Практическое руководство по Филогенетика для неспециалистов

35.5K просмотров

Цитируется: 11

12:00 мин.

5 февраля 2014 г.

10.3791/50975-v

5 февраля 2014 г.

35.5K просмотров

Damien O'Halloran¹

¹Department of Biological Sciences and Institute for Neuroscience, The George Washington University

Здесь мы опишем шаг за шагом трубопровод для генерации надежных филогении из наборов данных последовательности нуклеотидов или аминокислот. Это руководство стремится служить исследователей или студентов новых к филогенетического анализа.

Больше видео

Выравнивание последовательностей

поиск Blast

метод максимального правдоподобия

байесовский вывод

множественное выравнивание последовательностей

визуализация деревьев

выбор модели

эволюционный анализ

генные последовательности

Chapters in this video

0:05

Название

0:59

Basic Local Alignment Search Tool (BLAST): онлайн-интерфейс

1:57

BLAST: локальные исполняемые файлы для Windows

3:52

BLAST: локальные исполняемые файлы для Mac

5:54

Построение множественного выравнивания последовательностей

6:50

Определение наиболее подходящих моделей эволюции

7:24

Реконструкция филогении на основе последовательностей методом максимального правдоподобия или байесовским выводом

8:25

Визуализация филогений

8:56

Результаты: поиск сходства, выравнивание, определение наиболее подходящих моделей и реконструкция филогенетических деревьев

11:29

Заключение