13 сентября 2018 г.
Здесь мы представляем протоколы для идентификации 1) вирус кодировке иммунокорректоров, которые способствуют арбовирусных репликации и 2) эукариотических хост факторы, которые ограничивают арбовирусных репликации. Эти методы на основе флуоресценции и люминесценции позволяют исследователям быстро получить количественные отсчетов арбовирусных репликации в упрощенческой анализов с низкого соотношения сигнал шум.
Этот метод может помочь ответить на ключевые вопросы в области вирусной иммунологии, такие как какие факторы хозяина ограничивают репликацию арбовируса и, в свою очередь, какие кодируемые вирусом белки уклонения от иммунитета преодолевают эти механизмы рестрикции хозяина. Основное преимущество этого метода заключается в том, что он позволяет использовать упрощенную люминесцентную и флуоресцентную космические анализы для определения клеточных условий, которые позволяют арбовирусам реплицироваться в абортивной инфекции в клетках чешуекрылых насекомых. Поскольку фоновая репликация арбовирусов в клетках чешуекрылых минимальна, становится относительно просто обнаружить условия, которые способствуют репликации арбовирусов.
Для начала поддерживайте клетки LD652 в 10-сантиметровых чашках, обработанных культурой тканей, и пропускайте клетки, когда они достигнут 80% конфлюенции. Пипетки многократно наносят питательную среду на монослой клеток, чтобы вытеснить клетки, затем разбавляют образец в питательной среде до приблизительной плотности 100 тысяч клеток на миллилитр. После этого переложите по одному миллилитру разведенной культуры в каждую лунку 24-луночной пластины.
Затем дайте клеткам осесть в течение как минимум одного часа. За 30 минут до инфекции разморозьте стебли люциферазы VSV и вируса коровьей оспы на льду. Затем разбавьте люциферазу VSV с вирусом коровьей оспы и без него в SFM таким образом, чтобы был достигнут MOI 10 и 25 соответственно.
Отсасывайте зрелые среды LD652 осторожно, чтобы не нарушить монослой клеток, и инокулируйте каждую лунку 0,2 миллилитрами вируса. Затем добавьте стерильный SFM в дополнительные лунки, которые будут служить в качестве фиктивно инфицированных отрицательных контрольных клеток. Инкубируйте клетки в инокуляте в течение двух часов при температуре 27 градусов Цельсия.
Затем удалите инокулянт с помощью аспирации и замените его одним миллиметром питательной среды LD652 в каждой лунке. После этого дайте инфекции протекать еще от 24 до 72 часов. Сначала тщательно отсасывайте надосадочную жидкость и добавляйте в каждую лунку по одному миллилитру DPBS.
С помощью поршня шприца соскребите клетки в DPBS. Затем перенесите ячейки в микроцентрифужную пробирку и центрифугируйте в течение 20 минут при 400-кратной гравитации и четырех градусах Цельсия. Тем временем разведите в пять раз репортерный буфер лизиса в стерильной воде.
После центрифугирования аспирируйте DPBS, не повреждая гранулы. Далее повторно суспендируйте гранулу в 150 микролитрах однократного РЛБ. Затем инкубируйте образец при температуре минус 80 градусов Цельсия с последующим быстрым размораживанием на водяной бане комнатной температуры.
После этого храните лизаты при температуре минус 80 градусов Цельсия для дальнейшего анализа. Разморозьте лизаты на льду и пипеткой влейте 20 микролитров лизата в лунки 96-луночного планшета. Далее добавьте по 100 микролитров области анализа люциферазы в каждую лунку пластины.
Сразу же измерьте интенсивность света с помощью люменометра. В условиях одиночной инфекции клетки LD652 ограничивают репликацию люциферазы VSV. Таким образом, наблюдается лишь небольшой сигнал люциферазы.
Коинфекция, однако, приводит к значительно более высоким сигналам люциферазы. В условиях одиночной инфекции клетки LD652 также ограничивают репликацию dsRED VSV, таким образом, только небольшое количество клеток проявляет сигнал dsRED. Коинфекция вирусом коровьей оспы, однако, приводит к тому, что большинство клеток проявляют сигналы dsRED к концу временного цикла.
Примерно 2% клеток от одной инфекции были dsRED положительными через 65 часов после заражения. Напротив, примерно 77% коинфицированных клеток были положительными на dsRED в тот же момент времени. При попытке выполнить эту процедуру важно помнить об оптимизации временных точек, в которые будут проводиться анализы люциферазы или визуализации живых клеток, чтобы дать достаточно времени для репликации VSV и производства обнаруживаемого сигнала.
После этой процедуры могут быть проведены другие методы, такие как РНК-интерференцированное нокдаун факторов хозяина, чтобы идентифицировать потенциальные противовирусные факторы хозяина, ограничивающие репликацию арбовируса. После своего развития этот метод проложил путь исследователям в области вирусной иммунологии к определению роли белков A51R, кодируемых вирусом оспы, в стимулировании репликации и патогенеза вируса оспы. Не забывайте, что работа с эукариотическими вирусами может быть чрезвычайно опасной и важно соблюдать надлежащие меры предосторожности, такие как ношение средств индивидуальной защиты во время выполнения этой процедуры.
Просмотрите полный транскрипт и получите доступ к тысячам научных видео
В данной статье представлены протоколы для идентификации кодируемых вирусом иммуномодуляторов, способствующих репликации арбовирусов, а также факторов эукариотического хозяина, ограничивающих эту репликацию. Описанные методы используют флуоресценцию и люминесценцию для количественного анализа репликации арбовирусов в упрощенных анализах.
Данный метод решает ключевую задачу валидации мишеней противовирусных препаратов: обнаружение незначительных изменений в репликации вируса при сохранности защитных механизмов хозяина. Благодаря использованию естественных абортивных инфекций арбовирусов в клетках чешуекрылых, данный анализ обеспечивает высокое соотношение сигнал/шум для идентификации факторов рестрикции хозяина и вирусных иммуномодуляторов. Это позволяет на ранних этапах снизить риски при выборе мишеней для противовирусной терапии, уточняя механизм действия в физиологически релевантной системе.
Данный анализ встраивается в рабочие процессы ранних этапов поиска, когда валидация мишени и снижение механистических рисков предшествуют идентификации соединений-лидеров, особенно в рамках противовирусных программ, направленных на интерфейсы взаимодействия «хозяин-патоген».