Amplification, следующего поколения Секвенирование и геномную ДНК Mapping ретровирусных интеграции сайты

17.7K просмотров

Цитируется: 56

09:31 мин.

22 марта 2016 г.

10.3791/53840-v

22 марта 2016 г.

17.7K просмотров
 ,  , 

Мы описываем протокол для амплификации сайтов интеграции ретровирусной инфекции из геномной ДНК инфицированных клеток, секвенирования амплифицированных соединений вирус-хозяин, а затем картирования этих последовательностей на референсный геном. Мы также описываем методы количественной оценки распределения сайтов интеграции относительно различных геномных аннотаций с помощью BEDTools.

Больше видео

ПЦР с лигированием

Chapters in this video

0:05

Название

0:39

Создание стокового раствора ретровируса

2:20

Инфицирование клеток HEK293T вирусом

4:30

Фрагментация геномной ДНК

5:33

Лигирование олигонуклеотидного линкера к фрагментированной геномной ДНК

6:58

Амплификация участков стыка вирусного LTR и геномной ДНК хозяина с помощью полугнездовой ПЦР

8:02

Результаты: логотипы последовательностей, отображающие предпочтения HIV-1 к основаниям в репрезентативных библиотеках экспериментов

8:52

Заключение

Related Videos