Использование Планшетные сканеры для сбора высокого разрешения Время истек Изображения на Arabidopsis Root гравитропической ответ

Этот протокол описан способ быстрого сбора изображений Arabidopsis рассаду, реагирующих на стимул тяжести с использованием коммерчески доступных-планшетные сканеры. Метод позволяет недорогой, в больших объемах захвата изображений, поддающихся для алгоритмов вниз по течению анализа с высокой разрешающей способностью.

Общая цель этого видео – проиллюстрировать метод получения изображений с высоким разрешением с помощью сканера реакции корневой тропики в опсисе модельного растения. Чтобы начать этот протокол, семена из назначенного семенного фонда высаживают на чашки Петри, содержащие прозрачную среду После того, как семена прорастут в течение определенного периода времени, чашки Петри извлекаются из камеры роста, подготавливаются к сканированию, а затем помещаются в вертикально ориентированные планшетные сканеры. Затем пластины поворачиваются на 90 градусов и сканируются в течение определенного периода времени.

Изображения сохраняются либо на компьютере, либо на устройстве хранения данных и используются в дальнейшем для обработки изображений. Перед получением изображения подготовьте планшеты, содержащие две отсканированные В растительные ткани. Сначала впитайте скопившийся конденсат на крышке и боковых сторонах пластины AGA салфеткой.

Затем нанесите большое количество Triton X 100, чтобы предотвратить образование конденсата в будущем. Наконец, завершите этот процесс, обернув пластину микропористой лентой, чтобы зафиксировать крышку и позволить вентиляции начать получение изображения. Настройте папки для сохранения изображений в нужном месте.

Имя каждой папки состоит из компиляции метаданных, относящихся к сканируемой информации. В этом примере уникальный id, возраст, размер и запас семян были включены в имена папок. Затем эти метаданные можно скопировать и вставить в имя папки.

Этот протокол предполагает, что для сбора изображений используется более одного сканера, и предоставляет инструкции по подключению нескольких сканеров к одному компьютеру. По этой причине для сохранения изображений настроены три папки. Следующим шагом является установка таймеров на назначенное время сбора.

Поскольку на этом этапе еще предстоит немного подготовки, обязательно установите таймеры на немного больше времени. Далее включаем первый сканер и открываем программу просмотра сканирования. На вкладке ввода установите источник нужного сканера, а в раскрывающемся списке автоповтора — значение «Нет» на вкладке обрезки.

Установите область предварительного просмотра на Максимум и нажмите кнопку предварительного просмотра. Выберите рамку обрезки, которая будет захватывать интересующую область, и установите область предварительного просмотра в положение Рамка обрезки. Затем просмотрите изображение еще раз.

Чтобы сохранить собранные данные в нужном месте, нажмите вкладку вывода и найдите ранее сделанные имена папок, которые соответствуют каждому сканеру. Включите следующий сканер и повторите просмотр сканирования. Настройте направления для двух других сканеров, убедившись, что вы выбрали правильные папки для сохранения данных.

Также важно просмотреть каждую вкладку и убедиться, что все настройки сканера соответствуют желаемым. Наша лаборатория обнаружила, что следующие настройки лучше всего подходят для типа сбора изображений. Однако для разных типов коллекции изображений могут потребоваться другие настройки.

После того, как все настройки будут отмечены, выберите вкладку ввода и установите выпадающий список автоматического повтора в положение непрерывного на всех трех сканерах. Поместите подготовленные пластины в сканеры так, чтобы рассада была ориентирована горизонтально, и временно приложите войлочную сторону фона к пластинам, чтобы обеспечить устойчивость в сканере. Если при выполнении этого протокола с партнером один человек поворачивает пластины на 90 градусов и сразу же ощущает фон зрения, другой человек затем нажимает кнопку сканирования и оба фиксируют фон на сканере с помощью эластичного шнура.

Повторяет этот процесс для второго и третьего сканеров. Полное сканирование каждого изображения должно занять около двух-трех минут. Рекомендуется проверить папки, в которых сохраняются изображения, чтобы убедиться, что все они сохраняются правильно.

Идеально хранить сканеры в месте, где не будет помех во время назначенного временного сканирования. Также целесообразно учитывать условия окружающей среды в области сканирования, чтобы обеспечить идеальные фенотипические реакции. Следующие изображения являются примерами изображений, собранных с помощью метода, описанного в этом видео.

Панели A и B и C и D являются первыми и окончательными изображениями за один период сканирования. A и B показывают полную отсканированную область. В то время как C и D являются обрезанной областью сканируемой области, показывающей одну пластину, можно наблюдать несколько несоответствий.

На рисунке А показаны различия в росте и траектории роста. На рисунке B показано, что пластины могут накапливать конденсат, в то время как изображения C и D считаются хорошими результатами из-за активного роста рассады и качества изображения на протяжении всего цикла. Процедура, описанная в этой статье, вписывается в свою собственную нишу в мире визуализации корней в том смысле, что она отличается высокой пропускной способностью и высоким разрешением, оставаясь при этом относительно доступной.

Дополнительным преимуществом этого подхода является то, что его можно легко настроить в соответствии с потребностями в визуализации конкретной исследовательской группы. Метод также настраивается для визуализации других людей.