFID-транспондеры как минимум за неделю до начала поведенческого тестирования, чтобы обеспечить достаточное время восстановления. Используйте мышей, выдержанных не менее ~50 дней, с весом тела более 15 г. Имплантация маленьких мышей увеличивает риск травмы мыши во время инъекции. В зависимости от линии мышей агрессивность может стать проблемой в условиях группового содержания, особенно у самцов. Снизите этот риск, разместив всех мышей вместе в подростковом возрасте. Авторы не наблюдали значимой агрессии в исследованиях с взрослыми мышами дикого типа C57BL/6 (~PND 80–150), но это не гарантирует обобщаемости данного протокола на другие генотипы, возрасты или жилищные структуры.
- Подкожно имплантируют мышам RFID-транспондеры в дорсоцервикальную область для уникальной идентификации.
- Распечатайте таблицу данных со списком всех экспериментальных животных с пробелом рядом с каждым ID животного, чтобы наклеить наклейку с их RFID-кодом.
- Соберите всех животных и необходимые припасы: RFID-транспондеры, перезагружаемый RFID-транспондер и индукционную установку изофлурана.
- Поместите первую мышь в индукционную камеру и анестезируйте с помощью испарённого изофлурана (расходомер кислорода: 1,5 мл/мин, изофлуран: 1,5–3,5%), пока мышь не начнёт делать большие, прерывисты вдохи и не реагирует на щелчки пальца.
- Пока мышь будет анестезиирована, загрузите RFID-транспондер на инжектор, прикрутив заранее загруженную иглу к основанию инжектора и медленно выведите шприц, пока не увидите движение микрочипа.
- Примените штрих-код, идентифицирующий RFID-код, на печатанную таблицу данных рядом с соответствующим идентификатором животного.
- Вынимите мышь из индукционной камеры и имплантируйте предварительно загруженный RFID-транспондер подкожно в дорсоцервикальную область.
- Предварительно убедившись, что мышь не реагирует на щелчок пальца, используйте большой и указательный пальцы недоминантной руки, чтобы ущипнуть загривку мыши прямо над лопатками.
- Используя доминирующую руку, введите иглу инъектора подкожно в задний конец загривки мыши, стараясь держать иглу поднятой выше и параллельно позвоночнику, чтобы не травмировать мышь.
- Держа кончик шприца внутри загривки мыши и крепко стабилизированный между большим и указательным пальцами, аккуратно двигайте доминирующей рукой, чтобы человек мог нажать на поршень инжектора.
- Вынимите RFID-транспондер, держа пальцы недоминантной руки зажатыми вокруг загривки, чтобы можно было почувствовать, как микрочип выходит из кончика шприца.
- Держа защищённую загривку, медленно снимайте инжектор. Отпускайте загривку только после полного снятия инжектора, чтобы не выпадать транспондер.
ПРИМЕЧАНИЕ: По желанию можно добавить один шовный узел для закрытия кожи во время анестезии.
- Вернуть мышь в домашнюю клетку и следить за восстановлением после наркоза до полной передвижения.
- Следите за мышью на предмет признаков физического нарушения, включая частичный паралич, хромоту или круговое движение, которые могут указывать на нецелевую инъекцию. Если нарушения сохраняются более 24 часов или сильно влияют на здоровье животных, проводите гуманную эвтаназию.
- Наведите считыватель RFID-транспондера выше дорсоцервикальной области мыши и просканируйте для подтверждения успешного размещения.
- По желанию возьмите образец ткани для генотипирования.
- Повторяйте это со всеми экспериментальными мышами.
- На следующий день после первоначальной имплантации RFID-транспондера используйте считыватель RFID-транспондера, чтобы убедиться, что ни одна мышь не потеряла свои RFID-транспондеры. Если у мышей потеряли свои транспондеры, повторите процедуру с новым транспондером и обновите записи соответственно.
ПРИМЕЧАНИЕ: Обычно, если у мыши должен выпадать RFID-транспондер, это происходит в течение 24 часов после имплантации. Это может произойти из-за неправильного размещения RFID-транспондера и/или груминга/царапания мыши в месте инъекции. Избегайте повторного введения в раны от предыдущих инъекций и исключайте мышей после трёх неудачных имплантаций RFID-транспондеров.
- Перед тем как перемещать мышей в аппарат IntelliCage, убедитесь, что все RFID-транспондеры могут быть успешно прочитаны. Взвешивайте и фиксируйте вес тела для всех мышей.
3. Подготовка экспериментальных файлов
ПРИМЕЧАНИЕ: Система тестирования IntelliCage управляется и управляется через графические пользовательские интерфейсы, предоставляемые TSE. Для проведения экспериментов IntelliCage используются три приложения: «Designer», «Controller» и «Analyzer». Разные фазы эксперимента запускаются через разные файлы эксперимента, которые разрабатываются в приложении «Designer» и затем запускаются в приложении «Controller». Подробная информация о том, как проектировать и адаптировать файлы экспериментов, была описанаранее в 48,49. Шаблоны четырёх файлов экспериментов, использованных в исследовании (Habituation.experiment, Water Training.experiment, Intermittent Alcohol.experiment, Open Bar.experiment), были предоставлены для помощи в воспроизведении протокола. В этих файлах фазовые смены происходят в 12:30 дня. Авторы выбрали это время, потому что животные содержались на световом цикле с 6:00 утра до 18:00. Это позволило провести непрерывную тёмную фазу для измерения пьяного поведения. Однако следователи могут захотеть изменить это время, чтобы оно соответствовало другим методам употребления алкоголя, например, процедурам «пить втемноте» 50.
- Настройте файлы экспериментов в приложении «Designer».
ПРИМЕЧАНИЕ: Если работаете с шаблонными файлами, удалите четыре примера животных перед входом в текущую когорту. Также переименовуйте названия групп в соответствии с экспериментальным дизайном и добавляйте группы по необходимости. Убедитесь, что все новые группы начинаются с того же кластера, что и в шаблоне.
- Откройте файл Habituation.experiment в приложении «Designer» и аккуратно введите идентификатор животного, код RFID-транспондера и экспериментальную группу/генотип для каждой мыши. Сохраните файл с новым именем, чтобы сохранить шаблон.
ПРИМЕЧАНИЕ: Если коды RFID-транспондеров введены с ошибкой, данные не будут записываться. Распределение животных в соответствующие экспериментальные группы поможет контролировать их поведение и, в конечном итоге, анализировать данные.
- Экспортировать информацию о животном в файл животного.
- Для каждого этапа эксперимента откройте соответствующий файл эксперимента и загрузите файл животных. Сохрани и переименуй соответствующе.
- Если вы проектируете файлы на отдельном компьютере, скачайте экспериментальные файлы на портативную флешку для транспортировки в комнату поведения.
- Скачайте все файлы эксперимента на компьютер, подключённый к устройству IntelliCage, и откройте первый файл в приложении «Контроллер». Проверьте, что вся информация загружается правильно.
- На бумаге или в электронном виде создайте экспериментальный журнал, в котором отмечаются дата и время, когда можно начать или остановить разные этапы эксперимента. Это значительно поможет в анализе, поскольку определённые состояния, связанные с наркотиками (например, спирт с фальсификацией с хинином) не фиксируются в архивных файлах IntelliCage.

Рисунок 2: Экспериментальная хронология оперантного, прерывистого режима употребления алкоголя. (A) Схема аппарата IntelliCage с бутылками с алкоголем в двух из четырёх углов. (B) Экспериментальная хронология, отражающая график всех экспериментальных фаз, как это использовалось в предыдущей публикации23. Когорта 1 проводила тест на хинин с фальсифицированным алкоголем после заключения периодического употребления алкоголя, тогда как когорты 2 и 3 вернулись к периодическому употреблению алкоголя после фальсификации. (C) Подробный экспериментальный календарь, отражающий изменения программного обеспечения для всех экспериментальных этапов: привыкание, обучение воде, периодическое употребление алкоголя, тест на хинин с фальсифицированным алкоголем и «открытый бар»/бесплатный доступ к употреблению алкоголя. Замена клетки назначается как минимум раз в неделю после завершения модуля «Доступ к алкоголю ON». Мультфильмы, созданные по модифицированным шаблонам BioRender Люси Андерсон, лицензированных под CC BY 4.0 (https://BioRender.com/ko79xuy). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы увидеть увеличенную версию этой фигуры.
4. Проведение эксперимента
ПРИМЕЧАНИЕ: Оперантная, периодическая парадигма употребления алкоголя состоит из пяти этапов: (1) привыкание, (2) обучение воде, (3) периодическое употребление алкоголя, (4) тест на хинин и (5) «открытый бар»/свободный доступ к употреблению алкоголя. Каждая фаза эксперимента проводится на различных файлах эксперимента, за исключением периодического употребления алкоголя и теста на хинин с фальсификацией алкоголя, которые используют параметры, указанные в файле Intermittent Alcohol.experiment . Помимо замены клетки, экспериментаторам следует проверять мышей как минимум три раза в неделю, чтобы оценить состояние животных и убедиться, что программное обеспечение работает корректно. Любые мыши, обнаруженные ранеными или нездоровыми, должны быть исключены из эксперимента. Для примера экспериментального графика см. рисунок 2.
- Изменения в клетке
ПРИМЕЧАНИЕ: Меняйте клетки как минимум раз в неделю. Во время употребления алкоголя эти изменения выполняйте только после 12:30 во время «Только доступ к воде», чтобы не прерывать употребление алкоголя. Для этого файлы Intermittent Alcohol.experiment и Open Bar.experiment всегда начинаются с «Только доступ к воде». Из-за размеров клеток сложно справляться с занятыми клетками в одиночку. Авторы рекомендуют пригласить хотя бы одного дополнительного исследователя, помогающего с заменой клетки. Проверяйте мышей через 24 часа после каждой смены клетки, чтобы убедиться, что программа работает корректно и не было ли агрессии или драки в ответ на стресс при смене клетки.
- Перед началом замены клетки подготовьте новую, чистую пластиковую клетку с новой подстилкой и материалами для гнезда. Наполните каждую из восьми бутылок/клетки ~250 мл водопроводной воды или 20% спирта (95% этанола [190 proof] в водопроводной воде, v/v).
ПРИМЕЧАНИЕ: По желанию следователи могут добавить небольшое количество старого материала подстилки в новую, чистую клетку. Это минимизирует нарушение установленной групповой иерархии и может снизить риск конфликтов.
- Остановить эксперимент в приложении «Controller». Убедившись, что мышей нет в оперантных углах, снимите металлический бункер для еды. Пусть один человек поднимет металлический микропроцессор достаточно высоко, чтобы второй мог вытащить пластиковую клетку из-под него. Проверьте правильное количество мышей.
- Выводите мышей одну за другой из грязной клетки, просканируйте RFID-транспондер и запишите вес тела. Визуально осмотрите каждую мышь на наличие признаков травмы или болезни.
ПРИМЕЧАНИЕ: Авторы рекомендуют фиксировать вес тела в электронной таблице (csv), чтобы её было легко читать в анализ.
- Временно поместите мышей в чистый контейнер после записи веса тела.
- Очистите верхнюю часть и углы влажным полотенцем, пропитанным дезинфицирующим средством. Особенно тщательно протирайте поверхность и нижний гребень угловой пластины, чтобы жидкость не попала на электронные детали.
- Поднимите металлический микропроцессор достаточно высоко, чтобы поставить новую, чистую пластиковую клетку.
- Аккуратно вставляйте новые бутылки с поипером в отверстия ликометра, обеспечивая плотное соединение с ликометром.
- Пересадите мышей в новое, чистое оборудование.
- Замените контейнер для кормов на новый, чистый кормовой бункер и свежий корм для грызунов.
- Заново запустите тот же эксперимент в приложении «Контроллер» или загрузите и начните новый файл эксперимента.
- Убедитесь, что программа работает правильно, и что все мыши получают визиты, уколы носом и облизывания правильно записываются.
ПРИМЕЧАНИЕ: Программа «Контроллер» автоматически покажет предупреждения, если животное не зафиксировало облизывание в течение 12 часов.
- Очистите грязное оборудование. Пластиковые клетки, бутылки с поипером и пластиковые роющие конструкции обычно можно промывать через типичные системы промывания в клетках.
- День 0: Привычка
ПРИМЕЧАНИЕ: Фаза привычки запускается с помощью файла Habituation.experiment . В этот период все бутылки с поипером содержат водопроводную воду. Мыши имеют свободный доступ ко всем бутылкам без оперантных носовых уколов. Моторизованные двери открываются, когда мыши входят в оперантный угол, открывая доступ к соплам для бутылок.
- После проверки наличия RFID-транспондера и записи веса тела мыши наполните все восемь бутылок с сипером ~250 мл водопроводной воды и аккуратно прокрутите в отверстия ликометра.
- Поместите до 16 однополых мышей в подготовленный аппарат IntelliCage.
- Загрузите файл Habituation.experiment в приложение «Controller» и начните запись.
- Убедитесь, что все моторизованные двери открываются правильно, когда мышь входит в оперантный угол, и что все визиты, удары и облизывание успешно фиксируются для каждой мыши. Если в течение 6 часов не было зафиксировано посещения, уколы носом или облизывания, проверьте файл .animal на наличие ошибок.
- Дни 1-3: Водная тренировка
ПРИМЕЧАНИЕ: Этап тренировки в воде проводится с использованием файла Water Training.experiment . Все бутылки с поипером должны содержать только водопроводную воду. На этой фазе мышей будут тренироваться носом на FR-1, а затем по графику FR-3, чтобы получить доступ к соплам для бутылки. После успешного осмотра в нос открываются моторные двери, обеспечивающие доступ к бутылке с поипером в течение 5 секунд. Когда индивидуальная мышь достигает 60% и выше, её переводят на расписание FR-3 на оставшуюся часть программы. Обычно мыши переходят на расписание FR-3 в течение 24–72 часов. Следите за работой животных в «Контроллере». Если животное не достигает графика FR-3 в течение 72 часов, его исключают из дальнейших экспериментов.
- Если все мыши выглядят гидратированными и невредимыми после 24 часов привыкания, прекратите запускать файл Habitatuation.experiment и начните запускать файл Water Training.experiment .
- Проверьте, что посещения, уколы и облизывание успешно записываются программным обеспечением для каждой мыши, и что все моторизованные двери открываются правильно.
- День 4+: Периодическое употребление алкоголя
ПРИМЕЧАНИЕ: Фаза прерывистого употребления алкоголя проводится с использованием файла Intermittent Alcohol.experiment . В этой фазе бутылки с поипером в двух из четырёх оперантных углов заменяются на 20% спирт. Уголки воды и алкоголя заранее задаются через функцию «Кластеры» в файле эксперимента. В шаблоне вода подаётся в углах один и три (помечены как «нейтральные»), а спирт — во втором и четвёртом углах (помечен как «неправильный»). Мыши имеют постоянный доступ к воде, но с периодическим доступом к алкоголю в течение 24 часов (с 12:30 до 12:30) через день. На FR-3 предусмотрено 5 секунд доступа в бутылках для всех углов. На этом этапе эксперимента проводите смену клеток в периоды «Только доступ к воде», чтобы не прерывать употребление алкоголя. Исследователи должны убедиться, что экспериментальные группы проявляют примерно одинаковое предпочтение ко всем четырём углам во время водного обучения, прежде чем назначать уголки алкоголя для периодического употребления алкоголя. В каждой из когорт экспериментальные группы демонстрировали примерно одинаковые посещения и облизывание по всем четырём углам во время водных тренировок. По этой причине авторы сохраняли фиксированные распределения по углам между группами. Экспериментаторы могут легко увидеть пропорцию ударов и визитов по углам через программу «Контроллер». Обязательно регулярно следите за визитами и анализируйте данные на протяжении всего эксперимента, чтобы избежать проблем (например, неисправности оборудования или «занятия» мышами определённые углы).
- После того как все мыши успешно достигли графика FR-3 для доступа к бутылкам с сипером, приготовьте 20% спирта (95% этанола [190 proof] в водопроводной воде, v/v; ~250 мл/бутылка).
- Перестаньте запускать файл Water Training.experiment .
- Уберите бутылки с сипером из оперантных углов второго и четвёртого (или в тех углах, которые вы указали в экспериментальном файле, если они отличаются) и замените каждую на ~250 мл 20% спирта.
- Аккуратно закручивайте новые бутылки с алкоголем в отверстия ликометра, обеспечивая плотное соединение с ликометром.
- Загрузите файл Intermittent Alcohol.experiment и начните запись.
- Проверьте, что посещения, уколы и облизывание успешно записываются программным обеспечением для каждой мыши, и что все моторизованные двери открываются правильно.
- После 12:30 следующего дня убедитесь, что программа успешно переключилась с модуля «Только доступ к воде» на модуль «Доступ к алкоголю ВКЛЮЧЕНО» и что в оперантных углах с алкоголем зафиксированы облизывания.
- День 16+: Тест на хинин с фальсифицированным алкоголем
ПРИМЕЧАНИЕ: Фаза теста на хинин фальсифицированный спирт проводится с использованием файла Intermittent Alcohol.experiment. На этой фазе бутылки с поипером в двух оперантных углах, ранее содержавших 20% алкоголя, заменяются на 0,5 мМ, а затем 1 мМ хинин содержит 20% алкоголя для оценки нечувствительного к наказанию алкоголя. Эти концентрации хинина, которые равны 0,016% и 0,032% хинина (w/v) соответственно, ранее были установлены как неблагоприятные в тестах групп27, 28 и других.31 мышь имеют постоянный доступ к воде, но прерывистые доступы к алкоголю с хинином в течение 24-часов через день (то есть один день с 0,5 мМ хинина, один день доступа только к воде, один день с 1,0 мМ хинина). Доступ для всех углов осуществляется по расписанию FR-3. В этом исследовании мыши выполняли эту фазу после 16 или 24 последовательных дней чистого периодического употребления алкоголя. Смены клеток не проводились в день воды между тестами на фальсификацию, чтобы избежать запутанных последствий стресса. После этого этапа эксперимента мыши могут либо начать употребление алкоголя с «открытым баром»/свободным доступом, либо вернуться к периодическому употреблению, чтобы оценить отскок после фальсификации.
- Приготовьте 0,5 мМ и 1 мМ 20% спирта с хинином (95% этанола [190 proof] в водопроводной воде, v/v; ~250 мл/бутылка).
- Сделайте замену клетки, убрав все бутылки с поипером.
- Наполните каждую бутылку в уголках спирта ~250 мл раствора 0,5 мМ с хинин с 20% спиртом.
- Аккуратно закручивайте новые бутылки с алкоголем в отверстия ликометра, обеспечивая плотное соединение с ликометром.
- Загрузите файл Intermittent Alcohol.experiment и начните запись.
- Проверьте, что посещения, уколы и облизывание успешно записываются программным обеспечением для каждой мыши, и что все моторизованные двери открываются правильно.
- После 12:30 дня убедитесь, что программа успешно переключилась с модуля «Только доступ к воде» на модуль «Доступ к алкоголю ВКЛЮЧЕНО» и что в оперантных углах с алкоголем зафиксированы облизывания.
- До 12:30 в следующий алкогольный день замените каждую бутылку в углу спирта на ~250 мл 1 мМ раствора 20% спирта с хинином. Нет необходимости останавливать эксперимент с переключателем бутылки.
- До 12:30 в следующий алкогольный день уберите бутылки с фальсифицированным спиртом и замените каждую на ~250 мл чистого 20% алкоголя.
- День 20+: «Открытый бар»/бесплатный доступ к употреблению алкоголя
ПРИМЕЧАНИЕ: по желанию можно провести один день «открытого бара»/бесплатного доступа к употреблению алкоголя в качестве неоперативного контроля. Эта фаза запускается с помощью файла Open Bar.experiment . На этой фазе бутылки с поистером в двух из четырёх оперантных углов содержат 20% алкоголя, к которому мыши имеют доступ в течение одного 24-часового периода (с 12:30 до 12:30). Посещение уголка откроет двери без необходимости уколоть носом. В этом исследовании мыши выполняли эту фазу после периодического употребления алкоголя или тестирования на хинин с фальсифицированным алкоголем.
- При необходимости приготовьте 20% спирта (95% этанола [190 proof] в водопроводной воде, v/v; ~250 мл/бутылку).
- До 12:30 в следующий день алкоголя прекратите запускать текущий файл эксперимента.
- При необходимости уберите бутылки с поипером в уголках спирта и замените каждую на ~250 мл 20% алкоголя.
- Аккуратно закручивайте новые бутылки с алкоголем в отверстия ликометра, обеспечивая плотное соединение с ликометром.
- Загрузите файл Open Bar.experiment и начните запись.
- Проверьте, что визиты, уколы носом и облизывания успешно фиксируются программным обеспечением для каждой мыши, а все моторизованные двери открыты свободно.
- После 12:30 дня убедитесь, что программа успешно переключилась с модуля «Только доступ к воде» на модуль «Доступ к алкоголю ВКЛЮЧЕНО» и что в оперантных углах с алкоголем зафиксированы облизывания.
5. Анализ данных
ПРИМЕЧАНИЕ: Данные каждого эксперимента хранятся внутренне до тех пор, пока программа не будет остановлена. В этот момент создаётся архивированный архив данных, который хранится на локальном жёстком диске в C:\Documents\NewBehaviour\IntelliCage Plus\Archives. Имя файла состоит из даты и времени запуска программы и заканчивающегося в .zip. Файлы архива данных содержат всю релевантную информацию об эксперименте, включая посещения углов (время начала, завершение, продолжительность, последовательность визитов), носпоки (время начала, время окончания, продолжительность), лики (время начала, время окончания, продолжительность), время светлого и тёмного времени, а также данные о температуре. Этот архив данных можно читать и анализировать с помощью программы «Analyzer». Хотя существуют и другие открытые пакеты для анализа выходных данных IntelliCage (Ruffini et al., 2021; Gastaldi и др., 2025), авторы создали конвейер анализа данных в R, используя публично доступные пакеты из Tidyverse для анализа данных из парадигмы прерывистого употребления алкоголя. Конвейер включает несколько этапов контроля качества, включая анализ заполненности углов на мышь; средняя частота посещения, укола носом и облизывания по циркадному ритму; скорость облизывания FR-3 на мышь; и ежедневный счёт облизывания на мышь. Кроме того, авторы предоставляют базовый анализ методов измерения употребления алкоголя. Основой служит шаблонный файл блокнота R с использованием языка разметки Quarto, который обрабатывает файлы данных и может быть адаптирован для специфических для животных когортных вариаций. Анализ проводится с использованием бесплатной версии RStudio. Файл шаблона проекта для R находится в репозиторииGitHub 29.
- Компиляция всех данных, включая zip-файлы, выводящиеся приложением «Controller», и CSV-файл с массой тела мыши.
ПРИМЕЧАНИЕ: Веса необходимы для нормализации приёма по массе тела. В этом рабочем процессе было разумнее собирать данные веса в отдельном файле, чем добавлять их в каждый файл эксперимента. Первый столбец должен совпадать с идентификатором Animal из архивных файлов.
- Скачайте шаблон проекта R с репозитория GitHub.
- Переименовать проект в соответствии с экспериментом.
- Шаблон поставляется с примерами файлов данных, иллюстрирующими, как работает анализ, которые находятся в подпапке data/C1. Замените архивные файлы на персонализированные архивы данных.
- Запустите RStudio и откройте проект.
- В разделе «Файлы» окна в правом нижнем углу RStudio перейдите к папке qmd и откройте файл IC_template.qmd.
- Скопируйте шаблон и переименуйте его в соответствии с экспериментом.
- Отрегулируйте метаданные в заголовке YAML дублированного файла и в начальном блоке кода.
- Скорректируйте имена групп в файле IC_Commons.R в каталоге R, чтобы они соответствовали экспериментальным группам. (Шаблон использует две группы: Control и LBN.)
- Запустите файл из блокнота.
ПРИМЕЧАНИЕ: Более подробные инструкции приведены с файлами README.md в репозитории GitHub.

Рисунок 3: Сопоставимый доступ к оперантным углам среди всех мышей во время тренировочных и периодических фаз употребления алкоголя. У одной когортымышей 23 тепловая карта, показывающая общее время, проведённое в каждом углу в день на мышь во время (A) привыкания и привычки к воде, по сравнению с (B) первыми четырьмя днями с периодическим употреблением алкоголя (n = 15 F, 16 M). Более тёмные красные цвета обозначают больше времени в углу в день. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы увидеть увеличенную версию этой фигуры.

Рисунок 4: Мыши совершают визиты, тыкают носом и облизывают в соответствии с циркадным ритмом и успешно получают доступ к оперантной бутылке по расписанию FR-3. Среди одной когортымышей 23 года средняя плотность посещений оперантных углов (A), (B) проколов в нос и (C) облизывания в течение сессии в течение первых восьми дней тестирования. (D) Время, пока каждая мышь не облизывает соотношение FR-3 во время тренировки на воде. (E) Процент успешных визитов (= % посещений, приводящих к облизыванию / общее количество визитов) у мышей во время привыкания и привыкания к воде (слева) по сравнению с первыми четырьмя днями периодического употребления алкоголя (справа). Круговые символы обозначают женщин (n = 15); Квадратные символы обозначают мужчин (n = 16). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы увидеть увеличенную версию этой фигуры.

Рисунок 5: Мыши испытывают сопоставимые ежедневные частоты облизывания во время тренировки и периодических фаз употребления алкоголя. Среди (A) самок (n = 15) и (B) самцов (n = 16) когорты по одноймыши — 23, общее количество ежедневных облизываний воды (синий) и алкоголя (красный) во время привычки и привыкания к воде (день -4–0) по сравнению с периодическим употреблением алкоголя (день 1–4). C обозначает контрольно-выращивание; L обозначает выращивание LBN. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы увидеть увеличенную версию этой фигуры.

Рисунок 6: Мыши, подвергшиеся ранним трудностям в детстве, пьют больше алкоголя, чем контролируемые в оперантной, периодической парадигме употребления алкоголя. (A) Среднее количество алкоголя в день нормируется по массе тела (g; измеряется в неделю) в течение 8 дней прерывистого доступа алкоголя среди контролируемых мышей (серый; слева) и мышей, выращенных на LBN (розовая; правая). (B) Средние потребления алкоголя в день нормализованы по массе тела до, во время и после фальсификации хинина (0,5 мМ, 1 мМ). (C) График плотности, показывающий среднее количество алкоголя в день, нормированное по массе тела в течение одного дня доступа алкоголя FR-0 «Open Bar». Круговые символы обозначают женщин (n = 15); Квадратные символы обозначают мужчин (n = 16). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы увидеть увеличенную версию этой фигуры.