Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.
Исследовательская статья
В данном исследовании интегрируются сетевые фармакологии, молекулярное докингование и молекулярно-динамическое (MD) моделирование для выявления основных активных компонентов и терапевтических мишеней Kongsheng Zhenzhong Dan (KSZZD) при расстройствах аутистического спектра (ASD), выявления ключевых связывающих остатков с помощью аланинового сканирования и подтверждения эффектов в модели крыс, индуцированной вальпроевой кислотой.
Расстройство аутистического спектра (РАС) — это сложное нейроразвивающее расстройство, и его патогенез тесно связан с хроническим нейровоспалением. Как классическая формула традиционной китайской медицины (ТКМ), Коншэн Чжэньчжун Дань (KSZZD) используется при нейроразвитии и нарушениях памяти из-за сообщаемых нейропротекторных эффектов, однако его специфический молекулярный механизм при РАС остаётся неясным. В данном исследовании интегрированы сетевая фармакология, анализ молекулярного докинга и моделирование MD для систематического выявления основных активных компонентов и кандидатов в терапевтические цели KSZZD для РАС как на системном, так и на атомном уровнях. Впоследствии остатки ключевого связывания идентифицируются с помощью аланинового гибкого сканирования, а биологические эффекты оцениваются с помощью модели крыс, индуцированной вальпроевой кислотой (VPA). Анализ сетевой фармакологии показал, что кверцетин, ключевой компонент KSZZD, может частично регулировать путь воспалительных сигналов, опосредованных TNF-α. Результаты молекулярного стыковки показали, что энергии связывания основных компонентов KSZZD с их мишени были ниже -5,0 ккал/моль, среди которых кверцетин проявил самую сильную связывающую способность к TNF (-8,52 ккал/моль). Симуляция MD показала, что кверцетин может поддерживать стабильное связывание с активным карманом TNF-α, а сканирование аланина дополнительно выявило GLU104 и GLN102 как ключевые аминокислотные остатки для поддержания структурной стабильности комплекса. Эксперименты in vivo показали, что вмешательство кверцетина значительно улучшало локомоторное и исследовательское поведение у крыс, вызванных ВПА, и эффективно снижало уровень экспрессии TNF-α в сыворотке и ткани мозга. Эти результаты свидетельствуют о том, что кверцетин может частично способствовать предсказанному эффекту KSZZD, посредством ингибирования сигнального пути TNF-α.
Расстройство аутистического спектра (РАС) — это сложное нейроразвивающее расстройство, характеризующееся нарушенной социальной коммуникацией, ограниченными интересами и повторяющимися стереотипнымиповедениями 1. Патологический механизм РАС крайне сложен и включает взаимодействие генетических вариаций, эпигенетической регуляции и факторов окружающей среды, что в конечном итоге приводит к снижению синаптической пластичности и аномальной связности нейронныхцепей 2,3. Хроническое воспаление центральной нервной системы (ЦНС) играет центральную роль в патогенезе РАС, и вмешательства, направленные на нейровоспаление, стали перспективными терапевтическими стратегиями.
Коншэн Чжэньчжун Дань (KSZZD), классическая формула ТКМ, впервые была зафиксирована в книге «Основные рецепты стоимостью тысячу золота для экстренных ситуаций». Он состоит из четырёх лекарственных трав: черепаховый панцирь, Os Draconis, Polygalae Radix и Acori Tatarinowii Rhizoma. KSZZD традиционно используется для тонизации сердца и почек, успокоения ума и стабилизации духа. В клинической практике он часто используется для лечения интеллектуальной задержки развития и нарушений памяти4. Современные фармакологические исследования показали, что KSZZD и его активные компоненты оказывают нейропротективные, противовоспалительные и антиоксидантные эффекты, а также могут улучшать обучение, память и тревожные поведения в моделях нейроразвитиярасстройств 5. Наш фитохимический анализ показал, что кверцетин и другие флавоноиды являются ключевыми активными компонентами этой формулы, способными проникать через гематоэнцефалический барьер и проявлять значительную противовоспалительнуюактивность 6. Однако механизм, с помощью которого эти активные компоненты опосредуют терапевтические эффекты KSZZD при РАС, остаётся плохо изученным.
С быстрым развитием вычислительной биологии такие методы, как сетевая фармакология, молекулярное стыковывание, молекулярно-динамическое моделирование и вычисления квантовой химии, предоставили мощные инструменты для выяснения взаимодействия между активными компонентами традиционной китайской медицины и мишенями заболеваний на атомномуровне 7,8,9,10,11. Интегрируя гетерогенные источники данных, сетевая фармакология позволяет построить сложную интерактивную сеть «компонент-мишень-путь» с точки зрения системной биологии, тем самым предварительно выявляя ключевые биологические узлы для вмешательства традиционной китайской медицины при заболеваниях.
На этой основе молекулярное стыковывание может быть дополнительно использовано для моделирования геометрического согласования и энергетического соответствия между компонентами и целевых белками, а также для прогнозирования их способов связывания и потенциальной активности. Впоследствии проводится молекулярно-динамическое моделирование (МД) для изучения структурных флуктуаций и устойчивости связывания комплекса в водных и физиологических условиях. В сочетании с аланиновым сканированием применяется симуляция мутагенеза, направленная на сайт, для точного определения остатков горячих точек, отвечающих за поддержание связывающей аффинности, и уточнения вклада фармакофора на уровне аминокислот. Наконец, верификация, основанная на хорошо продуманных фармакологических экспериментах, может эффективно выявить молекулярный механизм, лежащий в основе терапевтического эффекта соединений традиционной китайской медицины на конкретные заболевания.
Соответственно, данное исследование сначала направлено на отбор основных компонентов и целей KSZZD в лечении РАС с помощью сетевой фармакологии. Впоследствии, в сочетании с молекулярным стыковкой, симуляцией молекулярной динамики и гибким сканированием аланином, будут выявлены «остатки горячей точки», поддерживающие сложную стабильность, и будет оценен динамический паттерн взаимодействия между кверцетином и TNF-α. Наконец, вычислительные результаты будут экспериментально подтверждены в модели крыс с РАС, индуцированной VPA, с использованием оценки поведения животных, гистопатологии мозга и уровней экспрессии воспалительных факторов. Цель данного исследования — изучить потенциальные механизмы, с помощью которых компоненты, полученные из KSZZD, могут влиять на воспалительные пути, связанные с аутизмом, с многомасштабной точки зрения, предоставляя основу для дальнейшего изучения вмешательств традиционной китайской медицины при нейроразвитийных расстройствах.
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Сетевой фармакологический анализ
«Аутизм» использовался как ключевое слово для поиска в базе данных GeneCards (https://www.genecards.org/) по целям, связанным саутизмом 12,13,14. Цели, полученные из баз данных, объединялись после удаления дублирующих записей. Известные цели активных компонентов, не охваченных прогнозами базы данных, были дополнены на основе литературныхотчётов 15. Мишени заболевания и потенциальные мишени компонентов лекарств были единообразно стандартизированы по символам генов с помощью базы данных белков UniProt (https://www.uniprot.org/), и эти два набора были сопоставлены для выявления потенциальных терапевтических целей KSZZD приаутизме 16.
На основе базы данных и аналитической платформы фармакологии традиционных китайских медицинских систем (TCMSP, http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php) были отобраны потенциальные биоактивные соединения в KSZZD и их соответствующие мишени в соответствии с критериями пероральной биодоступности (OB ≥ 0,30) и индекса подобия лекарственного препарата (DL ≥ 0,18)17. Идентификаторы соединений SMILES были извлечены из базы данных PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/), а Swiss Target Prediction (http://swisstargetprediction.ch/) был дополнительно использован для изучения потенциальных целей, не включённых в платформу TCMSP18. Впоследствии база данных HERB (http://herb.ac.cn) использовалась для дополнительного скрининга в соответствии с Правилом пяти Липинского с этими критериями: молекулярная масса (МВт ≤ 500 Да), коэффициент разделения октанол-вода (AlogP ≤ 5), количество доноров водородных связей (Hdon ≤ 5), количество акцепторов водородных связей (Hacc ≤ 10) и количество вращающихся связей (RBN ≤ 10). Затем был проведен скрининг целей с использованием базы данных BATMAN-TCM (http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/) по следующим критериям: порог балла (≥0,84), балл пригодности для лекарств (≥0,10) и значение P (≤0,05). Наконец, база данных UniProt (https://www.uniprot.org) была использована для преобразования выбранных целевых имён в стандартные генные символы.
Перекрывающиеся мишени между мишенями для лекарств и аутизмом были выявлены с помощью онлайн-инструмента Draw Venn Diagram (http://bioinformatics.psb.ugent.be). Эти перекрывающиеся мишени были импортированы в базу данных STRING (https://string-db.org/) для построения сети взаимодействия белков и белков (PPI) 19. Вид был установлен в Homo sapiens, а белокно-белковые взаимодействия с оценками доверия ниже 0,40 были отфильтрованы. Получившаяся сеть была импортирована в программное обеспечение Cytoscape 3.10.0 для визуальногоанализа 16, где лекарства, соединения и мишени представлялись соответственно красными ромбами, синими кругами и зелёными треугольниками, а веса краёв отражали степень центральности узлов. Плагин CytoNCA затем использовался для вычисления значений центральности степеней, ранжирования основных соединений и идентификации основных соединений. Биоинформатический анализ обогащения целевых генов проводился с использованием платформыMetascape 20, включая анализ GO (биологический процесс, BP; молекулярная функция, MF; клеточный компонент, CC) и анализ путей KEGG.
Молекулярная стыковка
Белки, связанные с аутизмом, были предварительно обработаны перед стыковкой путём восстановления недостающих остатков, оптимизации состояния протонирования и удаления кристаллических молекул воды для сохранения структуры рецептора. Затем был применён полугибкий метод стыковки в модулеCDOCKER 21 . Остатки в пределах 10 Å от ко-кристаллического лиганда определялись как активный карман, и в этой области моделировалось связывание лиганд-рецепторов.
Результаты стыковки оценивались с использованием энергии взаимодействия CDOCKER в качестве ключевого индекса, при этом более низкие энергетические значения указывали на более стабильное предсказанное связывание между лиганом и рецептором. Надёжность режима стыковки оценивалась путём сравнения пространственной конформации связывания ядра с конформацией кокристаллического лиганда в активном кармане. Комплекс с оптимальной энергией связи и самым сильным взаимодействием был выбран в качестве начальной конформации для последующего молекулярно-динамического моделирования.
Симуляция молекулярной динамики
На основе результатов молекулярного стыковки была проведена молекулярно-динамическая симуляция для изучения механизма связывания между комплексом кверцетина и TNF-α. Этот подход моделирует молекулярное движение и взаимодействия на атомном уровне и анализирует динамические изменения белков, лигандов и окружающей среды, предоставляя информацию о молекулярных конформационных изменениях, стабильности связывания и динамике белков-лиганды. Рецептор-лигандный комплекс был растворён с использованием водной модели TIP3P, с буферным расстоянием не менее 12 Å между комплексом и границей системы для обеспечения полного растворения и снижения пограничных эффектов. Концентрация ионов была установлена на уровне 0,154 М, а для нейтрализации заряда системы были добавлены ионы Na⁺ и Cl⁻. Для повышения точности симуляции было принято белоковоеполе силы Amber14SB 22 , которое эффективно описывает несвязанные межмолекулярные взаимодействия и режимы связывания и особенно подходит для исследований комплекса белок-лиганд23.
Для начальной минимизации энергии был выполнен самый крутой метод снижения в течение 5000 шагов для устранения необоснованных контактов и высокоэнергетических конформаций с использованием порога сходимости 10 кДж/моль/нм для обеспечения ослабления параметров силового поля. Метод сопряжённого градиента затем выполнялся в течение 2000 шагов для дальнейшей оптимизации термодинамического состояния и обеспечения стабильностисистемы 24.
Во время уравновешения впервые была выполнена ансамблевая симуляция NVT с частотой 100 ps с временным шагом 2 fs. Система постепенно нагревалась до 300 К, чтобы уменьшить влияние исходной структуры и достичь термодинамического равновесия. Затем ансамбль был переключён на NPT, и дополнительное уравновешение на 100 пс было проведено при постоянном давлении 1 бар для стабилизации плотности и давления. Эта ступень была использована для приведения системы в стабильное термодинамическое состояние перед производственныммоделированием 25. Формальное молекулярно-динамическое моделирование проводилось в течение 20 нс, при поддержании температуры 300 K, давлении 1 бар и временном шагу 2 fs. Траектория сохранялась каждые 10 ps. Для обеспечения стабильности и точности моделирования физические параметры, включая температуру, давление и объём, регулярно отслеживались, чтобы убедиться, что они остаются в ожидаемых диапазонах.
Гибкое сканирование с аланином
На основе стабильной конформации, полученной в результате молекулярно-динамического моделирования, было проведено сканирование аланина на всех аминокислотных остатках в радиусе 3 Å от границы связывания лиганда. В этой процедуре остатки-мишени систематически заменяются аланином, тем самым усекая боковую цепь, сохраняя конформацию основной цепи и устраняя специфические взаимодействия, опосредованные боковой цепью. Вклад каждого остатка в аффинность связывания количественно оценивался путём вычисления изменения свободной энергии связывания между дикими и мутантными комплексами. В отличие от традиционных статических моделей, в этом исследовании был введён гибкий механизм релаксации на основе боковой цепи, позволяющий окружающей среде вокруг места мутации проводить структурную релаксацию и более реалистично моделировать динамическую реакцию интерфейса связывания. Целью анализа было выявление остатков горячих точек, которые сохраняют сложную стабильность, предоставляя энергичный отпечаток для оптимизации свинцовых соединений, направленных на белки, связанные с аутизмом.
Эксперименты на животных
Экспериментальные животные
Были отобраны здоровые крысы сорта SPF Sprague-Dawley (SD) (три самца и три самки, 3 месяца), рожденные и выросшие в одинаковых условиях. Температура в комнате контролировалась на уровне 18–22 °C, относительная влажность поддерживалась на уровне 60%–70%, а световой цикл составлял 12 ч: 12 часов (свет: темнота). Все экспериментальные операции на животных были одобрены Комитетом по этике экспериментальных животных Первой народной больницы Цзуньи (номер одобрения: LunShen (2025)-2-362).
Спаривание животных, идентификация беременности и группировка
Все крысы получали адаптивный корм в условиях SPF в течение недели после покупки. Одна самка крысы и один самец крысы держались в клетках в 18:00 каждый день. Осмотр вагинальной пробки был проведён в 8:00 утра следующего дня (через 12 часов после кейсирования). Наличие вагинальной пробки считалось успешным спариванием, и тот же день был обозначен как гестационный день 0,5 (GD0,5). Беременных крыс содержали по отдельности в отдельных клетках. Масса тела беременных крыс измерялась и фиксировалась ежедневно. Масса тела беременных крыс постоянно увеличивалась, со средним суточным приростом от 2 до 5 г, а общая масса тела могла увеличиваться примерно на 30% до родов. Примерно через 10 дней беременности был заметен типичный грушеобразный асимметричный выпуклость живота, а твёрдые массы плодов можно было почувствовать пальпацией, что отличалось от равномерной и мягкой окружности живота, вызванной ожирением.
Создание модели и установка контрольных групп:
Для модельной группы две беременные крысы были случайно выбраны и внутрибрюшинно введены раствором VPA (600 мг/кг) один раз на 12,5 день беременности (GD12,5). VPA вводилась через одну интрабрюшинную инъекцию при дозе 600 мг/кг на 12,5 день беременности. Эта схема была выбрана на основе фундаментальных работ Шнайдера иПшевлоцкого, которые установили, что воздействие ВПА в данный конкретный момент беременности повторяет как нейроанатомические, так и поведенческие особенности человеческого РАС. Этот протокол с тех пор стал стандартной моделью и последовательно подтверждается в последних фармакологических исследованиях с использованием идентичныхпараметров 27. Для пустой контрольной группы была выбрана одна беременная крыса и внутрибрюшинно введена равный объём 0,9% физиологического раствора в одно и то же время. Беременные крысы рожались естественным путём, а день рождения потомства был записан как постнатальный день 0 (PND0). Все потомства крыс были отлучены от груди и содержались отдельно по полу на PND21.
Группирование потомства и вмешательство
На PND28 12 самцов были случайно отобраны из потомства беременных крыс, подвергшихся воздействию VPA (6 в модельной группе и 6 в группе интервенции кверцетина), а 6 самцов — случайным образом из потомства нормальных беременных крыс, подвергшихся воздействию физиологического раствора (6 в пустой группе). Было гарантировано, что между щенками каждой группы не было значительной разницы в весе. Потомство, рождённое от беременных крыс, обработанных нормальным физиологическим раствором, относились к группе с пустым раствором, те, что рождались от беременных крыс, получавших ВПА, в модельную группу, а те, что рождались от беременных крыс, получавших ВПА, — в группу интервенции кверцетина.
Непрерывное вмешательство проводилось в течение 4 недель, начиная с PND28. Для группы интервенции кверцетина суспензия кверцетина вводилась внутрижелудочно в фиксированное время каждый день при дозе 100 мг/кг/день. Эта доза была выбрана на основе следующих интегрированных данных: (i) предыдущее исследование диапазона дозы определило оптимальную дозу 100 мг/кг для облегчения тревожного поведения и снижения провоспалительных цитокинов у крысы с нейровоспалением, вызваннойЛПС, модель 28; (ii) кверцетин в дозе 50 мг/кг доказал способность предотвращать нарушения социальных взаимодействий и окисляющее повреждение мозга у крыс с аутизмом, вызваннойВПА, модели 29; и (iii) пероральный кверцетин недавно был продемонстрирован в снижении уровня TNF-α в мозге и улучшении аутистического поведения у крыс модели30, индуцированной пропионовой кислотой. В совокупности эти независимые валидации поддерживают выбор 100 мг/кг для обеспечения надёжного водействия воспалительного пути, опосредованного ФНО, α в текущей постнатальной модели РАС, индуцированной ВПА. Для пустой и модельной групп ежедневно внутрижелудочно вводился равный объём 0,5% нормального физиологического раствора CMC-Na. Все животные имели свободный доступ к корму и воде в период вмешательства, а их масса тела измерялась каждую неделю для корректировки объёма подачи в соответствии с весом тела.
Тест на открытом поле
После 4 недель вмешательства (примерно PND56) был проведён тест на открытом поле для оценки спонтанной активности и уровня тревожности. Открытый полевой тест (OFT) — классический поведенческий эксперимент для оценки поведения, связанного с тревогой, у экспериментальных животных. Измеряемыми показателями были способность крыс к спонтанному движению в открытой среде и время, проведённое в центре открытого поля. Аппарат OFT для крыс имел высоту 30 см, длину 50 см и ширину внизу 50 см, с белыми внутренними стенками и искусственно разделен на 16 небольших сеток, включая 4 сетки во внутренней части и 12 сеток во внешней части. Экспериментальный участок оставался в тишине, чтобы избежать звуковой стимуляции, которая могла бы повлиять на точность экспериментальных результатов. Каждую крысу помещали в центр нижней части коробки, а видеозапись и тайминг проводились одновременно. Поле зрения камеры охватывало всё открытое поле и фиксировало спонтанное движение крыс и количество пересечений между сетками. Каждый тест длился 5 минут, после чего запись видеозаписи прекращались. Внутренняя стенка и дно открытого ящика были протерты 75% спиртом, чтобы предотвратить влияние фекалий и запаха организма одного животного на результаты тестов следующего. Операция повторялась после замены крыс, пока все крысы не завершили испытание.
Метод патологического обнаружения
После фиксации 4% параформальдегидом ткань мозга подвергалась градиентному обезвоживанию с помощью полностью автоматического дегидратора: 75% этанола в течение 2 часа, 85% этанола 1 час, 95% этанола 1 час и абсолютного этанола I-IV по 20 минут каждый. Затем ткани очищались очищающим агентом I на 25 минут и очищающим агентом II на 30 минут, после чего проводилось вложение парафина. Секции толщиной 5 мкм были обезвощены растворами I и II по 30 минут каждый и затем увлажнены градиентным этанолом. Срезы окрашивались гематоксилином в течение 5–10 минут, дифференцировали солянокислотным спиртом в течение 3 секунд и окрашивались щелочной водой, чтобы стать синим. Затем их контрокрашивали спирторастворимым эозином в течение 3 минут, обезвождали градиентным этанолом, очищали, накрывали нейтральным креплением и изучали под микроскопом.
Обнаружение уровней TNF-α в сыворотке и ткани мозга
После последнего применения кровь из аорты брюшной аорты была взята у крыс и центрифугирована при 3 000 об/мин при 4 °C в течение 15 минут, после чего был собран супернатант сыворотки. Тем временем были рассечени ткани гиппокампа и корки, а также добавлен предварительно охлаждённый PBS в соотношении 1:9 для механической гомогенизации. Затем гомогенат центрифугировали при 12 000 об/мин при 4 °C в течение 20 минут для сбора супернатаната. Метод BCA использовался для количественной оценки белков тканей. В соответствии с инструкциями по набору ИФА образцы, подлежащие тестированию и биотинилированные антитела добавлялись на микропластину последовательно. После инкубации и промывки добавлялся и инкубировался комплекс авидин-пероксидазы. После ещё одной промывки был добавлен раствор субстрата для проявления цвета, реакция завершалась стоп-раствором, а поглощение измерялось на 450 нм с помощью считывателя микропластин. Концентрации TNF-α в сыворотке (pg/mL) и ткани мозга (pg/mg prot) рассчитывались с использованием стандартной кривой.
Статистический анализ
Функция RANDBETWEEN в Microsoft Excel использовалась для рандомизации крыс и генерации случайных чисел для распределения крыс. Все экспериментальные данные в этом исследовании были выражены в виде среднего ± стандартного отклонения (SD). До проведения статистического анализа впервые проводились тест нормальности (тест Шапиро-Вилка) и тест однородности дисперсии (тест Левена) на данных каждой группы. Для данных, соответствующих нормальному распределению и однородности дисперсии, использовался односторонний анализ дисперсии (односторонний ANOVA). Если разница была статистически значимой, метод ЛСД применялся для множественных сравнений. Значение *p < 0,05, **p < 0,01 и ***p < 0,001 считалось статистически значимым.
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Анализ результатов исследования сетевой фармакологии по KSZZD в лечении аутизма
Всего из базы данных GeneCards было получено 15 770 мишеней, связанных с аутизмом. Цели с показателем релевантности ≥ 4,21 были выбраны в качестве потенциальных целей для аутизма, что привело к 1014 целям для заболевания. 827 целей KSZZD были пересечени с 1014 целями для аутизма, и было получено 125 общих целей. Визуализация проводилась с использованием платформы S...
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Критически важный вопрос — почему для экспериментальной валидации был выбран кверцетин, а не другие основные компоненты, и может ли он отражать целостные эффекты KSZZD. Этот отбор основывался на следующих сходящихся линиях доказательств: (i) в пренатальной модели крыс, индуцированной ВПА, кверцетин значительно предотвращал дефициты социальных взаимодействий и окисляющее повреждениемозга 29; (ii) в модели аутизма, индуцированного пропионовой кислотой, пероральный к...
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
У авторов нет конфликта интересов, которые можно было бы заявлять.
Эта работа является частью No.: Zun Shi Ke He HZ Zi (2024) No. 54. Название проекта: Исследование терапевтического эффекта Jiawei Kongsheng Zhenzhong Dan на аутизм на основе сигнального пути BDNF-ERK-CREB.
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
| Имя | Компания | Каталожный номер | Комментарии |
|---|---|---|---|
| 0.5% CMC-Na normal saline solution | Not specified in manuscript | Not specified | Вещество, используемое для групп бланка/модели и суспензии кертцетина. |
| 0.9% normal saline | Not specified in manuscript | Not specified | Вещество для инъекций матерям в бланке-контроле. |
| 4% Paraformaldehyde in PBS | Thermo Scientific Chemicals | J61899.AK | Используется для фиксации ткани головного мозга. |
| 75% alcohol | Not specified in manuscript | Not specified | Используется для очистки аппарата открытого поля между животными. |
| Absolute ethanol | Not specified in manuscript | Not specified | Используется для дегидратации тканей перед встраиванием. |
| Alkaline water | Not specified in manuscript | Not specified | Используется для окрашивания гематоксилином-синими секций. |
| Amber14SB protein force field | Not specified in manuscript | Not applicable | Белоковое поле сил, используемое для молекулярных динамических симуляций. |
| BATMAN-TCM database | Not specified in manuscript | Not applicable | Онлайн база данных для скрининга мишеней: http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/ |
| BCA Protein Assay Kit | Thermo Scientific | 23225 | Используется для количественного определения белков в гомогенате ткани. |
| Bluing reagent | Thermo Scientific Richard-Allan Scientific | 7301 | Используется после окрашивания гематоксилином для окрашивания ядер в синий цвет. |
| CDOCKER module | Not specified in manuscript | Not applicable | Полугибкий модуль доккинга, используемый для молекулярного доккинга. |
| Clearing / dewaxing reagent | Thermo Scientific Richard-Allan Scientific | Clear-Rite 3, 6901 | Может быть использован для очистки и депарафинизации в гистологических процессах. |
| CytoNCA plugin | Not specified in manuscript | Not applicable | Плагин Cytoscape, используемый для анализа центрального уровня степени. |
| Cytoscape software | Not specified in manuscript | Version 3.10.0 | Используется для визуализации сети и анализа взаимодействия белок-белок. |
| Discovery Studio software | Not specified in manuscript | Versions 2019 and 2021 | Используется для предварительной обработки рецепторов, доккинга и аланинового сканирования. |
| Draw Venn Diagram online tool | Not specified in manuscript | Not applicable | Онлайн инструмент для диаграмм Венна: http://bioinformatics.psb.ugent.be |
| Eosin-Y (alcoholic) | Thermo Scientific Richard-Allan Scientific | 7111 | Используется для цитоплазматического контростирования при окрашивании H&E. |
| Fully automatic dehydrator | Not specified in manuscript | Not specified | Используется для градиентной дегидратации фиксированной ткани головного мозга. |
| GeneCards database | Not specified in manuscript | Not applicable | Онлайн база данных, используемая для получения информации о мишенях, связанных с аутизмом: https://www.genecards.org/ |
| GraphPad Prism software | Not specified in manuscript | Version 9.5 | Используется для статистического анализа и создания графиков. |
| Hematoxylin staining solution | Thermo Scientific Richard-Allan Scientific | 7211 | Используется для окрашивания ядер при окрашивании H&E. |
| HERB database | Not specified in manuscript | Not applicable | Онлайн база данных, используемая для дополнительного скрининга соединений: http://herb.ac.cn |
| Hydrochloric acid alcohol | Not specified in manuscript | Not specified | Используется для дифференциации при окрашивании H&E. |
| Metascape platform | Not specified in manuscript | Not applicable | Онлайн платформа, используемая для анализа обогащения GO и KEGG. |
| Microplate reader | Thermo Scientific | Multiskan FC, 51119000 | Используется для измерения абсорбции при 450 нм. |
| Microscope | Not specified in manuscript | Not specified | Используется для наблюдения за окрашенными секциями головного мозга методом H&E. |
| Microsoft Excel software | Microsoft | Not specified | Используется для рандомизации крыс с помощью функции RANDBETWEEN. |
| Mounting medium | Thermo Scientific Richard-Allan Scientific | 4111 | Используется для накрытия стеклянными крышками и постоянного крепления окрашенных секций. |
| Open field test apparatus | Not specified in manuscript | Not specified | Коробка размером 50 см × 50 см × 30 см, используемая для проведения поведенческих тестов. |
| Paraffin | Not specified in manuscript | Not specified | Используется для встраивания ткани головного мозга в парафин. |
| Phosphate-buffered saline (PBS), pH 7.4 | Gibco | 10010023 | Используется как предварительно охлажденный буфер для гомогенизации тканей. |
| PLIP interaction fingerprinting | Not specified in manuscript | Not applicable | Используется для анализа фингепритинга взаимодействия белок-лиганд. |
| PubChem database | Not specified in manuscript | Not applicable | Онлайн база данных, используемая для получения идентификаторов SMILES: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ |
| Quercetin | Not specified in manuscript | Not specified | Вводится зондами в дозе 100 мг/кг/сутки. |
| Rat TNF-α ELISA Kit | Invitrogen | ERA56RB | Подходит для определения TNF-α в сыворотке и гомогенате тканей. |
| Refrigerated centrifuge | Thermo Scientific | Sorvall ST 16R, 75004383 | Используется для центрифугирования сыворотки и гомогената тканей. |
| Schrödinger Suite software | Schrödinger, LLC | Version 2024 | Используется для создания системы молекулярной динамической симуляции. |
| SPF-grade Sprague-Dawley rats | Not specified in manuscript | Not specified | 3 самца и 3 самки крыс, используемые для создания модели животного. |
| SPSS software |