Изучение воздействия космических полетов по физиологии мыши, с помощью платформы GeneLab НАСА открытого доступа

Этот метод может помочь ответить на ключевые вопросы в области космической биологии о генерации гипотез, чтобы помочь будущим исследованиям, используя общедоступные все данные смеси. Основным преимуществом этого метода является то, что он может быть использован в качестве инструмента для генерации данных космической биологии. Общедоступные данные о GeneLab позволяют исследованиям разрабатывать клинические теории о терапии заболеваний или контрмерах для здравоохранения, связанных с космическими полетами с относительно небольшими затратами.

Демонстрацией среды обитания грызунов будет Ясаман Ширази-Фард, который является ученым миссии НАУ для исследования грызунов. После родов, группа грызунов в стандартных клетках вивариум. И животные акклиматизироваться к НАСА питательных модернизированных грызунов пищевых батончиков, lixits, и поднял провода этажей, пока животные загружаются в транспортер.

Для путешествия между Землей и Международной космической станцией поместите десять мышей с каждой стороны в каждый транспортер в общей сложности 20 мышей на транспортер. Оказавшись на Международной космической станции, прикрепите блок доступа животных к транспортеру и используйте коробки для передачи мыши для передачи пяти мышей одновременно в места обитания. Чтобы загрузить мышей в среду обитания, отсоедините устройство доступа животных от транспортера и прикрепите устройство к среде обитания грызунов.

Затем перенесите животных из ящиков для передачи мышей в места обитания грызунов, где они будут проживать в течение всего срока миссии. Каждый день видео животных в местах обитания изучается обученным персоналом для мониторинга здоровья и благополучия грызунов. Руководство и надзор за всей работой с участием животных обеспечивается лечащий ветеринар.

Инфракрасная визуализация используется для наблюдения за животными в местах обитания во время темной фазы светло-темного цикла, когда мыши, как правило, наиболее активны. На этом снимке камеры показаны бары с едой в верхней части рамы, входная дверь и окно слева, а также инфракрасное освещение справа. Источник воды находится вне вида камеры, за продовольственными батончиками в этом представлении.

Это среда наземного контроля на второй день исследования, во время темной фазы светло-темного цикла. Эта среда обитания ориентирована на землю с мусорным лоток в нижней части клетки, камера зрения смотрит вниз вдоль вектора тяжести. Ближайшее к камере животное сидит на вершине продуктовых батончиков и ест.

Есть пять мышей в этой среде обитания, хотя лишь немногие из них, как правило, наблюдается в одно время. Мыши, как правило, предпочитают закрытые гнезда, как такие места, как утопленное пространство между пищевыми барами и клетки стены, где они видели собираются в этой точке зрения. Это также расположение источника воды.

Мыши амбулаторно, уход, и показаны социальные взаимодействия, которые являются типичными поведения для мышей на земле. Мыши используют все шесть стен среды обитания, чтобы свободно передвигаться и наблюдаются часто восхождение вверх и вниз по стенам. Это место обитания полета на второй день исследования во время темной фазы светло-темного цикла, когда мыши, как правило, наиболее активны.

Во время космических полетов, как и на Земле, мыши перемещаются по среде обитания, используя все шесть сторон клетки. Мыши активно исследуют и впитывают по всей среде обитания и проявляют такое же поведение, как мыши на земле, включая еду, питье, уход и социальные взаимодействия. Мыши используют различные методы, чтобы продвинуть себя о отсеке.

В начале полета мышей, как правило, видели, используя свои конечности, чтобы вытащить себя вдоль проволочной сетки, позже во время полета, мыши, как правило, используют все четыре конечности для запуска через проволоку сетки подкладка среды обитания. Мыши также перемещались, плавая из одного места в другое. По мере того как мыши акклиматизировались к habitat во время исследования грызуна одно изучение, они not only стали adept на двигать о отсеке но также выучили закрепить к стенам используя их хвосты, and/or лапы.

Демонстрацией анализа данных, оси метаданных и описания исследования будет Сэм Гебре, координатор данных в команде GeneLab. Чтобы найти наборы данных для анализа на GeneLab, откройте веб-страницу GeneLab и нажмите на репозиторий данных. Введите ключевые слова в поле данных поиска для поиска конкретных областей, представляющих интерес, и выберите любые другие базы данных, представляющие интерес по желанию.

Затем нажмите значок увеличительного стекла, чтобы начать поиск. Когда все ключевые слова были найдены, и вы рассмотрели наборы данных, нажмите инструменты, затем совместное рабочее пространство, и войти в систему или зарегистрироваться для новой учетной записи по мере необходимости. После входа в систему нажмите справку и руководство пользователя, чтобы получить доступ к подробным инструкциям о том, как использовать рабочее пространство.

Для каждого пользователя выберите общедоступную генную лабораторию, чтобы получить доступ ко всем наборам данных в репозитории генной лаборатории и открыть папку с данными, представляющими интерес. Чтобы скопировать наборы данных, представляющие интерес для рабочего пространства локального каталога, нажмите правой кнопкой мыши на отдельном файле, выберите появится копия/движение в появився меню, выберите папку для копирования файла и нажмите копию. Затем найдите наборы данных, связанные с предыдущими публикациями, только что расположенными в поиске наборов данных, и скопируйте файлы метаданных в локальное рабочее пространство.

Чтобы получить доступ к файлам метаданных для каждого набора данных, представляющих интерес, откройте подсшиватель набора данных публичной лаборатории генов и получите доступ к одному или несколько файлов метаданных, содержащихся в подсшивателе метаданных каждого набора данных, чтобы найти информацию о метаданных для набора данных, представляющих интерес. Убедитесь, что каждый набор данных имеет один файл на молнии, который обеспечивает метаданные в соответствии с исследованием, исследованием, спецификацией вкладки анализа. Откройте соответствующий текстовый редактор для визуализации и доступа к исследованию, изучению, анализу метаданных вкладки, содержащих описание текста для исследования и метаданные анализа для каждого набора данных.

Затем проверьте наличие файлов данных анализа вывода, которые находятся в каждой папке подсюмок набора данных по типу анализа. Чтобы проанализировать транскрипционные данные, нажмите инструменты в меню и нажмите на галактику. Используйте инструмент импортера пространства генома для импорта данных из генной лаборатории, геномного пространства.

Данные будут отображаться в истории раздела анализа. После подтверждения внешнего вида и импортированных наборов данных и текущей истории используйте инструмент галактики GeneLab для заполнения формы в центральной панели с вариантами анализа и спецификации входных данных. Завершите выполнение формы и нажмите кнопку для создания заданий для выполнения анализа и проверки представленных заданий, представленных в истории и цвете, чтобы указать состояние выполнения, затем свяжите инструменты в сложный рабочий процесс, управляя рабочими процессами с помощью инструмента рабочих процессов и используйте общее меню данных для обмена рабочими процессами и историями наборов данных с другими следователями.

Как показано на этом репрезентативном графике, используя участки анализа принципиальных компонентов для группирования биологических репликаций, можно определить передовые гены из наборов генов, установленных для анализа обогащения генов. Используя гены с изменением 1,2 раза, можно предсказать гены, связанные с прогнозами регуляторов вверх по течению, канонических путей и био-функций, что позволяет группировать общие перекрывающиеся гены для всех генов. Затем сетевое представление о том, как эти ключевые гены являются движущей силой реакции между грызунами и местами обитания грызунов, а элементы управления виварием отображают центральные узлы для каждого анализируемого набора данных.

Например, карта киназы один является центральным центром для космического челнока миссии STS108 скелетных мышечных тканей от мышей и может быть истолковано как ген, который является движущей силой ключевых генов и, скорее всего, центральным игроком для причинения биологических различий для мышей, размещенных в среде обитания грызунов по сравнению с виварий клетки. Принимая подход системной биологии, ген из всех наборов данных, который является наиболее связанным при построении сети из всех ключевых генов, был затем определен, показывая, что карта киназы действительно является самым связанным геном и центральным центром из всех ключевых генов. При попытке процедуры, важно помнить, что исследователи, проводящие эксперименты космической биологии грызунов исследования будут работать в тесном контакте с НАСА грызунов исследовательской миссии ученых, создать и выполнить эксперименты.

Кроме того, все космические биологии, связанные все данные смеси доступна на платформе НАСА GenesLab и с помощью этой процедуры является наиболее эффективным методом для разработки новых гипотез, связанных с космической биологии. Этот метод также может быть применен к любым другим наборы всех наборов данных смеси, связанных с биологическими системами, такими как биология рака, болезнь Альцгеймера и сердечно-сосудистые заболевания. После своего развития, этот метод проложил путь для исследователей в области космической биологии, чтобы начать рассмотрение исследований о воздействии двуокиси углерода для астронавтов на Международной космической станции.