Сыворотки и плазмы скопировать номер обнаружения с помощью ПЦР в реальном времени
15 декабря 2017 г.
Эта рукопись описывает копии номер вариационный анализ выполняется в сыворотке или плазме ДНК методом ПЦР в реальном времени. Этот метод подходит для прогнозирования лекарственной устойчивости в устойчивые кастрация рак предстательной железы пациенты, но это может быть информативным и для других заболеваний.
Общая цель этого метода заключается в выявлении вариации числа копий генов в образцах сыворотки или плазмы. Этот метод может помочь ответить на ключевые вопросы в области рака предстательной железы на поздних стадиях, такие как обнаружение маркеров, полезных для прогнозирования или мониторинга уменьшения спор. Главное преимущество этой методики в том, что ее легко и быстро сделать. Применение этого метода распространяется и на терапию распространенного рака предстательной железы, поскольку изменение числа копий генов андрогенных рецепторов является частым явлением. Как правило, люди, плохо знакомые с этим методом, испытывают трудности, потому что концентрация и качество внеклеточной ДНК часто ниже, чем ожидалось. Для сбора сыворотки работают с пятью миллилитровыми образцами цельной крови и сыворотки без антикоагулянтов, поддерживаемой при четырех градусах Цельсия.Начните с центрифугирования образцов в течение 15 минут при 1000 г. Надосадочной жидкостью является сыворотка. Переложите его в двухмиллилитровые пробирки и выбросьте гранулы. Если сыворотка не обработана сразу, заморозьте образцы при 80
Просмотрите полный транскрипт и получите доступ к тысячам научных видео
Обзор
В данной рукописи описывается анализ вариации числа копий в ДНК сыворотки или плазмы крови с использованием метода ПЦР в реальном времени. Этот метод подходит для прогнозирования лекарственной устойчивости у пациентов с кастрационно-резистентным раком предстательной железы и может быть информативен для других заболеваний.
Основные компоненты исследования
Область науки
- Онкология
- Геномика
- Клинические исследования
Теоретические основы
- Вариации числа копий (CNV) могут влиять на прогрессирование заболевания.
- ПЦР в реальном времени является чувствительным методом обнаружения CNV.
- Кастрационно-резистентный рак предстательной железы создает уникальные сложности при лечении.
- Понимание механизмов лекарственной устойчивости имеет решающее значение для ведения пациентов.
Цель исследования
- Для анализа CNV в ДНК сыворотки или плазмы крови.
- Для оценки потенциала данного метода в прогнозировании лекарственной устойчивости.
- Для изучения возможности применения метода при других заболеваниях.
Используемые методы
- ПЦР в реальном времени для анализа CNV.
- Сбор образцов сыворотки или плазмы.
- Статистический анализ данных CNV.
- Сравнение с клиническими исходами у пациентов с раком предстательной железы.
Основные результаты
- Идентификация специфических CNV, связанных с лекарственной устойчивостью.
- Корреляция между паттернами CNV и исходами лечения пациентов.
- Демонстрация чувствительности и специфичности метода.
- Потенциальное значение для стратегий лечения рака предстательной железы.
Выводы
- Метод ПЦР в реальном времени эффективен для анализа CNV.
- Полученные результаты могут расширить понимание механизмов лекарственной устойчивости при раке.
- Необходимы дальнейшие исследования для подтверждения результатов при других заболеваниях.
Часто задаваемые вопросы
Практическая значимость для отрасли
Обнаружение увеличения числа копий рецептора андрогенов в циркулирующей внеклеточной ДНК позволяет осуществлять неинвазивный мониторинг механизмов терапевтической резистентности при метастатическом кастрационно-резистентном раке предстательной железы. Данный подход способствует раннему выявлению неэффективности лечения и помогает в принятии клинических решений на основе минимально инвазивного забора биоматериала. Метод обеспечивает быстрый и масштабируемый рабочий процесс для оценки биомаркеров в рамках жидкостной биопсии.
Стратегическое применение в биофармацевтических исследованиях и разработках
Раннее обнаружение и валидация мишени
- Научная ценность: позволяет исследовать амплификацию гена AR как фактор терапевтической резистентности в моделях рака предстательной железы.
- Практическая ценность: использование cfDNA из сыворотки/плазмы позволяет избежать инвазивного забора тканей при проведении лонгитюдных исследований.
Скрининг и разработка анализа
- Научная ценность: Обеспечивает количественное определение числа копий (CN) с помощью дуплексной ПЦР в реальном времени с использованием референсных генов RNaseP и AGO1.
- Практическая ценность: Стандартизированное количество исходной ДНК (60 ng на анализ) обеспечивает воспроизводимость результатов в различных наборах образцов.
Трансляционные и доклинические исследования
- Научная ценность: Прирост числа копий (CN gain) AR в cfDNA коррелирует с прогрессированием мКРРП, что способствует усилиям по квалификации биомаркеров.
- Практическая ценность: Неинвазивный сбор образцов позволяет проводить частый мониторинг в доклинических и клинических когортах.
Интеграция конвейеров и рабочих процессов
Данный метод вписывается в континуум поиска биомаркеров, обеспечивая валидацию мишеней с помощью жидкостной биопсии и позволяя в дальнейшем проводить скрининг механизмов резистентности в моделях рака предстательной железы.
- Открытие в биологии: Проверка гипотезы о том, что увеличение числа копий (CN) гена AR в cfDNA предсказывает резистентность к лечению при запущенном раке предстательной железы.
- Скрининг: Получение количественных данных о CN, пригодных для стандартизации анализа и оценки эффекта соединений.
- Аналитика: Предоставление коэффициентов CNV относительно референсных генов для статистического сравнения различных условий.
- Трансляционные исследования: Связь биомаркеров cfDNA с клиническими исходами при кастрационно-резистентном раке предстательной железы.
- Применение в масштабах предприятия: Рабочий процесс адаптируется к другим генным мишеням и патологиям, помимо рака предстательной железы.
Операционное и корпоративное воздействие
- Научная ценность: Механистическое снижение рисков, связанных с амплификацией AR как биомаркера резистентности при раке предстательной железы.
- Операционная ценность: Быстрый протокол с низким объемом исходного материала с использованием стандартного оборудования для ПЦР в реальном времени.
- Стратегическая ценность: Обеспечивает принятие решений о целесообразности дальнейшей разработки на основе неинвазивного мониторинга резистентности.
- Влияние на портфель: Поддерживает приоритизацию методов терапии, направленных на изменения пути AR, с учетом скорректированных рисков.
Особенности реализации
- Требуется опыт экстракции и количественного определения cfDNA из образцов с низким выходом.
- Зависимость от оборудования для ПЦР в реальном времени с возможностью мультиплексирования.
- Необходима стандартизация выбора референсных генов и анализа данных между лабораториями.
- Ограничение количеством и качеством cfDNA, что требует оптимизации исходного материала.
- Для подтверждения увеличения числа копий (CN gain) рекомендуется валидация с использованием ортогональных методов, таких как цифровая ПЦР.
Часто задаваемые вопросы по биофармацевтике
Chapters in this video
0:05
Title
0:55
Collection of Serum or Plasma
2:20
Isolating Cell-free (cfDNA) from Serum or Plasma
5:15
Real-time PCR and Analysis of cfDNA
7:36
Results: Detection of Androgen Receptor (AR) Copy Number Variations in cfDNA of Metastatic Castration-resistant Prostate Cancer (CRPC) Patients
8:25
Conclusion
