Amplification, следующего поколения Секвенирование и геномную ДНК Mapping ретровирусных интеграции сайты

Мы описываем протокол для амплификации сайтов интеграции ретровирусной инфекции из геномной ДНК инфицированных клеток, секвенирования амплифицированных соединений вирус-хозяин, а затем картирования этих последовательностей на референсный геном. Мы также описываем методы количественной оценки распределения сайтов интеграции относительно различных геномных аннотаций с помощью BEDTools.