ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Мы благодарны Ханне Кляйншмидт за отличную техническую поддержку. Эта статья была подготовлена в рамках программы поддержки открытого доступа Deutsche Forschungsgemeinschaft и издательского фонда Гёттингенского университета имени Георга Августа.

<ol><li>Seng, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ongoing+revolution+in+bacteriology%3A+routine+identification+of+bacteria+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization+time-of-flight+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry.</a> Clin Infect Dis. 49 (4), 543-551 (2009).</li>
<li>Bader, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF-MS-based+species+identification+and+typing+approaches+in+medical+mycology%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF-MS-based species identification and typing approaches in medical mycology.</a> Proteomics. 13 (5), 788-799 (2013).</li>
<li>Sandrin, T. R., Goldstein, J. E., Schumaker, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI+TOF+MS+profiling+of+bacteria+at+the+strain+level%3A+a+review%5BTitle%5D)+AND+%22Mass+Spectrom+Rev%22%5BJournal%5D)">MALDI TOF MS profiling of bacteria at the strain level: a review.</a> Mass Spectrom Rev. 32 (3), 188-217 (2013).</li>
<li>Zautner, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discrimination+of+multilocus+sequence+typing-based+Campylobacter+jejuni+subgroups+by+MALDI-TOF+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Discrimination of multilocus sequence typing-based Campylobacter jejuni subgroups by MALDI-TOF mass spectrometry.</a> BMC Microbiol. 13, 247(2013).</li>
<li>Reil, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recognition+of+Clostridium+difficile+PCR-ribotypes+001%2C+027+and+126%2F078+using+an+extended+MALDI-TOF+MS+system%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Clin+Microbiol+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Recognition of Clostridium difficile PCR-ribotypes 001, 027 and 126/078 using an extended MALDI-TOF MS system.</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 30 (11), 1431-1436 (2011).</li>
<li>Kuhns, M., Zautner, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+discrimination+of+Salmonella+enterica+serovar+Typhi+from+other+serovars+by+MALDI-TOF+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rapid discrimination of Salmonella enterica serovar Typhi from other serovars by MALDI-TOF mass spectrometry.</a> PLoS One. 7 (6), e40004(2012).</li>
<li>Wolters, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF+MS+fingerprinting+allows+for+discrimination+of+major+methicillin-resistant+Staphylococcus+aureus+lineages%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Med+Microbiol%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF MS fingerprinting allows for discrimination of major methicillin-resistant Staphylococcus aureus lineages.</a> Int J Med Microbiol. 301 (1), 64-68 (2011).</li>
<li>Josten, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+the+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-time+of+flight+mass+spectrum+of+Staphylococcus+aureus+identifies+mutations+that+allow+differentiation+of+the+main+clonal+lineages%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Analysis of the matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrum of Staphylococcus aureus identifies mutations that allow differentiation of the main clonal lineages.</a> J Clin Microbiol. 51 (6), 1809-1817 (2013).</li>
<li>Lu, J. J., Tsai, F. J., Ho, C. M., Liu, Y. C., Chen, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptide+biomarker+discovery+for+identification+of+methicillin-resistant+and+vancomycin-intermediate+Staphylococcus+aureus+strains+by+MALDI-TOF%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Peptide biomarker discovery for identification of methicillin-resistant and vancomycin-intermediate Staphylococcus aureus strains by MALDI-TOF.</a> Anal Chem. 84 (13), 5685-5692 (2012).</li>
<li>Novais, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF+mass+spectrometry+as+a+tool+for+the+discrimination+of+high-risk+Escherichia+coli+clones+from+phylogenetic+groups+B2+%28ST131%29+and+D+%28ST69%2C+ST405%2C+ST393%29%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Clin+Microbiol+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF mass spectrometry as a tool for the discrimination of high-risk Escherichia coli clones from phylogenetic groups B2 (ST131) and D (ST69, ST405, ST393).</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. , (2014).</li>
<li>Matsumura, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+extended-spectrum-beta-lactamase-producing+Escherichia+coli+ST131+and+ST405+clonal+groups+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-time+of+flight+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Detection of extended-spectrum-beta-lactamase-producing Escherichia coli ST131 and ST405 clonal groups by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry.</a> J Clin Microbiol. 52 (4), 1034-1040 (2014).</li>
<li>Christner, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+MALDI-TOF+Mass+Spectrometry+Strain+Typing+during+a+Large+Outbreak+of+Shiga-Toxigenic+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rapid MALDI-TOF Mass Spectrometry Strain Typing during a Large Outbreak of Shiga-Toxigenic Escherichia coli.</a> PLoS One. 9 (7), e101924(2014).</li>
<li>Zautner, A. E., Masanta, W. O., Weig, M., Groß, U., Bader, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+Spectrometry-based+PhyloProteomics+%28MSPP%29%3A+A+novel+microbial+typing+Method%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Mass Spectrometry-based PhyloProteomics (MSPP): A novel microbial typing Method.</a> Scientific Reports. 5, (2015).</li>
<li>The global view of campylobacteriosis. WHO. World Health Organisation (WHO), , Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.who.int/foodsafety/publications/campylobacteriosis/en/">http://www.who.int/foodsafety/publications/campylobacteriosis/en/</a> (2013).</li>
<li>Dasti, J. I., Tareen, A. M., Lugert, R., Zautner, A. E., Gross, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Campylobacter+jejuni%3A+a+brief+overview+on+pathogenicity-associated+factors+and+disease-mediating+mechanisms%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Med+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Campylobacter jejuni: a brief overview on pathogenicity-associated factors and disease-mediating mechanisms.</a> Int J Med Microbiol. 300 (4), 205-211 (2010).</li>
<li>Zautner, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seroprevalence+of+campylobacteriosis+and+relevant+post-infectious+sequelae%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Clin+Microbiol+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Seroprevalence of campylobacteriosis and relevant post-infectious sequelae.</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 33 (6), 1019-1027 (2014).</li>
<li>Zautner, A. E., Herrmann, S., Groß, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Campylobacter+jejuni+-+The+Search+for+virulence-associated+factors%5BTitle%5D)+AND+%22Archiv+Fur+Lebensmittelhygiene%22%5BJournal%5D)">Campylobacter jejuni - The Search for virulence-associated factors.</a> Archiv Fur Lebensmittelhygiene. 61 (3), 91-101 (2010).</li>
<li>Dingle, K. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multilocus+sequence+typing+system+for+Campylobacter+jejuni%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Multilocus sequence typing system for Campylobacter jejuni.</a> J Clin Microbiol. 39 (1), 14-23 (2001).</li>
<li>Dingle, K. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+characterization+of+Campylobacter+jejuni+clones%3A+a+basis+for+epidemiologic+investigation%5BTitle%5D)+AND+%22Emerg+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Molecular characterization of Campylobacter jejuni clones: a basis for epidemiologic investigation.</a> Emerg Infect Dis. 8 (9), 949-955 (2002).</li>
<li>Cody, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+genomic+epidemiological+evaluation+of+human+Campylobacter+isolates+by+use+of+whole-genome+multilocus+sequence+typing%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Real-time genomic epidemiological evaluation of human Campylobacter isolates by use of whole-genome multilocus sequence typing.</a> J Clin Microbiol. 51 (8), 2526-2534 (2013).</li>
<li>Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MEGA6%3A+Molecular+Evolutionary+Genetics+Analysis+version+6.0%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Evol%22%5BJournal%5D)">MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0.</a> Mol Biol Evol. 30 (12), 2725-2729 (2013).</li>
<li>Jolley, K. A., Chan, M. S., Maiden, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mlstdbNet+-+distributed+multi-locus+sequence+typing+%28MLST%29+databases%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">mlstdbNet - distributed multi-locus sequence typing (MLST) databases.</a> BMC Bioinformatics. 5, 86(2004).</li>
<li>Verroken, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+Matrix-Assisted+Laser+Desorption+Ionization-Time+of+Flight+Mass+Spectrometry+for+Identification+of+Nocardia+Species%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clinl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Evaluation of Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry for Identification of Nocardia Species.</a> J Clinl Microbiol. 48 (11), 4015-4021 (2010).</li>
<li>El Khéchine, A., Couderc, C., Flaudrops, C., Raoult, D., Drancourt, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Matrix-Assisted+Laser+Desorption%2FIonization+Time-of-Flight+Mass+Spectrometry+Identification+of+Mycobacteria+in+Routine+Clinical+Practice%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry Identification of Mycobacteria in Routine Clinical Practice.</a> PLoS ONE. 6 (9), e24720(2011).</li>
<li>Goujon, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+bioinformatics+analysis+tools+framework+at+EMBL-EBI%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">A new bioinformatics analysis tools framework at EMBL-EBI.</a> Nucleic Acids Research. 38, Web Server issue 695-699 (2010).</li>
<li>Hall, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BioEdit%3A+a+user-friendly+biological+sequence+alignment+editor+and+analysis+program+for+Windows+95%2F98%2FNT%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Symposium+Series%22%5BJournal%5D)">BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT.</a> Nucleic Acids Symposium Series. 41, 95-98 (1999).</li>
<li>Jolley, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ribosomal+multilocus+sequence+typing%3A+universal+characterization+of+bacteria+from+domain+to+strain%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Ribosomal multilocus sequence typing: universal characterization of bacteria from domain to strain.</a> Microbiology. 158, 1005-1015 (2012).</li>
<li>Suarez, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ribosomal+proteins+as+biomarkers+for+bacterial+identification+by+mass+spectrometry+in+the+clinical+microbiology+laboratory%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microbiol+Methods%22%5BJournal%5D)">Ribosomal proteins as biomarkers for bacterial identification by mass spectrometry in the clinical microbiology laboratory.</a> J Microbiol Methods. 94 (3), 390-396 (2013).</li>
<li>Teramoto, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phylogenetic+classification+of+Pseudomonas+putida+strains+by+MALDI-MS+using+ribosomal+subunit+proteins+as+biomarkers%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Phylogenetic classification of Pseudomonas putida strains by MALDI-MS using ribosomal subunit proteins as biomarkers.</a> Anal Chem. 79 (22), 8712-8719 (2007).</li>
<li>Teramoto, K., Kitagawa, W., Sato, H., Torimura, M., Tamura, T., Tao, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phylogenetic+analysis+of+Rhodococcus+erythropolis+based+on+the+variation+of+ribosomal+proteins+as+observed+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-mass+spectrometry+without+using+genome+information%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biosci+Bioeng%22%5BJournal%5D)">Phylogenetic analysis of Rhodococcus erythropolis based on the variation of ribosomal proteins as observed by matrix-assisted laser desorption ionization-mass spectrometry without using genome information.</a> J Biosci Bioeng. 108 (4), 348-353 (2009).</li>
<li>Bernhard, M., Weig, M., Zautner, A. E., Gross, U., Bader, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Yeast+on-target+lysis+%28YOTL%29%2C+a+procedure+for+making+auxiliary+mass+spectrum+data+sets+for+clinical+routine+identification+of+yeasts%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Yeast on-target lysis (YOTL), a procedure for making auxiliary mass spectrum data sets for clinical routine identification of yeasts.</a> J Clin Microbiol. 52 (12), 4163-4167 (2014).</li>
<li>Stark, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+spectrometric+profiling+of+Bacillus+cereus+strains+and+quantitation+of+the+emetic+toxin+cereulide+by+means+of+stable+isotope+dilution+analysis+and+HEp-2+bioassay%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Bioanal+Chem%22%5BJournal%5D)">Mass spectrometric profiling of Bacillus cereus strains and quantitation of the emetic toxin cereulide by means of stable isotope dilution analysis and HEp-2 bioassay.</a> Anal Bioanal Chem. 405 (1), 191-201 (2012).</li>
</ol>

Авторам нечего раскрывать.

Самым важным шагом в создании схемы MSPP является однозначная генетическая определение биомаркеров ионных идентичностей. Если это не представляется возможным идентифицировать биомаркеров , несомненно, то его следует исключить из схемы 13. C. jejuni подвид. doylei схема включает в себя 14 различных ионов биомаркеров. Эти 5 меньше по сравнению с C. jejuni подвид. Схема jejuni МОЗН 13 .Наиболее существенная разница между выявляемой C...

В течение последнего десятилетия, время пролета масс - спектрометрии матричной лазерной десорбцией ионизации (MALDI-TOF MS) выдвигала быть высоко оценен стандартным методом микробного рода и видовой идентификации в клинической микробиологии 1, 2. идентификация видов основан на регистрации небольших белковых отпечатков пальцев интактных клеток или клеточных лизатов. Типичный диапазон массы для масс-спектрометра, используемого в обычной клинической микробиологии является 2-20 кД. Кроме того, в результате чего спектры могут быть использованы для различения деформаций на ниже видов и ниже подвида уровня 3. Ранние пионерские исследования выявили специфические ионы биомаркеров для конкретной подгруппы штаммов в Campylobacter jejuni 4 Clostridium несговорчивый 5, сальмонелла энтерика подвид. enterica серовар Typhi 6, стафилококк 7 - 9, и Escherichia палочка 10 - 12. Сочетание нескольких переменных масс биомаркеров, соответствующих аллельных изоформ дает возможность для более глубокого подтипов. Ранее мы успешно реализовали метод для преобразования этих вариаций массовых профилей в значимых и воспроизводимых phyloproteomic отношений , называемых массовых phyloproteomics основе спектрометрия (MSPP) на C. jejuni подвид. Коллекция jejuni изолят 13. МОЗН может быть использован масс-спектрометрический, эквивалентную последовательности ДНК методов подтипов, основанных как последовательности мультилокусная ввода (MLST). Виды Campylobacter являются основной причиной бактериального гастроэнтерита во всем мире 14, 15. Как следствие Кампилобактериоз Постинфекционный осложнением, а именно, синдром Гийена - Барре, реактивный артрит и воспалительное заболевание кишечника может возникнуть 16. Основными источниками инфекции являютсязараженного мяса скота из курицы, индейки, свиней, крупного рогатого скота, овец и уток, молока и поверхностных вод 15, 17. Поэтому регулярные эпидемиологические исследования наблюдения в контексте безопасности пищевых продуктов необходимы. MLST является &quot;золотым стандартом&quot; в молекулярное типирование для Campylobacter видов 18. Поскольку Сангер-секвенирования на основе метода MLST является трудоемким, требует много времени и относительно дорогой, MLST набрав ограничивается относительно небольшими изолят когорты. Таким образом, существует потребность в более дешевых и быстрых методов подтипов. Эта потребность может быть выполнено с помощью методов масс-спектрометрических как MSPP. Эта статья представляет собой подробный протокол для MSPP-ввода с помощью набора Campylobacter jejuni подвида. Doylei изоляты и сравнение его потенциал с MLST.

<table><tbody><tr><td>ацетонитрил</td><td>Sigma-Aldrich, Тауфкирхен, Германия</td><td>34967</td><td></td></tr><tr><td>Autoflex III TOF/TOF 200 система</td><td>Bruker Daltonics, Бремен, Германия</td><td>GT02554 G201</td><td>Масс-спектрометр</td></tr><tr><td>Стандарт для тестирования бактерий BTS</td><td>Bruker Daltonics, Бремен, Германия</td><td>604537</td><td></td></tr><tr><td>BioTools 3.2 SR1</td><td>Bruker Daltonics, Бремен, Германия</td><td>263564</td><td>Программный комплекс</td></tr><tr><td>Bruker IVD Bakterial Test Standard</td><td>Bruker Daltonics, Бремен, Германия</td><td>8290190</td><td>5 пробирок</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei изолят&nbsp;</td><td>Бельгия координировала сбор микроорганизмов/Лаборатория микробиологии UGent BCCM/LMG Гент, Бельгия</td><td>LMG8843</td><td>ATCC 49349; IMVS 1141; NCTC 11951; штамм 093</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei isolate&nbsp;</td><td>Бельгийская координированная коллекция микроорганизмов/Лаборатория микробиологии UGent BCCM/LMG Гент, Бельгия</td><td>LMG9143</td><td>Goossens Z90</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei isolate&nbsp;</td><td>Бельгия координировала сбор микроорганизмов/Лаборатория микробиологии UGent BCCM/LMG Гент, Бельгия</td><td>LMG7790</td><td>ATCC 49350; CCUG 18265; Каспер 71; LMG 8219; NCTC 11847</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei isolate&nbsp;</td><td>Бельгия координировала сбор микроорганизмов/Лаборатория микробиологии UGent BCCM/LMG Гент, Бельгия</td><td>LMG9243</td><td>Goossens N130</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei isolate&nbsp;</td><td>Бельгия координированная коллекция микроорганизмов/Лаборатория микробиологии UGent BCCM/LMG Гент, Бельгия</td><td>LMG8871</td><td>NCTC A603/87</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei isolate&nbsp;</td><td>Бельгия координировала сбор микроорганизмов/Лаборатория микробиологии UGent BCCM/LMG Гент, Бельгия</td><td>LMG9255</td><td>Goossens B538</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei isolate&nbsp;</td><td>Бельгия координирована сбор микроорганизмов/Лаборатория микробиологии UGent BCCM/LMG Гент, Бельгия</td><td>LMG8870</td><td>NCTC A613/87</td></tr><tr><td>Колумбийское основание агара&nbsp;</td><td>Merck, Дармштадт, Германия</td><td>1.10455 .0500</td><td>500 г</td></tr><tr><td>Компас для FlexSeries 1.2 SR1</td><td>Bruker Daltonics, Бремен, Германия</td><td>251419</td><td>Пакет программного обеспечения</td></tr><tr><td>для дефибринированной крови овец&nbsp;</td><td>Oxoid Deutschland GmbH, Wesel, Германия</td><td>SR0051</td><td></td></tr><tr><td>этанол</td><td>Sigma-Aldrich, Тауфкирхен, Германия</td><td>02854 Fluka</td><td></td></tr><tr><td>муравьиная кислота</td><td>Sigma-Aldrich, Тауфкирхен,</td><td>Германия F0507</td><td></td></tr><tr><td>матрица HCCA</td><td>Bruker Daltonics, Бремен, Германия</td><td>604531</td><td></td></tr><tr><td>Kimwipes бумажная салфетка</td><td>Kimtech Science через Sigma-Aldrich, Тауфкирхен, Германия</td><td></td><td></td>Z188956</tr><tr><td>MALDI Biotyper 2.0</td><td>Bruker Daltonics, Бремен, Германия</td><td>259935</td><td>программный пакет</td></tr><tr><td>Мачта Криобанк флаконы</td><td>Mast Diagnostica, Рейнфельд, Германия</td><td>CRYO/B</td><td></td></tr><tr><td>MSP 96 мишень из полированной стали</td><td>Bruker Daltonics, Бремен, Германия</td><td>224989</td><td></td></tr><tr><td>QIAamp DNA Mini Kit&nbsp;</td><td>Qiagen, Hilden, Германия</td><td>51304</td><td></td></tr><tr><td>рекомбинантный человеческий инсулин</td><td>Sigma-Aldrich, Тауфкирхен, Германия</td><td>I2643</td><td></td></tr><tr><td>трифторуксусная кислота</td><td>Sigma-Aldrich, Тауфкирхен, Германия</td><td>T6508</td><td></td></tr><tr><td>вода, молекулярная биология класса</td><td>Sigma-Aldrich, Тауфкирхен, Германия</td><td>W4502</td><td></td></tr></tbody></table>

подтипов<em&gt; campylobacter jejuni</em&gt; Подвид.<em&gt; doylei</em&gt; Изолятов Использование phyloproteomics Масс-спектрометрия на основе (mspp)

Subtyping of Campylobacter jejuni ssp. doylei Isolates Using Mass Spectrometry-based PhyloProteomics (MSPP)

MALDI-TOF MS дает возможность различать некоторые бактерии не только на виды и подвиды уровне, но даже ниже, на уровне штамма. Аллельные изоформы ионов детектируемых биомаркеров в результате изолят конкретных массовых сдвигов. Масс-спектрометрия на основе phyloproteomics (MSPP) представляет собой метод роман, который сочетает в себе масс-спектрометрического детектируемых биомаркеров массы в схеме, что позволяет сделать вывод о phyloproteomic отношений из изолята конкретных массовых сдвигов по сравнению с геном секвенировали эталонного штамма. Выведенные аминокислотные последовательности затем используются для расчета дендрограммы МОЗН на основе. Здесь мы опишем рабочий процесс MSPP, набрав Campylobacter jejuni SSP. Doylei изолята коллекцию из семи штаммов. Все семь штаммов были человеческого происхождения и мультилокальному последовательность ввода (MLST) продемонстрировали свое генетическое разнообразие. МОЗН-типирование привело к семи различных типов последовательностей МОЗН, достаточно отражая их PHYlogenetic отношения. C. jejuni подвид. doylei схема МОЗН включает в себя 14 различных ионов биомаркеров, в основном рибосомных белков в диапазоне масс от 2 до 11 кДа. МОЗН может в принципе быть адаптированы к другим методом масс-спектрометрического платформы с расширенным диапазоном масс-. Таким образом, этот метод имеет потенциал, чтобы стать полезным инструментом для измерения уровня деформации микробного набора текста.

Ранее мы успешно установили схему MSPP для C. jejuni подвид. jejuni 13. Здесь мы стремились распространить метод на родственный подвида C. jejuni подвид. doylei. В этой конкретной обстановке, семь С. jejuni подвид. doylei изоляты были приобретены у бельгийской коллекции микроорганизмов / Лаборатория микробиологии UGent BCCM / LMG Генте, Бельгия. Все семь изолятов, используемые для нашего анализа были человеческого происхожд...

Масс - спектрометрии на основе phyloproteomics (MSPP) использовали для типа коллекцию Campylobacter jejuni SSP. Doylei изолирует на уровне штамма по сравнению с мультилокальному ввода последовательности (MLST).

подтипов<em&gt; Campylobacter jejuni</em&gt; Подвид.<em&gt; doylei</em&gt; Изолятов Использование PhyloProteomics Масс-спектрометрия на основе (MSPP)

MALDI-TOF MS offers the possibility to differentiate some bacteria not only at the species and subspecies level but even below, at the strain level. ...

Общая цель данной масс-спектрометрической процедуры, называемой MSPP или филопротеомикой на основе масс-спектрометрии, заключается в субтипировании бактерий на уровне штамма. Этот метод может быть использован для поиска ответов на ключевые вопросы в областях микробиологии, эпидемиологии и гигиены. Например, его можно применять для анализа ситуаций со вспышками заболеваний путем визуализации филопротеомического родства.По сравнению с другими методами типирования, MSPP характеризуется низкой стоимостью анализа одного образца и высокой скоростью. Нозокомиальные инфекции становятся все более серьезной проблемой, и мы надеемся, что нашу схему MSPP удастся распространить на эпидемиологическое типирование других бактерий или даже грибков. Наша схема MSPP позволяет определить степень родства штаммов, поэтому для прогнозирования соответствующих фенотипов, таких как лекарственная устойчивость или даже вирулентность, имеет смысл применять данный метод в тех случаях, когда эти фенотипы коррелируют со специфическими генотипами.Для начала данной процедуры приготовьте две пробирки с матричным раствором, растворив 2,5 mg HCCA в 250 µL смеси органических растворителей: 50% изонитрила, 47,5% дважды дистиллированной воды и 2,5% трифторуксусной кислоты. В одну из пробирок добавьте рекомбинантный инсулин человека в качестве внутреннего стандарта. Затем нанесите на мишень для MALDI-пластины количество колонии референсного штамма размером с головку булавки.Для определения точной массы калибровочного пика нанесите один микролит тестового стандарта на отдельный участок. Накройте каждое пятно с бактериями и стандартом 1 микролитром матричного раствора с добавлением HCCA и оставьте их кристаллизоваться при комнатной температуре. Для каждого анализируемого штамма повторите процедуру подготовки мазка.Нанесите на каждое пятно 1 µL раствора матрицы HCCA с добавкой и оставьте для кристаллизации при комнатной температуре. В качестве альтернативы белки могут быть экстрагированы из клеток, которые трудно нанести на поверхность. Для этого с помощью инокуляционной петли соберите примерно 5 колоний из культуры на агарной пластинке.Растворите их в 300 µL дважды дистиллированной воды в реакционной пробирке объемом 1,5 мл и тщательно перемешайте путем многократного пипетирования до полного суспендирования бактериальных колоний. Затем добавьте 900 µL абсолютного этанола и перемешайте. Центрифугируйте образец при 13 000 ×g в течение 1 минуты.После высушивания осадка ресуспендируйте его, несколько раз перемешав пипеткой в 50 µL 70% муравьиной кислоты. Затем добавьте 50 µL ацетонитрила и перемешайте. Удалите примеси путем центрифугирования при 13 000 ×g в течение 2 минут.По завершении перенесите 1 µL супернатанта на позицию образца на мишени для MALDI. После высыхания образца нанесите на каждое пятно 1 µL раствора матрицы HCCA и оставьте для кристаллизации при комнатной температуре. Затем проведите MALDI-TOF анализ, собрав 600 спектров шагами по 100 импульсов для каждого пятна.Сначала перейдите на вкладку auto execute в программном обеспечении для конфигурации масс-спектрометра. Откройте метод, нажав левой кнопкой мыши на кнопку method и выбрав нужный метод из выпадающего списка. Затем нажмите левой кнопкой мыши на кнопку edit, чтобы открыть редактор метода auto execute.На вкладке накопления (accumulation) установите значение удовлетворительного количества снимков (satisfactory shot value) на 100, а значение суммирования (sum up value) — на 600. Для каждого спектра выберите пик калибрующего вещества из списка, нажмите «automatic assign» (автоматическое назначение) и подтвердите выбор кнопкой «OK». После получения масс-спектров из каждой точки экспериментально определите точную массу калибровочного пика, открыв спектр с помощью браузера спектров и найдя пик с ожидаемой массой в сравнении со спектром без калибрующего вещества. Убедитесь, что калибровочный пик не перекрывается другими биомаркерами исследуемого организма.На основе данных секвенирования генома референсного штамма рассчитайте теоретическую моноизотопную молекулярную массу каждого из закодированных белков, транслировав последовательность ДНК в соответствующую последовательность аминокислот. Загрузите файл или скопируйте и вставьте эту белковая последовательность в поле ввода соответствующего биоинформационного ресурса, а затем вычислите теоретическую изоэлектрическую точку и молекулярную массу. Скопируйте результаты в таблицу, где один столбец будет содержать идентификатор гена, а другой — молекулярную массу.Отсортируйте строки по рассчитанной молекулярной массе, чтобы упростить поиск масс. Вставьте в таблицу дополнительный столбец для молекулярной массы деметионированной формы, вычтя 135 дальтонов из моноизотопной молекулярной массы. Сопоставьте массу каждого основного измеренного биомаркера с рассчитанными массами референсного штамма, найдя измеренную массу в таблице генома.В другой электронной таблице запишите массу и идентификатор для каждого биомаркерного иона. Теперь откалибруйте масс-спектры, полученные от собранных изолятов, аналогично тому, как это было сделано для референсного штамма. Для каждого изолята (один изолят в одной строке) определите вариантные биомаркеры в масс-спектрах, запишите измеренную массу для каждого биомаркера и предполагаемую изоформу в соответствующих столбцах.Масс-спектр MALDI-TOF C-Jejuni Subspecies doylei ATCC 49349 содержит 14 однозарядных ионов-биомаркеров, которые были идентифицированы путем сравнения рассчитанных молекулярных масс с эталонным спектром. В данной коллекции были обнаружены различные изоформы для L32 без метионина, L33, гипотетического белка, кодируемого gil152939117, S20 M и S15 M. Остальные массы, присвоенные ионам-биомаркерам, были неизменны в протестированных изолятах. Замена аминокислот, соответствующая сдвигу массы, была определена с помощью ПЦР-амплификации и секвенирования по Сенгеру соответствующего гена с использованием праймеров, перечисленных здесь.Здесь представлены аминокислотные последовательности всех ионов-биомаркеров, включенных в схему MSPP, а также обнаруженные аллельные изоформы. Дендрограмма UPGMA на основе MLST, построенная для исследованных изолятов C jejuni subspecies doylei, показывает, что каждый изолят относится к разному последовательному типу MLST. При этом штамм LMG7790 имеет наибольшее филогенетическое расстояние.Как показал анализ MLST, изолят LMG7790 имеет наибольшее филопротеомическое расстояние при анализе MSPP среди исследованных изолятов C. jejuni subspecies doylei. После освоения данной методики её выполнение может занять один день при условии правильного соблюдения протокола. При выполнении данной процедуры важно помнить о токсичности некоторых веществ, используемых в ходе эксперимента.Например, ацетонитрил может вызвать раздражение кожи. Кроме того, в дополнение к MSPP могут быть применены другие методы, такие как секвенирование ДНК, для анализа дополнительных параметров, например, наличия генов резистентности. Разработка данного метода открывает исследователям в области микробиологии возможности для изучения филогении.После просмотра этого видео вы должны получить четкое представление о принципах работы MSPP и о том, как этот метод может быть применен для решения конкретных задач. Не забывайте, что работа с опасными патогенами может быть крайне рискованной, поэтому всегда следует соблюдать меры предосторожности, такие как использование оборудования лаборатории уровня S2.

subtyping-campylobacter-jejuni-ssp-doylei-isolates-using-mass

Research

JoVE Journal

Genetics

Генетика

Захват Соединения трифункциональных малых молекул уменьшить сложность протеома функциональным обратимым маленькая молекула-белковых взаимодействий следуют фото-сшивания и очистки. Здесь мы используем Захват соединения...

Профилирование метилтрансферазы и других S-Аденозил- L-Гомоцистеин-связывающих белков Захват соединения масс-спектрометрия (CCMS)

Affinity очистки меченых белков в сочетании с масс-спектрометрии (ППМ) является мощным методом для систематического отображения сети взаимодействия белка и для исследования механистической основе биологических процессов. Здесь мы описываем оптимизированный последовательных пептидов близости (SPA) ППМ процедуры, разработанные для...

Определение белковых комплексов в<em&gt; Кишечной палочки</em&gt; С помощью последовательного аффинной очистки пептидов в сочетании с тандемной масс-спектрометрии

Мы представляем протокол к точно quantitate белки с Изобарический маркировки, обширные фракционирования, Биоинформатика инструменты и меры контроля качества в сочетании с жидкостной хроматографии, сопряжена с высоким разрешением масс-спектрометр.

Глубокая протеома профилирование Изобарический маркировки, обширные жидкостная хроматография, масс-спектрометрии и при содействии программного обеспечения количественной оценки

Здесь мы представляем протокол осуществлять монтаж и демонтаж токсинов сибирской язвы, с помощью biolayer интерферометрии (BLI). После сборки/разборки на поверхности биосенсор крупных белковых комплексов освобождаются от поверхности для визуализации и идентификации компонентов комплексов с помощью электронной микроскопии и масс-спектрометрии, соответственно.

Анализ динамических белковых комплексов монтируется на и освобождены от Biolayer интерферометрии биосенсора с использованием масс-спектрометрии и электронной микроскопии

Хотя культура стула для Campylobacter неточна, она по-прежнему считается золотым стандартом для идентификации. Методы определения предела обнаружения и выживаемости в транспортных носителях C. jejuni в человеческом стуле описаны и сравниваются с новым иммуноанализом с большей точностью.

Культура Методы, чтобы определить предел обнаружения и выживания в транспорте СМИ Campylobacter Jejuni в человека фекальные Specimens

Белковое аргининовое (R)-метилирование является широко распространенной посттрансляционной модификацией, регулирующей несколько биологических путей. Масс-спектрометрия является лучшей технологией для глобального профилирования R-метил-протеома в сочетании с биохимическими подходами к обогащению модифицированными пептидами. Рабочий процесс, предназначенный для высокой достоверности идентификации глобального R-метилирования в клетках человека, описан здесь.

Протеомический подход на основе масс-спектрометрии для глобального анализа R-метилирования белка с высокой степенью достоверности

Здесь мы представляем протокол для быстрой идентификации белков, продуцируемых геномно секвенированных патогенными бактериями, с использованием тандемной масс-спектрометрии MALDI-TOF-TOF и нисходящего протеомного анализа с программным обеспечением, разработанным на месте. Метастабильные ионы белка фрагментируются из-за эффекта аспарагиновой кислоты, и эта специфичность используется для идентификации белка.

Идентификация белков антибактериального иммунитета в кишечной палочке с использованием MALDI-TOF-TOF-MS/MS и нисходящего протеомного анализа

Осуществимость стратегий секвенирования всего генома (WGS) с использованием настольных инструментов упростила опрос генома каждого микроба, имеющего отношение к общественному здравоохранению в лабораторных условиях. Описана методологическая адаптация рабочего процесса для бактериальных WGS и представлен конвейер биоинформатики для анализа.

Характеристика патогенного штамма Escherichia coli , полученного из Oreochromis spp. Фермы с использованием секвенирования всего генома

Кампилобактер является основной причиной бактериального гастроэнтерита пищевого происхождения во всем мире. Несмотря на то, что предприятия принимают меры по снижению распространенности инфекции на своих предприятиях, зараженная продукция постоянно попадает к потребителям. Методика, разработанная за последние двенадцать лет, направлена на устранение ограничений существующих методов выделения и обнаружения Campylobacter spp. из сырого мяса.

Обнаружение и выделение Campylobacter spp. из сырого мяса

Этот протокол позволяет быстро и экономически эффективно оценить микробный состав молочных продуктов за счет сочетания культуромики с MALDI-TOF MS. Он обеспечивает результаты таксономии, сравнимые с секвенированием 16S рРНК, с более коротким временем обработки по сравнению с традиционными методами культивирования.

Оценка микробиологической безопасности молочных заводов с использованием бактериального протеомного профилирования с помощью подхода MALDI

Изучите метод MSPP для типирования штаммов Campylobacter jejuni ssp. doylei с помощью масс-спектрометрии. Этот быстрый и экономичный подход заменяет традиционный MLST и помогает исследователям анализировать эпидемиологические вспышки.

подтипов

Больше видео