Модели на животных являются незаменимыми инструментами для понимания биологических механизмов заболеваний человека и разработки новых методов терапии. Модели in vitro, такие как культуры клеток или органоидов, не воспроизводят сложность клеточных субтипов и межклеточных взаимодействий, которые происходят in vivo в органах1,2. Таким образом, животные позволяют создавать модели целого организма с более детальным отображением взаимодействий на клеточном и системном уровнях, прогрессирования заболевания и безопасности терапевтических средств. Грызуны являются практическими модельными организмами благодаря их низкой стоимости, короткому времени смены поколений и всесторонней генетической характеристике. Однако модели заболеваний человека на грызунах ограничены физиологическими и анатомическими различиями с людьми, а также их более быстрым метаболизмом и более коротким сроком жизни3,4. Об этом свидетельствует высокая доля методов терапии, которые прошли испытания на животных моделях (большинство из которых — грызуны), но оказались неэффективными в клинических исследованиях5,6,7,8. Для создания моделей широкого спектра заболеваний человека использовали овец, свиней, коз, собак и приматов, что может помочь повысить показатель клинической трансляции новых методов терапии и лекарственных препаратов3,9,10,1,12. Эти виды также обладают многими преимуществами по сравнению с моделями на грызунах благодаря большему сходству с человеком. Таким образом, модели заболеваний человека на крупных животных обеспечивают наиболее точное из доступных моделирование и играют критическую роль в трансляции результатов исследований на животных в клиническую практику.
Система коротких палиндромных повторов, регулярно расположенных группами (CRISPR)-Cas9 представляет собой универсальный и программируемый метод генетической модификации клеток животных и введения точных болезнетворных мутаций. Редактирование генов с помощью CRISPR-Cas9 использует направляющую РНК (гРНК), комплементарную целевому участку, что позволяет CRISPR-ассоциированному белку 9 (Cas9) создавать двухцепочечный разрыв (ДЦР) направленным образом13. Клеточное восстановление ДЦР происходит преимущественно по двум механизмам: негомологичному соединению концов (NHEJ) и гомологично-направленной репарации (HDR). Путь NHEJ восстанавливает ДЦР путем соединения концов ДНК; этот подверженный ошибкам механизм может привести к образованию случайных вставок или делеций (инделей) в месте разрыва14. Такие мутации могут привести к нокауту (KO) гена за счет создания мутации сдвига рамки считывания или преждевременного стоп-кодона, что нарушает функцию гена. HDR, происходящая в основном во время S- и G2-фаз клеточного цикла, представляет собой процесс восстановления клеткой ДЦР с использованием гомологичного аллеля в качестве матрицы репарации15,16. Внесение специфических вставок, делеций или замен, известных как нок-ин (KI), возможно путем введения синтетического одноцепочечного олигодезоксинуклеотида (ssODN) или другой матрицы ДНК с интересующим изменением, которую клетка может использовать для восстановления разрыва. CRISPR-Cas9 также может использоваться для мультиплексного редактирования с целью одновременного введения нескольких мутаций для моделирования мультигенных заболеваний3. По сравнению с предыдущими методами редактирования генов, такими как нуклеазы «цинковые пальцы» (ZFNs) или нуклеазы TALEN (транскрипционные активаторы, подобные эффекторам), CRISPR-Cas9 гораздо проще и экономичнее в использовании в клетках крупных животных17. Разные локусы можно легко таргетировать путем разработки новой гРНК, что помогло ускорить создание новых моделей крупных животных с использованием CRISPR-Cas93,13. Тем не менее, сохраняется ряд ограничений, включая эффективность редактирования CRISPR-Cas9, которая может значительно варьироваться в зависимости от вида, клеточной среды и характера редактирования18,19. В частности, показатели HDR ниже, чем показатели NHEJ, и сильно зависят от типа клеток, геномных локусов и стадии клеточного цикла20,21. Кроме того, проблемой остается внесение непреднамеренных изменений в нецелевых (off-target) локусах или даже в целевых локусах2. Несмотря на это, CRISPR-Cas9 стала основной платформой редактирования генов для создания генетически модифицированных моделей крупных животных.
Перенос ядра соматической клетки (SCNT) позволяет с высокой точностью и однородностью создавать генетически модифицированные эмбрионы. Этот процесс, впервые успешно проведенный на млекопитающих в 197 году, заключается в переносе ядра клетки в энуклеированный ооцит23. SCNT обладает многими преимуществами по сравнению с другими методами, такими как микроинъекция в зиготу, при которой генетический материал или системы редактирования ДНК вводятся непосредственно в зиготу или ранний эмбрион24,25,26. Микроинъекция в зиготу несет в себе внутренний риск генетической гетерогенности, или мозаицизма, между клетками эмбриона, что может произойти, если репликация ДНК или деление клеток occur до генетической модификации27,28,29. Ценность таких мозаичных эмбрионов для создания животных моделей снижается из-за сложности генотипирования и фенотипической характеристики29. При SCNT редактирование генов отделено от производства эмбрионов; каждый клонированный эмбрион происходит из одной клетки, что исключает риск мозаицизма и гарантирует генетическую однородность эмбриона30,31,32. Кроме того, донорские клетки редактируются и тщательно проверяются in vitro для подтверждения клональности и наличия желаемой модификации перед процедурой SCNT, что экономит время и ресурсы25,26. Это особенно важно при введении специфических KIs. Скрининг клеток также позволяет выявить потенциальные мутации в нецелевых участках, тем самым снижая риск генетических нарушений в других локусах. Эти преимущества снимают многие опасения, связанные с CRISPR-Cas9. Таким образом, SCNT обеспечивает более строгий контроль над генетикой получаемых эмбрионов по сравнению с микроинъекцией в зиготу, особенно при более сложных модификациях, таких как мультиплексное редактирование, крупные вставки и гуманизированные аллели3. Хотя SCNT ограничен низкой эффективностью клонирования, техническими требованиями и аномальным эпигенетическим перепрограммированием (последнее из которых может привести к молекулярным и фенотипическим нарушениям в клонах, потенциально маскируя эффекты генетической модификации у животных-основателей), эти эпигенетические изменения не передаются потомству32,3. Несмотря на эти ограничения, сочетание SCNT с CRISPR-Cas9 позволяет осуществлять точную инженерию генома со строгим контролем генетики эмбриона, поддерживая надежное создание моделей заболеваний на крупных животных без мозаицизма. Здесь мы описываем детальный подход к генетической модификации фетальных фибробластов овец (SFF) с использованием NHEJ или HDR с последующим SCNT для получения клонированных эмбрионов с конечной целью создания моделей заболеваний человека на овцах. Этот подход в значительной степени применим и к другим видам сельскохозяйственных животных, хотя редактирование генов может потребовать оптимизации для различных типов клеток, и данный протокол может служить полезной отправной точкой.