Электроакупунктура улучшает сердечную функцию и смягчает повреждение миокарда у крыс с хронической сердечной недостаточностью
Для оценки влияния ЭА на ХСН была создана модель на крысах путем лигирования передней нисходящей артерии (LAD) с последующим проведением специфического ЭА или имитации ЭА (Sham EA). Были проведены систематические исследования, включая эхокардиографию, биохимические анализы и гистологическое окрашивание (Рисунок 2A). Функционально в группе ХСН наблюдались дилатация желудочков и нарушение сократительной способности. Лечение ЭА позволило уменьшить снижение LVEF и LVFS, наблюдаемое у крыс с ХСН, в то время как в группе имитации ЭА показатели сердечной функции были сопоставимы с показателями группы ХСН (Рисунок 2B и Рисунок 2C).
Кроме того, электроакупунктура (EA) снизила уровни NT-proBNP и cTnT в сыворотке крови, что указывает на уменьшение нагрузки на сердце и смягчение повреждения миокарда. Напротив, в группе ложной EA (Sham EA) биохимические показатели были схожи с показателями группы ХСН (Рисунок 2E,F). Гистологический анализ показал, что в группе ХСН наблюдались структурные повреждения миокарда и фиброз. Лечение EA улучшило архитектуру миокарда и снизило CVF, в то время как в группе ложной EA сохранялись патологические изменения и уровни CVF, аналогичные группе ХСН (Рисунок 2D). В целом, EA оказала кардиопротекторное действие при ХСН, тогда как вмешательство с ложной EA не привело к аналогичным терапевтическим результатам.
Электроакупунктура активирует нейроны в ядре одиночного тракта крыс с хронической сердечной недостаточностью
Чтобы определить, опосредует ли NTS центральный ответ на электроакупунктурную (EA) терапию, оценивали активацию нейронов путем окрашивания на c-Fos, маркер нейронного возбуждения. Иммунофлуоресцентная визуализация (Рисунок 3A) и количественный подсчет клеток (Рисунок 3B) показали, что количество c-Fos-положительных нейронов в NTS в группе CHF было ниже по сравнению с группой Sham. Однако EA-терапия повысила экспрессию c-Fos до уровней, сопоставимых с базовым уровнем в группе Sham. Параллельно с периферическими функциональными результатами, в группе Sham EA наблюдались уровни экспрессии c-Fos, аналогичные группе CHF.
Для оценки функционального состояния этих нейронов NTS регистрировали электрофизиологические сигналы in vivo. Графики спайковой активности (Рисунок 3C) и количественные показатели средней частоты разрядов (Рисунок 3D) соответствовали гистологическим данным. Спонтанная частота разрядов нейронов NTS была снижена при ХСН. Напротив, вмешательство с помощью EA повышало частоту нейронных разрядов, тогда как процедура Sham EA не вызывала подобных электрофизиологических изменений.
Такой паттерн нейронной активации был подтвержден анализом локального полевого потенциала. Как показано на 2D-цветовых спектрограммах LFP и 3D-картах спектральной плотности мощности (Рисунок 3E), энергия нейронных осцилляций в NTS была снижена при состоянии ХСН. После проведения электроакупунктурной терапии (EA) наблюдалось увеличение интенсивности мощности во всем спектре нейронных частот, что свидетельствует об активации сети, которая отсутствовала в группе ложного воздействия (Sham EA).
Для изучения физиологической значимости этой центральной активации был проведен корреляционный анализ Пирсона, объединяющий периферические показатели сердечной деятельности с активностью нейронов центрального NTS (Рисунок 3F). Анализ показал, что средняя частота разрядов и экспрессия c-Fos в NTS положительно коррелировали с LVEF. Напротив, эти показатели центральной нейронной активности продемонстрировали отрицательную корреляцию с сывороточным маркером сердечной недостаточности NT-proBNP. Данные корреляции указывают на то, что нейронная активация NTS, модулируемая EA, связана с ее периферической кардиопротекторной эффективностью.
Электроакупунктура изменяет глобальный протеомный профиль в ядре одиночного тракта
В связи с отсутствием терапевтического эффекта, наблюдавшимся в группе ложного электроакупунктурного воздействия (Sham EA) в ходе предшествующих функциональных исследований, этап протеомного анализа включал только группы Sham, CHF и EA. Перед забором тканей 12 крыс из каждой группы прошли эхокардиографическую оценку для анализа терапевтического действия электроакупунктуры (EA), результаты которой представлены на Дополнительном рисунке 1A. После данной оценки 6 биологических повторов из каждой группы были подвергнуты количественному протеомному анализу методом масс-спектрометрии.
Для оценки достоверности и общего распределения протеомных данных были проведены контроль качества и многомерный анализ. Общее количество идентифицированных белков составило 5 914 в группе Sham, 5 980 в группе CHF и 5 836 в группе EA, что свидетельствует о сопоставимом уровне обнаружения белков в трех экспериментальных группах (Рисунок 4A и Дополнительная таблица 1). Дискриминантный анализ методом частичных наименьших квадратов продемонстрировал четкое разделение групп Sham, CHF и EA, что указывает на выраженные различия в общих протеомных профилях, связанных с патологическим состоянием и воздействием EA (Рисунок 4B).
Попарный ортогональный анализ дискриминантных функций методом частичных наименьших квадратов дополнительно продемонстрировал разделение между группами Sham и CHF (Рисунок 4C), а также между группами CHF и EA (Рисунок 4D). Соответствующие пермутационные тесты подтвердили надежность этих моделей. Кроме того, тепловая карта корреляции Пирсона показала высокую степень внутригрупповой корреляции и выраженные межгрупповые закономерности среди протеомных образцов, что подтверждает воспроизводимость биологических повторностей (Рисунок 4E). В совокупности эти данные контроля качества и многомерного анализа свидетельствуют о том, что полученный протеомный набор данных достаточно надежен для последующей идентификации и биоинформатического анализа дифференциально экспрессируемых белков.
Электроакупунктура модулирует ключевые дифференциально экспрессируемые белки и сигнальные пути в ядре одиночного пути
Для изучения молекулярных мишеней электроакупунктуры (EA) был проведен анализ изменений уровней белков. На графиках «вулкан» показано распределение белков с повышенной и пониженной экспрессией при сравнении групп Sham и CHF, а также CHF и EA (Рисунок 5A, Дополнительная таблица 2 и Дополнительная таблица 3). Для идентификации терапевтических мишеней был проведен анализ пересечений. Как показано на диаграммах Венна, было выявлено 58 белков, экспрессия которых была повышена в группе CHF, но снижена после лечения EA, а также 27 белков с пониженной экспрессией в группе CHF, уровень которых повысился в результате вмешательства EA (Рисунок 5B и Дополнительная таблица 4). В результате данного скрининга было выделено в общей сложности 85 ключевых дифференциально экспрессируемых белков. Теплокарта иерархической кластеризации продемонстрировала, что вмешательство EA модулировало аномальные паттерны экспрессии этих 85 белков, сдвигая их профили в сторону исходных значений группы Sham (Рисунок 5C).
Для определения биологических функций этих основных мишеней были проведены раздельные анализы обогащения GO и KEGG для двух различных подмножеств белков. Для подмножества из 58 белков, экспрессия которых была снижена под воздействием EA, пузырьковая диаграмма GO продемонстрировала значительное обогащение биологическими процессами, включая организацию внеклеточного матрикса и организацию внеклеточных структур, а также клеточными компонентами, такими как внешняя инкапсулирующая структура и коллагеновый тример, и молекулярными функциями, включая связывание с коллагеном и связывание с глутаматным рецептором (Рисунок 5D и Дополнительная таблица 5). Последующий анализ путей KEGG, визуализированный с помощью хорд-диаграмм и диаграмм Sankey, показал, что эти 58 белков участвуют в таких каскадах, как переваривание и всасывание белков, организация цитоскелета в мышечных клетках и сигнальный путь TGF-β (Рисунок 5E и Дополнительная таблица 6). Эти топологические визуализации выделили специфические белки, включая COL3A1, COL14A1, MYH11, DCN и DPF2, в качестве ключевых узлов, связывающих несколько патологических путей.
Напротив, функциональная аннотация была проведена для подмножества из 27 белков, экспрессия которых повышалась при воздействии электроакупунктуры (EA). Анализ обогащения GO указал на участие в таких биологических процессах, как регуляция клеточного роста и положительная регуляция элонгации транскрипции на ДНК-матрице, а также в молекулярных функциях, включая кальций-зависимое связывание белков и связывание тетрапиррола (Рисунок 5F и Дополнительная таблица 7). Соответствующие хорд-диаграммы и диаграммы Sankey в базе данных KEGG соотнесли эти белки с критически важными путями, включая АТФ-зависимое ремоделирование хроматина и репрессивный комплекс Polycomb (Рисунок 5G и Дополнительная таблица 8). Примечательно, что такое картирование сети позволило выделить ключевые белки, такие как YY1, E2F2 и ENTPD5, которые связывают эти центральные сигнальные сети. Эта комплексная функциональная стратификация заложила структурную основу для последующей валидации основных мишеней.
Топология сети и профилирование экспрессии идентифицируют YY1 как потенциальную мишень, связанную с эффектами воздействия электроакупунктуры
Для определения хаб-гена среди 85 дифференциально экспрессируемых белков была построена сеть белок-белковых взаимодействий. Топологический анализ выявил 18 узлов с высокими показателями связности (Рисунок 6A и Дополнительная таблица 9). Впоследствии был проведен анализ путей KEGG специально для этих 18 хаб-белков. Соответствующие хордовые диаграммы и диаграммы Санки отобразили сложные взаимосвязи между этими хабами и обогащенными сигнальными каскадами, включая АТФ-зависимое ремоделирование хроматина, репрессивный комплекс polycomb и сигнальный путь TGF-β (Рисунок 6A и Дополнительная таблица 10). На основании этого функционального профилирования для дальнейшего скрининга были выбраны 10 наиболее выраженно обогащенных белков. Поскольку терапевтическая мишень электроакупунктуры (EA) находится в центральной нервной системе, эти 10 кандидатов были оценены с помощью базы данных экспрессии в тканях человека GTEx (Рисунок 6B и Дополнительный рисунок 1B–J). Результаты показали, что в тканях мозга экспрессировались только YY1 (Рисунок 6B), DMAP1 (Дополнительный рисунок 1C) и DPF2 (Дополнительный рисунок 1D).
Для выделения высокочувствительного потенциального мишени ЭА были проведены молекулярные эксперименты in vivo с использованием тканей ЯПД. Для оценки транскрипционной реактивности трех кандидатов, обогащенных в головном мозге, использовали количественную ПЦР в реальном времени. Экспрессия мРНК YY1 была снижена при ХСН и повышалась после лечения ЭА, в то время как уровни экспрессии мРНК DPF2 и DMAP1 не продемонстрировали статистически значимых изменений в экспериментальных группах (Рисунок 6C). Данный транскрипционный скрининг позволил исключить DPF2 и DMAP1 из дальнейшей валидации и подтвердил, что YY1 является основным реактивным кандидатом. Последующий анализ методом вестерн-блоттинга показал, что уровни белка YY1 были снижены в группе ХСН по сравнению с контрольной группой (Sham), в то время как вмешательство с помощью ЭА противодействовало этой тенденции, увеличивая экспрессию белка YY1 (Рисунок 6D и Рисунок 6E). Эти экспериментальные результаты указывают на то, что ЭА усиливает экспрессию YY1 в ЯПД.
Для исследования вышележащих регуляторных механизмов, управляющих экспрессией YY1, были проанализированы соответствующие модификации гистонов и факторы транскрипции. Важно отметить, что эти результаты основаны исключительно на вычислительных биоинформатических прогнозах, полученных с помощью Cistrome Data Browser, и не представляют собой прямое экспериментальное подтверждение методом ChIP-seq. Эпигенетический прогноз выявил модификации гистонов, включая H3K27ac, H3K27me3 и H3K4me3, с высокими показателями регуляторного потенциала для локуса YY1 (Рисунок 6F). Одновременно с этим оценка регуляторного потенциала позволила определить такие факторы транскрипции, как CDK9, PRDM1 и ELL2, в качестве вышележащих регуляторов YY1 (Рисунок 6G). Данные биоинформатические прогнозы описывают потенциальные эпигенетические и транскрипционные сети, контролирующие экспрессию YY1 в NTS.
Таким образом, представленные данные демонстрируют, что электроакупунктурное (EA) воздействие эффективно улучшает системную функцию сердца и смягчает повреждение миокарда у крыс с ХСН. Эти периферические кардиопротекторные эффекты сопровождаются на центральном уровне восстановлением нейронной активности разрядов и энергии нейронных осцилляций в области NTS. Кроме того, количественный протеомный скрининг выявил 85 основных дифференциально экспрессируемых белков и определил транскрипционный фактор YY1 как высокочувствительную мишень-кандидат. В совокупности эти результаты позволяют предположить, что терапевтическая эффективность EA при ХСН тесно связана с восстановлением нейронной функции NTS, и что повышение экспрессии YY1 может быть вовлечено в этот центральный нейробиологический процесс.
Доступность данных
Все данные, полученные и проанализированные для подтверждения результатов этого исследования, включены в текст рукописи и ее Supplementary File 1. В соответствии с требованием о публичной доступности данных, все имеющиеся необработанные данные, лежащие в основе этого исследования, были помещены в открытый репозиторий Zenodo и доступны бесплатно по следующей ссылке: https://doi.org/10.5281/zenodo.2030720. Дополнительные подтверждающие данные могут быть предоставлены соответствующими авторами по обоснованному запросу.

Рисунок 1: Схема эксперимента, создание модели хронической сердечной недостаточности у крыс и электроакупунктурное воздействие. (A) Общая схема эксперимента, включая временную шкалу и распределение по группам для двух независимых серий экспериментов. (Б) Репрезентативные записи электрокардиограмм до и после лигирования передней нисходящей ветви левой коронарной артерии; стрелками indicated элевация сегмента ST, подтверждающая ишемию миокарда. (C) Количественный анализ ФВЛЖ через 4 недели после операции для подтверждения успешного моделирования (биологических повторностей n = 6, среднее значение ± СКО). ***p < 0,01 по сравнению с контрольной группой (Sham). (D) Электроакупунктурное воздействие на билатеральные точки HT7. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.

Рисунок 2: Электроакупунктура улучшает функцию сердца и уменьшает повреждение миокарда у крыс с хронической сердечной недостаточностью. (A) Репрезентативные эхокардиограммы в M-режиме, а также изображения тканей миокарда, окрашенных гематоксилином и эозином и по методу Массона, для 4 экспериментальных групп (масштабная линейка = 50 µm). (B) Количественный анализ LVEF в группах (биологические повторности n = 6, среднее ± SD). ***p < 0.01 по сравнению с группой Sham; ###p < 0.01 по сравнению с группой CHF; ns — статистически незначимо по сравнению с группой CHF. (C) Количественный анализ LVFS в группах (биологические повторности n = 6, среднее ± SD). ***p < 0.001 по сравнению с группой Sham; ###p < 0.01 по сравнению с группой CHF; ns — статистически незначимо по сравнению с группой CHF. (D) Количественный анализ CVF в группах (биологические повторности n = 3, среднее ± SD). ***p < 0.01 по сравнению с группой Sham; ##p < 0.01 по сравнению с группой CHF; ns — статистически незначимо по сравнению с группой CHF. (E) Количественный анализ уровней NT-proBNP в сыворотке крови в группах (биологические повторности n = 6, среднее ± SD). ***p < 0.001 по сравнению с группой Sham; ###p < 0.01 по сравнению с группой CHF; ns — статистически незначимо по сравнению с группой CHF. (F) Количественный анализ уровней cTnT в сыворотке крови в группах (биологические повторности n = 6, среднее ± SD). ***p < 0.001 по сравнению с группой Sham; ###p < 0.01 по сравнению с группой CHF; ns — статистически незначимо по сравнению с группой CHF. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть этот рисунок в большем размере.

Рисунок 3: Электроакупунктура восстанавливает нейрональную активность в ядре одиночного тракта у крыс с хронической сердечной недостаточностью. (A) Репрезентативные изображения иммунофлуоресценции экспрессии c-Fos в NTS в разных группах. Ядра контрастированы DAPI, c-Fos-положительные клетки окрашены зеленым цветом. Пунктирные линии очерчивают анатомическую область, белые стрелки указывают на репрезентативные c-Fos-положительные нейроны (масштабная линейка = 30 µm). (B) Количественный анализ количества c-Fos-положительных клеток в разных группах (биологические повторности n = 3, среднее ± SD). ***p < 0.01 по сравнению с группой Sham; ###p < 0.001 по сравнению с группой CHF; ns — статистически не значимо по сравнению с группой CHF. (C) Репрезентативные записи электрофизиологических спайковых разрядов in vivo из NTS в разных группах. (D) Количественный анализ средней частоты нейрональных разрядов в разных группах (биологические повторности n = 3, среднее ± SD). ***p < 0.01 по сравнению с группой Sham; ###p < 0.01 по сравнению с группой CHF; ns — статистически не значимо по сравнению с группой CHF. (E) Репрезентативные 2D-спектрограммы локального полевого потенциала и 3D-топографии спектральной плотности мощности, иллюстрирующие энергию нейронных осцилляций в NTS. (F) Корреляционная матрица, оценивающая взаимосвязь между периферическими сердечно-сосудистыми фенотипами и параметрами центральной нейрональной активности. Красные и синие круги указывают на положительную и отрицательную корреляцию соответственно. **p < 0.01; ***p < 0.01. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.

Рисунок 4: Контроль качества и многомерный статистический анализ протеомных профилей в одиночном ядре блуждающего нерва. (A) Количественный обзор идентифицированных белков в 3 экспериментальных группах (биологические повторности n = 6). (B) График оценок дискриминантного анализа методом частичных наименьших квадратов, иллюстрирующий общее пространственное распределение и разделение групп. (C) График оценок ортогонального дискриминантного анализа методом частичных наименьших квадратов и соответствующий пермутационный тест, подтверждающий надежность модели для сравнения групп Sham и CHF (20 пермутаций). (D) График оценок ортогонального дискриминантного анализа методом частичных наименьших квадратов и соответствующий пермутационный тест, подтверждающий надежность модели для сравнения групп CHF и EA (200 пермутаций). (E) Теплокарта иерархической кластеризации коэффициентов корреляции Пирсона, оценивающая внутригрупповую воспроизводимость и межгрупповую вариабельность всех протеомных образцов. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.

Рисунок 5: Идентификация и анализ функционального обогащения основных дифференциально экспрессируемых белков, модулируемых электроакупунктурой в ядре одиночного тракта. (A) Графики «вулкан» (volcano plots), иллюстрирующие распределение белков с повышенной и пониженной экспрессией при сравнениях Sham против CHF и CHF против EA. (B) Диаграммы Венна, отображающие анализ пересечений для идентификации основных белков с пониженной и повышенной экспрессией после воздействия EA. (C) Тепловая карта иерархической кластеризации профилей экспрессии основных дифференциально экспрессируемых белков. (D) Пузырьковые диаграммы GO, детализирующие обогащенные биологические процессы, клеточные компоненты и молекулярные функции для подмножества белков с пониженной экспрессией. (E) Хордовые и диаграммы Санки KEGG, отображающие сигнальные пути, обогащенные белками с пониженной экспрессией. (F) Пузырьковые диаграммы GO, детализирующие обогащенные биологические процессы, клеточные компоненты и молекулярные функции для подмножества белков с повышенной экспрессией. (G) Хордовые и диаграммы Санки KEGG, отображающие сигнальные пути, обогащенные белками с повышенной экспрессией. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.

Рисунок 6: Топология сети, профилирование экспрессии в тканях и молекулярная валидация позволяют идентифицировать YY1 как потенциальную мишень, связанную с электроакупунктурой. (A) Сеть белок-белковых взаимодействий, хордовая диаграмма и диаграмма Санке для идентифицированных хабовых белков. (B) Профиль экспрессии YY1 в тканях человека, полученный из базы данных GTEx, где красной рамкой выделены ткани головного мозга. (C) Количественный анализ экспрессии мРНК YY1, DPF2 и DMAP1 в NTS в разных группах (биологические повторности n = 6, среднее ± SD). **p < 0.01, ***p < 0.01 по сравнению с группой Sham; ###p < 0.01 по сравнению с группой CHF; ns — статистически не значимо по сравнению с группой CHF. (D) Репрезентативные полосы вестерн-блоттинга для YY1 и β-actin в NTS в разных группах. (E) Количественный анализ экспрессии белка YY1 в разных группах (биологические повторности n = 3, среднее ± SD). ***p < 0.01 по сравнению с группой Sham; #p < 0.05 по сравнению с группой CHF. (F) Биоинформационное предсказание эпигенетических модификаций гистонов, регулирующих локус YY1, на основе показателей регуляторного потенциала. (G) Биоинформационное предсказание вышестоящих факторов транскрипции, регулирующих локус YY1, на основе показателей регуляторного потенциала. Нажмите здесь, чтобы просмотреть этот рисунок в большем размере.

Рисунок 7: Предлагаемая модель связи между электроакупунктурой в точке HT7, повышением экспрессии YY1, восстановлением нейронной активности в ядре одиночного тракта и улучшением состояния при хронической сердечной недостаточности. (Слева) Патологическое состояние: в модели ХСН, индуцированной перевязкой левой передней нисходящей (LAD) коронарной артерии, нейронная активность в NTS снижена, что сопровождается подавлением транскрипционного фактора YY1. Это центральное нейронное торможение связано с патологическим ремоделированием сердца, проявляющимся в снижении LVEF, усилении фиброза миокарда и повышении уровня сывороточных маркеров сердечной недостаточности. (Справа) Лечение ЭА: воздействие ЭА в акупунктурной точке HT7 повышает экспрессию YY1 в NTS и восстанавливает активность нейронов. Эта центральная нейромодуляция оказывает кардиопротекторное действие, ослабляя патологическое ремоделирование и улучшая системную функцию сердца. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
Дополнительный рисунок 1: Оценка сердечной функции протеомной когорты и профили экспрессии потенциальных хаб-генов в тканях человека. (A) Количественный анализ LVEF и LVFS в разных группах (биологические повторности n = 12, среднее ± SD). ***p < 0.01 по сравнению с группой Sham; ###p < 0.001 по сравнению с группой CHF. (B-J) Профили экспрессии потенциальных хаб-генов в тканях человека, полученные из базы данных GTEx, включая COL3A1 (B), DMAP1 (C), DPF2 (D), FMOD (E), MYH1 (F), E2F2 (G), LUM (H), DCN (I) и COL14A1 (J).Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать этот файл.
Дополнительная таблица 1: Комплексная матрица идентификации и количественного анализа глобального протеома в ядре одиночного тракта.В этой таблице представлен полный набор данных количественного протеомного анализа по всем экспериментальным когортам. Важные столбцы включают Protein ID (номер доступа UniProt), Gene (символ гена), First.Protein.Description (функциональная аннотация) и значения нормализованной интенсивности белков для каждого биологического повтора в группах Sham, CHF и EA (n = 6 в каждой группе).Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать этот файл.
Дополнительная таблица 2: Показатели важности переменных в проекции (VIP) по методу OPLS-DA для белков при сравнении групп Sham и CHF.В этой таблице перечислены признаки, которые позволяют разграничить группы Sham и CHF согласно модели OPLS-DA. Основные столбцы включают feature (идентификатор конкретного белка/гена) и VIP_value (важность переменной в проекции), который указывает на вклад каждого признака в разделение групп (пороговое значение VIP > 1.0).Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать этот файл.
Дополнительная таблица 3: Показатели важности переменных в проекции (VIP) OPLS-DA для белков при сравнении групп ХСН и ЭА.В этой таблице перечислены признаки, которые отличают группы ХСН и ЭА на основе модели OPLS-DA. Аналогично таблице S2, она включает столбец с признаками и соответствующее значение VIP_value, выделяя признаки, наиболее чувствительные к воздействию ЭА.Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать этот файл.
Дополнительная таблица 4: Подробный список 85 основных дифференциально экспрессируемых белков, модулируемых электроакупунктурой. В этой таблице представлено пересечение белков, экспрессия которых была значительно изменена при ХСН и впоследствии восстановлена в результате вмешательства с помощью ЭА. Важные столбцы включают Protein_ID, Gene, log2FC (log2 кратности изменения, указывающий на вариацию экспрессии), P_value для статистической значимости (порог p < 0,05) и VIP_value для оценки вклада в модель.Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать этот файл.
Дополнительная таблица 5: Анализ обогащения генных онтологий для подмножества снижающих экспрессию основных белков.В данной таблице представлена функциональная аннотация генных онтологий (GO) для 58 белков, экспрессия которых была снижена под воздействием EA. Важные столбцы включают ONTOLOGY (разделенный на категории: Биологический процесс [BP], Клеточный компонент [CC] и Молекулярная функция [MF]), функциональное описание (Description), p.adjust (скорректированное значение p для множественного тестирования) и geneID, который соответствует конкретным генам, обогащенным в каждом термине.Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать этот файл.
Дополнительная таблица 6: Анализ обогащения путей Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes для подмножества сниженных основных белков. В этой таблице представлены обогащенные сигнальные каскады для 58 белков со сниженным уровнем экспрессии. Основные столбцы включают название пути (Term), скорректированное значение p-value, указывающее на статистическую значимость обогащения, и конкретные пересекающиеся гены (Genes), участвующие в каждом пути.Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать этот файл.
Дополнительная таблица 7: Анализ обогащения Gene Ontology для подмножества повышенно экспрессируемых основных белков. В этой таблице представлена функциональная аннотация Gene Ontology (GO) для 27 белков, экспрессия которых повысилась под воздействием EA. Формат и определения столбцов (ONTOLOGY [BP, CC, MF], Description, p.adjust, geneID) идентичны тем, что подробно описаны в таблице S5.Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать этот файл.
Дополнительная таблица 8: Анализ обогащения путей Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) для подмножества ап-регулируемых основных белков.В данной таблице представлены обогащенные сигнальные каскады для 27 ап-регулируемых белков. Формат и определения столбцов (Термин, Скорректированное значение p, Гены) идентичны тем, что подробно описаны в таблице S6.Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать этот файл.
Дополнительная таблица 9: Показатели топологической связности 18 хабовых белков, полученные из сети белок-белковых взаимодействий.В данной таблице обобщены топологические параметры сети, использованные для идентификации основных хабовых генов. Ключевые столбцы включают название гена и центральные метрики сети, такие как степень (Degree), посредничество (Betweenness Centrality) и близость (Closeness Centrality), которые количественно определяют относительную значимость и связность каждого узла внутри биологической сети.Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать этот файл.
Дополнительная таблица 10: Анализ обогащения путей KEGG (Киотская энциклопедия генов и геномов) для 18 белков-хабов сети.В этой таблице представлены специфические сигнальные пути, обогащенные исключительно 18 выявленными белками-хабами. Основные столбцы включают название пути (Term), скорректированное значение p для определения значимости и соответствующие гены, обеспечивающие функциональное обогащение.Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать этот файл.
Дополнительный файл 1: R-скрипты, использованные для анализа и визуализации данных, и необрезанные изображения вестерн-блоттинга. Дополнительный файл содержит R-скрипты, использованные для анализа корреляции Пирсона, построения двойного графика «вулкан» (volcano plot) и идентификации белков с инверсией экспрессии под действием EA, анализа обогащения Gene Ontology (GO), построения тепловой карты иерархической кластеризации, визуализации обогащения Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), ортогонального анализа дискриминантных функций методом частичных наименьших квадратов (OPLS-DA) и пермутационного тестирования, анализа дискриминантных функций методом частичных наименьших квадратов (PLS-DA), построения тепловой карты корреляции протеомных образцов и анализа диаграмм Венна.Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать этот файл.