20 марта 2015 г.
Мы описываем изготовление и характеристику нанобиологических систем, взаимодействующих наноструктурированных субстратов с иммобилизованными белками и аптамерами. Сообщается о соответствующих экспериментальных этапах, включающих литографическое изготовление наноструктурированных подложек, биофункционализацию и характеристику спектроскопии комбинационного рассеяния света с усилением поверхности (SERS). Продемонстрировано обнаружение поверхностно-иммобилизованных белков с помощью SERS и зондирование связывания белок-лиганд и аптамер-лиганд.
Общая цель данного эксперимента заключается в изготовлении и определении характеристик сопряженных нанобиологических систем, взаимодействующих с твердыми наноструктурированными субстратами с иммобилизованными биомолекулами. Это достигается за счет использования электронно-лучевой литографии со сверхвысоким разрешением или EBL для получения массивов крошечных металлических наноструктур на носителях из плавленого кремнезема. На втором этапе субстраты помещаются в раствор, и биомолекулы иммобилизуются на их поверхности, создавая нанобиологические интерфейсы.
Затем используется спектроскопия рамена с улучшенной поверхностью или SIRS для зондирования биологических молекул на границах раздела. Полученные спектры sir демонстрируют характерные для конкретных молекул моды рамен с интенсивностью, сильно зависящей от конструкции подложки. Основное преимущество нашего подхода перед существующими методами, такими как инфракрасная спектроскопия, заключается в том, что чувствительность может быть значительно увеличена за счет поверхностной плазмы и резонанса внутри металлических наноструктур.
Наш подход позволяет создавать высокоселективные поверхности, которыми можно легко управлять с помощью комбинации молекулярной функционализации и электронно-лучевой литографии. Этот метод может ответить на ключевые вопросы в различных областях: от поисковых исследований в структурной биологии или услуг, мобилизуемых полимерами, до разработки различных устройств с использованием нанобиологических интерфейсов. Эти методы могут дать научное представление о структурных свойствах биомолекул с последствиями, распространяющимися на медицинскую диагностику или обнаружение окружающей среды.
Как правило, люди, плохо знакомые с этим методом, могут испытывать трудности, поскольку он включает в себя аспекты нанопроизводства, функционализации поверхности, биохимии и спектроскопии, которые традиционно не были связаны между собой. Для этого используйте вращатель пластин с вакуумным патроном и поместите образцы по отдельности в центр патрона. Поместите одну каплю резиста ПММА на центр образцов с помощью стеклянной пипетки.
Затем вращайтесь со скоростью 3 500 об/мин в течение 60 секунд с двухсекундным временем ускорения. Затем запекайте подложки при температуре 180 градусов Цельсия в течение трех-пяти минут после запекания подложек, охлаждайте образцы до комнатной температуры, охлаждая подложки, и верните в спиннер. Нанесите на подложку каплю проводящего полимера.
Вращайте подложку в течение 40 секунд со скоростью 3000 об/мин с двухсекундным нарастанием после отжима. Запекайте образцы при температуре 80 градусов Цельсия в течение одной минуты после выполнения электронно-лучевой литографии или воздействия EBL, как описано в текстовом протоколе, подготовьте стакан с ионизированной водой для удаления проводящего полимера. Затем приготовьте второй стакан с проявителем и помешивайте в течение пяти минут, установив комнатную температуру.
Наконец, приготовьте изопропанол в третьем стакане в качестве ополаскивателя с помощью пинцета. Поместите образцы в воду на три секунды, чтобы удалить проводящую полимерную пленку. Затем поместите образец в проявитель и медленно перемещайте пинцет вверх и вниз в течение 20 секунд, немедленно перенесите субстраты на изопропанол и промойте еще 10 секунд, прежде чем высушить образец азотом, загрузите образцы вверх ногами в систему электронно-лучевого испарителя, чтобы испарившийся металл мог осаждаться на передней поверхности образцов.
Нанесите слой золота толщиной 10 нанометров на образцы для первого и третьего образцов и слой серебра толщиной 10 нанометров для дизайна. Два со скоростью примерно 0,1 нанометра в секунду. Затем заполните водой ультразвуковую систему до рекомендуемой высоты и наполните отдельным стаканом ацетон.
Положите образец лицевой стороной вверх на дно стакана и дайте образцу впитаться в течение 10 минут, держа стакан. Поместите его на водяную баню и позвольте высоте ацетона соответствовать высоте воды. Затем включите систему ультразвука.
Позвольте ультразвуковой обработке происходить в течение 60 секунд. Для подготовки дизайна одного образца сначала приготовьте один миллимолярный раствор MUA и этанола при комнатной температуре и обработайте ультразвуком в течение 10 минут. Погрузите соответствующую наноструктурированную подложку в раствор MUA на 48 часов.
Затем трижды промойте пробу этанолом и просушите в течение пяти минут. Установите комнатную температуру. Далее приготовьте 75 миллимолярный раствор EDC и дистиллированной воды.
Также приготовьте 15 миллимолярный раствор NHS в дистиллированной воде с помощью микропипетки, 100 микролитров NHS на золото на подложке и сразу же добавьте 100 микролитров EDC на ту же область. Инкубируйте в течение одной минуты, чтобы активировать самоорганизующийся монослой MUA. Затем поместите 100 микролитров капли белка, раствор на тот же участок субстрата.
Поместите образец в одну камеру чашки Петри, а в другую — один миллилитр дистиллированной воды. Закройте чашку Петри крышкой и храните образец в течение 24 часов при температуре пять градусов Цельсия. Далее промойте образец в дистиллированной воде три раза непрерывно в отдельных стаканах по 20 секунд в каждом стакане, не давая образцам высохнуть после промывки или во время полоскания для конструкции двух образцов.
Приготовьте 0,9 миллимолярного раствора глюкозосвязывающего белка или ГБП в буфере из фосфата калия. Также приготовьте 100 миллимолярный раствор ДГ глюкозы в буфере. Далее смешайте 30 микролитров раствора глюкозы D и 30 микролитров раствора GBP.
Используя пластиковый контейнер для микропробирок объемом один миллилитр и микропипетку, инкубируйте в течение 30 минут, затем нанесите на подготовленные субстраты 20 микролитров раствора GBP, свободного от лиганда, и 20 микролитров связанного с лигандом раствора GBP. С помощью микропипетки храните образцы при температуре пять градусов Цельсия в течение 24 часов в чашке Петри с герметичной крышкой. Промойте образцы три раза в буферном растворе фосфата калия при комнатной температуре для приготовления.
В трех образцах разбавляют дофаминсвязывающий апре или раствор DBA до концентрации одного микромоляра. Используя буфер tris EDTA с конечным pH 7,4, приготовьте раствор дофамина с концентрацией пять микромоляров, отмерив порошок дофамина на аналитических весах и смешав его с фосфатно-солевым буфером или PBS с помощью шарика для перемешивания в течение пяти минут. Затем нанесите каплю 20 микролитров раствора DBA на поверхность каждой подложки и дайте образцу постоять в течение часа при комнатной температуре, накрыв чашку Петри крышкой.
После трехкратной промывки образцов в буфере с фосфатом калия поместите образцы вертикально на чистую салфетку, чтобы высушить заднюю сторону, сохраняя при этом пленку на лицевой стороне подложки. Отложите образец в сторону в качестве контроля. Далее поместите каплю в пять микролитров раствора дофамина на поверхность имеющегося PBS.
Капните на оставшиеся образцы. Инкубируйте образцы в течение 10 минут, прежде чем промыть образцы в буферном растворе фосфата калия три раза. Для проведения рамен-спектроскопии.
Поместите каждый образец в водонепроницаемую камеру, чтобы избежать испарения при лазерном воздействии. Наполните пластиковый шприц химически инертной высоковакуумной смазкой. Затем поместите образцы на предметные стекла и нанесите несколько миллиметров смазки вокруг образцов, не касаясь образцов.
Поместите крышку микроскопа поверх подложки. Аккуратно надавите, чтобы образовалось уплотнение, создавая тонкую жидкую границу между подложками и защитными стеклами, не допуская контакта буфера с вакуумной смазкой. Используя систему оптического комбинационного микроскопа, получить фокус на поверхности металлической нанографической области, подлежащей исследованию, без включения лазера.
Выполните рамановскую выборку, как описано в показанном текстовом протоколе. Вот массивы наноузоров из золота и серебра, никеля на плавленом кремнеземе. Использование электронно-лучевой литографии или EBL позволяет получить превосходное положение и размеры.
Размер контрольной точки и ширина зазора контролируются экспозицией EBL. Здесь отображены массивы шестиугольников из золота и серебра и никеля. Зародышеобразование таких очень тонких металлических слоев приводит к образованию прерывистых структур.
Вот спектр ряда иммобилизованного белка А в дизайне один: интенсивность сигнала от первого массива намного сильнее, чем от второго массива. Сигнал от третьего массива был очень слабым. Очевидно, что расстояние между зазорами является критическим параметром для развязки плазмы и улучшения поверхности отображаемого рассеивания рамена.
Вот спектры глюкозосвязывающего белка, показывающие эффекты различных конструкций субстратов в свободном лиганде и связанном с лигандом состоянии. Наконец, показаны спектры дофаминсвязывающего аптамера для свободных лигандов и связанных с лигандом молекул. Для справки приведен спектр порошка дофамина.
При выполнении этой процедуры важно избегать загрязнения оснований. Так как метод спектроскопии очень чувствителен и у вас могут быть ложные показания с помощью этой процедуры. Для конкретного аналита могут быть определены оптимальные конструкции исходной подложки.
Затем могут быть выполнены другие методы nphy, такие как non-print phy, для улучшения масштабируемости изготовления подложки после ее разработки. Этот метод помог исследователям в области биохимии и биосенсорики обнаруживать биологические молекулы без определенных поверхностей в очень малых количествах, оставаясь при этом в растворе. После просмотра этого видео у вас должно сложиться хорошее представление о том, как контролировать размер наноструктуры металла и свойства пленки с помощью производственных технологий и как использовать различные стратегии распознавания биомолекул для нацеливания на различные аналиты.
В данном исследовании описывается изготовление и характеристика нанобиологических систем, которые соединяют наноструктурированные подложки с иммобилизированными белками и аптамерами. Методы включают литографическое изготовление, био-функционализацию и характеристику с помощью усиленной поверхностной рамановской спектроскопии (SERS).
Surface-enhanced Raman spectroscopy (SERS) combined with electron beam lithography (EBL) enables detection of biomolecular interactions at nanostructured interfaces, supporting target validation through direct observation of binding events. This approach enhances sensitivity for low-abundance analytes, improving predictive confidence in early discovery by reducing false negatives in biomolecular screening. The method provides a reusable platform for assay development, allowing scalable evaluation of ligand binding across protein and aptamer-based systems.
This method integrates into the discovery continuum by enabling hypothesis-driven target validation, followed by assay optimization for screening campaigns, and informing preclinical continuity through binding-derived structural insights.