РНК секвенирования следующего поколения и трубопровод биоинформатики для идентификации выраженных линий-1S на уровне Локус

11.4K просмотров

Цитируется: 10

11:04 мин.

19 мая 2019 г.

10.3791/59771-v

19 мая 2019 г.

11.4K просмотров

Tiffany Kaul¹ , Maria E. Morales¹ , Emily Smither¹ , Melody Baddoo¹^,² , Victoria P. Belancio¹^,³ , Prescott Deininger¹^,⁴

¹Tulane Cancer Center, Tulane University, ²Department of Pathology, Tulane University, ³Department of Structural and Cellular Biology, Tulane University, ⁴Department of Epidemiology, Tulane University

Здесь мы представляем биоинформатический подход и анализы, чтобы определить выражение линии-1 на определенном уровне локуса.

Больше видео

Экспрессия LINE-1

секвенирование РНК

локус-специфический анализ

мобильные элементы

селекция полиаденилированных транскриптов

странд-специфичное секвенирование РНК

картирование уникальных ридов

ручная курация локусов

геномная картируемость

Chapters in this video

0:04

Title

0:52

Read Alignment Pipeline to Identify Expressed L1s

2:48

Manual Curation

7:48

Assess Mappability of Each L1 Loci to Factor in a Transcription Level Correction Score

8:42

Results: Identification of Full-length L1 Retroelements in the Human Prostate Tumor Cell Line, DU145

10:01

Conclusion